Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

TTACCAAAAGGCAATAGAAGAAGTCACTAGGCGAATGGGTGCAGGAATGGCAAAATTTATATGCAAAGAGgtatgttaacatgtatccattaaagtatcctagcaatcgctgttctaatataaataaactataaggttttttatactgttgaaccattgttatggtatgt...

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G108225_T02
intron # 5
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM2G108225_T02 (Zea mays), 5'ss of exon 5
lower sequence: LOC_Os03g59040.1 (Oryza sativa), 5'ss of exon 5
TTACCAAAAGGCAATAGAAGAAGTCACTAGGCGAATGGGTGCAGGAATGGCAAAATTTATATGCAAAGAGgtatgttaaca-tgtatccattaaagtatcctagcaatcgctgttctaatataaataaactataaggttttttatactgttgaaccattgttatggtatgt
||| ||| ||||||| |||||| ||||||||| |||||| |||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||   | | || |||| |||  |||  ||||| |    || | | ||||||    |       | ||  ||   |      ||    | |  ||  
TTATCAAGAGGCAATTGAAGAAATCACTAGGCTAATGGGAGCAGGAATGGCAAAATTTATCTGCAAGGAGgtatgttgttaatatagccatcaaaacatctaagcaaacataattttgaaataaatgttttggtgcaatgttcttaacataaggagatcacaaggtcatt-

upper sequence: GRMZM2G108225_T02 (Zea mays), 5'ss of exon 5
lower sequence: Vv03s0038g00450.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 5
TTACCAAAAGGCAATAGAAGAAGTCACTAGGCGAATGGGTGCAGGAATGGCAAAATTTATATGCAAAGAGgtatgtta---acatgtatccattaaagtatccta-gcaatcgctgttctaatataaataaactataaggttttttatactgt-tgaaccattgttatggtatgt
||| ||  ||||||| |||||  |||| |  |||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||| ||| |   |  | | |   ||    |||  || |||||      | |  |      |||  |  |||   |||||| ||  || | |||      |      
TTATCAGGAGGCAATTGAAGACATCACCAAACGAATGGGGGCAGGAATGGCAAAATTTATTTGCAAAGAGgtttgtaatgaatgtctttgttttttcttattttatgcaatgaaatgtttgtttctgccaaaaaaagaggaggtttataatgaatgtatcatgcaggaga-----
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|149089299|gb|EE178514.2|EE178514
EST:     AAGTCACTAGGCGAATGGGTGCAGGAATGGCAAAATTTATATGCAAAGAG                         GTTGAAACTGTTGATGACTATGACGAGTATTGTCACTATGTAGCTGGGCTA
genomic: AAGTCACTAGGCGAATGGGTGCAGGAATGGCAAAATTTATATGCAAAGAGgtatgttaac ... ttttatttagGTTGAAACTGTTGATGACTATGACGAGTATTGTCACTATGTAGCTGGGCTA
EST: gi|61119737|gb|DN560698.1|DN560698
EST:     AAGTCACTAGGCGAATGGGTGCAGGAATGGCAAAATTTATATGCAAAGAG                         GTTGGAACTGTTGATGACTATGACGAGTATTGTCACTATGTAGCTGGGCTA
genomic: AAGTCACTAGGCGAATGGGTGCAGGAATGGCAAAATTTATATGCAAAGAGgtatgttaac ... ttttatttagGTTGAAACTGTTGATGACTATGACGAGTATTGTCACTATGTAGCTGGGCTA
EST: gi|148959751|gb|EC905647.2|EC905647
EST:     AAGTCACTAGGCGAATGGGTGCAGGAATGGCAAAATTTATATGCAAAGAG                         GTTGAAACTGTTGATGACTATGACGAGTATTGTCACTATGTAGCTGGGCTA
genomic: AAGTCACTAGGCGAATGGGTGCAGGAATGGCAAAATTTATATGCAAAGAGgtatgttaac ... ttttatttagGTTGAAACTGTTGATGACTATGACGAGTATTGTCACTATGTAGCTGGGCTA
EST: gi|74240348|gb|DT648262.1|DT648262
EST:     AAGTCACTAGGCGAATGGGTGCAGGAATGGCAAAATTTATATGCAAAGAG                         GTTGAAACTGTTGATGACTATGACGAG
genomic: AAGTCACTAGGCGAATGGGTGCAGGAATGGCAAAATTTATATGCAAAGAGgtatgttaac ... ttttatttagGTTGAAACTGTTGATGACTATGACGAG
EST: gi|149000700|gb|EE037914.2|EE037914
EST:     AAGTCACTAGGCGAATGGGTGCAGGAATGGCAAAATTTATATGCAAAGAG                         GTTGAAACTGTTGATGACTATGACGAGTATTGTCACTATGTAGCTGGGCTA
genomic: AAGTCACTAGGCGAATGGGTGCAGGAATGGCAAAATTTATATGCAAAGAGgtatgttaac ... ttttatttagGTTGAAACTGTTGATGACTATGACGAGTATTGTCACTATGTAGCTGGGCTA
EST: gi|148941371|gb|EC886282.2|EC886282
EST:     AAGTCACTAGGCGAATGGGTGCAGGAATGGCAAAATTTATATGCAAAGAG                         GTTGAAACTGTTGATGACTATGACGAGTATTGTCACTATGTAGCTGGGCTA
genomic: AAGTCACTAGGCGAATGGGTGCAGGAATGGCAAAATTTATATGCAAAGAGgtatgttaac ... ttttatttagGTTGAAACTGTTGATGACTATGACGAGTATTGTCACTATGTAGCTGGGCTA
EST: gi|85152394|gb|DW587719.1|DW587719
EST:     AAGTCACTAGGCGAATGGGTGCAGGAATGGCAAAATTTATATGCAAAGAG                         GTTGAAACTGTTGATGACTATGACGAGTATTGTCACTATGTAGCTGGGCTA
genomic: AAGTCACTAGGCGAATGGGTGCAGGAATGGCAAAATTTATATGCAAAGAGgtatgttaac ... ttttatttagGTTGAAACTGTTGATGACTATGACGAGTATTGTCACTATGTAGCTGGGCTA
EST: gi|148954555|gb|EC899993.2|EC899993
EST:     AAGTCACTAGGCGAATGGGTGCAGGAATGGCAAAATTTATATGCAAAGAG                         GTTGAAACTGTTGATGACTATGACGAGTATTGTCACTATGTAGCTGGGCTA
genomic: AAGTCACTAGGCGAATGGGTGCAGGAATGGCAAAATTTATATGCAAAGAGgtatgttaac ... ttttatttagGTTGAAACTGTTGATGACTATGACGAGTATTGTCACTATGTAGCTGGGCTA
EST: gi|149010292|gb|EE042121.2|EE042121
EST:     AAGTCACTAGGCGAATGGGTGCAGGAATGGCAAAATTTATATGCAAAGAG                         GTTGAAACTGTTGATGACTATGACGAGTATTGTCACTATGTAGCTGGGCTA
genomic: AAGTCACTAGGCGAATGGGTGCAGGAATGGCAAAATTTATATGCAAAGAGgtatgttaac ... ttttatttagGTTGAAACTGTTGATGACTATGACGAGTATTGTCACTATGTAGCTGGGCTA
EST: gi|9953064|gb|BE639647.1|BE639647
EST:     TGGGTGCAGGAATGGCAAAATTTATATGCAAAGAG                         GTTGAAACTGTTGATGACTATGATGAGTATTGTCACTATGTAGCTGGGCTA
genomic: TGGGTGCAGGAATGGCAAAATTTATATGCAAAGAGgtatgttaac ... ttttatttagGTTGAAACTGTTGATGACTATGACGAGTATTGTCACTATGTAGCTGGGCTA
EST: gi|211235615|gb|FL131351.1|FL131351
EST:     AAGTCACTAGGCGAATGGGTGCAGGAATGGCATAATTTATATGCAAAGAG                         GTTGAAACTGTTGATGACTATGACGAGTATTGTCACTATGTAGCTGGGCTA
genomic: AAGTCACTAGGCGAATGGGTGCAGGAATGGCAAAATTTATATGCAAAGAGgtatgttaac ... ttttatttagGTTGAAACTGTTGATGACTATGACGAGTATTGTCACTATGTAGCTGGGCTA
EST: gi|148940819|gb|EC885646.2|EC885646
EST:     AAGTCACTAGGCGAATGGGTGCAGGAATGGCAAAATTTATATGCAAAGAG                         GTTGAAACTGTTGATGACTATGACGAGTATTGTCACTATGTAGCTGGGCTA
genomic: AAGTCACTAGGCGAATGGGTGCAGGAATGGCAAAATTTATATGCAAAGAGgtatgttaac ... ttttatttagGTTGAAACTGTTGATGACTATGACGAGTATTGTCACTATGTAGCTGGGCTA

RNA-Seq data


 ATGC   Supported by RNA-Seq exonic block that spans over the splice site

 atgs   Truncated intron sequence

Each block is as long as the maximal overhang of any read spanning the junction.
The score is the number of alignments spanning the junction.


Found data for 4 RNA-Seq libraries.


Block sizes: 49 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 197

TTACCAAAAGGCAATAGAAGAAGTCACTAGGCGAATGGGTGCAGGAATGGCAAAATTTATATGCAAAGAGgtatgttaac ... ttttatttagGTTGAAACTGTTGATGACTATGACGAGTATTGTCACTATGTAGCTGGGCTAGTTGGTTATGGACTTTCCAGGCTCTTCTATGCTGCTGGGACGGAAGATC


Block sizes: 48 (upstream exon), 48 (downstream exon)
Score: 78

TTACCAAAAGGCAATAGAAGAAGTCACTAGGCGAATGGGTGCAGGAATGGCAAAATTTATATGCAAAGAGgtatgttaac ... ttttatttagGTTGAAACTGTTGATGACTATGACGAGTATTGTCACTATGTAGCTGGGCTAGTTGGTTATGGACTTTCCAGGCTCTTCTATGCTGCTGGGACGGAAGATC


Block sizes: 49 (upstream exon), 48 (downstream exon)
Score: 85

TTACCAAAAGGCAATAGAAGAAGTCACTAGGCGAATGGGTGCAGGAATGGCAAAATTTATATGCAAAGAGgtatgttaac ... ttttatttagGTTGAAACTGTTGATGACTATGACGAGTATTGTCACTATGTAGCTGGGCTAGTTGGTTATGGACTTTCCAGGCTCTTCTATGCTGCTGGGACGGAAGATC


Block sizes: 49 (upstream exon), 48 (downstream exon)
Score: 138

TTACCAAAAGGCAATAGAAGAAGTCACTAGGCGAATGGGTGCAGGAATGGCAAAATTTATATGCAAAGAGgtatgttaac ... ttttatttagGTTGAAACTGTTGATGACTATGACGAGTATTGTCACTATGTAGCTGGGCTAGTTGGTTATGGACTTTCCAGGCTCTTCTATGCTGCTGGGACGGAAGATC


Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
TTACCAAAAGGCAATAGAAGAAGTCACTAGGCGAATGGGTGCAGGAATGGCAAAATTTATATGCAAAGAGgtatgttaacatgtatccattaaagtatcctagcaatcgctgttctaatataaataaactataaggttttttatactgttgaaccattgttatggtatgt

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCAAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -aaataaac