1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' |
CTATGGAAGCGGAAAAGAAGATAGCCCTCTATGTGATGTGCCTGGATTTGAAAACACTAGAATGAAACTCCTGAGACATGTTTCTTTTGTTGATTGCCCGgtatgataaagtatttaccacttttcttgtagcattattctgttgcattagtgtttaaatatcccgggcctaattatattgtacctaccacctaaatcct...
species | Zea mays |
transcript | GRMZM2G107654_T01 |
intron # | 5 |
splice site | 5' |
intron type | U2 |
EST: AAAACACTAGAATGAAACTCCTGAGACATGTTTCTTTTGTTGATTGCCCG GGACACGACATTCTCATGGCTACAATGCTTAATGGAGCTGCTATCATGGATEST: gi|31405821|gb|CD484553.1|CD484553
genomic: AAAACACTAGAATGAAACTCCTGAGACATGTTTCTTTTGTTGATTGCCCGgtatgataaa ... ccttgaatagGGACACGACATTCTCATGGCTACAATGCTTAATGGAGCTGCTATCATGGAT
EST: AAAACACTAGAATGAAACTCCTGAGACATGTTTCTTTTGTTGATTGCCCG GGACACGACATTCTCATGGCTACAATGCTTAATGGAGCTGCTATCATGGATEST: gi|60351762|gb|DN218735.1|DN218735
genomic: AAAACACTAGAATGAAACTCCTGAGACATGTTTCTTTTGTTGATTGCCCGgtatgataaa ... ccttgaatagGGACACGACATTCTCATGGCTACAATGCTTAATGGAGCTGCTATCATGGAT
EST: AAAACACTAGAATGAAACTCCTGAGACATGTTTCTTTTGTTGATTGCCCG GGACACGACATTCTCATGGCTACAATGCTTAATGGAGCTGCTATCATGGATEST: gi|33094733|gb|CF054727.1|CF054727
genomic: AAAACACTAGAATGAAACTCCTGAGACATGTTTCTTTTGTTGATTGCCCGgtatgataaa ... ccttgaatagGGACACGACATTCTCATGGCTACAATGCTTAATGGAGCTGCTATCATGGAT
EST: AGACATGTTTCTTTTGTTGATTGCCCG GGACACGACATTCTCATGGCTACAATGCTTAATGGAGCTGCTATCATGGATEST: gi|211512791|gb|FL351608.1|FL351608
genomic: AGACATGTTTCTTTTGTTGATTGCCCGgtatgataaa ... ccttgaatagGGACACGACATTCTCATGGCTACAATGCTTAATGGAGCTGCTATCATGGAT
EST: AWACACTAGAATGAAWCTCCTGAGACATGTTTCTTTTGTTGATTGCCTCG GGACACGACATTCTCATEST: gi|32934438|gb|CF039250.1|CF039250
genomic: AAACACTAGAATGAAACTCCTGAGACATGTTTCTTTTGTTGATTGCC-CGgtatgataaa ... ccttgaatagGGACACGACATTCTCAT
EST: TTGTTGATTGCCCG GGACACGACATTCTCATGGCTACAATGCTTAATGGAGCTGCTATCATGGATEST: gi|32906939|gb|CF011752.1|CF011752
genomic: TTGTTGATTGCCCGgtatgataaa ... ccttgaatagGGACACGACATTCTCATGGCTACAATGCTTAATGGAGCTGCTATCATGGAT
EST: AGAACACTAGAATGAAACTCCTGAGACATGTTTCTTTTGTTGATTGCCCG GGACACGACATTCTCATGGCTACAATGCTTAATGGAGCTGCTATCATGGATEST: gi|22491498|gb|BU051421.1|BU051421
genomic: AAAACACTAGAATGAAACTCCTGAGACATGTTTCTTTTGTTGATTGCCCGgtatgataaa ... ccttgaatagGGACACGACATTCTCATGGCTACAATGCTTAATGGAGCTGCTATCATGGAT
EST: AGAACACTAGAATGAAACTCCTGAGACATGTTTCTTTTGTTGATTGCCCG GGACACGACATTCTCATGGCTACAATGCTTAATGGAGCTGCTATCATGGATEST: gi|19272597|gb|BM888853.1|BM888853
genomic: AAAACACTAGAATGAAACTCCTGAGACATGTTTCTTTTGTTGATTGCCCGgtatgataaa ... ccttgaatagGGACACGACATTCTCATGGCTACAATGCTTAATGGAGCTGCTATCATGGAT
EST: AGAACACTAGAATGAAACTCCTGAGACATGTTTCTTTTGTTGATTGCCCG GGACACGACATTCTCATGGCTACAATGCTTAATGGAGCTGCTATCATGGATEST: gi|22473004|gb|BU037484.1|BU037484
genomic: AAAACACTAGAATGAAACTCCTGAGACATGTTTCTTTTGTTGATTGCCCGgtatgataaa ... ccttgaatagGGACACGACATTCTCATGGCTACAATGCTTAATGGAGCTGCTATCATGGAT
EST: AAAACACTAGAATGAAACTCCTGAGACATGTTTCTTTTGTTGATTGCCCG GGACACGACATTCTCATGGEST: gi|211255911|gb|FL358702.1|FL358702
genomic: AAAACACTAGAATGAAACTCCTGAGACATGTTTCTTTTGTTGATTGCCCGgtatgataaa ... ccttgaatagGGACACGACATTCTCATGG
EST: AAAACACTAGAATGAAACTCCTGAGACATGTTTCTTTTGTTGATTGCCCG GGACACGACATTCTCATGGCTACAATGCTTAATGGAGCTGCTATCATGGATEST: gi|91876669|gb|EB406626.1|EB406626
genomic: AAAACACTAGAATGAAACTCCTGAGACATGTTTCTTTTGTTGATTGCCCGgtatgataaa ... ccttgaatagGGACACGACATTCTCATGGCTACAATGCTTAATGGAGCTGCTATCATGGAT
EST: AAAACACTAGAATGAAACTCCTGAGACATGTTTCTTTTGTTGATTGCCCG GGACACGACATTCTCATGGCTACAATGCTTAATGGAGCTGCTATCATGGATEST: gi|78103988|gb|DV522406.1|DV522406
genomic: AAAACACTAGAATGAAACTCCTGAGACATGTTTCTTTTGTTGATTGCCCGgtatgataaa ... ccttgaatagGGACACGACATTCTCATGGCTACAATGCTTAATGGAGCTGCTATCATGGAT
EST: AAAACACTAGAATGAAACTCCTGAGACATGTTTCTTTTGTTGATTGCCCG GGACACGACATTCTCATGGCTACAATGCTTAATGGAGCTGCTATCATGGATEST: gi|5268487|gb|AI770451.1|AI770451
genomic: AAAACACTAGAATGAAACTCCTGAGACATGTTTCTTTTGTTGATTGCCCGgtatgataaa ... ccttgaatagGGACACGACATTCTCATGGCTACAATGCTTAATGGAGCTGCTATCATGGAT
EST: AAAACACTAGAATGAAACTCCTGAGACATGTTTCTTTTGTTGATTGCCCG GGACACGACATTCTCATGGCTACAATGCTTAATGGAGCTGCTATCATGGATEST: gi|32930144|gb|CF034956.1|CF034956
genomic: AAAACACTAGAATGAAACTCCTGAGACATGTTTCTTTTGTTGATTGCCCGgtatgataaa ... ccttgaatagGGACACGACATTCTCATGGCTACAATGCTTAATGGAGCTGCTATCATGGAT
EST: AGAACACTAGAATGAAACTCCTGAGACATGTTTCTTTTGTTGATTGCCCG GGACACGACATTCTCATGGCTACAATGCTTAATGGAGCTGCTATCATGGATEST: gi|22473323|gb|BU037803.1|BU037803
genomic: AAAACACTAGAATGAAACTCCTGAGACATGTTTCTTTTGTTGATTGCCCGgtatgataaa ... ccttgaatagGGACACGACATTCTCATGGCTACAATGCTTAATGGAGCTGCTATCATGGAT
EST: AAAACACTAGAATGAAACTCCTGAGACATGTTTCTTTTGTTGATTGCCCG GGACACGACATTCTCATGGCTAEST: gi|21390140|gb|BQ528189.1|BQ528189
genomic: AAAACACTAGAATGAAACTCCTGAGACATGTTTCTTTTGTTGATTGCCCGgtatgataaa ... ccttgaatagGGACACGACATTCTCATGGCTA
EST: AAAACACTAGAATGAAACTCCTGAGACATGTTTCTTTTGTTGATTGCCCG GGACACGACATTCTCATGGCTACAATGCTTAATGGAGCTGCTATCATGGATEST: gi|21987148|gb|BQ778676.1|BQ778676
genomic: AAAACACTAGAATGAAACTCCTGAGACATGTTTCTTTTGTTGATTGCCCGgtatgataaa ... ccttgaatagGGACACGACATTCTCATGGCTACAATGCTTAATGGAGCTGCTATCATGGAT
EST: AAAACACTAGAATGAAACTCCTGAGACATGTTTCTTTTGTTGATTGCCCG GGACACGACATTCTCATGGCTACAATGCTTAATGGAGCTGCTATCATGGATEST: gi|32909292|gb|CF014104.1|CF014104
genomic: AAAACACTAGAATGAAACTCCTGAGACATGTTTCTTTTGTTGATTGCCCGgtatgataaa ... ccttgaatagGGACACGACATTCTCATGGCTACAATGCTTAATGGAGCTGCTATCATGGAT
EST: AGAACACTAGAATGAAACTCCTGAGACATGTTTCTTTTGTTGATTGCCCG GGACACGACATTCTCATGGCTACAATGCTTAATGGAGCTGCTATCATGGATEST: gi|22520926|gb|BU079737.1|BU079737
genomic: AAAACACTAGAATGAAACTCCTGAGACATGTTTCTTTTGTTGATTGCCCGgtatgataaa ... ccttgaatagGGACACGACATTCTCATGGCTACAATGCTTAATGGAGCTGCTATCATGGAT
EST: AAAACACTAGAATGAAACTCCTGAGACATGTTTCTTTTGTTGATTGCCCG GGACACGACATTCTCATGGCTACAATGCTTAATGGAGCTGCTATCATGGATEST: gi|21331715|gb|BQ487096.1|BQ487096
genomic: AAAACACTAGAATGAAACTCCTGAGACATGTTTCTTTTGTTGATTGCCCGgtatgataaa ... ccttgaatagGGACACGACATTCTCATGGCTACAATGCTTAATGGAGCTGCTATCATGGAT
EST: AAAACACTAGAATGAAACTCCTGAGACATGTTTCTTTTGTTGATTGCCCG GGACACGACATTCTCATGGCTACAATGCTTAATGGAGCTGCTATCATGGATEST: gi|60397288|gb|DN230104.1|DN230104
genomic: AAAACACTAGAATGAAACTCCTGAGACATGTTTCTTTTGTTGATTGCCCGgtatgataaa ... ccttgaatagGGACACGACATTCTCATGGCTACAATGCTTAATGGAGCTGCTATCATGGAT
EST: AAAACACTAGAATGAAACTCCTGAGACATGTTTCTTTTGTTGATTGCCCG GGACACGACATTCTCATGGCTACAATGCTTAATGGAGCTGCTATCATGGATEST: gi|87151873|gb|DY396662.1|DY396662
genomic: AAAACACTAGAATGAAACTCCTGAGACATGTTTCTTTTGTTGATTGCCCGgtatgataaa ... ccttgaatagGGACACGACATTCTCATGGCTACAATGCTTAATGGAGCTGCTATCATGGAT
EST: AGAACACTAGAATGAAACTCCTGAGACATGTTTCTTTTGTTGATTGCCCG GGACACGACATTCTCATGGCTACAATGCTTAATGGAGCTGCTATCATGGATEST: gi|19351461|gb|BM895993.1|BM895993
genomic: AAAACACTAGAATGAAACTCCTGAGACATGTTTCTTTTGTTGATTGCCCGgtatgataaa ... ccttgaatagGGACACGACATTCTCATGGCTACAATGCTTAATGGAGCTGCTATCATGGAT
EST: AGAACACTAGAATGAAACTCCTGAGACATGTTTCTTTTGTTGATTGCCCG GGACACGACATTCTCATGGCTACAATGCTTAATGGAGCTGCTATCATGGATEST: gi|14646048|gb|BI180237.1|BI180237
genomic: AAAACACTAGAATGAAACTCCTGAGACATGTTTCTTTTGTTGATTGCCCGgtatgataaa ... ccttgaatagGGACACGACATTCTCATGGCTACAATGCTTAATGGAGCTGCTATCATGGAT
EST: AAAACACTAGAATGAAACTCCTGAGACATGTTTCTTTTGTTGATTGCCCG GGACACGACATTCTCATGGCTACAATGCTTAATGGAGCTGCTATCATGGATEST: gi|21891495|gb|BQ744708.1|BQ744708
genomic: AAAACACTAGAATGAAACTCCTGAGACATGTTTCTTTTGTTGATTGCCCGgtatgataaa ... ccttgaatagGGACACGACATTCTCATGGCTACAATGCTTAATGGAGCTGCTATCATGGAT
EST: AAAACACTAGAATGAAACTCCTGAGACATGTTTCTTTTGTTGATTGCCCG GGACACGACATTCTCATGGCTACAATGCTTAATGGAGCTGCTATCATGGATEST: gi|211223722|gb|FL287027.1|FL287027
genomic: AAAACACTAGAATGAAACTCCTGAGACATGTTTCTTTTGTTGATTGCCCGgtatgataaa ... ccttgaatagGGACACGACATTCTCATGGCTACAATGCTTAATGGAGCTGCTATCATGGAT
EST: AAAACACTAGAATGAAACTCCTGAGACATGTTTCTTTTGTTGATTGCCCG GGACACGACATTCTCATGGCTACAATGCTTAATGGAGCTGCTATCATGGATEST: gi|22542245|gb|BU092683.1|BU092683
genomic: AAAACACTAGAATGAAACTCCTGAGACATGTTTCTTTTGTTGATTGCCCGgtatgataaa ... ccttgaatagGGACACGACATTCTCATGGCTACAATGCTTAATGGAGCTGCTATCATGGAT
EST: AAAACACTAGAATGAAACTCCTGAGACATGTTTCTTTTGTTGATTGCCCG GGACACGACATTCTCATGGCTACAATGCTTAATGGAGCTGCTATCATGGAT
genomic: AAAACACTAGAATGAAACTCCTGAGACATGTTTCTTTTGTTGATTGCCCGgtatgataaa ... ccttgaatagGGACACGACATTCTCATGGCTACAATGCTTAATGGAGCTGCTATCATGGAT
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| CTATGGAAGCGGAAAAGAAGATAGCCCTCTATGTGATGTGCCTGGATTTGAAAACACTAGAATGAAACTCCTGAGACATGTTTCTTTTGTTGATTGCCCGgtatgataaagtatttaccacttttcttgtagcattattctgttgcattagtgtttaaatatcccgggcctaattatattgtacctaccacctaaatcct
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -cctaccac