Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

TTCTTTTATACCAAGCCCTAGGTGGCAAAGTCCTTCAAATTATGCACCAATGGTTGTACCTCATGGCCTTGTCCAAGTGCCGAGCTGGAATTCATATCCTgtaagttcatttggtatagtaatgcaatgtaaattttacaattacaaagcaatcacatttatcattttccttcaaaagtttattaaacgatgagtctcta...

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G107491_T03
intron # 5
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM2G107491_T03 (Zea mays), 5'ss of exon 5
lower sequence: LOC_Os01g68860.3 (Oryza sativa), 5'ss of exon 4
TTCTTTTATACCAAGCCCTAGGTGGCAAAGTCCTTCAAATTATGCACCAATGGTTGTACCTCATGGCCTTGTCCAAGTGCCGAGCTGGAATTCATATCCTgtaagttcatttggtatagtaatgcaatgtaaattttacaattacaaagcaatcacatttatcattttccttcaaaag--tttattaaacgatgagtctcta
||||||||| ||||||||||| ||||| | ||| |||||||||||||| ||| ||||||| || || ||||| ||||| || |||||||| |||||| ||||||| ||||||  | |   | |   ||  | || |       ||       || || | ||   ||   | |    |  || ||     | | | |  |||
TTCTTTTATTCCAAGCCCTAGATGGCAGAATCCCTCAAATTATGCACCGATGATTGTACCGCAAGGTCTTGTTCAAGTACCAAGCTGGAACTCATATACTgtaagatcatttcttctcacagtc--atagacatatagtggagacgtgattttcccaatcatggattgtttacgttggctttcatgctctgttaatttccta
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|32842295|gb|CD981976.1|CD981976
EST:     ACCTCATGGCCTTGTCCAAGTGCCGAGCTGGAATTCATATCCT                         GGTCAGCTGCAGTCACCTGGGGCTCAACAAACTTATGGAAGTTCACAACAA
genomic: ACCTCATGGCCTTGTCCAAGTGCCGAGCTGGAATTCATATCCTgtaagttcat ... atcttctcagGGTCAGCTGCAGTCACCTGGGGCTCAACAAACTTATGGAAGTTCACAACAA
EST: gi|32839671|gb|CD979352.1|CD979352
EST:     ACCTCATGGCCTTGTCCAAGTGCCGAGCTGGAATTCATATCCT                         GGTCAGCTGCAGTCACCTGGGGCTCAACAAACTTATGGAAGTTCACAACAA
genomic: ACCTCATGGCCTTGTCCAAGTGCCGAGCTGGAATTCATATCCTgtaagttcat ... atcttctcagGGTCAGCTGCAGTCACCTGGGGCTCAACAAACTTATGGAAGTTCACAACAA
EST: gi|32920955|gb|CF025767.1|CF025767
EST:     ACCTCATGGCCTTGTCCAAGTGCCGAGCTGGAATTCATATCCT                         GGTCAGCTGCAGTCACCTGGGGCTCAACAAACTTATGGAAGTTCACAACAA
genomic: ACCTCATGGCCTTGTCCAAGTGCCGAGCTGGAATTCATATCCTgtaagttcat ... atcttctcagGGTCAGCTGCAGTCACCTGGGGCTCAACAAACTTATGGAAGTTCACAACAA
EST: gi|32842543|gb|CD982224.1|CD982224
EST:     GTACCTCATGGCCTTGTCCAAGTGCCGAGCTGGAATTCATATCCT                         GGTCAGCTGCAGTCACCTGGGGCTCAACAAACTTATGGAAGTTCACAACAA
genomic: GTACCTCATGGCCTTGTCCAAGTGCCGAGCTGGAATTCATATCCTgtaagttcat ... atcttctcagGGTCAGCTGCAGTCACCTGGGGCTCAACAAACTTATGGAAGTTCACAACAA
EST: gi|24934304|gb|CA452522.1|CA452522
EST:     GTACCTCATGGCCTTGTCCAAGTGCCGAGCTGGAATTCATATCCT                         GGTCAGCTGCAGTCACCTGGGGCTCAACAAACTTATGGAAGTTCACAACAA
genomic: GTACCTCATGGCCTTGTCCAAGTGCCGAGCTGGAATTCATATCCTgtaagttcat ... atcttctcagGGTCAGCTGCAGTCACCTGGGGCTCAACAAACTTATGGAAGTTCACAACAA
EST: gi|211087415|gb|FL153990.1|FL153990
EST:     TGGTTGTACCTCATGGCCTTGTCCAAGTGCCGAGCTGGAATTCATATCCT                         GGTCAGCTGCAGTCACCTGGGGCTCAACAAACTTATGGAAGTTCACAACAA
genomic: TGGTTGTACCTCATGGCCTTGTCCAAGTGCCGAGCTGGAATTCATATCCTgtaagttcat ... atcttctcagGGTCAGCTGCAGTCACCTGGGGCTCAACAAACTTATGGAAGTTCACAACAA
EST: gi|32921366|gb|CF026178.1|CF026178
EST:     ACCTCATGGCCTTGTCCAAGTGCCGAGCTGGAATTCATATCCT                         GGTCAGCTGCAGTCACCTGGGGCTCAACAAACTTATGGAAGTTCACAACAA
genomic: ACCTCATGGCCTTGTCCAAGTGCCGAGCTGGAATTCATATCCTgtaagttcat ... atcttctcagGGTCAGCTGCAGTCACCTGGGGCTCAACAAACTTATGGAAGTTCACAACAA
EST: gi|76290171|gb|DV029739.1|DV029739
EST:     TGGTTGTACCTCATGGCCTTGTCCAAGTGCCGAGCTGGAATTCATATCCT                         GGTCAGCTGCAGTCACCTGGGGCTCAACAAACTTATGGAAGTTCACAACAA
genomic: TGGTTGTACCTCATGGCCTTGTCCAAGTGCCGAGCTGGAATTCATATCCTgtaagttcat ... atcttctcagGGTCAGCTGCAGTCACCTGGGGCTCAACAAACTTATGGAAGTTCACAACAA
EST: gi|32921013|gb|CF025825.1|CF025825
EST:     GTACCTCATGGCC-TGTCCAAGTGCCGAGCTGGAATTCATATCCT                         GGTCAGCTGCAGTCACCTGGGGCTCAACAAACTTATGGAAGTTCACAACAA
genomic: GTACCTCATGGCCTTGTCCAAGTGCCGAGCTGGAATTCATATCCTgtaagttcat ... atcttctcagGGTCAGCTGCAGTCACCTGGGGCTCAACAAACTTATGGAAGTTCACAACAA
EST: gi|32839512|gb|CD979193.1|CD979193
EST:     ACCTCATGGCCTTGTCCAAGTGCCGAGCTGGAATTCATATCCT                         GGTCAGCTGCAGTCACCTGGGGCTCAACAAACTTATGGAAGTTCACAACAA
genomic: ACCTCATGGCCTTGTCCAAGTGCCGAGCTGGAATTCATATCCTgtaagttcat ... atcttctcagGGTCAGCTGCAGTCACCTGGGGCTCAACAAACTTATGGAAGTTCACAACAA
EST: gi|32920651|gb|CF025463.1|CF025463
EST:     ACCTCATGGCCTTGTCCAAGTGCCGAGCTGGAATTCATATCCT                         GGTCAGCTGCAGTCACCTGGGGCTCAACAAACTTATGGAAGTTCACAACAA
genomic: ACCTCATGGCCTTGTCCAAGTGCCGAGCTGGAATTCATATCCTgtaagttcat ... atcttctcagGGTCAGCTGCAGTCACCTGGGGCTCAACAAACTTATGGAAGTTCACAACAA

Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
TTCTTTTATACCAAGCCCTAGGTGGCAAAGTCCTTCAAATTATGCACCAATGGTTGTACCTCATGGCCTTGTCCAAGTGCCGAGCTGGAATTCATATCCTgtaagttcatttggtatagtaatgcaatgtaaattttacaattacaaagcaatcacatttatcattttccttcaaaagtttattaaacgatgagtctcta

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  GCTGGA