Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

GCATGTAACAGTCAAGGGATATGTTATGTGCCACTGTATGACACCCTCGgtaggttctccacttcatcacaatgcctggaacacataaataatgcctggatgcaccgaattctcatatctacgcacatcgtgtttatgaaaaatcatat...

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G104847_T01
intron # 5
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM2G104847_T01 (Zea mays), 5'ss of exon 5
lower sequence: LOC_Os11g35400.4 (Oryza sativa), 5'ss of exon 5
GCATGTAACAGTCAAGGGATATGTTATGTGCCACTGTATGACACCCTCGgtaggttctccacttcatca-caatgcctggaacacataaataa-tgcctggatgcaccgaattctcatatc----------tacgcacat-cgtgtttatgaaaa--atcatat----------------------------------------------------------------------------------
|| || ||||| ||||| ||||| ||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||   ||  |  |  | ||     ||| ||| |  |   || ||||||  ||||     ||           ||   | || | | ||||| ||||   ||| ||                                                                                  
GCTTGCAACAGCCAAGGAATATGCTATGTTCCACTGTATGACACCCTTGgtaggttctccatgccacaaataccgactcactaacaaaaacagctatgtgaatgcacataatttaagaataaaacatgaagtaaaaaaatacatctttataaaaatgctcagataaaacaagcattatccgtggtatctgttagtgtactttataatgtagcactgactggttcagtgccttcaaataaattgcag
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|22542184|gb|BU092622.1|BU092622
EST:     GCATGTAACAGTCAAGGGATATGTTATGTGCCACTGTATGACACCCTCG                         GAGCTAAAGCTGTTGAATTCATCATGTACCATGCTGAGATATCCATTGCCT
genomic: GCATGTAACAGTCAAGGGATATGTTATGTGCCACTGTATGACACCCTCGgtaggttctc ... cacaatgcagGAGCTAAAGCTGTTGAATTCATCATGTACCATGCTGAGATATCCATTGCCT
EST: gi|148958443|gb|EC904677.2|EC904677
EST:     GCATGTAACAGTCAAGGGATATGTTATGTGCCACTGTATGACACCCTCG                         GAGCTAAAGCTGTTGAATTCATCATGTACCATGCTGAGATATCCATTGCCT
genomic: GCATGTAACAGTCAAGGGATATGTTATGTGCCACTGTATGACACCCTCGgtaggttctc ... cacaatgcagGAGCTAAAGCTGTTGAATTCATCATGTACCATGCTGAGATATCCATTGCCT
EST: gi|148995832|gb|EE035067.2|EE035067
EST:     GCATGTAACAGTCAAGGGATATGTTATGTGCCACTGTATGACACCCTCG                         GAGCTAAAGCTGTTGAATTCATCATGTACCATGCTGAGATATCCATTGCCT
genomic: GCATGTAACAGTCAAGGGATATGTTATGTGCCACTGTATGACACCCTCGgtaggttctc ... cacaatgcagGAGCTAAAGCTGTTGAATTCATCATGTACCATGCTGAGATATCCATTGCCT
EST: gi|211174084|gb|FL129199.1|FL129199
EST:     GCATGTAACAGTCAAGGGATATGTTATGTGCCACTGTATGACACCCTCG                         GAGCTAAAGCTGTTGAATTCATCATGTACCATGCTGAGATATCCATTGCCT
genomic: GCATGTAACAGTCAAGGGATATGTTATGTGCCACTGTATGACACCCTCGgtaggttctc ... cacaatgcagGAGCTAAAGCTGTTGAATTCATCATGTACCATGCTGAGATATCCATTGCCT
EST: gi|211345429|gb|FL132812.1|FL132812
EST:     GCATGTAACAGTCAAGGGATATGTTATGTGCCACTGTATGACACCCTCG                         GAGCTAAAGCTGTTGAATTCATCAAGTACCATGCTGAGATATCCATTGCCT
genomic: GCATGTAACAGTCAAGGGATATGTTATGTGCCACTGTATGACACCCTCGgtaggttctc ... cacaatgcagGAGCTAAAGCTGTTGAATTCATCATGTACCATGCTGAGATATCCATTGCCT
EST: gi|149076511|gb|EE165137.2|EE165137
EST:     GCATGTAACAGTCAAGGGATATGTTATGTGCCACTGTATGACACCCTCG                         GAGCTAAAGCTGTTGAATTCATCATGTACCATGCTGAGATATCCATTGCCT
genomic: GCATGTAACAGTCAAGGGATATGTTATGTGCCACTGTATGACACCCTCGgtaggttctc ... cacaatgcagGAGCTAAAGCTGTTGAATTCATCATGTACCATGCTGAGATATCCATTGCCT
EST: gi|87157287|gb|DY402076.1|DY402076
EST:     GCATGTAACAGTCAAGGGATATGTTATGTGCCACTGTATGACACCCTCG                         GAGCTAAAGCTGTTGAATTCATCATGTACCATGCTGAGATATCCATTGCCT
genomic: GCATGTAACAGTCAAGGGATATGTTATGTGCCACTGTATGACACCCTCGgtaggttctc ... cacaatgcagGAGCTAAAGCTGTTGAATTCATCATGTACCATGCTGAGATATCCATTGCCT
EST: gi|211174085|gb|FL129200.1|FL129200
EST:     GCATGTAACAGTCAAGGGATATGTTATGTGCCACTGTATGACACCCTCG                         GAGCTAAAGCTGTTGAATTCATCATGTACCATGCTGAGATATCCATTGCCT
genomic: GCATGTAACAGTCAAGGGATATGTTATGTGCCACTGTATGACACCCTCGgtaggttctc ... cacaatgcagGAGCTAAAGCTGTTGAATTCATCATGTACCATGCTGAGATATCCATTGCCT
EST: gi|149086279|gb|EE175820.2|EE175820
EST:     GCATGTAACAGTCAAGGGATATGTTATGTGCCACTGTATGACACCCTCG                         GAGCTAAAGCTGTTGAATTCATCATGTACCATGCTGAGATATCCATTGCCT
genomic: GCATGTAACAGTCAAGGGATATGTTATGTGCCACTGTATGACACCCTCGgtaggttctc ... cacaatgcagGAGCTAAAGCTGTTGAATTCATCATGTACCATGCTGAGATATCCATTGCCT
EST: gi|149107582|gb|EE189463.2|EE189463
EST:     GCATGTAACAGTCAAGGGATATGTTATGTGCCACTGTATGACACCCTCG                         GAGCTAAAGCTGTTGAATTCATCATGTACCATGCTGAGATATCCATTGCCT
genomic: GCATGTAACAGTCAAGGGATATGTTATGTGCCACTGTATGACACCCTCGgtaggttctc ... cacaatgcagGAGCTAAAGCTGTTGAATTCATCATGTACCATGCTGAGATATCCATTGCCT
EST: gi|71430909|gb|DR811959.1|DR811959
EST:     GCATGTAACAGTCAAGGGATATGTTATGTGCCACTGTATGACACCCTCG                         GAGCTAAAGCTGTTGAATTCATCATGTACCATGCTGAGATATCCATTGCCT
genomic: GCATGTAACAGTCAAGGGATATGTTATGTGCCACTGTATGACACCCTCGgtaggttctc ... cacaatgcagGAGCTAAAGCTGTTGAATTCATCATGTACCATGCTGAGATATCCATTGCCT
EST: gi|149073920|gb|EE162247.2|EE162247
EST:     GCATGTAACAGTCAAGGGATATGTTATGTGCCACTGTATGACACCCTCG                         GAGCTAAAGCTGTTGAATTCATCATGTACCATGCTGAGATATCCATTGCCT
genomic: GCATGTAACAGTCAAGGGATATGTTATGTGCCACTGTATGACACCCTCGgtaggttctc ... cacaatgcagGAGCTAAAGCTGTTGAATTCATCATGTACCATGCTGAGATATCCATTGCCT
EST: gi|149098382|gb|EE184358.2|EE184358
EST:     GCATGTAACAGTCAAGGGATATGTTATGTGCCACTGTATGACACCCTCG                         GAGCTAAAGCTGTTGAATTCATCATGTACCATGCTGAGATATCCATTGCCT
genomic: GCATGTAACAGTCAAGGGATATGTTATGTGCCACTGTATGACACCCTCGgtaggttctc ... cacaatgcagGAGCTAAAGCTGTTGAATTCATCATGTACCATGCTGAGATATCCATTGCCT
EST: gi|211174083|gb|FL129198.1|FL129198
EST:     GCATGTAACAGTCAAGGGATATGTTATGTGCCACTGTATGACACCCTCG                         GAGCTAAAGCTGTTGAATTCATCATGTACCATGCTGAGATATCCATTGCCT
genomic: GCATGTAACAGTCAAGGGATATGTTATGTGCCACTGTATGACACCCTCGgtaggttctc ... cacaatgcagGAGCTAAAGCTGTTGAATTCATCATGTACCATGCTGAGATATCCATTGCCT
EST: gi|148942583|gb|EC887602.2|EC887602
EST:     GCATGTAACAGTCAAGGGATATGTTATGTGCCACTGTATGACACCCTCG                         GAGCTAAAGCTGTTGAATTCATCATGTACCATGCTGAGATATCCATTGCCT
genomic: GCATGTAACAGTCAAGGGATATGTTATGTGCCACTGTATGACACCCTCGgtaggttctc ... cacaatgcagGAGCTAAAGCTGTTGAATTCATCATGTACCATGCTGAGATATCCATTGCCT
EST: gi|9254572|gb|BE345040.1|BE345040
EST:     GCATGTAACAGTCAAGGGATATGTTATGTGCCACTGTATGACACCCTCG                         GAGCTAAAGCTGTTGAATTCATCATGTACCATGCTGAGATATCCATTGCCT
genomic: GCATGTAACAGTCAAGGGATATGTTATGTGCCACTGTATGACACCCTCGgtaggttctc ... cacaatgcagGAGCTAAAGCTGTTGAATTCATCATGTACCATGCTGAGATATCCATTGCCT
EST: gi|211175752|gb|FL129203.1|FL129203
EST:     GCATGTAACAGTCAAGGGATATGTTATGTGCCACTGTATGACACCCTCG                         GAGCTAAAGCTGTTGAATTCATCATGTACCATGCTGAGATATCCATTGCCC
genomic: GCATGTAACAGTCAAGGGATATGTTATGTGCCACTGTATGACACCCTCGgtaggttctc ... cacaatgcagGAGCTAAAGCTGTTGAATTCATCATGTACCATGCTGAGATATCCATTGCC-
EST: gi|26559314|gb|CA831549.1|CA831549
EST:     GCATGTAACAGTCAAGGGATATGTTATGTGCCACTGTATGACACCCTCG                         GAGCTAAAGCTGTTGAATTCATCATGTACCATGCTGAGATATCCATTGCCT
genomic: GCATGTAACAGTCAAGGGATATGTTATGTGCCACTGTATGACACCCTCGgtaggttctc ... cacaatgcagGAGCTAAAGCTGTTGAATTCATCATGTACCATGCTGAGATATCCATTGCCT
EST: gi|211174080|gb|FL129195.1|FL129195
EST:     GCATGTAACAGTCAAGGGATATGTTATGTGCCACTGTATGACACCCTCG                         GAGCTAAAGCTGTTGAATTCATCATGTACCATGCTGAGATATCCATTGCCT
genomic: GCATGTAACAGTCAAGGGATATGTTATGTGCCACTGTATGACACCCTCGgtaggttctc ... cacaatgcagGAGCTAAAGCTGTTGAATTCATCATGTACCATGCTGAGATATCCATTGCCT
EST: gi|93282461|gb|EB674725.1|EB674725
EST:     GCATGTAACAGTCAAGGGATATGTTATGTGCCACTGTATGACACCCTCG                         GAGCTAAAGCTGTTGAATTCATCATGTACCATGCTGAGATATCCATTGCCT
genomic: GCATGTAACAGTCAAGGGATATGTTATGTGCCACTGTATGACACCCTCGgtaggttctc ... cacaatgcagGAGCTAAAGCTGTTGAATTCATCATGTACCATGCTGAGATATCCATTGCCT
EST: gi|149085816|gb|EE175338.2|EE175338
EST:     GCATGTAACAGTCAAGGGATATGTTATGTGCCACTGTATGACACCCTCG                         GAGCTAAAGCTGTTGAATTCATCATGTACCATGCTGAGATATCCATTGCCT
genomic: GCATGTAACAGTCAAGGGATATGTTATGTGCCACTGTATGACACCCTCGgtaggttctc ... cacaatgcagGAGCTAAAGCTGTTGAATTCATCATGTACCATGCTGAGATATCCATTGCCT
EST: gi|148970227|gb|EE021164.2|EE021164
EST:     GCATGTAACAGTCAAGGGATATGTTATGTGCCACTGTATGACACCCTCG                         GAGCTAAAGCTGTTGAATTCATCATGTACCATGCTGAGATATCCATTGCCT
genomic: GCATGTAACAGTCAAGGGATATGTTATGTGCCACTGTATGACACCCTCGgtaggttctc ... cacaatgcagGAGCTAAAGCTGTTGAATTCATCATGTACCATGCTGAGATATCCATTGCCT
EST: gi|211174082|gb|FL129197.1|FL129197
EST:     GCATGTAACAGTCAAGGGATATGTTATGTGCCACTGTATGACACCCTCG                         GAGCTAAAGCTGTTGAATTCATCATGTACCATGCTGAGATATCCATTGCCT
genomic: GCATGTAACAGTCAAGGGATATGTTATGTGCCACTGTATGACACCCTCGgtaggttctc ... cacaatgcagGAGCTAAAGCTGTTGAATTCATCATGTACCATGCTGAGATATCCATTGCCT
EST: gi|211174078|gb|FL129193.1|FL129193
EST:     GCATGTAACAGTCAAGGGATATGTTATGTGCCACTGTATGACACCCTCG                         GAGCTAAAGCTGTTGAATTCATCATGTACCATGCTGAGATATCCATTGCCT
genomic: GCATGTAACAGTCAAGGGATATGTTATGTGCCACTGTATGACACCCTCGgtaggttctc ... cacaatgcagGAGCTAAAGCTGTTGAATTCATCATGTACCATGCTGAGATATCCATTGCCT
EST: gi|211175750|gb|FL129201.1|FL129201
EST:     GCATGTAACAGTCAAGGGATATGTTATGTGCCACTGTATGACACCCTCG                         GAGCTAAAGCTGTTGAATTCATCATGTACCATGCTGAGATATCCATTGCCT
genomic: GCATGTAACAGTCAAGGGATATGTTATGTGCCACTGTATGACACCCTCGgtaggttctc ... cacaatgcagGAGCTAAAGCTGTTGAATTCATCATGTACCATGCTGAGATATCCATTGCCT
EST: gi|148999540|gb|EE036511.2|EE036511
EST:     GCATGTAACAGTCAAGGGATATGTTATGTGCCACTGTATGACACCCTCG                         GAGCTAAAGCTGTTGAATTCATCATGTACCATGCTGAGATATCCATTGCCT
genomic: GCATGTAACAGTCAAGGGATATGTTATGTGCCACTGTATGACACCCTCGgtaggttctc ... cacaatgcagGAGCTAAAGCTGTTGAATTCATCATGTACCATGCTGAGATATCCATTGCCT
EST: gi|211399266|gb|FL448654.1|FL448654
EST:     GCATGTAACAGTCAAGGGATATGTTATGTGCCACTGTATGACACCCTCG                         GAGCCTAAAGCTGTTGAATTCATCATGTACCATGCTGAGATATCCATTGCC
genomic: GCATGTAACAGTCAAGGGATATGTTATGTGCCACTGTATGACACCCTCGgtaggttctc ... cacaatgcagGAG-CTAAAGCTGTTGAATTCATCATGTACCATGCTGAGATATCCATTGCC
EST: gi|211347820|gb|FL132816.1|FL132816
EST:     GCATGTAACAGTCAAGGGATATGTTATGTGCCACTGTATGACACCCTCG                         GAGCTAAAGCTGTTGAATTCATCATGTACCATGCTGAGATATCCATTGCCT
genomic: GCATGTAACAGTCAAGGGATATGTTATGTGCCACTGTATGACACCCTCGgtaggttctc ... cacaatgcagGAGCTAAAGCTGTTGAATTCATCATGTACCATGCTGAGATATCCATTGCCT
EST: gi|76283292|gb|DV022860.1|DV022860
EST:     GCATGTAACAGTCAAGGGATATGTTATGTGCCACTGTATGACACCCTCG                         GAGCTAAAGCTGTTGAATTCATCATGTACCATGCTGAGATATCCATTGCCT
genomic: GCATGTAACAGTCAAGGGATATGTTATGTGCCACTGTATGACACCCTCGgtaggttctc ... cacaatgcagGAGCTAAAGCTGTTGAATTCATCATGTACCATGCTGAGATATCCATTGCCT
EST: gi|211175754|gb|FL129205.1|FL129205
EST:     GCATGTAACAGTCAAGGGATATGTTATGTGCCACTGTATGACACCCTCG                         GAGCTAAAGCTGTTGAATTCATCATGTACCATGCTGAGATATCCATTGCCT
genomic: GCATGTAACAGTCAAGGGATATGTTATGTGCCACTGTATGACACCCTCGgtaggttctc ... cacaatgcagGAGCTAAAGCTGTTGAATTCATCATGTACCATGCTGAGATATCCATTGCCT

RNA-Seq data


 ATGC   Supported by RNA-Seq exonic block that spans over the splice site

 atgs   Truncated intron sequence

Each block is as long as the maximal overhang of any read spanning the junction.
The score is the number of alignments spanning the junction.


Found data for 3 RNA-Seq libraries.


Block sizes: 49 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 236

GCATGTAACAGTCAAGGGATATGTTATGTGCCACTGTATGACACCCTCGgtaggttctc ... cacaatgcagGAGCTAAAGCTGTTGAATTCATCATGTACCATGCTGAGATATCCATTGCCTTTGTCCAGGAGAGCAAGATCAAATCA


Block sizes: 49 (upstream exon), 48 (downstream exon)
Score: 103

GCATGTAACAGTCAAGGGATATGTTATGTGCCACTGTATGACACCCTCGgtaggttctc ... cacaatgcagGAGCTAAAGCTGTTGAATTCATCATGTACCATGCTGAGATATCCATTGCCTTTGTCCAGGAGAGCAAGATCAAATCA


Block sizes: 49 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 372

GCATGTAACAGTCAAGGGATATGTTATGTGCCACTGTATGACACCCTCGgtaggttctc ... cacaatgcagGAGCTAAAGCTGTTGAATTCATCATGTACCATGCTGAGATATCCATTGCCTTTGTCCAGGAGAGCAAGATCAAATCA


Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
GCATGTAACAGTCAAGGGATATGTTATGTGCCACTGTATGACACCCTCGgtaggttctccacttcatcacaatgcctggaacacataaataatgcctggatgcaccgaattctcatatctacgcacatcgtgtttatgaaaaatcatat

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - atgaaaaa