Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

GATTCTGAATGCTTTCTCAAAGGTGGCACCAAAGCCGAAAATTCCTTCTGTCCAAAGgtacttgaaatgttgtgcgttatggtatggtgggagacttgctagttagttgaacatgatgcaacataccttattatggacctttccagaacttgtatta...

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G101596_T01
intron # 5
splice site 5'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|93282402|gb|EB674666.1|EB674666
EST:     AATGCTTTCTCAAAGGTGGCACCAAAGCCGAAAATTCCTTCTGTCCAAAG                         TGAATTTGAAGAGCTGGAAGCAGCACCTTCGTTGGTTGATGGTCCTCTGGA
genomic: AATGCTTTCTCAAAGGTGGCACCAAAGCCGAAAATTCCTTCTGTCCAAAGgtacttgaaa ... catgtttcagTGAATTTGAAGAGCTGGAAGCAGCACCTTCGTTGGTTGATGGTCCTCTGGA
EST: gi|91056521|gb|EB166939.1|EB166939
EST:     AATGCTTTCTCAAAGGTGGCACCAAAGCCGAAAATTCCTTCTGTCCAAAG                         TGAATTTGAAGAGCTGGAAGCAGCACCTTCGTTGGTTGATGGTCCTCTGGA
genomic: AATGCTTTCTCAAAGGTGGCACCAAAGCCGAAAATTCCTTCTGTCCAAAGgtacttgaaa ... catgtttcagTGAATTTGAAGAGCTGGAAGCAGCACCTTCGTTGGTTGATGGTCCTCTGGA
EST: gi|76928738|gb|DV171746.1|DV171746
EST:     AATGCTTTCTCAAAGGTGGCACCAAAGCCGAAAATTCCTTCTGTCCAAAG                         TGAATTTGAAGAGCTGGAAGCAGCACCTTCGTTGGTTGATGGTCCTCTGGA
genomic: AATGCTTTCTCAAAGGTGGCACCAAAGCCGAAAATTCCTTCTGTCCAAAGgtacttgaaa ... catgtttcagTGAATTTGAAGAGCTGGAAGCAGCACCTTCGTTGGTTGATGGTCCTCTGGA
EST: gi|93281394|gb|EB673658.1|EB673658
EST:     AATGCTTTCTCAAAGGTGGCACCAAAGCCGAAAATTCCTTCTGTCCAAAG                         TGAATTTGAAGAGCTGGAAGCAGCACCTTCGTTGGTTGATGGTCCTCTGGA
genomic: AATGCTTTCTCAAAGGTGGCACCAAAGCCGAAAATTCCTTCTGTCCAAAGgtacttgaaa ... catgtttcagTGAATTTGAAGAGCTGGAAGCAGCACCTTCGTTGGTTGATGGTCCTCTGGA
EST: gi|211393955|gb|FK987391.1|FK987391
EST:     TGCTTTCCTCAAAGGTGGCACCAAAGCCGAAAAATTCCTTCTGTCCAAAG                         TGAATTTTGAAGAGCTGGAAG
genomic: TGCTTTC-TCAAAGGTGGCACCAAAGCCGAAAA-TTCCTTCTGTCCAAAGgtacttgaaa ... catgtttcagTGAATTT-GAAGAGCTGGAAG
EST: gi|76010496|gb|DT937666.1|DT937666
EST:     AATGCTTTCTCAAAGGTGGCACCAAAGCCGAAAATTCCTTCTGTCCAAAG                         TGAATTTGAAGAGCTGGAAGCAGCACCTTCGTTGGTTGATGGTCCTCTGGA
genomic: AATGCTTTCTCAAAGGTGGCACCAAAGCCGAAAATTCCTTCTGTCCAAAGgtacttgaaa ... catgtttcagTGAATTTGAAGAGCTGGAAGCAGCACCTTCGTTGGTTGATGGTCCTCTGGA
EST: gi|76909432|gb|DV163378.1|DV163378
EST:     AATGCTTTCTCAAAGGTGGCACCAAAGCCGAAAATTCCTTCTGTCCAAAG                         TGAATTTGAAGAGCTGGAAGCAGCACCTTCGTTGGTTGATGGTCCTCTGGA
genomic: AATGCTTTCTCAAAGGTGGCACCAAAGCCGAAAATTCCTTCTGTCCAAAGgtacttgaaa ... catgtttcagTGAATTTGAAGAGCTGGAAGCAGCACCTTCGTTGGTTGATGGTCCTCTGGA
EST: gi|91048464|gb|EB158882.1|EB158882
EST:     AATGCTTTCTCAAAGGTGGCACCAAAGCCGAAAATTCCTTCTGTCCAAAG                         TGAATTTGAAGAGCTGGAAGCAGCACCTTCGTTGGTTGATGGTCCTCTGGA
genomic: AATGCTTTCTCAAAGGTGGCACCAAAGCCGAAAATTCCTTCTGTCCAAAGgtacttgaaa ... catgtttcagTGAATTTGAAGAGCTGGAAGCAGCACCTTCGTTGGTTGATGGTCCTCTGGA
EST: gi|76011730|gb|DT938900.1|DT938900
EST:     AATGCTTTCTCAAAGGTGGCACCAAAGCCGAAAATTCCTTCTGTCCAAAG                         TGAATTTGAAGAGCTGGAAGCAGCACCTTCGTTGGTTGATGGTCCTCTGGA
genomic: AATGCTTTCTCAAAGGTGGCACCAAAGCCGAAAATTCCTTCTGTCCAAAGgtacttgaaa ... catgtttcagTGAATTTGAAGAGCTGGAAGCAGCACCTTCGTTGGTTGATGGTCCTCTGGA
EST: gi|89758076|gb|DY687416.1|DY687416
EST:     AATGCTTTCTCAAAGGTGGCACCAAAGCCGAAAATTCCTTCTGTCCAAAG                         TGAATTTGAAGAGCTGGAAGCAGCACCTTCGTTGGTTGATGGTCCTCTGGA
genomic: AATGCTTTCTCAAAGGTGGCACCAAAGCCGAAAATTCCTTCTGTCCAAAGgtacttgaaa ... catgtttcagTGAATTTGAAGAGCTGGAAGCAGCACCTTCGTTGGTTGATGGTCCTCTGGA
EST: gi|148999366|gb|EE036307.2|EE036307
EST:     AATGCTTTCTCAAAGGTGGCACCAAAGCCGAAAATTCCTTCTGTCCAAAG                         TGAATTTGAAGAGCTGGAAGCAGCACCTTCGTTGGTTGATGGTCCTCTGGA
genomic: AATGCTTTCTCAAAGGTGGCACCAAAGCCGAAAATTCCTTCTGTCCAAAGgtacttgaaa ... catgtttcagTGAATTTGAAGAGCTGGAAGCAGCACCTTCGTTGGTTGATGGTCCTCTGGA
EST: gi|211393950|gb|FK987386.1|FK987386
EST:     AATGCTTTCTCAAAGGTGGCACCAAAGCCGAAAATTCCTTCTGTCCAAAG                         TGAATTTGAAGAGCTGGGAGCAGCACCTTCGTTGGTTGATGGTCCTCTGGA
genomic: AATGCTTTCTCAAAGGTGGCACCAAAGCCGAAAATTCCTTCTGTCCAAAGgtacttgaaa ... catgtttcagTGAATTTGAAGAGCTGGAAGCAGCACCTTCGTTGGTTGATGGTCCTCTGGA
EST: gi|78114665|gb|DV533053.1|DV533053
EST:     AATGCTTTCTCAAAGGTGGCACCAAAGCCGAAAATTCCTTCTGTCCAAAG                         TGAATTTGAAGAGCTGGAAGCAGCACCTTCGTTGGTTGATGGTCCTCTGGA
genomic: AATGCTTTCTCAAAGGTGGCACCAAAGCCGAAAATTCCTTCTGTCCAAAGgtacttgaaa ... catgtttcagTGAATTTGAAGAGCTGGAAGCAGCACCTTCGTTGGTTGATGGTCCTCTGGA

RNA-Seq data


 ATGC   Supported by RNA-Seq exonic block that spans over the splice site

 atgs   Truncated intron sequence

Each block is as long as the maximal overhang of any read spanning the junction.
The score is the number of alignments spanning the junction.


Found data for 4 RNA-Seq libraries.


Block sizes: 47 (upstream exon), 48 (downstream exon)
Score: 39

GATTCTGAATGCTTTCTCAAAGGTGGCACCAAAGCCGAAAATTCCTTCTGTCCAAAGgtacttgaaa ... catgtttcagTGAATTTGAAGAGCTGGAAGCAGCACCTTCGTTGGTTGATGGTCCTCTGGAAGCGCAAACGTCAAATATCATGTCAACTACTACTCACGTTCAAGAGGAT


Block sizes: 47 (upstream exon), 40 (downstream exon)
Score: 41

GATTCTGAATGCTTTCTCAAAGGTGGCACCAAAGCCGAAAATTCCTTCTGTCCAAAGgtacttgaaa ... catgtttcagTGAATTTGAAGAGCTGGAAGCAGCACCTTCGTTGGTTGATGGTCCTCTGGAAGCGCAAACGTCAAATATCATGTCAACTACTACTCACGTTCAAGAGGAT


Block sizes: 47 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 70

GATTCTGAATGCTTTCTCAAAGGTGGCACCAAAGCCGAAAATTCCTTCTGTCCAAAGgtacttgaaa ... catgtttcagTGAATTTGAAGAGCTGGAAGCAGCACCTTCGTTGGTTGATGGTCCTCTGGAAGCGCAAACGTCAAATATCATGTCAACTACTACTCACGTTCAAGAGGAT


Block sizes: 47 (upstream exon), 48 (downstream exon)
Score: 77

GATTCTGAATGCTTTCTCAAAGGTGGCACCAAAGCCGAAAATTCCTTCTGTCCAAAGgtacttgaaa ... catgtttcagTGAATTTGAAGAGCTGGAAGCAGCACCTTCGTTGGTTGATGGTCCTCTGGAAGCGCAAACGTCAAATATCATGTCAACTACTACTCACGTTCAAGAGGAT