Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

TATACGAGATTGGTGGTGGCTCTGGAACATGCGCAAAGTGCATACTTGATTACATGATGCTGAATGCGCCACCAAAAGTCTACAATGATATGAAATACATgtaagcatatgtatcttcatttcttgattcaatatcagaaattcagaataatatagggttcaagcattccatataaaggtagatattactggcagtggttactccttgtgctgccatgcttttgccgttctagcattttgtgacatgtggcatgtgctctttatgctttgaccttacctttatcttcatttgctag

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G101217_T02
intron # 5
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM2G101217_T02 (Zea mays), 5'ss of exon 5
lower sequence: LOC_Os01g68390.1 (Oryza sativa), 5'ss of exon 5
TATACGAGATTGGTGGTGGCTCTGGAACATGCGCAAAGTGCATACTTGATTACATGATGCTGAATGCGCCACCAAAAGTCTACAATGATATGAAATACATgtaagcatatgtatcttcatttcttgattcaatatcagaaattcagaataatatagggttcaagcattccatataaaggtagatattactggcagtggttactccttgtgctgccatgcttttgccgttctagcattttgtgacatgtggcatgtgctctttatgctttgaccttacctttatcttcatttgctag
| ||||| ||||||||||| ||||| ||||| ||||| ||||||||||| ||||||||| | ||||| ||||| ||||| ||||||  ||||||||||||||||| | |  |  ||||| ||  ||||      |  |  ||  |  ||  | | |   |      |  | ||    | |||                                                                                                                  
TTTACGAAATTGGTGGTGGTTCTGGCACATGTGCAAAATGCATACTTGACTACATGATGTTAAATGCTCCACCGAAAGTATACAATACTATGAAATACATgtaaggaaaccttccttcactttatgatctctgttatgtgatcgaatatgcttt-gaccttgcttttatcttaatttgctag------------------------------------------------------------------------------------------------------------------
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|50325602|gb|CO520728.1|CO520728
EST:     TACATGATGCTGAATGCGCCACCAAAAGTCTACAATGATATGAAATACAT                         CTCAGTAGAGATTAGCTCCTCTCTTGCTGAGAAGCAATTGGAAACTGTTGG
genomic: TACATGATGCTGAATGCGCCACCAAAAGTCTACAATGATATGAAATACATgtaagcatat ... catttgctagCTCAGTAGAGATTAGCTCCTCTCTTGCTGAGAAGCAATTGGAAACTGTTGG
EST: gi|76910427|gb|DV163865.1|DV163865
EST:     TACATGATGCTGAATGCGCCACCAAAAGTCTACAATGATATGAAATACAT                         -T-AG-AGA--TTAGCTCCTCTCTTGCTGAGAAGCAATTGGAAACTGTTGG
genomic: TACATGATGCTGAATGCGCCACCAAAAGTCTACAATGATATGAAATACATgtaagcatat ... catttgctagCTCAGTAGAGATTAGCTCCTCTCTTGCTGAGAAGCAATTGGAAACTGTTGG
EST: gi|93012540|gb|EB638060.1|EB638060
EST:     TACATGATGCTGAATGCGCCACCAAAAGTCTACAATGATATGAAATACAT                         CTCAGTAGAGATTAGCTCCTCTCTTGCTGAGAAGCAATTGGAAACTGTTGG
genomic: TACATGATGCTGAATGCGCCACCAAAAGTCTACAATGATATGAAATACATgtaagcatat ... catttgctagCTCAGTAGAGATTAGCTCCTCTCTTGCTGAGAAGCAATTGGAAACTGTTGG
EST: gi|50336106|gb|CO531232.1|CO531232
EST:     TACATGATGCTGAATGCGCCACCAAAAGTCTACAATGATATGAAATACAT                         CTCAGTAGAGATTAGCTCCTCTCTTGCTGAGAAGCAATTGGAA
genomic: TACATGATGCTGAATGCGCCACCAAAAGTCTACAATGATATGAAATACATgtaagcatat ... catttgctagCTCAGTAGAGATTAGCTCCTCTCTTGCTGAGAAGCAATTGGAA
EST: gi|148959299|gb|EE010710.2|EE010710
EST:     TACATGATGCTGAATGCGCCACCAAAAGTCTACAATGATATGAAATACAT                         CTCAGTAGAGATTAGCTCCTCTCTTGCTGAGAAGCAATTGGAAACTGTTGG
genomic: TACATGATGCTGAATGCGCCACCAAAAGTCTACAATGATATGAAATACATgtaagcatat ... catttgctagCTCAGTAGAGATTAGCTCCTCTCTTGCTGAGAAGCAATTGGAAACTGTTGG
EST: gi|101391071|gb|EB817469.1|EB817469
EST:     TACATGATGCTGAATGCGCCACCAAAAGTCTACAATGATATGAAATACAT                         CTCAGTAGAGATTAGCTCCTCTCTTGCTGAGAAGCAATTGGAAACTGTTGG
genomic: TACATGATGCTGAATGCGCCACCAAAAGTCTACAATGATATGAAATACATgtaagcatat ... catttgctagCTCAGTAGAGATTAGCTCCTCTCTTGCTGAGAAGCAATTGGAAACTGTTGG
EST: gi|19436955|gb|BM953365.1|BM953365
EST:     TACATGATGCTGAATGCGCCACCAAAAGTCTACAATGATATGAAATACAT                         CTCAGTAGAGATTAGCTCCTCTCTTGCTGAGAAGCAATTGGAAACTGTTGG
genomic: TACATGATGCTGAATGCGCCACCAAAAGTCTACAATGATATGAAATACATgtaagcatat ... catttgctagCTCAGTAGAGATTAGCTCCTCTCTTGCTGAGAAGCAATTGGAAACTGTTGG
EST: gi|50337135|gb|CO532261.1|CO532261
EST:     TACATGATGCTGAATGCGCCACCAAAAGTCTACAATGATATGAAATACAT                         CTCAGTAGAGATTAGCTCCTCTCTTGCTGAGAAGCAATTGGAAACTGTTGG
genomic: TACATGATGCTGAATGCGCCACCAAAAGTCTACAATGATATGAAATACATgtaagcatat ... catttgctagCTCAGTAGAGATTAGCTCCTCTCTTGCTGAGAAGCAATTGGAAACTGTTGG
EST: gi|71448748|gb|DR829798.1|DR829798
EST:     TACATGATGCTGAATGCGCCACCAAAAGTCTACAATGATATGAAATACAT                         CTCAGTAGAGATTAGCTCCTCTCTTGCTGAGAAGCAATTGGAAACTGTTGG
genomic: TACATGATGCTGAATGCGCCACCAAAAGTCTACAATGATATGAAATACATgtaagcatat ... catttgctagCTCAGTAGAGATTAGCTCCTCTCTTGCTGAGAAGCAATTGGAAACTGTTGG
EST: gi|74245283|gb|DT653197.1|DT653197
EST:     TACATGATGCTGAATGCGCCACCAAAAGTCTACAATGATATGAAATACAT                         -T-AG-AGA--TTAGCTCCTCTCTTGCTGAGAAGCAATTGGAAACTGTTGG
genomic: TACATGATGCTGAATGCGCCACCAAAAGTCTACAATGATATGAAATACATgtaagcatat ... catttgctagCTCAGTAGAGATTAGCTCCTCTCTTGCTGAGAAGCAATTGGAAACTGTTGG
EST: gi|71299666|gb|DR785841.1|DR785841
EST:     TACATGATGCTGAATGCGCCACCAAAAGTCTACAATGATATGAAATACAT                         CTCAGTAGAGATTAGCTCCTCTCTTGCTGAGAAGCAATTGGAAACTGTTGG
genomic: TACATGATGCTGAATGCGCCACCAAAAGTCTACAATGATATGAAATACATgtaagcatat ... catttgctagCTCAGTAGAGATTAGCTCCTCTCTTGCTGAGAAGCAATTGGAAACTGTTGG
EST: gi|71312573|gb|DR792811.1|DR792811
EST:     TACATGATGCTGAATGCGCCACCAAAAGTCTACAATGATATGAAATACAT                         CTCAGTAGAGATTAGCTCCTCTCTTGCTGAGAAGCAATTGGAAACTGTTGG
genomic: TACATGATGCTGAATGCGCCACCAAAAGTCTACAATGATATGAAATACATgtaagcatat ... catttgctagCTCAGTAGAGATTAGCTCCTCTCTTGCTGAGAAGCAATTGGAAACTGTTGG
EST: gi|93012641|gb|EB638161.1|EB638161
EST:     TACATGATGCTGAATGCGCCACCAAAAGTCTACAATGATATGAAATACAT                         -T-AG-AGA--TTAGCTCCTCTCTTGCTGAGAAGCAATTGGAAACTGTTGG
genomic: TACATGATGCTGAATGCGCCACCAAAAGTCTACAATGATATGAAATACATgtaagcatat ... catttgctagCTCAGTAGAGATTAGCTCCTCTCTTGCTGAGAAGCAATTGGAAACTGTTGG
EST: gi|93012306|gb|EB637826.1|EB637826
EST:     TACATGATGCTGAATGCGCCACCAAAAGTCTACAATGATATGAAATACAT                         CTCAGTAGAGATTAGCTCCTCTCTTGCTGAGAAGCAATTGGAAACTGTTGG
genomic: TACATGATGCTGAATGCGCCACCAAAAGTCTACAATGATATGAAATACATgtaagcatat ... catttgctagCTCAGTAGAGATTAGCTCCTCTCTTGCTGAGAAGCAATTGGAAACTGTTGG
EST: gi|76281532|gb|DV021100.1|DV021100
EST:     TACATGATGCTGAATGCGCCACCAAAAGTCTACAATGATATGAAATACAT                         CTCAGTAGAGATTAGCTCCTCTCTTGCTGAGAAGCAATTGGAAACTGTTGG
genomic: TACATGATGCTGAATGCGCCACCAAAAGTCTACAATGATATGAAATACATgtaagcatat ... catttgctagCTCAGTAGAGATTAGCTCCTCTCTTGCTGAGAAGCAATTGGAAACTGTTGG

Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
TATACGAGATTGGTGGTGGCTCTGGAACATGCGCAAAGTGCATACTTGATTACATGATGCTGAATGCGCCACCAAAAGTCTACAATGATATGAAATACATgtaagcatatgtatcttcatttcttgattcaatatcagaaattcagaataatatagggttcaagcattccatataaaggtagatattactggcagtggttactccttgtgctgccatgcttttgccgttctagcattttgtgacatgtggcatgtgctctttatgctttgaccttacctttatcttcatttgctag

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - ATGCTG