1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' |
TTTGGCCTCGCAAAAGATGGCCCTGAAGGTGATCAGACGCATGTGTCGACACGGGTGATGGGAACCTACGGTTATGCTGCCCCTGAATATGTGATGACCGgtactttcctctcctcgttgtttgtatatgcttggtatttgggtttcttagatgatggcgtcatctaactgttcggatatgaactccatgttaaatttcc...
species | Zea mays |
transcript | GRMZM2G099754_T01 |
intron # | 5 |
splice site | 5' |
intron type | U2 |
EST: ACGGGTGATGGGAACCTACGGTTATGCTGCCCCTGAATATGTGATGACCG GTCACTTGACTGCTCGGAGTGACGTGTACAGCTTCGGCGTGGTCCTGCTGGEST: gi|149096770|gb|EE182550.2|EE182550
genomic: ACGGGTGATGGGAACCTACGGTTATGCTGCCCCTGAATATGTGATGACCGgtactttcct ... gaatttgcagGTCACTTGACTGCTCGGAGTGACGTGTACAGCTTCGGCGTGGTCCTGCTGG
EST: ACGGGTGATGGGAACCTACGGTTATGCTGCCCCTGAATATGTGATGACCG GTCACTTGACTGCTCGGAGTGACGTGTACAGCTTCGGCGTGGTCCTGCTGGEST: gi|4628292|gb|AI619166.1|AI619166
genomic: ACGGGTGATGGGAACCTACGGTTATGCTGCCCCTGAATATGTGATGACCGgtactttcct ... gaatttgcagGTCACTTGACTGCTCGGAGTGACGTGTACAGCTTCGGCGTGGTCCTGCTGG
EST: ACGGGTGATGGGAACCTACGGTTATGCTGCCCCTGAATATGTGATGACCG GTCACTTGACTGCTCGGAGTGACGTGTACAGCTTCGGCGTGGTCCTGCTGGEST: gi|22489206|gb|BU049116.1|BU049116
genomic: ACGGGTGATGGGAACCTACGGTTATGCTGCCCCTGAATATGTGATGACCGgtactttcct ... gaatttgcagGTCACTTGACTGCTCGGAGTGACGTGTACAGCTTCGGCGTGGTCCTGCTGG
EST: ACGGGTGATGGGAACCTACGGTTATGCTGCCCCTGAATATGTGATGACCG GTCACTTGACTGCTCGGAGTGACGTGTACAGCTTCGGCGTGGTCCTGCTGGEST: gi|60357259|gb|DN224232.1|DN224232
genomic: ACGGGTGATGGGAACCTACGGTTATGCTGCCCCTGAATATGTGATGACCGgtactttcct ... gaatttgcagGTCACTTGACTGCTCGGAGTGACGTGTACAGCTTCGGCGTGGTCCTGCTGG
EST: ACGGGTGATGGGAACCTACGGTTATGCTGCCCCTGAATATGTGATGACCG GTCACTTGACTGCTCGGAGTGACGTGTACAGCTTCGGCGTGGTCCTGCTGGEST: gi|78089253|gb|DV517627.1|DV517627
genomic: ACGGGTGATGGGAACCTACGGTTATGCTGCCCCTGAATATGTGATGACCGgtactttcct ... gaatttgcagGTCACTTGACTGCTCGGAGTGACGTGTACAGCTTCGGCGTGGTCCTGCTGG
EST: ACGGGTGATGGGAACCTACGGTTATGCTGCCCCTGAATATGTGATGACCG GTCACTTGACTGCTCGGAGTGACGTGTACAGCTTCGGCGTGGTCCTGCTGGEST: gi|30705953|gb|CD058982.1|CD058982
genomic: ACGGGTGATGGGAACCTACGGTTATGCTGCCCCTGAATATGTGATGACCGgtactttcct ... gaatttgcagGTCACTTGACTGCTCGGAGTGACGTGTACAGCTTCGGCGTGGTCCTGCTGG
EST: TGAATATGTGATGACCG GTCACTTGACTGCTCGGAGTGACGTGTACAGCTTCGGCGTGGTCCTGCTGGEST: gi|76011906|gb|DT939076.1|DT939076
genomic: TGAATATGTGATGACCGgtactttcct ... gaatttgcagGTCACTTGACTGCTCGGAGTGACGTGTACAGCTTCGGCGTGGTCCTGCTGG
EST: ACGGGTGATGGGAACCTACGGTTATGCTGCCCCTGAATATGTGATGACCG GTCACTTGACTGCTCGGAGTGACGTGTACAGCTTCGGCGTGGTCCTGCTGGEST: gi|18383934|gb|BM417134.1|BM417134
genomic: ACGGGTGATGGGAACCTACGGTTATGCTGCCCCTGAATATGTGATGACCGgtactttcct ... gaatttgcagGTCACTTGACTGCTCGGAGTGACGTGTACAGCTTCGGCGTGGTCCTGCTGG
EST: ACGGGTGATGGGAACCTACGGTTATGCTGCCCCTGAATATGTGATGACCG GTCACTTGACTGCTCGGAGTGACGTGTACAGCTTCGGCGTGGTCCTGCTGGEST: gi|148991732|gb|EE033300.2|EE033300
genomic: ACGGGTGATGGGAACCTACGGTTATGCTGCCCCTGAATATGTGATGACCGgtactttcct ... gaatttgcagGTCACTTGACTGCTCGGAGTGACGTGTACAGCTTCGGCGTGGTCCTGCTGG
EST: CGGGGTGATGGGAACCTACGGTTATGCTGCCCCTGAATATGTGATGACCG GTCACTTGACTGCTCGGAGTGACGTGTACAGCTTCGGCGTGGTCCTGCTGGEST: gi|6601822|gb|AW256263.1|AW256263
genomic: C-GGGTGATGGGAACCTACGGTTATGCTGCCCCTGAATATGTGATGACCGgtactttcct ... gaatttgcagGTCACTTGACTGCTCGGAGTGACGTGTACAGCTTCGGCGTGGTCCTGCTGG
EST: ACCTACGGTTATGCTGCCCCTGAATATGTGATGACCG GTCNCTTGACTGCTCGGAGTGACGTGTACAGCTTCGGCGTGGTCCTGCTGGEST: gi|60398709|gb|DN231525.1|DN231525
genomic: ACCTACGGTTATGCTGCCCCTGAATATGTGATGACCGgtactttcct ... gaatttgcagGTCACTTGACTGCTCGGAGTGACGTGTACAGCTTCGGCGTGGTCCTGCTGG
EST: CCCTGAATATGTGATGACCG GTCACTTGACTGCTCGGAGTGACGTGTACAGATTCGGCGTGGTCCTGCTGGEST: gi|67032695|gb|CO461444.1|CO461444
genomic: CCCTGAATATGTGATGACCGgtactttcct ... gaatttgcagGTCACTTGACTGCTCGGAGTGACGTGTACAGCTTCGGCGTGGTCCTGCTGG
EST: ACGGGTGATGGGAACCTACGGTTATGCTGCCCCTGAATATGTGATGACCG GTCACTTGACTGCTCGGAGTGACGTGTACAGCTTCCGCGTGGTCCTGCTGGEST: gi|6637068|gb|AW261340.1|AW261340
genomic: ACGGGTGATGGGAACCTACGGTTATGCTGCCCCTGAATATGTGATGACCGgtactttcct ... gaatttgcagGTCACTTGACTGCTCGGAGTGACGTGTACAGCTTCGGCGTGGTCCTGCTGG
EST: ACGGGTGATGGGAACCTACGGTTATGCTGCCCCTGAATATGTGATGACCG GTCACTTGACTGCTCGGAGTGACGTGTACAGCTTCGGCGTGGTCCTGCTGGEST: gi|149038591|gb|EE155518.2|EE155518
genomic: ACGGGTGATGGGAACCTACGGTTATGCTGCCCCTGAATATGTGATGACCGgtactttcct ... gaatttgcagGTCACTTGACTGCTCGGAGTGACGTGTACAGCTTCGGCGTGGTCCTGCTGG
EST: ACGGGTGATGGGAACCTACGGTTATGCTGCCCCTGAATATGTGATGACCG GTCACTTGACTGCTCGGAGTGACGTGTACAGCTTCGGCGTGGTCCTGCTGG
genomic: ACGGGTGATGGGAACCTACGGTTATGCTGCCCCTGAATATGTGATGACCGgtactttcct ... gaatttgcagGTCACTTGACTGCTCGGAGTGACGTGTACAGCTTCGGCGTGGTCCTGCTGG
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| TTTGGCCTCGCAAAAGATGGCCCTGAAGGTGATCAGACGCATGTGTCGACACGGGTGATGGGAACCTACGGTTATGCTGCCCCTGAATATGTGATGACCGgtactttcctctcctcgttgtttgtatatgcttggtatttgggtttcttagatgatggcgtcatctaactgttcggatatgaactccatgttaaatttcc
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - ATGCTG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGCTGC