Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

ATTTCCAGGACACCCTGCATTAGATGAGGATGGGAGGAATGCTTTGAGGCGGTTATTAACCGCATATGCAAGGCATAATCCATCAGTTGGGTATTGCCAGgtagatgccaattgaaggaattttgtcattttgattttttatgtagcctcttgctatcttaatcgtatagaacaaggtagattgtaatcctaattggtgc...

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G095868_T02
intron # 5
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM2G095868_T03 (Zea mays), 5'ss of exon 5
lower sequence: LOC_Os03g17540.1 (Oryza sativa), 5'ss of exon 6
ATTTCCAGGACACCCTGCATTAGATGAGGATGGGAGGAATGCTTTGAGGCGGTTATTAACCGCATATGCAAGGCATAATCCATCAGTTGGGTATTGCCAGgtagatgccaattgaaggaattttgtcattttgatttttta--tgtagcctcttgctatcttaatcgtatagaacaaggtagattgtaatcctaattggtgc
|||||| |||||||||||| |||||||||| ||||| ||||||||| | ||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||| || ||||||||  |       | |  | ||  | | || ||  ||||| |  | | |     | ||  ||   ||  |||  | |||| |  |||   |  |  |||    
ATTTCCGGGACACCCTGCACTAGATGAGGACGGGAGAAATGCTTTGCGACGGTTATTAACAGCATATGCAAGGCATAACCCATCAGTTGGATACTGCCAGgtgaacaaatgctcattggataattttatgttagtttttaacctcttgtaatctactccctccgtcccataatataagggattttgagtttttgcttgca--