1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' | 9 5' 3' | 10 5' 3' | 11 5' 3' | 12 5' 3' | 13 5' 3' | 14 5' 3' |
GTACCTCATGTATGGAGATATATCTGCAAAAGCTGCGCATATGCTGGGCCAACCTGCAgtatgccatcttgtcctgttgatactaacattatttatctgcattttatccttatcagcattctccaaatgatactagtatgaatgtatgattggattga...
species | Zea mays |
transcript | GRMZM2G090087_T02 |
intron # | 5 |
splice site | 5' |
intron type | U2 |
EST: TGTATGGAGATATATCTGCAAAAGCTGCGCATATGCTGGGCCAACCTGCA GTCTTAGATTTCTTTGCTAAACTTATCCAGAGGGTATCTCCCAAGAGCTACEST: gi|211306987|gb|FL381273.1|FL381273
genomic: TGTATGGAGATATATCTGCAAAAGCTGCGCATATGCTGGGCCAACCTGCAgtatgccatc ... ttcattgcagGTCTTAGATTTCTTTGCTAAACTTATCCAGAGGGTATCTCCCAAGAGCTAC
EST: TGTATGGAGATATATCTGCAAAAGCTGCGCATATGCTGGGCCAACCTGCA GTCTTAGATTTCTTTGCTAAACTTATCCAGAGGGTATCTCCEST: gi|211108216|gb|FL373163.1|FL373163
genomic: TGTATGGAGATATATCTGCAAAAGCTGCGCATATGCTGGGCCAACCTGCAgtatgccatc ... ttcattgcagGTCTTAGATTTCTTTGCTAAACTTATCCAGAGGGTATCTCC
EST: TGTATGGAGATATATCTGCAAAAGCTGCGCATATGCTGGGCCAACCTGCA GTCTTAGATTTCTTTGCTAAACTTATCCAGAGGGTATCTCCCAAGAGCTACEST: gi|28422609|gb|CB251943.1|CB251943
genomic: TGTATGGAGATATATCTGCAAAAGCTGCGCATATGCTGGGCCAACCTGCAgtatgccatc ... ttcattgcagGTCTTAGATTTCTTTGCTAAACTTATCCAGAGGGTATCTCCCAAGAGCTAC
EST: TGTATGGAGATATATCTGCAAAAGCTGCGCATATGCTGGGCCAACCTGCA GTCTTAGATTTCTTTGCTAAACTTATCCAGAGGGTATCTCCCAAGAGCTACEST: gi|149071327|gb|EE159720.2|EE159720
genomic: TGTATGGAGATATATCTGCAAAAGCTGCGCATATGCTGGGCCAACCTGCAgtatgccatc ... ttcattgcagGTCTTAGATTTCTTTGCTAAACTTATCCAGAGGGTATCTCCCAAGAGCTAC
EST: TGTATGGAGATATATCTGCAAAAGCTGCGCATATGCTGGGCCAACCTGCA GTCTTAGATTTCTTTGCTAAACTTATCCAGAGGGTATCTCCCAAGAGCTACEST: gi|211017676|gb|FL418607.1|FL418607
genomic: TGTATGGAGATATATCTGCAAAAGCTGCGCATATGCTGGGCCAACCTGCAgtatgccatc ... ttcattgcagGTCTTAGATTTCTTTGCTAAACTTATCCAGAGGGTATCTCCCAAGAGCTAC
EST: TGTATGGAGATATATCTGCAAAAGCTGCGCATATGCTGGGCCAACCTGCA GTCTTAGATTTCTTTGCTAAACTTATCCAGAGGGTATCTCCCAAGAGCTACEST: gi|148958687|gb|EC904955.2|EC904955
genomic: TGTATGGAGATATATCTGCAAAAGCTGCGCATATGCTGGGCCAACCTGCAgtatgccatc ... ttcattgcagGTCTTAGATTTCTTTGCTAAACTTATCCAGAGGGTATCTCCCAAGAGCTAC
EST: TGTATGGAGATATATCTGCAAAAGCTGCGCATATGCTGGGCCAACCTGCA GTCTTAGATTTCTTTGCTAAACTTATCCAGAGGGTATCTCCCAAGAGCTACEST: gi|60346857|gb|DN213830.1|DN213830
genomic: TGTATGGAGATATATCTGCAAAAGCTGCGCATATGCTGGGCCAACCTGCAgtatgccatc ... ttcattgcagGTCTTAGATTTCTTTGCTAAACTTATCCAGAGGGTATCTCCCAAGAGCTAC
EST: TGTATGGAGATATATCTGCAAAAGCTGCGCATATGCTGGGCCAACCTGCA GTCTTAGATTTCTTTGCTAAACTTATCCAGAGGGTATCTCCCAAGAGCTACEST: gi|211451569|gb|FL371208.1|FL371208
genomic: TGTATGGAGATATATCTGCAAAAGCTGCGCATATGCTGGGCCAACCTGCAgtatgccatc ... ttcattgcagGTCTTAGATTTCTTTGCTAAACTTATCCAGAGGGTATCTCCCAAGAGCTAC
EST: TGTATGGAGATATATCTGCAAAAGCTGCGCATATGCTGGGCCAACCTGCA GTCTTAGATTTCTTTGCTAAACTTATCCAGAGGGTATEST: gi|211266997|gb|FL420589.1|FL420589
genomic: TGTATGGAGATATATCTGCAAAAGCTGCGCATATGCTGGGCCAACCTGCAgtatgccatc ... ttcattgcagGTCTTAGATTTCTTTGCTAAACTTATCCAGAGGGTAT
EST: TGTATGGAGATATATCTGCAAAAGCTGCGCATATGCTGCGCCAACCTGCA GTCTTAGATTTCTTTGCTAAACTTATCCAGAGGGTATCTCCCCAGAGCTACEST: gi|67026280|gb|CO455029.1|CO455029
genomic: TGTATGGAGATATATCTGCAAAAGCTGCGCATATGCTGGGCCAACCTGCAgtatgccatc ... ttcattgcagGTCTTAGATTTCTTTGCTAAACTTATCCAGAGGGTATCTCCCAAGAGCTAC
EST: TGTATGCAGATATATCTGCAAAAGCTGCGCATATGCTGGGCCAACCTGCA GTCTTAGATTTCTTTGCTAAACTTATCCAGAGGGTATCTCCCAAGAGCTACEST: gi|211204247|gb|FL383416.1|FL383416
genomic: TGTATGGAGATATATCTGCAAAAGCTGCGCATATGCTGGGCCAACCTGCAgtatgccatc ... ttcattgcagGTCTTAGATTTCTTTGCTAAACTTATCCAGAGGGTATCTCCCAAGAGCTAC
EST: TGTATGGAGATATATCTGCAAAAGCTGCGCAT--GCTGGGCCAACCTGCA GTCTTAGATTTCTEST: gi|211228711|gb|FL216929.1|FL216929
genomic: TGTATGGAGATATATCTGCAAAAGCTGCGCATATGCTGGGCCAACCTGCAgtatgccatc ... ttcattgcagGTCTTAGATTTCT
EST: TGTATGGAGATATATCTGCAAAAGCTGCGCATATGCTGGGCCAACCTGCA GTCTTAGATTTCTTTGCTAAACTTATCCAGAGGGTATCTCCCAAGAGCTACEST: gi|60399068|gb|DN231882.1|DN231882
genomic: TGTATGGAGATATATCTGCAAAAGCTGCGCATATGCTGGGCCAACCTGCAgtatgccatc ... ttcattgcagGTCTTAGATTTCTTTGCTAAACTTATCCAGAGGGTATCTCCCAAGAGCTAC
EST: TGTATGGAGATATATCTGCAAAAGCTGCGCATATGCTGGGCCAACCTGCA GTCTTAGATTTCTTTGCTAAACTTATCCAGAGGGTATCTCCCAAGAGCTACEST: gi|211533298|gb|FL400243.1|FL400243
genomic: TGTATGGAGATATATCTGCAAAAGCTGCGCATATGCTGGGCCAACCTGCAgtatgccatc ... ttcattgcagGTCTTAGATTTCTTTGCTAAACTTATCCAGAGGGTATCTCCCAAGAGCTAC
EST: TGTATGGAGATATATCTGCAAAAGCTGCGCATATGCTGGGCCAACCTGCA GTCTTAGATTY-TTTGCTAAACTTATCCAGAGGGTATCTEST: gi|94472231|gb|EB701189.1|EB701189
genomic: TGTATGGAGATATATCTGCAAAAGCTGCGCATATGCTGGGCCAACCTGCAgtatgccatc ... ttcattgcagGTCTTAGATTTCTTTGCTAAACTTATCCAGAGGGTATCT
EST: TGTATGGAGATATATCTGCAAAAGCTGCGCATATGCTGGGCCAACCTGCA GTCTTAGATTTCTTTGCTAAACTTATCCAGAGGGTATCTCCCAAGAGCTACEST: gi|211228709|gb|FL216927.1|FL216927
genomic: TGTATGGAGATATATCTGCAAAAGCTGCGCATATGCTGGGCCAACCTGCAgtatgccatc ... ttcattgcagGTCTTAGATTTCTTTGCTAAACTTATCCAGAGGGTATCTCCCAAGAGCTAC
EST: TGTATGGAGATATATCTGCAAAAGCTGCGCATATGCTGGGCCAACCTGCA GTCTTAGATTTCTTTGCTAAACTTATCCAGAGGGTATCTCCCAAGAGCTACEST: gi|33102327|gb|CF062287.1|CF062287
genomic: TGTATGGAGATATATCTGCAAAAGCTGCGCATATGCTGGGCCAACCTGCAgtatgccatc ... ttcattgcagGTCTTAGATTTCTTTGCTAAACTTATCCAGAGGGTATCTCCCAAGAGCTAC
EST: TGTATGGAGATATATCTGCAAAAGCTGCGCATATGCTGGGCCAACCTGCA GTCTTAGATTTCTTTGCTAAACTTATCCAGAGGGTATCTCCCAAGAGCTACEST: gi|211097512|gb|FL395914.1|FL395914
genomic: TGTATGGAGATATATCTGCAAAAGCTGCGCATATGCTGGGCCAACCTGCAgtatgccatc ... ttcattgcagGTCTTAGATTTCTTTGCTAAACTTATCCAGAGGGTATCTCCCAAGAGCTAC
EST: TGTATGGAGATATATCTGCAAAAGCTGCGCATATGCTGGGCCAACCTGCA GTCTTAGATTTCTTTGCTAAACTTATCCAGAGGGTATCTCCCAAGAGCTACEST: gi|211410539|gb|FL375656.1|FL375656
genomic: TGTATGGAGATATATCTGCAAAAGCTGCGCATATGCTGGGCCAACCTGCAgtatgccatc ... ttcattgcagGTCTTAGATTTCTTTGCTAAACTTATCCAGAGGGTATCTCCCAAGAGCTAC
EST: TGTATGGAGATATATCTGCAAAAGCTGCGCATATGCTGGGCCAACCTGCA GTCTTANATTTCTTTTGCTAAACTTATCCAGAGGGEST: gi|27522050|gb|CA989156.1|CA989156
genomic: TGTATGGAGATATATCTGCAAAAGCTGCGCATATGCTGGGCCAACCTGCAgtatgccatc ... ttcattgcagGTCTTAGATTTCTTT-GCTAAACTTATCCAGAGGG
EST: TGTATGGAGATATATCTGCAAAAGCTGCGCATATGCTGGGCCAACCTGCA GTCTTAGATTTCTTTGCTAAACTTATCCAGAGGGTATCTCCCAAGAGCTACEST: gi|211156670|gb|FL403860.1|FL403860
genomic: TGTATGGAGATATATCTGCAAAAGCTGCGCATATGCTGGGCCAACCTGCAgtatgccatc ... ttcattgcagGTCTTAGATTTCTTTGCTAAACTTATCCAGAGGGTATCTCCCAAGAGCTAC
EST: TGTATGGAGATATATCTGCAAAAGCTGCGCATATGCTGGGCCAACCTGCA GTCCTATATTTCTTTGC
genomic: TGTATGGAGATATATCTGCAAAAGCTGCGCATATGCTGGGCCAACCTGCAgtatgccatc ... ttcattgcagGTCTTAGATTTCTTTGC
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| GTACCTCATGTATGGAGATATATCTGCAAAAGCTGCGCATATGCTGGGCCAACCTGCAgtatgccatcttgtcctgttgatactaacattatttatctgcattttatccttatcagcattctccaaatgatactagtatgaatgtatgattggattga
- - - - - - TGGAGA
- - - - - - GGAGAT
- - - - - - - - - - - - - - AAGCTG
- - - - - - - - - - - - - - - AGCTGC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - ATGCTG