Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

GCTATGATTCCACCTTATGGAACACCGCCACCATATGTCATGTACCCCCCTGGAGTATATGCCCACCCATCTATGCCCCCGgtatgttcaacatgtggctttagtttcactatgtacttgtcaaatggcaatgctgaccttggttgtcattgtactattgtgcag

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G088140_T03
intron # 5
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM2G088140_T01 (Zea mays), 5'ss of exon 5
lower sequence: LOC_Os12g13170.2 (Oryza sativa), 5'ss of exon 5
GCTATGATTCCACCTTATGGAAC---ACCGCCACCATATGTCATGTACCCCCCTGGAGTATATGCCCACCCATCTATGCCCCCGgtatgttcaacatgtggctttagtttcactatgtacttgtc-----aaatggcaat--gctgaccttggttgtcattg-tactattgtgcag---------
 ||||||| ||||| ||||||||   ||| ||||||||||||||||| || || ||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||| |||  | ||| || ||| | ||| | ||||||     |||   ||||  |  | |      |   |||| |||    || |           
CCTATGATACCACCATATGGAACCCCACCACCACCATATGTCATGTATCCTCCAGGAGTATATGCTCACCCATCTATGCCTCCGgtatgttccacagattgctgtaattt-attatattcttgtctgtaaaaagcacaattggtagtctcaaaataatattgctacctccgtcccaaaatataaa
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|60355311|gb|DN222284.1|DN222284
EST:     CATATGTCATGTACCCCCCTGGAGTATATGCCCACCCATCTATGCCCCCG                         GGTGCACATCCATTTACTCCTTATGCCATTACTTCTCCAAATGGCAATGCT
genomic: CATATGTCATGTACCCCCCTGGAGTATATGCCCACCCATCTATGCCCCCGgtatgttcaa ... tattgtgcagGGTGCACATCCATTTACTCCTTATGCCATTACTTCTCCAAATGGCAATGCT
EST: gi|211355418|gb|FL036286.1|FL036286
EST:     CATATGTCATGTACCCCCCTGGAGTATATGCCCACCCATCTATGCCCCCG                         GGTGCACATCCATTTACTCCTTATGCCATTACTTCTCCAAATGGCAATGCT
genomic: CATATGTCATGTACCCCCCTGGAGTATATGCCCACCCATCTATGCCCCCGgtatgttcaa ... tattgtgcagGGTGCACATCCATTTACTCCTTATGCCATTACTTCTCCAAATGGCAATGCT
EST: gi|71442579|gb|DR823629.1|DR823629
EST:     CATATGTCATGTACCCCCCTGGAGTATATGCCCACCCATCTATGCCCCCG                         GGTGCACATCCATTTACTCCTTATGCCATTACTTCTCCAAATGGCAATGCT
genomic: CATATGTCATGTACCCCCCTGGAGTATATGCCCACCCATCTATGCCCCCGgtatgttcaa ... tattgtgcagGGTGCACATCCATTTACTCCTTATGCCATTACTTCTCCAAATGGCAATGCT