Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

AACCAGCATACTACAACTATGTATGTGTGATGTTGCTACTGAATGGCATATCACTGTTTGGATGTTTCCTTATTGCAAGTGGAGCTGGATTTGGTTTATGgtacatacagaacactattttcttgatttcttcagagtttatggtaacttattaaccttcaagagcaatctttgatgatgaccccttttgctgtag

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G086497_T01
intron # 5
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM2G086497_T02 (Zea mays), 5'ss of exon 2
lower sequence: LOC_Os03g54920.1 (Oryza sativa), 5'ss of exon 4
AACCAGCATACTACAACTATGTATGTGTGATGTTGCTACTGAATGGCATATCACTGTTTGGATGTTTCCTTATTGCAAGTGGAGCTGGATTTGGTTTATGgtacatacagaacactattttcttgatttcttcagagtttatggtaacttattaaccttcaagagcaatctttgatgatgaccccttttgctgtag
|||||||||| || |||||||| |||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||| | ||    |      || |  | |  ||||| ||  ||| ||| | |   || ||  |||||| | |||||  |  |    | ||| |  ||
AACCAGCATATTATAACTATGTCTGTGCGATGTTACTACTGAATGGCATATCACTGTTTGGATGTTTCCTTGTTGCAACTGGAGCTGGATTTGGTTTATGgtaaacactagcc-----cttttgtagtatttcagtgtg-atgctaattca---acatttgagagcattatttgagca-aatatttcttgttacag
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|149101731|gb|EE187868.2|EE187868
EST:     TCACTGTTTGGATGTTTCCTTATTGCAAGTGGAGCTGGATTTGGTTTATG                         GTTATATAATTTCACAACCGTATGCTATCATTCTCTTTACCTTCCCCTCCT
genomic: TCACTGTTTGGATGTTTCCTTATTGCAAGTGGAGCTGGATTTGGTTTATGgtacatacag ... tttgctgtagGTTATATAATCTCACAACCGTATGCTATCATTCTCTTTACCTTCCCCTCCT
EST: gi|149004863|gb|EE039371.2|EE039371
EST:     TCACTGTTTGGATGTTTCCTTATTGCAAGTGGAGCTGGATTTGGTTTATG                         GTTATATAATTTCACAACCGTATGCTATCATTCTCTTTACCTTCCCCTCCT
genomic: TCACTGTTTGGATGTTTCCTTATTGCAAGTGGAGCTGGATTTGGTTTATGgtacatacag ... tttgctgtagGTTATATAATCTCACAACCGTATGCTATCATTCTCTTTACCTTCCCCTCCT
EST: gi|40334535|gb|CK368605.1|CK368605
EST:     TCACTGTTTGGATGTTTCCTTATTGCAAGTGGAGCTGGATTTGGTTTATG                         GTTATATAATCTCACAACCGTATGCTATCATTCTCTTTACCTTCCCCTCCT
genomic: TCACTGTTTGGATGTTTCCTTATTGCAAGTGGAGCTGGATTTGGTTTATGgtacatacag ... tttgctgtagGTTATATAATCTCACAACCGTATGCTATCATTCTCTTTACCTTCCCCTCCT
EST: gi|16919565|gb|BM074252.1|BM074252
EST:     TCACTGTTTGGATGTTTCCTTATTGCAAGTGGAGCTGGATTTGGTTTATG                         GTTATATAATCTCACAACCGTATGCTATCATTCTCTTTACCTTCCCCTCCT
genomic: TCACTGTTTGGATGTTTCCTTATTGCAAGTGGAGCTGGATTTGGTTTATGgtacatacag ... tttgctgtagGTTATATAATCTCACAACCGTATGCTATCATTCTCTTTACCTTCCCCTCCT
EST: gi|211314374|gb|FL453743.1|FL453743
EST:     TCACTGTTTGGATGTTTCGTTATTGCAAGTGGAGCTGGATTTGGTTTATG                         GTTATATAATCTCACAACCGTATGCTATCATTCTCTTTACCTTTCCCCTCC
genomic: TCACTGTTTGGATGTTTCCTTATTGCAAGTGGAGCTGGATTTGGTTTATGgtacatacag ... tttgctgtagGTTATATAATCTCACAACCGTATGCTATCATTCTCTTTACCTT-CCCCTCC
EST: gi|32928610|gb|CF033422.1|CF033422
EST:     TCACTGTTTGGATGTTTCCTTATTGCAAGTGGAGCTGGATTTGGTTTATG                         GTTATATAATCTCACAACCGTATGCTATCATTCTCTTTACCTTCCCCTCCT
genomic: TCACTGTTTGGATGTTTCCTTATTGCAAGTGGAGCTGGATTTGGTTTATGgtacatacag ... tttgctgtagGTTATATAATCTCACAACCGTATGCTATCATTCTCTTTACCTTCCCCTCCT
EST: gi|28982919|gb|BQ538440.2|BQ538440
EST:     TCACTGTTTGGATGTTTCCTTATTGCAAGTGGAGCTGGATTTGGTTTATG                         GTTATATAATCTCACAACCGTATGCTATCATTCTCTTTACCTTCCCCTCCT
genomic: TCACTGTTTGGATGTTTCCTTATTGCAAGTGGAGCTGGATTTGGTTTATGgtacatacag ... tttgctgtagGTTATATAATCTCACAACCGTATGCTATCATTCTCTTTACCTTCCCCTCCT
EST: gi|113601941|gb|DW766559.1|DW766559
EST:     CTGGATTTGGTTTATG                         GTTATATAATCTCACAACCGTATGCTATCATTCTCTTTACCTTCCCCTCCT
genomic: CTGGATTTGGTTTATGgtacatacag ... tttgctgtagGTTATATAATCTCACAACCGTATGCTATCATTCTCTTTACCTTCCCCTCCT
EST: gi|91051590|gb|EB162008.1|EB162008
EST:     TCACTGTTTGGATGTTTCCTTATTGCAAGTGGAGCTGGATTTGGTTTATG                         GTTATATAATCTCACAACCGTATGCTATCATTCTCTTTACCTTCCCCTCCT
genomic: TCACTGTTTGGATGTTTCCTTATTGCAAGTGGAGCTGGATTTGGTTTATGgtacatacag ... tttgctgtagGTTATATAATCTCACAACCGTATGCTATCATTCTCTTTACCTTCCCCTCCT
EST: gi|6865283|gb|AW360633.1|AW360633
EST:     TCACTGTTTGGATGTTTCCTTATTGCAAGTGGAGCTGGATTTGGTTTATG                         GTTATATAATCTCACAACCGTATGCTATCATTCTCTTTACCTTCCCCTCCT
genomic: TCACTGTTTGGATGTTTCCTTATTGCAAGTGGAGCTGGATTTGGTTTATGgtacatacag ... tttgctgtagGTTATATAATCTCACAACCGTATGCTATCATTCTCTTTACCTTCCCCTCCT
EST: gi|116814069|gb|EC856569.1|EC856569
EST:     TCACTGTTTGGATGTTTCGTTATTGCAAGTGGAGCTGGATTTGGTTTATG                         GTTATATAATCTCACAACCGTATGCTATCATTCTCTTTACCTTCCCCTCCT
genomic: TCACTGTTTGGATGTTTCCTTATTGCAAGTGGAGCTGGATTTGGTTTATGgtacatacag ... tttgctgtagGTTATATAATCTCACAACCGTATGCTATCATTCTCTTTACCTTCCCCTCCT
EST: gi|37376236|gb|CF624626.1|CF624626
EST:     TCACTGTTTGGATGTTTCCTTATTGCAAGTGGAGCTGGATTTGGTTTATG                         GTTATATAATCTCACAACCGTATGCTATCATTCTCTTTACCTTCCCCTCCT
genomic: TCACTGTTTGGATGTTTCCTTATTGCAAGTGGAGCTGGATTTGGTTTATGgtacatacag ... tttgctgtagGTTATATAATCTCACAACCGTATGCTATCATTCTCTTTACCTTCCCCTCCT
EST: gi|149077476|gb|EE166172.2|EE166172
EST:     TCACTGTTTGGATGTTTCCTTATTGCAAGTGGAGCTGGATTTGGTTTATG                         GTTATATAATCTCACAACCGTATGCTATCATTCTCTTTACCTTCCCCTCCT
genomic: TCACTGTTTGGATGTTTCCTTATTGCAAGTGGAGCTGGATTTGGTTTATGgtacatacag ... tttgctgtagGTTATATAATCTCACAACCGTATGCTATCATTCTCTTTACCTTCCCCTCCT
EST: gi|20507678|gb|BQ279726.1|BQ279726
EST:     TCACTGTTTGGATGTTTCCTTATTGCAAGTGGAGCTGGATTTGGTTTATG                         GTTATATAATCTCACAACCGTATGCTATCATTCTCTTTACCTTCCCCTCCT
genomic: TCACTGTTTGGATGTTTCCTTATTGCAAGTGGAGCTGGATTTGGTTTATGgtacatacag ... tttgctgtagGTTATATAATCTCACAACCGTATGCTATCATTCTCTTTACCTTCCCCTCCT
EST: gi|211021098|gb|FL442866.1|FL442866
EST:     TCACTGTTTGGATGTTTCCTTATTGCAAGTGGAGCTGGATTTGGTTTATG                         GTTATATAATCTCACAACCGTATGCTATCATTCTCTTTACCTTCCCCTCCT
genomic: TCACTGTTTGGATGTTTCCTTATTGCAAGTGGAGCTGGATTTGGTTTATGgtacatacag ... tttgctgtagGTTATATAATCTCACAACCGTATGCTATCATTCTCTTTACCTTCCCCTCCT
EST: gi|211067046|gb|FL326742.1|FL326742
EST:     TCACTGTTTGGATGTTTCCTTATTGCAAGTGGAGCTGGATTTGGTTTATG                         GTTATATAATCTCACAACCGTATGCTATCATTCTCTTTACCTTCCCCTCCT
genomic: TCACTGTTTGGATGTTTCCTTATTGCAAGTGGAGCTGGATTTGGTTTATGgtacatacag ... tttgctgtagGTTATATAATCTCACAACCGTATGCTATCATTCTCTTTACCTTCCCCTCCT
EST: gi|71310300|gb|DR791442.1|DR791442
EST:     TCACTGTTTGGATGTTTCCTTATTGCAAGTGGAGCTGGATTTGGTTTATG                         GTTATATAATCTCACAACCGTATGCTATCATTCTCTTTACCTTCCCCTCCT
genomic: TCACTGTTTGGATGTTTCCTTATTGCAAGTGGAGCTGGATTTGGTTTATGgtacatacag ... tttgctgtagGTTATATAATCTCACAACCGTATGCTATCATTCTCTTTACCTTCCCCTCCT
EST: gi|71306891|gb|DR789602.1|DR789602
EST:     TCACTGTTTGGATGTTTCCTTATTGCAAGTGGAGCTGGATTTGGTTTATG                         GTTATATAATCTCACAACCGTATGCTATCATTCTCTTTACCTTCCCCTCCT
genomic: TCACTGTTTGGATGTTTCCTTATTGCAAGTGGAGCTGGATTTGGTTTATGgtacatacag ... tttgctgtagGTTATATAATCTCACAACCGTATGCTATCATTCTCTTTACCTTCCCCTCCT

Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
AACCAGCATACTACAACTATGTATGTGTGATGTTGCTACTGAATGGCATATCACTGTTTGGATGTTTCCTTATTGCAAGTGGAGCTGGATTTGGTTTATGgtacatacagaacactattttcttgatttcttcagagtttatggtaacttattaaccttcaagagcaatctttgatgatgaccccttttgctgtag

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  AGTGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GTGGAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  GCTGGA