1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' | 9 5' 3' | 10 5' 3' | 11 5' 3' | 12 5' 3' | 13 5' 3' |
TGTTCGCCGCACAGTCAATTCAGCTGGGTATCAATGATATTGTTGTGGCAGGTGGCATGGAAAGCATGTCCAATGCCCCAAAGTACATTGCTGAAGCTAGgtatgcaaagtactgtcttgatacatccagtggtgccggtgcattaccaaagcatatcttgagttatttcacatataggagctgtttacttatttaaatt...
species | Zea mays |
transcript | GRMZM2G085474_T02 |
intron # | 5 |
splice site | 5' |
intron type | U2 |
EST: GGTGGCATGGAAAGCATGTCCAATGCCCCAAAGTACATTGCTGAAGCTAG GAAAGGGTCTCGTTTTGGACATGACACACTTGTTGATGCCATGCTTAAGGAEST: gi|211388476|gb|FL095525.1|FL095525
genomic: GGTGGCATGGAAAGCATGTCCAATGCCCCAAAGTACATTGCTGAAGCTAGgtatgcaaag ... acgaatgcagGAAAGGGTCTCGTTTTGGACATGACACACTTGTTGATGCCATGCTTAAGGA
EST: GGTGGCATGGAAAGCATGTCCAACGCCC-AAAGTACATTGCTGAAGCTAG GAAAGGGTCTCNGTTTTG-ACATGACACACTTGTTGATGCCATGCTAAAGGEST: gi|149045418|gb|EE047840.2|EE047840
genomic: GGTGGCATGGAAAGCATGTCCAATGCCCCAAAGTACATTGCTGAAGCTAGgtatgcaaag ... acgaatgcagGAAAGGGTCTC-GTTTTGGACATGACACACTTGTTGATGCCATGCTTAAGG
EST: GGTGGCATGGAAAGCATGTCCAATGCCCCAAAGTACTTTGCTGAAGCTAG GAAAGGGTCTCGTTTEST: gi|148965113|gb|EE015927.2|EE015927
genomic: GGTGGCATGGAAAGCATGTCCAATGCCCCAAAGTACATTGCTGAAGCTAGgtatgcaaag ... acgaatgcagGAAAGGGTCTCGTTT
EST: GGTGGCATGGAAAGCATGTCCAATGCCCCAAAGTACATTGCTGAAGCTAG GAAAGGGTCTCGTTTTGGACATGACACACTTGTTGATGCCATGCTTAAGGAEST: gi|31358163|gb|CD442520.1|CD442520
genomic: GGTGGCATGGAAAGCATGTCCAATGCCCCAAAGTACATTGCTGAAGCTAGgtatgcaaag ... acgaatgcagGAAAGGGTCTCGTTTTGGACATGACACACTTGTTGATGCCATGCTTAAGGA
EST: GGTGGCATGGAAAGCATGTCCAACGCCCCAAAGTACATTGCTGAAGCTAG GAAAGGGTCTCGTTTTGGACATGACACACTTGTTGATGCCATGCTTAAGGAEST: gi|211391121|gb|FL095544.1|FL095544
genomic: GGTGGCATGGAAAGCATGTCCAATGCCCCAAAGTACATTGCTGAAGCTAGgtatgcaaag ... acgaatgcagGAAAGGGTCTCGTTTTGGACATGACACACTTGTTGATGCCATGCTTAAGGA
EST: GGTGGCATGGAAAGCATGTCCAATGCCCCAAAGTACATTGCTGAAGCTAG GAAAGGGTCTCGTTTTGGACATGACACACTTGTTGATGCCATGCTTAAGGAEST: gi|211388481|gb|FL095530.1|FL095530
genomic: GGTGGCATGGAAAGCATGTCCAATGCCCCAAAGTACATTGCTGAAGCTAGgtatgcaaag ... acgaatgcagGAAAGGGTCTCGTTTTGGACATGACACACTTGTTGATGCCATGCTTAAGGA
EST: GGTGGCATGGAAAGCATGTCCAATGCCCCAAAGT-CATTGCTGAAGCTAG GAAAGGGGCTCGTTTTTGACATGACACACTEST: gi|149008746|gb|EE040943.2|EE040943
genomic: GGTGGCATGGAAAGCATGTCCAATGCCCCAAAGTACATTGCTGAAGCTAGgtatgcaaag ... acgaatgcagGAAAGGGTCTCGTTTTGGACATGACACACT
EST: GGTGGCATGGAAAGCATGTCCAATGCCCCAAAGTACATTGCTGAAGCTAG GAAAGGGTCTCGTTTTGGACATGACACACTTGTTGATGCCATGCTTAAGGAEST: gi|37421375|gb|CF648386.1|CF648386
genomic: GGTGGCATGGAAAGCATGTCCAATGCCCCAAAGTACATTGCTGAAGCTAGgtatgcaaag ... acgaatgcagGAAAGGGTCTCGTTTTGGACATGACACACTTGTTGATGCCATGCTTAAGGA
EST: GGTGGCATGGAAAGCATGTCCAATGCCCCAAAGTACATTGCTGAAGCTAG GAAAGGGTCTCGTTTTGGACATGACACACTTGTTGATGCCATGCTTAAGGAEST: gi|211385847|gb|FL095517.1|FL095517
genomic: GGTGGCATGGAAAGCATGTCCAATGCCCCAAAGTACATTGCTGAAGCTAGgtatgcaaag ... acgaatgcagGAAAGGGTCTCGTTTTGGACATGACACACTTGTTGATGCCATGCTTAAGGA
EST: GGTGGCATGGAAAGCATGTCCAATGCCCCAAAGTACATTGCTGAAGCTAG GAAAGGGTCTCGTTTTGGACATGACACACTTGTTGATGCCATGCTTAAGGAEST: gi|32863231|gb|CF002913.1|CF002913
genomic: GGTGGCATGGAAAGCATGTCCAATGCCCCAAAGTACATTGCTGAAGCTAGgtatgcaaag ... acgaatgcagGAAAGGGTCTCGTTTTGGACATGACACACTTGTTGATGCCATGCTTAAGGA
EST: GGTGGCATGGAAAGCATGTCCAATGCCCCAAAGTACATTGCTGAAGCTAG GAAAGGGTCTCGTTTTGGACATGACACACTTGTTGATGCCATGCTTAAGGAEST: gi|149050402|gb|EE155650.2|EE155650
genomic: GGTGGCATGGAAAGCATGTCCAATGCCCCAAAGTACATTGCTGAAGCTAGgtatgcaaag ... acgaatgcagGAAAGGGTCTCGTTTTGGACATGACACACTTGTTGATGCCATGCTTAAGGA
EST: GGTGGCATGGAAAGCATGTCCAATGCCCCAAAGTACATTGCTGAAGCTAG GAAAGGGTCTCGTTTTGGACATGACACACTTGTTGATGCCATGCTTAAGGA
genomic: GGTGGCATGGAAAGCATGTCCAATGCCCCAAAGTACATTGCTGAAGCTAGgtatgcaaag ... acgaatgcagGAAAGGGTCTCGTTTTGGACATGACACACTTGTTGATGCCATGCTTAAGGA
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| TGTTCGCCGCACAGTCAATTCAGCTGGGTATCAATGATATTGTTGTGGCAGGTGGCATGGAAAGCATGTCCAATGCCCCAAAGTACATTGCTGAAGCTAGgtatgcaaagtactgtcttgatacatccagtggtgccggtgcattaccaaagcatatcttgagttatttcacatataggagctgtttacttatttaaatt
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CATGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CTGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGAAGC