Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

GTTGGTGAATTGATTGGTGGAAGCCAAAGGGAGGAACGGTTAGATGTTCTGAAACAGAGgtatgtgctatgctgaacttaaaggttgaaacatttgtttttttatcttatctaacagtattccacttaaacctgtggaaacatattgtattgctactca...

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G083836_T01
intron # 5
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM2G083836_T01 (Zea mays), 5'ss of exon 5
lower sequence: LOC_Os01g27520.2 (Oryza sativa), 5'ss of exon 5
GTTGGTGAATTGATTGGTGGAAGCCAAAGGGAGGAACGGTTAGATGTTCTGAAACAGAGgtatgtgctatgctgaacttaaaggttgaaacatttgtttttttatcttatctaacagtattccacttaaacctgtggaaacatat-tgtattgctactca---
|||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||  | ||  |||| |||   ||||||| |  ||||| ||||| |||    | | ||||  |    | | |  |   | ||   |      |  | | ||| |   | | ||  |    |   |   
GTTGGTGAGTTGGTTGGTGGAAGCCAAAGGGAGGAACGTCTGGACCTTCTCAAAACAAGgtatgcg--atgctcaacttcaagcagaagatattt--tggaatctttagtacgatagctattgttccatgcttttggtattctctctgcttaatcaaatagta
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|211129628|gb|FL442090.1|FL442090
EST:     TTGATTGGTGGAAGCCAAAGGGAGGAACGGTTAGATGTTCTGAAACAGAG                         GATACTTGATGCTGGCCTGCCTTTGGAACCCTATGAATGGTACTTGGACCT
genomic: TTGATTGGTGGAAGCCAAAGGGAGGAACGGTTAGATGTTCTGAAACAGAGgtatgtgcta ... tacttggcagGATACTTGATGCTGGCCTGCCTTTGGAACCCTATGAATGGTACTTGGACCT
EST: gi|21626297|gb|BQ621218.1|BQ621218
EST:     CTGAAACAGAG                         GATACTTGATGCTGGCCTGCCTTTGGAACCCTATGAATGGTACTTGGACCT
genomic: CTGAAACAGAGgtatgtgcta ... tacttggcagGATACTTGATGCTGGCCTGCCTTTGGAACCCTATGAATGGTACTTGGACCT
EST: gi|33100320|gb|CF060280.1|CF060280
EST:     AAGATTGGTGGAAGCCAAAGGGAGGAACGGTTAGATGTTCTGAAACAGAG                         GATACTTGATGCTGGCCTGCCTTTGGAACCCTATGAATGGT
genomic: TTGATTGGTGGAAGCCAAAGGGAGGAACGGTTAGATGTTCTGAAACAGAGgtatgtgcta ... tacttggcagGATACTTGATGCTGGCCTGCCTTTGGAACCCTATGAATGGT
EST: gi|8368904|gb|BE051849.1|BE051849
EST:     TTGATTGGTGGAAGCCAAAGGGAGGAACGGTTAGATGTTCTGAAACAGAG                         GATACTTGATGCTGGCCTGCCTTTGGAACCCTATGAATGGTACTTGGACCT
genomic: TTGATTGGTGGAAGCCAAAGGGAGGAACGGTTAGATGTTCTGAAACAGAGgtatgtgcta ... tacttggcagGATACTTGATGCTGGCCTGCCTTTGGAACCCTATGAATGGTACTTGGACCT
EST: gi|40334584|gb|CK368654.1|CK368654
EST:     TTGATTGGTGGAAGCCAAAGGGAGGAACGGTTAGATGTTCTGAAACAGAG                         GATACTTGATGCTGGCCTGCCTTTGGAACCCTATGAATGGTACTTGGACCT
genomic: TTGATTGGTGGAAGCCAAAGGGAGGAACGGTTAGATGTTCTGAAACAGAGgtatgtgcta ... tacttggcagGATACTTGATGCTGGCCTGCCTTTGGAACCCTATGAATGGTACTTGGACCT
EST: gi|31355350|gb|CD439707.1|CD439707
EST:     TTGATTGGTGGAAGCCAAAGGGAGGAACGGTTAGATGTTCTGAAACAGAG                         GATACTTGATGCTGGCCTGCCTTTGGAACCCTATGAATGGTACTTGGCCCT
genomic: TTGATTGGTGGAAGCCAAAGGGAGGAACGGTTAGATGTTCTGAAACAGAGgtatgtgcta ... tacttggcagGATACTTGATGCTGGCCTGCCTTTGGAACCCTATGAATGGTACTTGGACCT
EST: gi|4610072|gb|AI600911.1|AI600911
EST:     TTGATTGGTGGAAGCCAAAGGGAGGAACGGTTAGATGTTCTGAAACAGAG                         GATACTTGATGCTGGCCTGCCTTTGGAACCCTATGAATGGTACTTGGACCT
genomic: TTGATTGGTGGAAGCCAAAGGGAGGAACGGTTAGATGTTCTGAAACAGAGgtatgtgcta ... tacttggcagGATACTTGATGCTGGCCTGCCTTTGGAACCCTATGAATGGTACTTGGACCT
EST: gi|32843846|gb|CD983527.1|CD983527
EST:     TTGATTGGTGGAAGCCAAAGGGAGGAACGGTTAGATGCTCTGAAACAGAG                         GATACTTGATGCTGGCCTGCCTTTGGAACCCTATGAATGGTA
genomic: TTGATTGGTGGAAGCCAAAGGGAGGAACGGTTAGATGTTCTGAAACAGAGgtatgtgcta ... tacttggcagGATACTTGATGCTGGCCTGCCTTTGGAACCCTATGAATGGTA
EST: gi|32935917|gb|CF040729.1|CF040729
EST:     TTGATTGGTGGAAGCCAAAGGGAGGAACGGTTAGATGTTCTGAAACAGAG                         GATACTTGATGCTGGCCTGCCTTTGGAACCCTATGAATGGTACTTGGACCT
genomic: TTGATTGGTGGAAGCCAAAGGGAGGAACGGTTAGATGTTCTGAAACAGAGgtatgtgcta ... tacttggcagGATACTTGATGCTGGCCTGCCTTTGGAACCCTATGAATGGTACTTGGACCT
EST: gi|19351358|gb|BM895890.1|BM895890
EST:     TTGATTGGTGGAAGCCAAAGGGAGGAACGGTTAGATGTTCTGAAACAGAG                         GATACTTGATGCTGGCCTGCCTTTGGAACCCTATGAATGGTACTTGGACCT
genomic: TTGATTGGTGGAAGCCAAAGGGAGGAACGGTTAGATGTTCTGAAACAGAGgtatgtgcta ... tacttggcagGATACTTGATGCTGGCCTGCCTTTGGAACCCTATGAATGGTACTTGGACCT
EST: gi|61119073|gb|DN560034.1|DN560034
EST:     TTGATTGGTGGAAGCCAAAGGGAGGAACGGTTAGATGTTCTGAAACAGAG                         GATACTTGATGCTGGCCTGCCTTTGGAACCCTATGAATGGTACTTGGACCT
genomic: TTGATTGGTGGAAGCCAAAGGGAGGAACGGTTAGATGTTCTGAAACAGAGgtatgtgcta ... tacttggcagGATACTTGATGCTGGCCTGCCTTTGGAACCCTATGAATGGTACTTGGACCT
EST: gi|17929648|gb|BM266608.1|BM266608
EST:     TTGATTGGTGGAAGCCAAAGGGAGGAACGGTTAGATGTTCTGAAACAGAG                         GATACTTGATGCTGGCCTGCCTTTGGAACCCTATGAATGGTACTTGGACCT
genomic: TTGATTGGTGGAAGCCAAAGGGAGGAACGGTTAGATGTTCTGAAACAGAGgtatgtgcta ... tacttggcagGATACTTGATGCTGGCCTGCCTTTGGAACCCTATGAATGGTACTTGGACCT
EST: gi|78026378|gb|DV494765.1|DV494765
EST:     TTGATTGGTGGAAGCCAAAGGGAGGAACGGTTAGATGTTCTGAAACAGAG                         GATACTTGATGCTGGCCTGCCTTTGGAACCCTATGAATGGTACTTGGACCT
genomic: TTGATTGGTGGAAGCCAAAGGGAGGAACGGTTAGATGTTCTGAAACAGAGgtatgtgcta ... tacttggcagGATACTTGATGCTGGCCTGCCTTTGGAACCCTATGAATGGTACTTGGACCT
EST: gi|148938651|gb|EC882983.2|EC882983
EST:     TTGATTGGTGGAAGCCAAAGGGAGGAACGGTTAGATGTTCTGAAACAGAG                         GATACTTGATGCTGGCCTGCCTTTGGAACCCTATGAATGGTACTTGGACCT
genomic: TTGATTGGTGGAAGCCAAAGGGAGGAACGGTTAGATGTTCTGAAACAGAGgtatgtgcta ... tacttggcagGATACTTGATGCTGGCCTGCCTTTGGAACCCTATGAATGGTACTTGGACCT
EST: gi|32929972|gb|CF034784.1|CF034784
EST:     TTGATTGGTGGAAGCCAAAGGGAGGACCGGTTAGATGTTCTGAAACAGAG                         GATACTTGATGCTGGCCTGCCTTTGGAACCCTATGAATGGT
genomic: TTGATTGGTGGAAGCCAAAGGGAGGAACGGTTAGATGTTCTGAAACAGAGgtatgtgcta ... tacttggcagGATACTTGATGCTGGCCTGCCTTTGGAACCCTATGAATGGT
EST: gi|213171245|gb|FM192549.1|FM192549
EST:     TTGATTGGTGGAAGCCAAAGGGAGGAACGGTTAGATGTTCTGAAACAGAG                         GATACTTGATGCTGGCCTGCCTTTGGAACCCTATGAATGGTACTTGGACCT
genomic: TTGATTGGTGGAAGCCAAAGGGAGGAACGGTTAGATGTTCTGAAACAGAGgtatgtgcta ... tacttggcagGATACTTGATGCTGGCCTGCCTTTGGAACCCTATGAATGGTACTTGGACCT
EST: gi|32933328|gb|CF038140.1|CF038140
EST:     TTGATTGGTGGAAGCCAAAGGGAGGAACGGTTAGATGTTCTGAAACAGAG                         GATACTTGATGCTGGCCTGCCTTTGGAACCCTATGAATGGT
genomic: TTGATTGGTGGAAGCCAAAGGGAGGAACGGTTAGATGTTCTGAAACAGAGgtatgtgcta ... tacttggcagGATACTTGATGCTGGCCTGCCTTTGGAACCCTATGAATGGT
EST: gi|148983060|gb|EE028970.2|EE028970
EST:     TTGATTGGTGGAAGCCAAAGGGAGGAACGGTTAGATGTTTTGAAACAGAG                         GATACTTGATGCTGGCCTGCCTTTGGAACCCTATGAATGGTACTTGGACCT
genomic: TTGATTGGTGGAAGCCAAAGGGAGGAACGGTTAGATGTTCTGAAACAGAGgtatgtgcta ... tacttggcagGATACTTGATGCTGGCCTGCCTTTGGAACCCTATGAATGGTACTTGGACCT
EST: gi|5343238|gb|AI795423.1|AI795423
EST:     TTGATTGGTGGAAGCCAAAGGGAGGAACGGTTAGATGTTCTGAAACAGAG                         GATACTTGATGCTGGCCTGCCTTTGGAACCCTATGAATGGTACTTGGACCT
genomic: TTGATTGGTGGAAGCCAAAGGGAGGAACGGTTAGATGTTCTGAAACAGAGgtatgtgcta ... tacttggcagGATACTTGATGCTGGCCTGCCTTTGGAACCCTATGAATGGTACTTGGACCT
EST: gi|149095952|gb|EE181618.2|EE181618
EST:     TTGATTGGTGGAAGCCAAAGGGAGGAACGGTTAGATGTTTTGAAACAGAG                         GATACTTGATGCTGGCCTGCCTTTGGAACCCTATGAATGGTACTTGGACCT
genomic: TTGATTGGTGGAAGCCAAAGGGAGGAACGGTTAGATGTTCTGAAACAGAGgtatgtgcta ... tacttggcagGATACTTGATGCTGGCCTGCCTTTGGAACCCTATGAATGGTACTTGGACCT
EST: gi|78544242|gb|DV621740.1|DV621740
EST:     TTGATTGGTGGAAGCCAAAGGGAGGAACGGTTAGATGTTCTGAAACAGAG                         GATACTTGATGCTGGCCTGCCTTTGGAACCCTATGAATGGTACTTGGACCT
genomic: TTGATTGGTGGAAGCCAAAGGGAGGAACGGTTAGATGTTCTGAAACAGAGgtatgtgcta ... tacttggcagGATACTTGATGCTGGCCTGCCTTTGGAACCCTATGAATGGTACTTGGACCT
EST: gi|7227809|gb|AW566450.1|AW566450
EST:     AAGCCAAAGGGAGGATCGGTTAGATGTTCTGAAACAGAG                         GATACTTGATGCTGGCCTGCCTTTGGAACCCTATGAATGGTACTTGGACCT
genomic: AAGCCAAAGGGAGGAACGGTTAGATGTTCTGAAACAGAGgtatgtgcta ... tacttggcagGATACTTGATGCTGGCCTGCCTTTGGAACCCTATGAATGGTACTTGGACCT
EST: gi|5108415|gb|AI740128.1|AI740128
EST:     TTGATTGGTGGAAGCCAAAGGGAGGAACGGTTAGATGTTCTGAAACAGAG                         GATACTTGATGCTGGCCTGCCTTTGGAACCCTATGAATGGTACTTGGACCT
genomic: TTGATTGGTGGAAGCCAAAGGGAGGAACGGTTAGATGTTCTGAAACAGAGgtatgtgcta ... tacttggcagGATACTTGATGCTGGCCTGCCTTTGGAACCCTATGAATGGTACTTGGACCT
EST: gi|19769665|gb|BQ034386.1|BQ034386
EST:     TTGATTGGTGGAAGCCCAAGGGAGGAACGGTTAGATGTTCTGAAACAGAG                         GATACTTGATGCTGGCCTGCCTTTGGAACCCTATGAATGGTACTTGGACCT
genomic: TTGATTGGTGGAAGCCAAAGGGAGGAACGGTTAGATGTTCTGAAACAGAGgtatgtgcta ... tacttggcagGATACTTGATGCTGGCCTGCCTTTGGAACCCTATGAATGGTACTTGGACCT
EST: gi|33100053|gb|CF060013.1|CF060013
EST:     TTGATTGGTGGAAGCCAAAGGGAGGAACGGTTAGATGTTCTGAAACAGAG                         GATACTTGATGCTGGCCTGCCTTTGGAACCCTATGAATGGTAC
genomic: TTGATTGGTGGAAGCCAAAGGGAGGAACGGTTAGATGTTCTGAAACAGAGgtatgtgcta ... tacttggcagGATACTTGATGCTGGCCTGCCTTTGGAACCCTATGAATGGTAC
EST: gi|15209114|gb|BI430998.1|BI430998
EST:     TTGATTGGTGGAAGCCAAAGGGAGGAACGGTTAGATGTTCTGAAACAGAG                         GATACTTGATGCTGGCCTGCCTTTGGAACCCTATGAATGGTACTTGGACCT
genomic: TTGATTGGTGGAAGCCAAAGGGAGGAACGGTTAGATGTTCTGAAACAGAGgtatgtgcta ... tacttggcagGATACTTGATGCTGGCCTGCCTTTGGAACCCTATGAATGGTACTTGGACCT
EST: gi|5608055|gb|AI901722.1|AI901722
EST:     TTGATTGGTGGAAGCCAAAGGGAGGAACGGTTAGATGTTCTGAAACAGAG                         GATACTTGATGCTGGCCTGCCTTTGGAACCCTATGAATGGTACTTGGACCT
genomic: TTGATTGGTGGAAGCCAAAGGGAGGAACGGTTAGATGTTCTGAAACAGAGgtatgtgcta ... tacttggcagGATACTTGATGCTGGCCTGCCTTTGGAACCCTATGAATGGTACTTGGACCT
EST: gi|148995953|gb|EE035199.2|EE035199
EST:     TTGATTGGTGGAAGCCAAAGGGAGGAACGGTTAGATGTTTTGAAACAGAG                         GATACTTGATGCTGGCCTGCCTTTGGAACCCTATGAATGGTACTTGGACCT
genomic: TTGATTGGTGGAAGCCAAAGGGAGGAACGGTTAGATGTTCTGAAACAGAGgtatgtgcta ... tacttggcagGATACTTGATGCTGGCCTGCCTTTGGAACCCTATGAATGGTACTTGGACCT
EST: gi|33099622|gb|CF059582.1|CF059582
EST:     TTGATTGGTGGAAGCCAAAGGGAGGAACGGTTAGATGTTCTGAAACAGAG                         GATACTTGATGCTGGCCTGCCTTTGGAACCCTATGAATGGT
genomic: TTGATTGGTGGAAGCCAAAGGGAGGAACGGTTAGATGTTCTGAAACAGAGgtatgtgcta ... tacttggcagGATACTTGATGCTGGCCTGCCTTTGGAACCCTATGAATGGT
EST: gi|148958201|gb|EC904407.2|EC904407
EST:     TTGATTGGTGGAAGCCAAAGGGAGGAACGGTTAGATGTTTTGAAACAGAG                         GATACTTGATGCTGGCCTGCCTTTGGAACCCTATGAATGGTACTTGGACCT
genomic: TTGATTGGTGGAAGCCAAAGGGAGGAACGGTTAGATGTTCTGAAACAGAGgtatgtgcta ... tacttggcagGATACTTGATGCTGGCCTGCCTTTGGAACCCTATGAATGGTACTTGGACCT
EST: gi|19272530|gb|BM888786.1|BM888786
EST:     TTGATTGGTGGAAGCCAAAGGGAGGAACGGTTAGATGTTCTGAAACAGAG                         GATACTTGATGCTGGCCTGCCTTTGGAACCCTATGAATGGTACTTGGACCT
genomic: TTGATTGGTGGAAGCCAAAGGGAGGAACGGTTAGATGTTCTGAAACAGAGgtatgtgcta ... tacttggcagGATACTTGATGCTGGCCTGCCTTTGGAACCCTATGAATGGTACTTGGACCT
EST: gi|6653859|gb|AW267264.1|AW267264
EST:     TTGATTGGTGGAAGCCAAAGGGAGGAACGGTTAGATGTTCTGAAACAGAG                         GATACTTGATGCTGGCCTGCCTTTGGAACCCTATGAATGGTACTTGGACCT
genomic: TTGATTGGTGGAAGCCAAAGGGAGGAACGGTTAGATGTTCTGAAACAGAGgtatgtgcta ... tacttggcagGATACTTGATGCTGGCCTGCCTTTGGAACCCTATGAATGGTACTTGGACCT
EST: gi|32857324|gb|CD997005.1|CD997005
EST:     TTGATTGGTGGAAGCCAAAGGGAGGAACGGTTAGATGTTCTGAAACAGAG                         GATACTTGATGCTGGCCTGCCTTTGGAACCCTATGAATGGTACTTGGACCT
genomic: TTGATTGGTGGAAGCCAAAGGGAGGAACGGTTAGATGTTCTGAAACAGAGgtatgtgcta ... tacttggcagGATACTTGATGCTGGCCTGCCTTTGGAACCCTATGAATGGTACTTGGACCT
EST: gi|60340066|gb|DN207039.1|DN207039
EST:     TTGATTGGTGGAAGCCAAAGGGAGGAACGGTTAGATGTTCTGAAACAGAG                         GATACTTGATGCTGGCCTGCCTTTGGAACCCTATGAATGGTACTTGGACCT
genomic: TTGATTGGTGGAAGCCAAAGGGAGGAACGGTTAGATGTTCTGAAACAGAGgtatgtgcta ... tacttggcagGATACTTGATGCTGGCCTGCCTTTGGAACCCTATGAATGGTACTTGGACCT
EST: gi|83279166|gb|DV943174.1|DV943174
EST:     TTGATTGGTGGAAGCCAAAGGGAGGAACGGTTAGATGTTCTGAAACAGAG                         GATACTTGATGCTGGCCTGCCTTTGGAACCCTATGAATGGTACTTGGACCT
genomic: TTGATTGGTGGAAGCCAAAGGGAGGAACGGTTAGATGTTCTGAAACAGAGgtatgtgcta ... tacttggcagGATACTTGATGCTGGCCTGCCTTTGGAACCCTATGAATGGTACTTGGACCT
EST: gi|6403398|gb|AW171873.1|AW171873
EST:     TTGATTGGTGGAAGCCAAAGGGAGGAACGGTTAGATGTTCTGAAACAGAG                         GATACTTGATGCTGGCCTGCCTTTGGAACCCTATGAATGGTACTTGGACCT
genomic: TTGATTGGTGGAAGCCAAAGGGAGGAACGGTTAGATGTTCTGAAACAGAGgtatgtgcta ... tacttggcagGATACTTGATGCTGGCCTGCCTTTGGAACCCTATGAATGGTACTTGGACCT
EST: gi|15082868|gb|BI389552.1|BI389552
EST:     TTGATTGGTGGAAGCCAAAGGGAGGAACGGTTAGATGTTCTGAAACAGAG                         GATACTTGATGCTGGCCTGCCTTTGGAACCCTATGAATGGTACTTGGACCT
genomic: TTGATTGGTGGAAGCCAAAGGGAGGAACGGTTAGATGTTCTGAAACAGAGgtatgtgcta ... tacttggcagGATACTTGATGCTGGCCTGCCTTTGGAACCCTATGAATGGTACTTGGACCT
EST: gi|44901355|gb|CK827900.1|CK827900
EST:     TTGATTGGTGGAAGCCAAAGGGAGGAACGGTTAGATGTTCTGAAACAGAG                         GATACTTGATGCTGGCCTGCCTTTGGAACCCTATGAATGGTACTTGGACCT
genomic: TTGATTGGTGGAAGCCAAAGGGAGGAACGGTTAGATGTTCTGAAACAGAGgtatgtgcta ... tacttggcagGATACTTGATGCTGGCCTGCCTTTGGAACCCTATGAATGGTACTTGGACCT
EST: gi|5804583|gb|AI979553.1|AI979553
EST:     TTGATTGGTGGAAGCCAAAGGGAGGAACGGTTAGATGTTCTGAAACAGAG                         GATACTTGATGCTGGCCTGCCTTTGGAACCCTATGAATGGTACTTGGACCT
genomic: TTGATTGGTGGAAGCCAAAGGGAGGAACGGTTAGATGTTCTGAAACAGAGgtatgtgcta ... tacttggcagGATACTTGATGCTGGCCTGCCTTTGGAACCCTATGAATGGTACTTGGACCT

Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
GTTGGTGAATTGATTGGTGGAAGCCAAAGGGAGGAACGGTTAGATGTTCTGAAACAGAGgtatgtgctatgctgaacttaaaggttgaaacatttgtttttttatcttatctaacagtattccacttaaacctgtggaaacatattgtattgctactca

- - - - - - - TGGTGG
- - - - - - -  GGTGGA
- - - - - - - -  TGGAAG
- - - - - - - - - - - - - -  GGAGGA