1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' |
GCAAGTCTCGATAGAGGAAGGAGAAGGCAAGGCAAAGGACCTTGGTGTCATGTTTATTGAAACCAGTGCTAAAGCTGGGTTTAACATTAAGgtatgcttcagaaatataaactgcttgcttgtctcatttcataagttgggttcatattgaacatgcttctaaaaaaagggcaaatctagtgccaggggct...
species | Zea mays |
transcript | GRMZM2G075719_T01 |
intron # | 5 |
splice site | 5' |
intron type | U2 |
EST: TGTTTATTGAAACCAGTGCTAAAGCTGGGTTTAACATTAAG GCGCTGTTCCGTAAAATTGCTGCTGCCCTTCCTGGTATGGAGACACTCTCAEST: gi|211458655|gb|FL157796.1|FL157796
genomic: TGTTTATTGAAACCAGTGCTAAAGCTGGGTTTAACATTAAGgtatgcttca ... ttgtgagcagGCGCTGTTCCGTAAAATTGCTGCTGCCCTTCCTGGTATGGAGACACTCTCA
EST: TTGGTGTCATGTTTATTGAAACCAGTGCTAAAGCTGGGTTTAACATTAAG GCGCTGTTCCGTAAAATTGCTGCTGCCCTTCCTGGTATGGAGACACTCTCAEST: gi|32836609|gb|CD976287.1|CD976287
genomic: TTGGTGTCATGTTTATTGAAACCAGTGCTAAAGCTGGGTTTAACATTAAGgtatgcttca ... ttgtgagcagGCGCTGTTCCGTAAAATTGCTGCTGCCCTTCCTGGTATGGAGACACTCTCA
EST: TTGGTGTCATGTTTATTGAAACCAGTGCTAAAGCTGGGTTTAACATTAAG GCGCTGTTCCGTAAAATTGCTGCTGCCCTTCCTGGTATGGAGACACTCTCAEST: gi|87155722|gb|DY400511.1|DY400511
genomic: TTGGTGTCATGTTTATTGAAACCAGTGCTAAAGCTGGGTTTAACATTAAGgtatgcttca ... ttgtgagcagGCGCTGTTCCGTAAAATTGCTGCTGCCCTTCCTGGTATGGAGACACTCTCA
EST: TTGGTGTCATGTTTATTGAAACCAGTGCTAAAGCTGGGTTTAACATTAAG GCGCTGTTCCGTAAAATTGCTGCTGCCCTTCCTGGTATGGAGACACTCTCAEST: gi|111990689|gb|EE332131.1|EE332131
genomic: TTGGTGTCATGTTTATTGAAACCAGTGCTAAAGCTGGGTTTAACATTAAGgtatgcttca ... ttgtgagcagGCGCTGTTCCGTAAAATTGCTGCTGCCCTTCCTGGTATGGAGACACTCTCA
EST: TTGGTGTCATGTTTATTGAAACCAGTGCTAAAGCTGGGTTTAACATTAAG GCGCTGTTCCGTAAAATTGCTGCTGCCCTTCCTGGTATGGAGACACTCTCAEST: gi|31612410|gb|CD569032.1|CD569032
genomic: TTGGTGTCATGTTTATTGAAACCAGTGCTAAAGCTGGGTTTAACATTAAGgtatgcttca ... ttgtgagcagGCGCTGTTCCGTAAAATTGCTGCTGCCCTTCCTGGTATGGAGACACTCTCA
EST: TTGGTGTCATGTTTATTGAAACCAGTGCTAAAGCTGGGTTTAACATTAAG GCGCTGTTCCGTAAAATTGCTGCTGCCCTTCCTGGTATGGAGACACTCTCAEST: gi|16916858|gb|BM073016.1|BM073016
genomic: TTGGTGTCATGTTTATTGAAACCAGTGCTAAAGCTGGGTTTAACATTAAGgtatgcttca ... ttgtgagcagGCGCTGTTCCGTAAAATTGCTGCTGCCCTTCCTGGTATGGAGACACTCTCA
EST: TGGTGTCATG-TTATTGAACCCAGTGCTAAAGCTGGGTTTAACATTAAG GCGCTGTTCCGTAAAATTGCTGCTGCCCTTCCTGGTATGGAGACACTCTCAEST: gi|211109341|gb|FL282964.1|FL282964
genomic: TGGTGTCATGTTTATTGAAACCAGTGCTAAAGCTGGGTTTAACATTAAGgtatgcttca ... ttgtgagcagGCGCTGTTCCGTAAAATTGCTGCTGCCCTTCCTGGTATGGAGACACTCTCA
EST: TTGGTGTCATGTTTATTGAAACCAGTGCTAAAGCTGGGTTTAACATTAAG GCGCTGTTCCGTAAAATTGCTGCTGCCCTTCCTGGTATGGAGACACTCTCAEST: gi|22545767|gb|BU098141.1|BU098141
genomic: TTGGTGTCATGTTTATTGAAACCAGTGCTAAAGCTGGGTTTAACATTAAGgtatgcttca ... ttgtgagcagGCGCTGTTCCGTAAAATTGCTGCTGCCCTTCCTGGTATGGAGACACTCTCA
EST: CTAAAGCTGGGTTTAACATTAAG GCGCTGTTCCGTAAAATTGCTGCTGCCCTTCCTGGTATGGAGACACTCTCAEST: gi|32936692|gb|CF041511.1|CF041511
genomic: CTAAAGCTGGGTTTAACATTAAGgtatgcttca ... ttgtgagcagGCGCTGTTCCGTAAAATTGCTGCTGCCCTTCCTGGTATGGAGACACTCTCA
EST: GGGTTTAACATTAAG GCGCTGTTCCGTAAAATTGCTGCTGCCCTTCCTGGTATGGAGACACTCTCAEST: gi|32840351|gb|CD980032.1|CD980032
genomic: GGGTTTAACATTAAGgtatgcttca ... ttgtgagcagGCGCTGTTCCGTAAAATTGCTGCTGCCCTTCCTGGTATGGAGACACTCTCA
EST: TTGGTGTCATGTTTATTGAAACCAGTGCTAAAGCTGGGTTTAACATTAAG GCGCTGTTCCGTAAAATTGCTGCTGCCCTTCCTGGTATGGAGACACTCTCAEST: gi|60401620|gb|DN234427.1|DN234427
genomic: TTGGTGTCATGTTTATTGAAACCAGTGCTAAAGCTGGGTTTAACATTAAGgtatgcttca ... ttgtgagcagGCGCTGTTCCGTAAAATTGCTGCTGCCCTTCCTGGTATGGAGACACTCTCA
EST: TTGGTGTCATGTTTATTGAAACCAGTGCTAAAGCTGGGTTTAACATTAAG GCGCTGTTCCGTAAAATTGCTGCTGCCCTTCCTGGTATGGAGACACTCTCAEST: gi|14645991|gb|BI180180.1|BI180180
genomic: TTGGTGTCATGTTTATTGAAACCAGTGCTAAAGCTGGGTTTAACATTAAGgtatgcttca ... ttgtgagcagGCGCTGTTCCGTAAAATTGCTGCTGCCCTTCCTGGTATGGAGACACTCTCA
EST: TTGGTGTCATGTTTATTGAAACCAGTGCTAAAGCTGGGTTTAACATTAAG GCGCTGTTCCGTAAAATTGCTGCTGCCCTTCCTGGTATGGAGACACTCTCAEST: gi|32839843|gb|CD979524.1|CD979524
genomic: TTGGTGTCATGTTTATTGAAACCAGTGCTAAAGCTGGGTTTAACATTAAGgtatgcttca ... ttgtgagcagGCGCTGTTCCGTAAAATTGCTGCTGCCCTTCCTGGTATGGAGACACTCTCA
EST: TTGGTGTCATGTTTATTGAAACCAGTGCTAAAGCTGGGTTTAACATTAAG GCGCTGTTCCGTAAAATTGCTGCTGCCCTTCCTGGTATGGAGACACTCTCAEST: gi|32839842|gb|CD979523.1|CD979523
genomic: TTGGTGTCATGTTTATTGAAACCAGTGCTAAAGCTGGGTTTAACATTAAGgtatgcttca ... ttgtgagcagGCGCTGTTCCGTAAAATTGCTGCTGCCCTTCCTGGTATGGAGACACTCTCA
EST: GTTTATTGAAGGCAGTGCTAAAGCTGGGTTTAACATTAAG GCGCTGTTCCGTAAAATTGCTGCTGCCCTTCCTGGTATGGAGACACTCTCAEST: gi|15590244|gb|BI674860.1|BI674860
genomic: GTTTATTGAAACCAGTGCTAAAGCTGGGTTTAACATTAAGgtatgcttca ... ttgtgagcagGCGCTGTTCCGTAAAATTGCTGCTGCCCTTCCTGGTATGGAGACACTCTCA
EST: TTGGTGTCATGTTTATTGAAACCAGTGCTAAAGCTGGGTTTAACATTAAG GCGCTGTTCCGTAAAATTGCTGCTGCCCTTCCTGGTATGGAGACACTCTCAEST: gi|60354086|gb|DN221059.1|DN221059
genomic: TTGGTGTCATGTTTATTGAAACCAGTGCTAAAGCTGGGTTTAACATTAAGgtatgcttca ... ttgtgagcagGCGCTGTTCCGTAAAATTGCTGCTGCCCTTCCTGGTATGGAGACACTCTCA
EST: TTGGTGTCATGTTTATTGAAACCAGTGCTAAAGCTGGGTTTAACATTAAG GCGCTGTTCCGTAAAATTGCTGCTGCCCTTCCTGGTATGGAGACACTCTCAEST: gi|30088223|gb|CB886428.1|CB886428
genomic: TTGGTGTCATGTTTATTGAAACCAGTGCTAAAGCTGGGTTTAACATTAAGgtatgcttca ... ttgtgagcagGCGCTGTTCCGTAAAATTGCTGCTGCCCTTCCTGGTATGGAGACACTCTCA
EST: TTGGTGTCATGTTTATTGAAACCAGTGCTAAAGCTGGGTTTAACATTAAG GCGCTGTTCCGTAAAATTGCTGCTGCCCTTCCTGGTATGGAGACACTCTCA
genomic: TTGGTGTCATGTTTATTGAAACCAGTGCTAAAGCTGGGTTTAACATTAAGgtatgcttca ... ttgtgagcagGCGCTGTTCCGTAAAATTGCTGCTGCCCTTCCTGGTATGGAGACACTCTCA
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| GCAAGTCTCGATAGAGGAAGGAGAAGGCAAGGCAAAGGACCTTGGTGTCATGTTTATTGAAACCAGTGCTAAAGCTGGGTTTAACATTAAGgtatgcttcagaaatataaactgcttgcttgtctcatttcataagttgggttcatattgaacatgcttctaaaaaaagggcaaatctagtgccaggggct
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGCTG