Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

CCTATGATTCCACCATATGGAGCACCGCCATATGTCATGTACCCTCCTGGAGTGTATGCACACCCATCTATGGCCTCGgtatgttcaacacgtggctttaattttcactatgtacttgtcaaatggcaatgctgaccttggttgtcattatattgtgcag

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G074373_T01
intron # 5
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM2G074373_T01 (Zea mays), 5'ss of exon 5
lower sequence: LOC_Os12g13170.2 (Oryza sativa), 5'ss of exon 5
CCTATGATTCCACCATATGGAGC------ACCGCCATATGTCATGTACCCTCCTGGAGTGTATGCACACCCATCTATGGCCTCGgtatgttcaacacgtggctttaattttcactatgtacttgtcaaatggcaatgctgaccttggttgtcattatattgtgcag-----------------------
|||||||| |||||||||||| |      ||| |||||||||||||| ||||| ||||| ||||| |||||||||||| |  |||||||||| |||  | ||| ||||||  | ||| | ||||||       |   |     ||||| |||   | ||  |   |                       
CCTATGATACCACCATATGGAACCCCACCACCACCATATGTCATGTATCCTCCAGGAGTATATGCTCACCCATCTATGCCTCCGgtatgttccacagattgctgtaattt--attatattcttgtctgtaaaaagcacaa---ttggtagtctcaaaataatattgctacctccgtcccaaaatataaa
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|93013445|gb|EB638965.1|EB638965
EST:     CATATGTCATGTACCCTCCTGGAGTGTATGCACACCCATCTATGGCCTCG                         GGTGCACATCCATTTACTCCTTATGCCATTACTTCTCCAAATGGCAATGCT
genomic: CATATGTCATGTACCCTCCTGGAGTGTATGCACACCCATCTATGGCCTCGgtatgttcaa ... tattgtgcagGGTGCACATCCATTTACTCCTTATGCCATTACTTCTCCAAATGGCAATGCT
EST: gi|211035651|gb|FK982762.1|FK982762
EST:     CATATGTCATGTACCCTCCTGGAGTGTATGCACACCCATCTATGGCCTCG                         GGTGCACATCCATTTACTCCTTATGCCATTACTTCTCCAAATGG
genomic: CATATGTCATGTACCCTCCTGGAGTGTATGCACACCCATCTATGGCCTCGgtatgttcaa ... tattgtgcagGGTGCACATCCATTTACTCCTTATGCCATTACTTCTCCAAATGG
EST: gi|71318161|gb|DR795843.1|DR795843
EST:     CATATGTCATGTACCCTCCTGGAGTGTATGCACACCCATCTATGGCCTCG                         GGTGCACATCCATTTACTCCTTATGCCATTACTTCTCCAAATGGCAATGCT
genomic: CATATGTCATGTACCCTCCTGGAGTGTATGCACACCCATCTATGGCCTCGgtatgttcaa ... tattgtgcagGGTGCACATCCATTTACTCCTTATGCCATTACTTCTCCAAATGGCAATGCT
EST: gi|78090597|gb|DV518971.1|DV518971
EST:     CATATGTCATGTACCCTCCTGGAGTGTATGCACACCCATCTATGGCCTCG                         GGTGCACATCCATTTACTCCTTATGCCATTACTTCTCCAAATGGCAATGCT
genomic: CATATGTCATGTACCCTCCTGGAGTGTATGCACACCCATCTATGGCCTCGgtatgttcaa ... tattgtgcagGGTGCACATCCATTTACTCCTTATGCCATTACTTCTCCAAATGGCAATGCT
EST: gi|148976204|gb|EE025907.2|EE025907
EST:     CATATGTCATGTACCCTCCTGGAGTGTATGCACACCCATCTATGGCCTCG                         GGTGCACATCCATTTACTCCTTATGCCATTACCTCTCCAAATGGCAATGCT
genomic: CATATGTCATGTACCCTCCTGGAGTGTATGCACACCCATCTATGGCCTCGgtatgttcaa ... tattgtgcagGGTGCACATCCATTTACTCCTTATGCCATTACTTCTCCAAATGGCAATGCT
EST: gi|148963993|gb|EE015131.2|EE015131
EST:     CATATGTCATGTACCCTCCTGGAGTGTATGCACACCCATCTATGGCCTCG                         GGTGCACATCCATTTACTCCTTATGCCATTACTTCTCCAAATGGCAATGCT
genomic: CATATGTCATGTACCCTCCTGGAGTGTATGCACACCCATCTATGGCCTCGgtatgttcaa ... tattgtgcagGGTGCACATCCATTTACTCCTTATGCCATTACTTCTCCAAATGGCAATGCT
EST: gi|148930175|gb|EC872560.2|EC872560
EST:     CATATGTCATGTACCCTCCTGGAGTGTATGCACACCCATCTATGGCCTCG                         GGTGCACATCCATTTACTCCTTATGCCATTACTTCTCCAAATGGCAATGCT
genomic: CATATGTCATGTACCCTCCTGGAGTGTATGCACACCCATCTATGGCCTCGgtatgttcaa ... tattgtgcagGGTGCACATCCATTTACTCCTTATGCCATTACTTCTCCAAATGGCAATGCT
EST: gi|71439024|gb|DR820074.1|DR820074
EST:     CATATGTCATGTACCCTCCTGGAGTGTATGCACACCCATCTATGGCCTCG                         GGTGCACATCCATTTACTCCTTATGCCATTACTTCTCCAAATGGCAATGCT
genomic: CATATGTCATGTACCCTCCTGGAGTGTATGCACACCCATCTATGGCCTCGgtatgttcaa ... tattgtgcagGGTGCACATCCATTTACTCCTTATGCCATTACTTCTCCAAATGGCAATGCT
EST: gi|71426949|gb|DR807999.1|DR807999
EST:     CATATGTCATGTACCCTCCTGGAGTGTATGCACACCCATCTATGGCCTCG                         GGTGCACATCCATTTACTCCTTATGCCATTACTTCTCCAAATGGCAATGCT
genomic: CATATGTCATGTACCCTCCTGGAGTGTATGCACACCCATCTATGGCCTCGgtatgttcaa ... tattgtgcagGGTGCACATCCATTTACTCCTTATGCCATTACTTCTCCAAATGGCAATGCT

RNA-Seq data


 ATGC   Supported by RNA-Seq exonic block that spans over the splice site

 atgs   Truncated intron sequence

Each block is as long as the maximal overhang of any read spanning the junction.
The score is the number of alignments spanning the junction.


Found data for 4 RNA-Seq libraries.


Block sizes: 40 (upstream exon), 48 (downstream exon)
Score: 92

CCTATGATTCCACCATATGGAGCACCGCCATATGTCATGTACCCTCCTGGAGTGTATGCACACCCATCTATGGCCTCGgtatgttcaa ... tattgtgcagGGTGCACATCCATTTACTCCTTATGCCATTACTTCTCCAAATGGCAATGCTGATGCTACT


Block sizes: 37 (upstream exon), 46 (downstream exon)
Score: 103

CCTATGATTCCACCATATGGAGCACCGCCATATGTCATGTACCCTCCTGGAGTGTATGCACACCCATCTATGGCCTCGgtatgttcaa ... tattgtgcagGGTGCACATCCATTTACTCCTTATGCCATTACTTCTCCAAATGGCAATGCTGATGCTACT


Block sizes: 37 (upstream exon), 47 (downstream exon)
Score: 113

CCTATGATTCCACCATATGGAGCACCGCCATATGTCATGTACCCTCCTGGAGTGTATGCACACCCATCTATGGCCTCGgtatgttcaa ... tattgtgcagGGTGCACATCCATTTACTCCTTATGCCATTACTTCTCCAAATGGCAATGCTGATGCTACT


Block sizes: 37 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 83

CCTATGATTCCACCATATGGAGCACCGCCATATGTCATGTACCCTCCTGGAGTGTATGCACACCCATCTATGGCCTCGgtatgttcaa ... tattgtgcagGGTGCACATCCATTTACTCCTTATGCCATTACTTCTCCAAATGGCAATGCTGATGCTACT