Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

GCTGCCAGATGGATCTCTTATGGATATTGTTAAAGTCTATCCACTTGATGCTGTCTACGATTCCCCTGATGATGTTCCTGAAGATgtaatgttcttattttttatccctgttttgcaacatggcttccatagttgttaaggcgtcgcttaagcggaaaggcgaggtttaggggcaaggcgtctgc...

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G070422_T01
intron # 5
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM2G070422_T03 (Zea mays), 5'ss of exon 5
lower sequence: LOC_Os08g23810.2 (Oryza sativa), 5'ss of exon 5
GCTGCCAGATGGATCTCTTATGGATATTGTTAAAGTCTATCCACTTGATGCTGTCTACGATTCCCCTGATGATGTTCCTGAAGATgtaatgttcttattttttatccctgttttgcaacatggcttccatagttgttaaggcgtcgcttaagcggaaaggcgaggtttaggggcaaggcgtctgc
|||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||| | ||||     || | |    | ||| |||  |  | |     | |  | |     |      |  |||||               
GCTGCCTGATGGATCTCTTATGGAAATTGTTAAAGTCTATCCACTTGATGCTGTCTATGATTCCCCTGAAGATGTTCCTGAAGATgtaattttcttatctattatt----ttcttctgtttagctcccaatgcggcttta-tgacaatcatttttatttttaat-tttag---------------
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|67015153|gb|CO443902.1|CO443902
EST:     TCTATCCACTTGATGCTGTCTACGATTCCCCTGATGATGTTCCTGAAGAT                         GTCAAATCGAACAAAAGATATGCAGGGGCATCAAACTGGACAGTAAAG
genomic: TCTATCCACTTGATGCTGTCTACGATTCCCCTGATGATGTTCCTGAAGATgtaatgttct ... tatctattagGTCAAATCGAACAAAAGATATGCAGGGGCATCAAACTGGACAGTAAAG
EST: gi|211267881|gb|FL003946.1|FL003946
EST:     CCACTTGATGCTGTCTACGATTCCCCTGATGATGTTCCTGAAGAT                         GTCAAATCGAACAAAAGATATGCAGGGGCATCAAACTGGACAGTAAAG
genomic: CCACTTGATGCTGTCTACGATTCCCCTGATGATGTTCCTGAAGATgtaatgttct ... tatctattagGTCAAATCGAACAAAAGATATGCAGGGGCATCAAACTGGACAGTAAAG
EST: gi|211283609|gb|FL349544.1|FL349544
EST:     TCTATCCACTTGATGCTGTCTACGATTCCCCTGATGATGTTCCTGAAGAT                         GTCAAATCGAACAAAAGATATGCAGGGGCATCAAACT
genomic: TCTATCCACTTGATGCTGTCTACGATTCCCCTGATGATGTTCCTGAAGATgtaatgttct ... tatctattagGTCAAATCGAACAAAAGATATGCAGGGGCATCAAACT
EST: gi|32914780|gb|CF019592.1|CF019592
EST:     TCTATCCACTTGATGCTGTCTACGATTCCCCTGATGATGTTCCTGAAGAT                         GTCAAATCGAACAAAAGATATGCAGGGGCATCAAACTGGACAGTAAAG
genomic: TCTATCCACTTGATGCTGTCTACGATTCCCCTGATGATGTTCCTGAAGATgtaatgttct ... tatctattagGTCAAATCGAACAAAAGATATGCAGGGGCATCAAACTGGACAGTAAAG
EST: gi|211286546|gb|FL312257.1|FL312257
EST:     TCTATCCACTTGATGCTGTCTACGATTCCCCTGATGATGTTCCTGAAGAT                         GTCAAATCGAACAAAAGATATGCAGGGGCATC
genomic: TCTATCCACTTGATGCTGTCTACGATTCCCCTGATGATGTTCCTGAAGATgtaatgttct ... tatctattagGTCAAATCGAACAAAAGATATGCAGGGGCATC
EST: gi|67017641|gb|CO446390.1|CO446390
EST:     TCTATCCACTTGATGCTGTCTACGATTCCCCTGATGATGTTCCTGAAGAT                         GTCAAATCGAACAAAAGATATGCAGGGGCATCAAACTGGACAGTAAAG
genomic: TCTATCCACTTGATGCTGTCTACGATTCCCCTGATGATGTTCCTGAAGATgtaatgttct ... tatctattagGTCAAATCGAACAAAAGATATGCAGGGGCATCAAACTGGACAGTAAAG
EST: gi|211253629|gb|FL364837.1|FL364837
EST:     TCTATCCACTTGATGCTGTCTACGATTCCCCTGATGATGATCCTGAAGAT                         GTCTAATCGAACAAA-GATATGCAGGGGCATCCAACTGGACAGTAAACGAA
genomic: TCTATCCACTTGATGCTGTCTACGATTCCCCTGATGATGTTCCTGAAGATgtaatgttct ... tatctattagGTCAAATCGAACAAAAGATATGCAGGGGCATCAAACTGGACAGTAAAGGAA
EST: gi|211007421|gb|FL345275.1|FL345275
EST:     TCTATCCACTTGATGCTGTCTACGATTCCCCTGATGATGTTCCTGAAGAT                         GTCAAATCGAAACAAA-GATATGCAGGGGCATCAAACTGGACAGT
genomic: TCTATCCACTTGATGCTGTCTACGATTCCCCTGATGATGTTCCTGAAGATgtaatgttct ... tatctattagGTCAAATCGAA-CAAAAGATATGCAGGGGCATCAAACTGGACAGT
EST: gi|211135434|gb|FL356365.1|FL356365
EST:     TCTATCCACTTGATGCTGTCTACGATTCCCCTGATGATGTTCCTGAAGAT                         GTCAAATCGAACAAAAGATATGCANGGGCATCAAACTGGACAGTAAAG
genomic: TCTATCCACTTGATGCTGTCTACGATTCCCCTGATGATGTTCCTGAAGATgtaatgttct ... tatctattagGTCAAATCGAACAAAAGATATGCAGGGGCATCAAACTGGACAGTAAAG
EST: gi|211305791|gb|FL318627.1|FL318627
EST:     TCTATCCACTTGATGCTGTCTACGATTCCCCTGATGATGTTCCTGAAGAT                         GTCAAATCGAACAAAAGATATGCAGGGGCATCAAACTGGACAGTAAAGGA
genomic: TCTATCCACTTGATGCTGTCTACGATTCCCCTGATGATGTTCCTGAAGATgtaatgttct ... tatctattagGTCAAATCGAACAAAAGATATGCAGGGGCATCAAACTGGACAGTAAAGGA
EST: gi|31362224|gb|CD446581.1|CD446581
EST:     GATGATGTTCCTGAAGAT                         GTCAAATCGAACAAAAGATATGCAGGGGCATCAAACTGGACAGTAAAG
genomic: GATGATGTTCCTGAAGATgtaatgttct ... tatctattagGTCAAATCGAACAAAAGATATGCAGGGGCATCAAACTGGACAGTAAAG
EST: gi|67042246|gb|CO468501.1|CO468501
EST:     TCTATCCACTTGATGCTGTCTACGATTCCCCTGATGATGTTCCTGAAGAT                         GTCAAATCGAACAAAAGATATGCAGGGGCATCAAACTGGACAGTAAAG
genomic: TCTATCCACTTGATGCTGTCTACGATTCCCCTGATGATGTTCCTGAAGATgtaatgttct ... tatctattagGTCAAATCGAACAAAAGATATGCAGGGGCATCAAACTGGACAGTAAAG
EST: gi|31356384|gb|CD440741.1|CD440741
EST:     TCTATCCACTTGATGCTGTCTACGATTCCCCTGATGATGTTCCTGAAGAT                         GTCAAATCGAACAAAAGATATGCAGGGGCATCAAACTGGACAGTAAAG
genomic: TCTATCCACTTGATGCTGTCTACGATTCCCCTGATGATGTTCCTGAAGATgtaatgttct ... tatctattagGTCAAATCGAACAAAAGATATGCAGGGGCATCAAACTGGACAGTAAAG
EST: gi|84980240|gb|DW530589.1|DW530589
EST:     TCTATCCACTTGATGCTGTCTACGATTCCCCTGATGATGTTCCTGAAGAT                         GTCAAATCGAACAAAAGATATGCAGGGGCATCAAACTGGACAGTAAAG
genomic: TCTATCCACTTGATGCTGTCTACGATTCCCCTGATGATGTTCCTGAAGATgtaatgttct ... tatctattagGTCAAATCGAACAAAAGATATGCAGGGGCATCAAACTGGACAGTAAAG
EST: gi|6526869|gb|AW216132.1|AW216132
EST:     TCTATCCACTTGATGCTGTCTACGATTCCCCTGATGATGTTCCTGAAGAT                         GTCAAATCGAACAAAAGATATGCAGGGGCATCAAACTGGACAGTAAAG
genomic: TCTATCCACTTGATGCTGTCTACGATTCCCCTGATGATGTTCCTGAAGATgtaatgttct ... tatctattagGTCAAATCGAACAAAAGATATGCAGGGGCATCAAACTGGACAGTAAAG
EST: gi|211164083|gb|FL357846.1|FL357846
EST:     TCTATCCACTTGATGCTGTCTACGATTCCCCTGATGATGTTCCTGAAGAT                         GTCAAATCGAACAAAAGATATGCAGGGGCATCAAACTGGACAGTAAAG
genomic: TCTATCCACTTGATGCTGTCTACGATTCCCCTGATGATGTTCCTGAAGATgtaatgttct ... tatctattagGTCAAATCGAACAAAAGATATGCAGGGGCATCAAACTGGACAGTAAAG
EST: gi|9254230|gb|BE344698.1|BE344698
EST:     TCTATCCACTTGATGCTGTCTACGATTCCCCTGATGATGTTCCTGAAGAT                         GTCAAATCGAACAAAAGATATGCAGGGGCATCAAACTGGACAGTAAAG
genomic: TCTATCCACTTGATGCTGTCTACGATTCCCCTGATGATGTTCCTGAAGATgtaatgttct ... tatctattagGTCAAATCGAACAAAAGATATGCAGGGGCATCAAACTGGACAGTAAAG
EST: gi|31355683|gb|CD440040.1|CD440040
EST:     TCTATCCACTTGATGCTGTCTACGATTCCCCTGATGATGTTCCTGAAGAT                         GTCTTTTTTAACAAAAGATATGCAGGGGCATCAAACTGGACAGTAAAG
genomic: TCTATCCACTTGATGCTGTCTACGATTCCCCTGATGATGTTCCTGAAGATgtaatgttct ... tatctattagGTCAAATCGAACAAAAGATATGCAGGGGCATCAAACTGGACAGTAAAG
EST: gi|31361470|gb|CD445827.1|CD445827
EST:     TCTATCCACTTGATGCTGTCTACGATTCCCCTGATGATGTTCCTGAAGAT                         GTCAAATCGAACAAAAGATATGCAGGGGCATCAAACTGGACAGTAAAG
genomic: TCTATCCACTTGATGCTGTCTACGATTCCCCTGATGATGTTCCTGAAGATgtaatgttct ... tatctattagGTCAAATCGAACAAAAGATATGCAGGGGCATCAAACTGGACAGTAAAG
EST: gi|6022101|gb|AW067029.1|AW067029
EST:     TCTATCCACTTGATGCTGTCTACGATTCCCCTGATGATGTTCCTGAAGAT                         GTCAAATCGAACAAAAGATATGCAGGGGCATCAAACTGGACAGTAAAG
genomic: TCTATCCACTTGATGCTGTCTACGATTCCCCTGATGATGTTCCTGAAGATgtaatgttct ... tatctattagGTCAAATCGAACAAAAGATATGCAGGGGCATCAAACTGGACAGTAAAG
EST: gi|211507944|gb|FL346101.1|FL346101
EST:     CTATCCACTTGATGCTGTCTACGATCCCCCTGATGATGTTTCCTGAAGAT                         GTCAAATCGAACAAAAGATATGCAGGGGCAT
genomic: CTATCCACTTGATGCTGTCTACGATTCCCCTGATGATGTT-CCTGAAGATgtaatgttct ... tatctattagGTCAAATCGAACAAAAGATATGCAGGGGCAT
EST: gi|67018992|gb|CO447741.1|CO447741
EST:     TCTATCCACTTGATGCTGTCTACGATTCCCCTGATGATGTTCCTGAAGAT                         GTCAAATCGAACAAAAGATATGCAGGGGCATCAAACTGGACAGTAAAG
genomic: TCTATCCACTTGATGCTGTCTACGATTCCCCTGATGATGTTCCTGAAGATgtaatgttct ... tatctattagGTCAAATCGAACAAAAGATATGCAGGGGCATCAAACTGGACAGTAAAG
EST: gi|24774154|gb|CA409408.1|CA409408
EST:     TCTATCCACTTGATGCTGTCTACGATTCCCCTGATGATGTTCCTGAAGAT                         GTCAAATCGAACAAAAGATATGCAGGGGCATCAAACTGGACAGTAAAG
genomic: TCTATCCACTTGATGCTGTCTACGATTCCCCTGATGATGTTCCTGAAGATgtaatgttct ... tatctattagGTCAAATCGAACAAAAGATATGCAGGGGCATCAAACTGGACAGTAAAG
EST: gi|67019739|gb|CO448488.1|CO448488
EST:     TCTATCCACTTGATGCTGTCTACGATTCCCCTGATGATGTTCCTGAAGAT                         GTCAAATCGAACAAAAGATATGCAGGGGCATCAAACTGGACAGTAAAG
genomic: TCTATCCACTTGATGCTGTCTACGATTCCCCTGATGATGTTCCTGAAGATgtaatgttct ... tatctattagGTCAAATCGAACAAAAGATATGCAGGGGCATCAAACTGGACAGTAAAG
EST: gi|211391003|gb|FL321745.1|FL321745
EST:     CTATCCACTTGATGCTGTCTACGATCCCCCTGATGATGTTTCCTGAAGAT                         GTCAAATCGAACAAAAGATATGCAGGGGCATCAAACTGGCCAGTAAAAG
genomic: CTATCCACTTGATGCTGTCTACGATTCCCCTGATGATGTT-CCTGAAGATgtaatgttct ... tatctattagGTCAAATCGAACAAAAGATATGCAGGGGCATCAAACTGGACAGTAAA-G
EST: gi|31353471|gb|CD437828.1|CD437828
EST:     TCTATCCACTTGATGCTGTCTACGATTCCCCTGATGATGTTCCTGAAGAT                         GTCAAATCGAACAAAAGATATGCAGGGGCATCAAACTGGACAGTAAAG
genomic: TCTATCCACTTGATGCTGTCTACGATTCCCCTGATGATGTTCCTGAAGATgtaatgttct ... tatctattagGTCAAATCGAACAAAAGATATGCAGGGGCATCAAACTGGACAGTAAAG
EST: gi|211433427|gb|FL362817.1|FL362817
EST:     TCTATCCACTTGATGCTGTCTACGATTCCCCTGATGATGTTCCTGAAGAT                         GTCAAATCGAACAAAAGATATGCAGGGGCATCAAACTGGACAGTAAAGGAA
genomic: TCTATCCACTTGATGCTGTCTACGATTCCCCTGATGATGTTCCTGAAGATgtaatgttct ... tatctattagGTCAAATCGAACAAAAGATATGCAGGGGCATCAAACTGGACAGTAAAGGAA
EST: gi|7162427|gb|AW520049.1|AW520049
EST:     TCTATCCACTTGATGCTGTCTACGATTCCCCTGATGATGTTCCTGAAGAT                         GTCAAATCGAACAAAAGATATGCAGGGGCATCAAACTGGACAGTAAAG
genomic: TCTATCCACTTGATGCTGTCTACGATTCCCCTGATGATGTTCCTGAAGATgtaatgttct ... tatctattagGTCAAATCGAACAAAAGATATGCAGGGGCATCAAACTGGACAGTAAAG
EST: gi|71766309|gb|DR964246.1|DR964246
EST:     TCTATCCACTTGATGCTGTCTACGATTCCCCTGATGATGTTCCTGAAGAT                         GTCAAATCGAACAAAAGATATGCAGGGGCATCAAACTGGACAGTAAAG
genomic: TCTATCCACTTGATGCTGTCTACGATTCCCCTGATGATGTTCCTGAAGATgtaatgttct ... tatctattagGTCAAATCGAACAAAAGATATGCAGGGGCATCAAACTGGACAGTAAAG
EST: gi|31354494|gb|CD438851.1|CD438851
EST:     TCTATCCACTTGATGCTGTCTACGATTCCCCTGATGATGTTCCTGAAGAT                         GTCAAATCGAACAAAAGATATGCAGGGGCATCAAACTGGACAGTAAAG
genomic: TCTATCCACTTGATGCTGTCTACGATTCCCCTGATGATGTTCCTGAAGATgtaatgttct ... tatctattagGTCAAATCGAACAAAAGATATGCAGGGGCATCAAACTGGACAGTAAAG
EST: gi|24774062|gb|CA409316.1|CA409316
EST:     TCTATCCACTTGATGCTGTCTACGATTCCCCTGATGATGTTCCTGAAGAT                         GTCAAATCGAACAAAAGATATGCAGGGGCATCAAACTGGACAGTAAAG
genomic: TCTATCCACTTGATGCTGTCTACGATTCCCCTGATGATGTTCCTGAAGATgtaatgttct ... tatctattagGTCAAATCGAACAAAAGATATGCAGGGGCATCAAACTGGACAGTAAAG
EST: gi|32908050|gb|CF012863.1|CF012863
EST:     TCTATCCACTTGATGCTGTCTACGATTCCCCTGATGATGTTCCTGAAGAT                         GTCAAATCGAACAAAAGATATGCAGGGGCATCAAACTGGACAGTAAAG
genomic: TCTATCCACTTGATGCTGTCTACGATTCCCCTGATGATGTTCCTGAAGATgtaatgttct ... tatctattagGTCAAATCGAACAAAAGATATGCAGGGGCATCAAACTGGACAGTAAAG
EST: gi|211267880|gb|FL003945.1|FL003945
EST:     TCTATCCACTTGATGCTGTCTACGATTCCCCTGATGATGTTCCTGAAGAT                         GTCAAATCGAACAAAAGATATGCAGGGGCATCAAACTGGACAGTAAAG
genomic: TCTATCCACTTGATGCTGTCTACGATTCCCCTGATGATGTTCCTGAAGATgtaatgttct ... tatctattagGTCAAATCGAACAAAAGATATGCAGGGGCATCAAACTGGACAGTAAAG
EST: gi|211154562|gb|FL361241.1|FL361241
EST:     TCTATCCACTTGATGCTGTCTACGATTCCCCTGATGATGTTCCTGAAGAT                         GTCAAATCGAACAAAAGATATGCA
genomic: TCTATCCACTTGATGCTGTCTACGATTCCCCTGATGATGTTCCTGAAGATgtaatgttct ... tatctattagGTCAAATCGAACAAAAGATATGCA
EST: gi|211385522|gb|FL311833.1|FL311833
EST:     TCTATCCACTTGATGCTGTCTACGATTCCCCTGATGATGTTCCTGAAGAT                         GTCAAATCGAACAAAAGATATGCAGGGGCATCAAACTGGACAGTAAAGGAA
genomic: TCTATCCACTTGATGCTGTCTACGATTCCCCTGATGATGTTCCTGAAGATgtaatgttct ... tatctattagGTCAAATCGAACAAAAGATATGCAGGGGCATCAAACTGGACAGTAAAGGAA
EST: gi|211474665|gb|FL315664.1|FL315664
EST:     TCTATCCACTTGATGCTGTCTACGATTCCCCTGATGATGTTCCTGAAGAT                         GTCAAATCGAACA
genomic: TCTATCCACTTGATGCTGTCTACGATTCCCCTGATGATGTTCCTGAAGATgtaatgttct ... tatctattagGTCAAATCGAACA
EST: gi|24774150|gb|CA409404.1|CA409404
EST:     TCTATCCACTTGATGCTGTCTACGATTCCCCTGATGATGTTCCTGAAGAT                         GTCAAATCGAACAAAAGATATGCAGGGGCATCAAACTGGACAGTAAAG
genomic: TCTATCCACTTGATGCTGTCTACGATTCCCCTGATGATGTTCCTGAAGATgtaatgttct ... tatctattagGTCAAATCGAACAAAAGATATGCAGGGGCATCAAACTGGACAGTAAAG
EST: gi|32914888|gb|CF019700.1|CF019700
EST:     TCTATCCACTTGATGCTGTCTACGATTCCCCTGATGATGTTCCTGAAGAT                         GTCAAATCGAACAAAAGATATGCAGGGGCATCAAAC
genomic: TCTATCCACTTGATGCTGTCTACGATTCCCCTGATGATGTTCCTGAAGATgtaatgttct ... tatctattagGTCAAATCGAACAAAAGATATGCAGGGGCATCAAAC
EST: gi|78023662|gb|DV492049.1|DV492049
EST:     TCTATCCACTTGATGCTGTCTACGATTCCCCTGATGATGTTCCTGAAGAT                         GTCAAATCGAACAAAAGATATGCAGGGGCATCAAACTGGACAGTAAAG
genomic: TCTATCCACTTGATGCTGTCTACGATTCCCCTGATGATGTTCCTGAAGATgtaatgttct ... tatctattagGTCAAATCGAACAAAAGATATGCAGGGGCATCAAACTGGACAGTAAAG
EST: gi|211393346|gb|FL308686.1|FL308686
EST:     CTATCCACTTGATGCTGTCTACGATCCCCCCTGATGATGTCCCTGA-GAT                         GTCAAATCGAACAAA
genomic: CTATCCACTTGATGCTGTCTACGATTCCCC-TGATGATGTTCCTGAAGATgtaatgttct ... tatctattagGTCAAATCGAACAAA
EST: gi|211457493|gb|FL333166.1|FL333166
EST:     TCTATCCACTTGATGCTGTCTACGATTCCCCTGATGATGTTCCTGAAGAT                         GTCAAATCGAACAAA-GATAT
genomic: TCTATCCACTTGATGCTGTCTACGATTCCCCTGATGATGTTCCTGAAGATgtaatgttct ... tatctattagGTCAAATCGAACAAAAGATAT
EST: gi|211525761|gb|FL336364.1|FL336364
EST:     CTATCCACTTGATGCTGTCTACGATTCCCCTGATGNATGT-CCTGAAGAT                         GTCAAATCGAACAAAAGATATGCAGGGGCATCAAACTGGACAGTAAA
genomic: CTATCCACTTGATGCTGTCTACGATTCCCCTGATG-ATGTTCCTGAAGATgtaatgttct ... tatctattagGTCAAATCGAACAAAAGATATGCAGGGGCATCAAACTGGACAGTAAA

Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
GCTGCCAGATGGATCTCTTATGGATATTGTTAAAGTCTATCCACTTGATGCTGTCTACGATTCCCCTGATGATGTTCCTGAAGATgtaatgttcttattttttatccctgttttgcaacatggcttccatagttgttaaggcgtcgcttaagcggaaaggcgaggtttaggggcaaggcgtctgc

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  ATGCTG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  CTGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGAAGA