Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

GAAATGACAGATCTGATGGACGTGAGCAATGAGATACAAGAAACTCTTGGTAGAAGCTACAACATCCCTGATGACGTTGACGAGGAAGAACTGATGGGCGgtatggaagtcacaatttcatctttgcaatatgacatctatttctggatttaagtcttccatagtttttggcacatcacttggtaatatggttatttgct...

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G069827_T03
intron # 5
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM2G069827_T03 (Zea mays), 5'ss of exon 5
lower sequence: LOC_Os01g01350.1 (Oryza sativa), 5'ss of exon 5
GAAATGACAGATCTGATGGACGTGAGCAATGAGATACAAGAAACTCTTGGTAGAAGCTACAACATCCCTGATGACGTTGACGAGGAAGAACTGATGGGCGgtatggaagtcacaatttcatctttgcaatatgacatctatttctgg-atttaagtcttccatagtttttggcacat-cacttggtaatatggttatttgct
|||||||| || |||||||| |||||||| || ||||||||| | |||||||||||||||||||||||||| || ||||| ||||||||||| ||||| |||||||| |    |   |||  |   ||||  || |   ||   ||| | || | |   |  || | |    || |  ||  ||| | ||     ||     
GAAATGACTGACCTGATGGATGTGAGCAACGAAATACAAGAATCCCTTGGTAGAAGCTACAACATCCCTGACGATGTTGATGAGGAAGAACTAATGGGAGgtatggacgctgtaccatcagttggccaattggaaaatgatggttggcaatttacttggcattattgtcattcataggcatctggaagtaataacataga--
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|32808501|gb|CD960735.1|CD960735
EST:     TAGAAGCTACAACATCCCTGATGACGTTGACGAGGAAGAACTGATGGGCG                         AGCTAGATGCTTTGGAGTCTGATATGGAATTTGACTCAGCTGCAGTCCCCT
genomic: TAGAAGCTACAACATCCCTGATGACGTTGACGAGGAAGAACTGATGGGCGgtatggaagt ... gacgttgcagAGCTAGATGCTTTGGAGTCTGATATGGAATTTGACTCAGCTGCAGTCCCCT
EST: gi|5608282|gb|AI901949.1|AI901949
EST:     TAGAAGCTACAACATCCCTGATGACGTTGACGAGGAAGAACTGATGGGCG                         AGCTAGATGCTTTGGAGTCTGATATGGAATTTGACTCAGCTGCAGTCCCCT
genomic: TAGAAGCTACAACATCCCTGATGACGTTGACGAGGAAGAACTGATGGGCGgtatggaagt ... gacgttgcagAGCTAGATGCTTTGGAGTCTGATATGGAATTTGACTCAGCTGCAGTCCCCT
EST: gi|211285438|gb|FL461534.1|FL461534
EST:     TAGAAGCTACAACATCCCTGATGACGTTGACGAGGAAGAACTGATGGGCG                         AGCTAGATGCTTTGGAGTCTGATATGGAATTTGACTCAGCTGCAGTCCCCT
genomic: TAGAAGCTACAACATCCCTGATGACGTTGACGAGGAAGAACTGATGGGCGgtatggaagt ... gacgttgcagAGCTAGATGCTTTGGAGTCTGATATGGAATTTGACTCAGCTGCAGTCCCCT
EST: gi|21432410|gb|BQ547900.1|BQ547900
EST:     TAGAAGCTACAACATCCCTGATGACGTTGACGAGGAAGAACTGATGGGCG                         AGCTAGATGCTTTGGAGTCTGATATGGAATTTGACTCAGCTGCAGTCCCCT
genomic: TAGAAGCTACAACATCCCTGATGACGTTGACGAGGAAGAACTGATGGGCGgtatggaagt ... gacgttgcagAGCTAGATGCTTTGGAGTCTGATATGGAATTTGACTCAGCTGCAGTCCCCT
EST: gi|60354422|gb|DN221395.1|DN221395
EST:     TAGAAGCTACAACATCCCTGATGACGTTGACGAGGAAGAACTGATGGGCG                         AGCTAGATGCTTTGGAGTCTGATATGGAATTTGACTCAGCTGCAGTCCCCT
genomic: TAGAAGCTACAACATCCCTGATGACGTTGACGAGGAAGAACTGATGGGCGgtatggaagt ... gacgttgcagAGCTAGATGCTTTGGAGTCTGATATGGAATTTGACTCAGCTGCAGTCCCCT
EST: gi|29543516|gb|CB603898.1|CB603898
EST:     TAGAAGCTACAACATCCCTGATGACGTTGACGAGGAAGAACTGATGGGCG                         AGCTAGATGCTTTGGAGTCTGATATGGAATTTGACTCAGCTGCAGTCCCCT
genomic: TAGAAGCTACAACATCCCTGATGACGTTGACGAGGAAGAACTGATGGGCGgtatggaagt ... gacgttgcagAGCTAGATGCTTTGGAGTCTGATATGGAATTTGACTCAGCTGCAGTCCCCT
EST: gi|37375699|gb|CF624304.1|CF624304
EST:     TAGAAGCTACAACATCCCTGATGACGTTGACGAGGAAGAACTGATGGGCG                         AGCTAGATGCTTTGGAGTCTGATATGGAATTTGACTCAGCTGCAGTCCCCT
genomic: TAGAAGCTACAACATCCCTGATGACGTTGACGAGGAAGAACTGATGGGCGgtatggaagt ... gacgttgcagAGCTAGATGCTTTGGAGTCTGATATGGAATTTGACTCAGCTGCAGTCCCCT
EST: gi|4646509|gb|AI491649.2|AI491649
EST:     TAGAAGCTACAACATCCCTGATGACGTTGACGAGGAAGAACTGATGGGCG                         AGCTAGATGCTTTGGAGTCTGATATGGAATTTGACTCAGCTGCAGTCCCCT
genomic: TAGAAGCTACAACATCCCTGATGACGTTGACGAGGAAGAACTGATGGGCGgtatggaagt ... gacgttgcagAGCTAGATGCTTTGGAGTCTGATATGGAATTTGACTCAGCTGCAGTCCCCT
EST: gi|76915903|gb|DV166159.1|DV166159
EST:     TAGAAGCTACAACATCCCTGATGACGTTGACGAGGAAGAACTGATGGGCG                         AGCTAGATGCTTTGGAGTCTGATATGGAATTTGACTCAGCTGCAGTCCCCT
genomic: TAGAAGCTACAACATCCCTGATGACGTTGACGAGGAAGAACTGATGGGCGgtatggaagt ... gacgttgcagAGCTAGATGCTTTGGAGTCTGATATGGAATTTGACTCAGCTGCAGTCCCCT
EST: gi|32806248|gb|CD958482.1|CD958482
EST:     TAGAAGCTACAACATCCCTGATGACGTTGACGAGGAAGAACTGATGGGCG                         AGCTAGATGCTTTGGAGTCTGATATGGAATTTGACTCAGCTGCAGTCCCCT
genomic: TAGAAGCTACAACATCCCTGATGACGTTGACGAGGAAGAACTGATGGGCGgtatggaagt ... gacgttgcagAGCTAGATGCTTTGGAGTCTGATATGGAATTTGACTCAGCTGCAGTCCCCT
EST: gi|211257952|gb|FL452751.1|FL452751
EST:     TAGAAGCTACAACATCCCTGATGACGTTGACGAGGAAGAACTGATGGGCG                         AGCTAGATGCTTTGGAGTCTGATATGGAATTTGACTCAGCTGCAGTCCCCT
genomic: TAGAAGCTACAACATCCCTGATGACGTTGACGAGGAAGAACTGATGGGCGgtatggaagt ... gacgttgcagAGCTAGATGCTTTGGAGTCTGATATGGAATTTGACTCAGCTGCAGTCCCCT
EST: gi|21432431|gb|BQ547921.1|BQ547921
EST:     TAGAAGCTACAACATCCCTGATGACGTTGACGAGGAAGAACTGATGGGCG                         AGCTAGATGCTTTGGAGTCTGATATGGAATTTGACTCAGCTGCAGTCCCCT
genomic: TAGAAGCTACAACATCCCTGATGACGTTGACGAGGAAGAACTGATGGGCGgtatggaagt ... gacgttgcagAGCTAGATGCTTTGGAGTCTGATATGGAATTTGACTCAGCTGCAGTCCCCT
EST: gi|32935617|gb|CF040429.1|CF040429
EST:     TAGAAGCTACAACATCCCTGATGACGTTGACGAGGAAGAACTGATGGGCG                         AGCTAGATGCTTTGGAGTCTGATATGGAATTTGACTCAGCTGCAGTCCCCT
genomic: TAGAAGCTACAACATCCCTGATGACGTTGACGAGGAAGAACTGATGGGCGgtatggaagt ... gacgttgcagAGCTAGATGCTTTGGAGTCTGATATGGAATTTGACTCAGCTGCAGTCCCCT
EST: gi|211257951|gb|FL452750.1|FL452750
EST:     TAGAAGCTACAACATCCCTGATGACGTTGACGAGGAAGAACTGATGGGCG                         AGCTAGATGCTTTGGAGTCTGATATGGAATTTGACTCAGCTGCAGTCCCCT
genomic: TAGAAGCTACAACATCCCTGATGACGTTGACGAGGAAGAACTGATGGGCGgtatggaagt ... gacgttgcagAGCTAGATGCTTTGGAGTCTGATATGGAATTTGACTCAGCTGCAGTCCCCT
EST: gi|8665725|gb|BE186541.1|BE186541
EST:     TAGAAGCTACAACATCCCTGATGACGTTGACGAGGAAGAACTGATGGGCG                         AGCTAGATGCTTTGGAGTCTGATATGGAATTTGACTCAGCTGCAGTCCCCT
genomic: TAGAAGCTACAACATCCCTGATGACGTTGACGAGGAAGAACTGATGGGCGgtatggaagt ... gacgttgcagAGCTAGATGCTTTGGAGTCTGATATGGAATTTGACTCAGCTGCAGTCCCCT
EST: gi|71775453|gb|DR973331.1|DR973331
EST:     TAGAAGCTACAACATCCCTGATGACGTTGACGAGGAAGAACTGATGGGCG                         AGCTAGATGCTTTGGAGTCTGATATGGAATTTGACTCAGCTGCAGTCCCCT
genomic: TAGAAGCTACAACATCCCTGATGACGTTGACGAGGAAGAACTGATGGGCGgtatggaagt ... gacgttgcagAGCTAGATGCTTTGGAGTCTGATATGGAATTTGACTCAGCTGCAGTCCCCT

Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
GAAATGACAGATCTGATGGACGTGAGCAATGAGATACAAGAAACTCTTGGTAGAAGCTACAACATCCCTGATGACGTTGACGAGGAAGAACTGATGGGCGgtatggaagtcacaatttcatctttgcaatatgacatctatttctggatttaagtcttccatagtttttggcacatcacttggtaatatggttatttgct

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  AGAAGC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  GGAAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  AAGAAC