Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

GCAAGTGAAAACAAGAGAATCGATCTTTTTGATGGGCCAAGTGCTGAAGATGGCTTTGGTGAAGAAAATGTCCTGTTAGCATCAAgtaagtggcgacatcacatcccctacaagtttgctaatgtgaatatgtgatagctctttcaggtttgaaagctaggaatatgttaggcaaacttattttcttttaattgttatgtttatctattgaaacctttgcaagaaacaagcctcttatacagctcttcagataactgagcagttcctttttcttag

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G065105_T02
intron # 5
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM2G065105_T02 (Zea mays), 5'ss of exon 5
lower sequence: LOC_Os06g50120.2 (Oryza sativa), 5'ss of exon 5
----GCAAGTGAAAACAAGAGAATCGATCTTTTTGATGGGCCAAGTGCTGAAGATGGCTTTGGTGAAGAAAATGTCCTGTTAGCATCAAgtaagtggcgacatcacatcccctacaagtttgctaatgtgaatatgtgatagctctttcaggtttgaaagctaggaatatgttaggcaaacttattttctttta-attgttatgtttatctattgaaacctttgcaagaaacaagcctcttatacagctcttcagataactgagcagttcctttttcttag
    ||||||||||| ||| || | |||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||   |   ||| |  ||||      || || |  ||   ||  | ||    | |  || | || ||||||  | |||  |  |    ||  |   ||   ||| |  | || || | |  |       ||  |   || || ||                                     
ATATGCAAGTGAAAATAAGCGAGTTGATCTTTTTGATGGCCCAAGTGTTGAAGATGGCTTTGGTGAAGAAAATGTCCTGTTAGCATCAAgtaagtagcaactctagggcccttttaagtgc----atatggaggtggtctattttttctcaggtgaaatgataagaatattct-ggcggatatgccatcactagcatgaatatatgcacctctttagatttaatggtcaattatttcttttgtag------------------------------------
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|211162284|gb|FL231527.1|FL231527
EST:     GCCAAGTGCTGAAGATGGCTTTGGTGAAGAAAATGTCCTGTTAGCATCAA                         ATATGACAAACCAGCAGTTAATGGATCAAGGGCA-TCAACTAATGGATGAA
genomic: GCCAAGTGCTGAAGATGGCTTTGGTGAAGAAAATGTCCTGTTAGCATCAAgtaagtggcg ... tttttcttagATATGACAAACCAGCAGTTAATGGATCAAGG-CAATCAACTAATGGATGAA
EST: gi|60340573|gb|DN207546.1|DN207546
EST:     GCCAAGTGCTGAAGATGGCTTTGGTGAAGAAAATGTCCTGTTAGCATCAA                         ATATGACAAACCAGCAGTTAATGGATCAAGGCAATCAACTAATGGATGAAA
genomic: GCCAAGTGCTGAAGATGGCTTTGGTGAAGAAAATGTCCTGTTAGCATCAAgtaagtggcg ... tttttcttagATATGACAAACCAGCAGTTAATGGATCAAGGCAATCAACTAATGGATGAAA
EST: gi|89246761|gb|DY618548.1|DY618548
EST:     GCCAAGTGCTGAAGATGGCTTTGGTGAAGAAAATGTCCTGTTAGCATCAA                         ATATGACAAACCAGCAGTTAATGGATCAAGGCAATCAACTAATGGATGAAA
genomic: GCCAAGTGCTGAAGATGGCTTTGGTGAAGAAAATGTCCTGTTAGCATCAAgtaagtggcg ... tttttcttagATATGACAAACCAGCAGTTAATGGATCAAGGCAATCAACTAATGGATGAAA
EST: gi|211357112|gb|FL231558.1|FL231558
EST:     GCCAAGTGCTGAAGATGGCTTTGGTGAAGAAAATGTCCTGTTAGCATCAA                         ATATGACAAACCAGCAGTTAATGGATCAAGGCAATCAACTAATGGATG
genomic: GCCAAGTGCTGAAGATGGCTTTGGTGAAGAAAATGTCCTGTTAGCATCAAgtaagtggcg ... tttttcttagATATGACAAACCAGCAGTTAATGGATCAAGGCAATCAACTAATGGATG
EST: gi|74237187|gb|DT645101.1|DT645101
EST:     GCCAAGTGCTGAAGATGGCTTTGGTGAAGAAAATGTCCTGTTAGCATCAA                         ATATGACAAACCAGCAGTTAATGGATCAAGGCAATCAACTAATGGATGAAA
genomic: GCCAAGTGCTGAAGATGGCTTTGGTGAAGAAAATGTCCTGTTAGCATCAAgtaagtggcg ... tttttcttagATATGACAAACCAGCAGTTAATGGATCAAGGCAATCAACTAATGGATGAAA
EST: gi|211357114|gb|FL231560.1|FL231560
EST:     GCCAAGTGCTGAAGATGGCTTTGGTGAAGAAAATGTCCTGTTAGCATCAA                         ATATGACAAACCAGCAGTTAATGGATCAAGGCAATCAACTA
genomic: GCCAAGTGCTGAAGATGGCTTTGGTGAAGAAAATGTCCTGTTAGCATCAAgtaagtggcg ... tttttcttagATATGACAAACCAGCAGTTAATGGATCAAGGCAATCAACTA
EST: gi|71761831|gb|DR959768.1|DR959768
EST:     GCCAAGTGCTGAAGATGGCTTTGGTGAAGAAAATGTCCTGTTAGCATCAA                         ATATGACAAACCAGCAGTTAATGGATCAAGGCAATCAACTAATGGATGAAA
genomic: GCCAAGTGCTGAAGATGGCTTTGGTGAAGAAAATGTCCTGTTAGCATCAAgtaagtggcg ... tttttcttagATATGACAAACCAGCAGTTAATGGATCAAGGCAATCAACTAATGGATGAAA
EST: gi|60394000|gb|DN226870.1|DN226870
EST:     GCCAAGTGCTGAAGATGGCTTTGGTGAAGAAAATGTCCTGTTAGCATCAA                         ATATGACAAACCAGCAGTTAATGGATCAAGGCAATCAACTAATGGATGAAA
genomic: GCCAAGTGCTGAAGATGGCTTTGGTGAAGAAAATGTCCTGTTAGCATCAAgtaagtggcg ... tttttcttagATATGACAAACCAGCAGTTAATGGATCAAGGCAATCAACTAATGGATGAAA
EST: gi|14243604|gb|BG841264.2|BG841264
EST:     GCCAAGTGCTGAAGATGGCTTTGGTGAAGAAAATGTCCTGTTAGCATCAA                         ATATGACAAACCAGCAGTTAATGGATCAAGGCAATCAACTAATGGATGAAA
genomic: GCCAAGTGCTGAAGATGGCTTTGGTGAAGAAAATGTCCTGTTAGCATCAAgtaagtggcg ... tttttcttagATATGACAAACCAGCAGTTAATGGATCAAGGCAATCAACTAATGGATGAAA

Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
GCAAGTGAAAACAAGAGAATCGATCTTTTTGATGGGCCAAGTGCTGAAGATGGCTTTGGTGAAGAAAATGTCCTGTTAGCATCAAgtaagtggcgacatcacatcccctacaagtttgctaatgtgaatatgtgatagctctttcaggtttgaaagctaggaatatgttaggcaaacttattttcttttaattgttatgtttatctattgaaacctttgcaagaaacaagcctcttatacagctcttcagataactgagcagttcctttttcttag

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  CTGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGAAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGATG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  TGAAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  AAGAAA