Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

AGGATGAACACGATGTTGTATGGTTCTGGTTGAAAAAAGATGAGCCGCATGAGTGTCCAGTCTGCTCGCAATACTTTGTGgtaatttaagtccctaaactgtttgttatgctataagttattgctacacaatcgcactgccatgctgatgctggtgttaattattgtaattatttggttgcttgatttgtgcag

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G064753_T01
intron # 5
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM2G064753_T01 (Zea mays), 5'ss of exon 5
lower sequence: LOC_Os01g42650.1 (Oryza sativa), 5'ss of exon 5
AGGATGAACACGATGTTGTATGGTTCTGGTTGAAAAAAGATGAGCCGCATGAGTGTCCAGTCTGCTCGCAATACTTTGTGgtaatttaagtccct--------aaactgtttg---ttatgctataagttattgct--------acacaa-tcgcactgccatgctg-----atgctggtgttaattattgtaatta-------tttggttgcttgatttgtgcag
||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||| || ||||| ||||||||||||  | | | |        | | |  ||    |||||   | ||| | || |        |   |  || || | ||| ||||     || |||   |    ||||||  ||         || |||||| |  || |||||
AGGATGAGCATGATGTTGTATGGTTCTGGTTGAAAAAAGATGAACCGCATGAGTGCCCAGTCTGTTCACAATATTTTGTGgtaattggaattcgttgtttgacatattactttaatttatgtatttagtaactgtttttattgaatgtagctcacagttccaagctgttttgattctgtaatgttctattgttctttaatggatctttgttgctcgccttttgcag
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|211282257|gb|FL038859.1|FL038859
EST:     TGAAAAAAGATGAGCCGCATGAGTGTCCAGTCTGCTCGCAATACTTTGTG                         CTTAAGGTCATTGGTGATGGTGGTGATCCAGATGGTCATGACGATKAAGAT
genomic: TGAAAAAAGATGAGCCGCATGAGTGTCCAGTCTGCTCGCAATACTTTGTGgtaatttaag ... atttgtgcagCTTAAGGTCATTGGTGATGGTGGTGATCCAGATGGTCATGACGATGAAGAT
EST: gi|40334748|gb|CK368818.1|CK368818
EST:     TGAAAAAAGATGAGCCGCATGAGTGTCCAGTCTGCTCGCAATACTTTGTG                         CTTAAGGTCATTGGTGATGGTGGTGATCCAGATGGTCATGACGATGAAGAT
genomic: TGAAAAAAGATGAGCCGCATGAGTGTCCAGTCTGCTCGCAATACTTTGTGgtaatttaag ... atttgtgcagCTTAAGGTCATTGGTGATGGTGGTGATCCAGATGGTCATGACGATGAAGAT
EST: gi|60394469|gb|DN227339.1|DN227339
EST:     TGAAAAAAGATGAGCCGCATGAGTGTCCAGTCTGCTCGCAATACTTTGTG                         CTTAAGGTCATTGGTGATGGTGGTGATCCAGATGGTCATGACGATGAAGAT
genomic: TGAAAAAAGATGAGCCGCATGAGTGTCCAGTCTGCTCGCAATACTTTGTGgtaatttaag ... atttgtgcagCTTAAGGTCATTGGTGATGGTGGTGATCCAGATGGTCATGACGATGAAGAT
EST: gi|60341353|gb|DN208326.1|DN208326
EST:     TGAAAAAAGATGAGCCGCATGAGTGTCCAGTCTGCTCGCAATACTTTGTG                         CTTAAGGTCATTGGTGATGGTGGTGATCCAGATGGTCATGACGATGAAGAT
genomic: TGAAAAAAGATGAGCCGCATGAGTGTCCAGTCTGCTCGCAATACTTTGTGgtaatttaag ... atttgtgcagCTTAAGGTCATTGGTGATGGTGGTGATCCAGATGGTCATGACGATGAAGAT
EST: gi|71446669|gb|DR827719.1|DR827719
EST:     TGAAAAAAGATGAGCCGCATGAGTGTCCAGTCTGCTCGCAATACTTTGTG                         CTTAAGGTCATTGGTGATGGTGGTGATCCAGATGGTCATGACGATGAAGAT
genomic: TGAAAAAAGATGAGCCGCATGAGTGTCCAGTCTGCTCGCAATACTTTGTGgtaatttaag ... atttgtgcagCTTAAGGTCATTGGTGATGGTGGTGATCCAGATGGTCATGACGATGAAGAT
EST: gi|113684810|gb|DW837584.1|DW837584
EST:     CTCGCAATACTTTGTG                         CTTAAGGTCATTGGTGATGGTGGTGATCCAAGATGGTCATGACGATGAAGA
genomic: CTCGCAATACTTTGTGgtaatttaag ... atttgtgcagCTTAAGGTCATTGGTGATGGTGGTGATCCA-GATGGTCATGACGATGAAGA
EST: gi|211235602|gb|FL469489.1|FL469489
EST:     TGAAAAAAGATGAGCCGCATGAGTGTCCAGTCTGCTCGCAATACTTTGTG                         CTTAAGGTCATTGGTGATGGTGGTGATCCAGATGGTCATGACGATGAAGAT
genomic: TGAAAAAAGATGAGCCGCATGAGTGTCCAGTCTGCTCGCAATACTTTGTGgtaatttaag ... atttgtgcagCTTAAGGTCATTGGTGATGGTGGTGATCCAGATGGTCATGACGATGAAGAT
EST: gi|101401433|gb|EB822394.1|EB822394
EST:     TGAAAAAAGATGAGCCGCATGAGTGTCCAGTCTGCTCGCAATACTTTGTG                         CTTAAGGTCATTGGTGATGGTGGTGATCCAGATGGTCATGACGATGAAGAT
genomic: TGAAAAAAGATGAGCCGCATGAGTGTCCAGTCTGCTCGCAATACTTTGTGgtaatttaag ... atttgtgcagCTTAAGGTCATTGGTGATGGTGGTGATCCAGATGGTCATGACGATGAAGAT
EST: gi|60343233|gb|DN210206.1|DN210206
EST:     TGAAAAAAGATGAGCCGCATGAGTGTCCAGTCTGCTCGCAATACTTTGTG                         CTTAAGGTCATTGGTGATGGTGGTGATCCAGATGGTCATGACGATGAAGAT
genomic: TGAAAAAAGATGAGCCGCATGAGTGTCCAGTCTGCTCGCAATACTTTGTGgtaatttaag ... atttgtgcagCTTAAGGTCATTGGTGATGGTGGTGATCCAGATGGTCATGACGATGAAGAT
EST: gi|60340030|gb|DN207003.1|DN207003
EST:     TGAAAAAAGATGAGCCGCATGAGTGTCCAGTCTGCTCGCAATACTTTGTG                         CTTAAGGTCATTGGTGATGGTGGTGATCCAGATGGTCATGACGATGAAGAT
genomic: TGAAAAAAGATGAGCCGCATGAGTGTCCAGTCTGCTCGCAATACTTTGTGgtaatttaag ... atttgtgcagCTTAAGGTCATTGGTGATGGTGGTGATCCAGATGGTCATGACGATGAAGAT
EST: gi|211282256|gb|FL038858.1|FL038858
EST:     TGAAAAAAGATGAGCCGCATGAGTGTCCAGTCTGCTCGCAATACTTTGTG                         CTTAAGGTCATTGGTGATGGTGGTGATCCAGATGGTCATGACGATGAAGAT
genomic: TGAAAAAAGATGAGCCGCATGAGTGTCCAGTCTGCTCGCAATACTTTGTGgtaatttaag ... atttgtgcagCTTAAGGTCATTGGTGATGGTGGTGATCCAGATGGTCATGACGATGAAGAT
EST: gi|12971007|gb|BG267268.1|BG267268
EST:     AAAGATGAGCCGCATGAGTGTCCAGTCTGCTCGCAATACTTTGTG                         CTTAAGGTCATTGGCGATGGTGGTGATCCAGATGGTCATGACGATGAAGAT
genomic: AAAGATGAGCCGCATGAGTGTCCAGTCTGCTCGCAATACTTTGTGgtaatttaag ... atttgtgcagCTTAAGGTCATTGGTGATGGTGGTGATCCAGATGGTCATGACGATGAAGAT
EST: gi|24763662|gb|CA398833.1|CA398833
EST:     TGAAAAAAGATGAGCCGCATGAGTGTCCAGTCTGCTCGCAATACTTTGTG                         CTTAAGGTCATTGGTGATGGTGGTGATCCAGATGGTCATGACGATGAAGAT
genomic: TGAAAAAAGATGAGCCGCATGAGTGTCCAGTCTGCTCGCAATACTTTGTGgtaatttaag ... atttgtgcagCTTAAGGTCATTGGTGATGGTGGTGATCCAGATGGTCATGACGATGAAGAT
EST: gi|211101980|gb|FL478954.1|FL478954
EST:     TGAAAAAAGATGAGCCGCATGAGTGTCCAG--T-CTCGCAATACTTTGTG                         CTTAAGGTCATTGGTGATGGTGGTGATCCAGATGGTCATGACGATGAAGAT
genomic: TGAAAAAAGATGAGCCGCATGAGTGTCCAGTCTGCTCGCAATACTTTGTGgtaatttaag ... atttgtgcagCTTAAGGTCATTGGTGATGGTGGTGATCCAGATGGTCATGACGATGAAGAT
EST: gi|211282259|gb|FL038861.1|FL038861
EST:     TGAAAAAAGATGAGCCGCATGAGTGTCCAGTCTGCTCGCAATACTTTGTG                         CTTAAGGTCATTGGTGATGGTGGTGATCCAGATGGTCATGACGATGAAGAT
genomic: TGAAAAAAGATGAGCCGCATGAGTGTCCAGTCTGCTCGCAATACTTTGTGgtaatttaag ... atttgtgcagCTTAAGGTCATTGGTGATGGTGGTGATCCAGATGGTCATGACGATGAAGAT
EST: gi|60353974|gb|DN220947.1|DN220947
EST:     TGAAAAAAGATGAGCCGCATGAGTGTCCAGTCTGCTCGCAATACTTTGTG                         CTTAAGGTCATTGGCGATGGTGGTGATCCAGATGGTCATGACGATGAAGAT
genomic: TGAAAAAAGATGAGCCGCATGAGTGTCCAGTCTGCTCGCAATACTTTGTGgtaatttaag ... atttgtgcagCTTAAGGTCATTGGTGATGGTGGTGATCCAGATGGTCATGACGATGAAGAT
EST: gi|24768560|gb|CA403689.1|CA403689
EST:     TGAAAAAAGATGAGCCGCATGAGTGTCCAGTCTGCTCGCAATACTTTGTG                         CTTAAGGTCATTGGTGATGGTGGTGATCCAGATGGTCATGACGATGAAGAT
genomic: TGAAAAAAGATGAGCCGCATGAGTGTCCAGTCTGCTCGCAATACTTTGTGgtaatttaag ... atttgtgcagCTTAAGGTCATTGGTGATGGTGGTGATCCAGATGGTCATGACGATGAAGAT
EST: gi|5108358|gb|AI740071.1|AI740071
EST:     TGAAAAAAGATGAGCCGCATGAGTGTCCAGTCTGCTCGCAATACTTTGTG                         CTTAAGGTCATTGGCGATGGTGGTGATCCAGATGGTCATGACGATGAAGAT
genomic: TGAAAAAAGATGAGCCGCATGAGTGTCCAGTCTGCTCGCAATACTTTGTGgtaatttaag ... atttgtgcagCTTAAGGTCATTGGTGATGGTGGTGATCCAGATGGTCATGACGATGAAGAT
EST: gi|44901526|gb|CK828071.1|CK828071
EST:     TGAAAAAAGATGAGCCGCATGAGTGTCCAGTCTGCTCGCAATACTTTGTG                         CTTAAGGTCATTGGTGATGGTGGTGATCCAGATGGTCATGACGATGAAGAT
genomic: TGAAAAAAGATGAGCCGCATGAGTGTCCAGTCTGCTCGCAATACTTTGTGgtaatttaag ... atttgtgcagCTTAAGGTCATTGGTGATGGTGGTGATCCAGATGGTCATGACGATGAAGAT
EST: gi|101401431|gb|EB822393.1|EB822393
EST:     TGAAAAAAGATGAGCCGCATGAGTGTCCAGTCTGCTCGCAATACTTTGTG                         CTTAAGGTCATTGGTGATGGTGGTGATCCAGATGGTCATGACGATGAAGAT
genomic: TGAAAAAAGATGAGCCGCATGAGTGTCCAGTCTGCTCGCAATACTTTGTGgtaatttaag ... atttgtgcagCTTAAGGTCATTGGTGATGGTGGTGATCCAGATGGTCATGACGATGAAGAT
EST: gi|32868354|gb|CF008036.1|CF008036
EST:     TGAAAAAAGATGAGCCGCATGAGTGTCCAGTCTGCTCGCAATACTTTGTG                         CTTAAGGTCATTGGTGATGGTGGTGATCCAGATGGTCATGACGATGAAGAT
genomic: TGAAAAAAGATGAGCCGCATGAGTGTCCAGTCTGCTCGCAATACTTTGTGgtaatttaag ... atttgtgcagCTTAAGGTCATTGGTGATGGTGGTGATCCAGATGGTCATGACGATGAAGAT
EST: gi|166492242|gb|EG318124.1|EG318124
EST:     AGTGTCCAGTCTGCTCGCAATACTTTGTG                         CTTAAGGTCATTAGGTGATGGTGGTGATCCAGATGGTCATGACGATGAAGA
genomic: AGTGTCCAGTCTGCTCGCAATACTTTGTGgtaatttaag ... atttgtgcagCTTAAGGTCATT-GGTGATGGTGGTGATCCAGATGGTCATGACGATGAAGA
EST: gi|60398986|gb|DN231802.1|DN231802
EST:     TGAAAAAAGATGAGCCGCATGAGTGTCCAGTCTGCTCGCAATACTTTGTG                         CTTAAGGTCATTGGTGATGGTGGTGATCCAGATGGTCATGACGATGAAGAT
genomic: TGAAAAAAGATGAGCCGCATGAGTGTCCAGTCTGCTCGCAATACTTTGTGgtaatttaag ... atttgtgcagCTTAAGGTCATTGGTGATGGTGGTGATCCAGATGGTCATGACGATGAAGAT
EST: gi|78026436|gb|DV494823.1|DV494823
EST:     TGAAAAAAGATGAGCCGCATGAGTGTCCAGTCTGCTCGCAATACTTTGTG                         CTTAAGGTCATTGGCGATGGTGGTGATCCAGATGGTCATGACGATGAAGAT
genomic: TGAAAAAAGATGAGCCGCATGAGTGTCCAGTCTGCTCGCAATACTTTGTGgtaatttaag ... atttgtgcagCTTAAGGTCATTGGTGATGGTGGTGATCCAGATGGTCATGACGATGAAGAT

RNA-Seq data


 ATGC   Supported by RNA-Seq exonic block that spans over the splice site

 atgs   Truncated intron sequence

Each block is as long as the maximal overhang of any read spanning the junction.
The score is the number of alignments spanning the junction.


Found data for 4 RNA-Seq libraries.


Block sizes: 47 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 304

AGGATGAACACGATGTTGTATGGTTCTGGTTGAAAAAAGATGAGCCGCATGAGTGTCCAGTCTGCTCGCAATACTTTGTGgtaatttaag ... atttgtgcagCTTAAGGTCATTGGTGATGGTGGTGATCCAGATGGTCATGACGATGAAGATGATGGACATCACTAAGGATGCCTTGTGGTTCTGAAAATAAGAATTTGGT


Block sizes: 49 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 375

AGGATGAACACGATGTTGTATGGTTCTGGTTGAAAAAAGATGAGCCGCATGAGTGTCCAGTCTGCTCGCAATACTTTGTGgtaatttaag ... atttgtgcagCTTAAGGTCATTGGTGATGGTGGTGATCCAGATGGTCATGACGATGAAGATGATGGACATCACTAAGGATGCCTTGTGGTTCTGAAAATAAGAATTTGGT


Block sizes: 49 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 424

AGGATGAACACGATGTTGTATGGTTCTGGTTGAAAAAAGATGAGCCGCATGAGTGTCCAGTCTGCTCGCAATACTTTGTGgtaatttaag ... atttgtgcagCTTAAGGTCATTGGTGATGGTGGTGATCCAGATGGTCATGACGATGAAGATGATGGACATCACTAAGGATGCCTTGTGGTTCTGAAAATAAGAATTTGGT


Block sizes: 49 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 339

AGGATGAACACGATGTTGTATGGTTCTGGTTGAAAAAAGATGAGCCGCATGAGTGTCCAGTCTGCTCGCAATACTTTGTGgtaatttaag ... atttgtgcagCTTAAGGTCATTGGTGATGGTGGTGATCCAGATGGTCATGACGATGAAGATGATGGACATCACTAAGGATGCCTTGTGGTTCTGAAAATAAGAATTTGGT


Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
AGGATGAACACGATGTTGTATGGTTCTGGTTGAAAAAAGATGAGCCGCATGAGTGTCCAGTCTGCTCGCAATACTTTGTGgtaatttaagtccctaaactgtttgttatgctataagttattgctacacaatcgcactgccatgctgatgctggtgttaattattgtaattatttggttgcttgatttgtgcag

- - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGATG