Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   		19  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

GATCGCCTAAAGAAGCTTAAATCAGAGCATGGGAAGGTTCAGCTTGGAAACATAACTGTGGATATGgtataatatactgcttattagttgcctatggatagttatgttgcttttctagagcatatattaactcatcatgtgaaaatccttaataatgttcctgcag

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G064023_T03
intron # 5
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM2G064023_T04 (Zea mays), 5'ss of exon 5
lower sequence: LOC_Os11g33240.3 (Oryza sativa), 5'ss of exon 4
GATCGCCTAAAGAAGCTTAAATCAGAGCATGGGAAGGTTCAGCTTGGAAACATAACTGTGGATATGgtataata-tactgcttattagttgcctatggat--agttatgttgcttttctagagcatatattaactcatcatgtgaaaatccttaataatgttcctgcag
|||||| ||||||| ||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||| ||  | ||    |||| ||    ||  ||  | |  | ||||||||  || |  |   |||| | ||   |  ||| || | |||  |||| || |||
GATCGCTTAAAGAAACTTAAATCAGAACATGGGAAGGTCCAGCTTGGAAACATAACTGTTGATATGgtatgattctgctatcgattatttatggataaatctattgctattgctttttaagggtgtcc-ttaattgattgggctaaagtcttgaattgtgtttctccag
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|211269895|gb|FL099815.1|FL099815
EST:     TTAAATCAGAGCATGGGAAGGTTCAGCTTGGAAACATAACTGTGGATATG                         GTCCTTGGTGGAATGAGAGGGATGATTGGAATGCTTTGGGAAACATCCCTA
genomic: TTAAATCAGAGCATGGGAAGGTTCAGCTTGGAAACATAACTGTGGATATGgtataatata ... gttcctgcagGTCCTTGGTGGAATGAGAGGGATGATTGGAATGCTTTGGGAAACATCCCTA
EST: gi|211399063|gb|FL099822.1|FL099822
EST:     TTAAATCAGAGCATGGGAAGGTTCAGCTTGGAAACATAACTGTGGATATG                         GTCCTTGGTGGAATGAGAGGGATGATTGGAATGCTTTGGGAAACATCCCTA
genomic: TTAAATCAGAGCATGGGAAGGTTCAGCTTGGAAACATAACTGTGGATATGgtataatata ... gttcctgcagGTCCTTGGTGGAATGAGAGGGATGATTGGAATGCTTTGGGAAACATCCCTA
EST: gi|8103179|gb|AW927835.1|AW927835
EST:     TTAAATCAGAGCATGGGAAGGTTCAGCTTGGAAACATAACTGTGGATATG                         GTCCTTGGTGGAATGAGAGGGATGATTGGAATGCTTTGGGAAACATCCCTA
genomic: TTAAATCAGAGCATGGGAAGGTTCAGCTTGGAAACATAACTGTGGATATGgtataatata ... gttcctgcagGTCCTTGGTGGAATGAGAGGGATGATTGGAATGCTTTGGGAAACATCCCTA
EST: gi|211269896|gb|FL099816.1|FL099816
EST:     TTAAATCAGAGCATGGGAAGGTTCAGCTTGGAAACATAACTGTGGATATG                         GTCCTTGGTGGAATGAGAGGGATGATTGGAATGCTTTGGSGAAACATCCCT
genomic: TTAAATCAGAGCATGGGAAGGTTCAGCTTGGAAACATAACTGTGGATATGgtataatata ... gttcctgcagGTCCTTGGTGGAATGAGAGGGATGATTGGAATGCTTTGG-GAAACATCCCT
EST: gi|76287895|gb|DV027463.1|DV027463
EST:     TTAAATCAGAGCATGGGAAGGTTCAGCTTGGAAACATAACTGTGGATATG                         GTCCTTGGTGGAATGAGAGGGATGATTGGAATGCTTTGGGAAACATCCCTA
genomic: TTAAATCAGAGCATGGGAAGGTTCAGCTTGGAAACATAACTGTGGATATGgtataatata ... gttcctgcagGTCCTTGGTGGAATGAGAGGGATGATTGGAATGCTTTGGGAAACATCCCTA
EST: gi|4609628|gb|AI600467.1|AI600467
EST:     TTAAATCAGAGCATGGGAAGGTTCAGCTTGGAAACATAACTGTGGATATG                         GTCCTTGGTGGAATGAGAGGGATGATTGGAATGCTTTGGGAAACATCCCTA
genomic: TTAAATCAGAGCATGGGAAGGTTCAGCTTGGAAACATAACTGTGGATATGgtataatata ... gttcctgcagGTCCTTGGTGGAATGAGAGGGATGATTGGAATGCTTTGGGAAACATCCCTA
EST: gi|149082725|gb|EE171943.2|EE171943
EST:     TTAAATCAGAGCATGGGAAGGTTCAGCTTGGAAACATAACTGTGGATATG                         GTCCTTGGTGGAATGAGAGGGATGATTGGAATGCTTTGGGAAACATCCCTA
genomic: TTAAATCAGAGCATGGGAAGGTTCAGCTTGGAAACATAACTGTGGATATGgtataatata ... gttcctgcagGTCCTTGGTGGAATGAGAGGGATGATTGGAATGCTTTGGGAAACATCCCTA
EST: gi|211269899|gb|FL099819.1|FL099819
EST:     TTAAATCAGAGCATGGGAAGGTTCAGCTTGGAAACATAACTGTGGATATG                         GTCCTTGGTGGAATGAGAGGGATGATTGGAATGCTTTGGGAAACATCCCTA
genomic: TTAAATCAGAGCATGGGAAGGTTCAGCTTGGAAACATAACTGTGGATATGgtataatata ... gttcctgcagGTCCTTGGTGGAATGAGAGGGATGATTGGAATGCTTTGGGAAACATCCCTA
EST: gi|211269892|gb|FL099812.1|FL099812
EST:     TTAAATCAGAGCATGGGAAGGTTCAGCTTGGAAACATAACTGTGGATATG                         GTCCTTGGTGGAATGAGAGGGATGATTGGAATGCTTTGGGAAACATCCCTA
genomic: TTAAATCAGAGCATGGGAAGGTTCAGCTTGGAAACATAACTGTGGATATGgtataatata ... gttcctgcagGTCCTTGGTGGAATGAGAGGGATGATTGGAATGCTTTGGGAAACATCCCTA
EST: gi|71450120|gb|DR831170.1|DR831170
EST:     TTAAATCAGAGCATGGGAAGGTTCAGCTTGGAAACATAACTGTGGATATG                         GTCCTTGGTGGAATGAGAGGGATGATTGGAATGCTTTGGGAAACATCCCTA
genomic: TTAAATCAGAGCATGGGAAGGTTCAGCTTGGAAACATAACTGTGGATATGgtataatata ... gttcctgcagGTCCTTGGTGGAATGAGAGGGATGATTGGAATGCTTTGGGAAACATCCCTA
EST: gi|211269897|gb|FL099817.1|FL099817
EST:     TTAAATCAGAGCATGGGAAGGTTCAGCTTGGAAACATAACTGTGGATATG                         GTCCTTGGTGGAATGAGAGGGATGATTGGAATGCTTTGGGAAACATCCCTA
genomic: TTAAATCAGAGCATGGGAAGGTTCAGCTTGGAAACATAACTGTGGATATGgtataatata ... gttcctgcagGTCCTTGGTGGAATGAGAGGGATGATTGGAATGCTTTGGGAAACATCCCTA
EST: gi|211269890|gb|FL099810.1|FL099810
EST:     TTAAATCAGAGCATGGGAAGGTTCAGCTTGGAAACATAACTGTGGATATG                         GTCCTTGGTGGAATGAGAGGGATGATTGGAATGCTTTGGGAAACATCCCTA
genomic: TTAAATCAGAGCATGGGAAGGTTCAGCTTGGAAACATAACTGTGGATATGgtataatata ... gttcctgcagGTCCTTGGTGGAATGAGAGGGATGATTGGAATGCTTTGGGAAACATCCCTA
EST: gi|211399064|gb|FL099823.1|FL099823
EST:     TTAAATCAGAGCATGGGAAGGTTCAGCTTGGAAACATAACTGTGGATATG                         GTCCTTGGTGGAATGAGAGGGATGATTGGAATGCTTTGGGAAACATCCCTA
genomic: TTAAATCAGAGCATGGGAAGGTTCAGCTTGGAAACATAACTGTGGATATGgtataatata ... gttcctgcagGTCCTTGGTGGAATGAGAGGGATGATTGGAATGCTTTGGGAAACATCCCTA
EST: gi|213174510|gb|FM184748.1|FM184748
EST:     TTAAATCAGAGCATGGGAAGGTTCAGCTTGGAAACATAACTGTGGATATG                         GTCCTTGGTGGAATGAGAGGGATGATTGGAATGCTTTGGGAAACATCCCTA
genomic: TTAAATCAGAGCATGGGAAGGTTCAGCTTGGAAACATAACTGTGGATATGgtataatata ... gttcctgcagGTCCTTGGTGGAATGAGAGGGATGATTGGAATGCTTTGGGAAACATCCCTA
EST: gi|211399065|gb|FL099824.1|FL099824
EST:     TTAAATCAGAGCATGGGAAGGTTCAGCTTGGAAACATAACTGTGGATATG                         GTCCTTGGTGGAATGAGAGGGATGATTGGAATGCTTTGGGAAACATCCCTA
genomic: TTAAATCAGAGCATGGGAAGGTTCAGCTTGGAAACATAACTGTGGATATGgtataatata ... gttcctgcagGTCCTTGGTGGAATGAGAGGGATGATTGGAATGCTTTGGGAAACATCCCTA
EST: gi|211269891|gb|FL099811.1|FL099811
EST:     TTAAATCAGAGCATGGGAAGGTTCAGCTTGGAAACATAACTGTGGATATG                         GTCCTTGGTGGAATGAGAGGGATGATTGGAATGCTTTGGGAAACATCCCTA
genomic: TTAAATCAGAGCATGGGAAGGTTCAGCTTGGAAACATAACTGTGGATATGgtataatata ... gttcctgcagGTCCTTGGTGGAATGAGAGGGATGATTGGAATGCTTTGGGAAACATCCCTA
EST: gi|211269901|gb|FL099821.1|FL099821
EST:     TTAAATCAGAGCATGGGAAGGTTCAGCTTGGAAACATAACTGTGGATATG                         GTCCTTGGTGGAATGAGAGGGATGATTGGAATGCTTTGGGAAACATCCCTA
genomic: TTAAATCAGAGCATGGGAAGGTTCAGCTTGGAAACATAACTGTGGATATGgtataatata ... gttcctgcagGTCCTTGGTGGAATGAGAGGGATGATTGGAATGCTTTGGGAAACATCCCTA
EST: gi|148967125|gb|EE018300.2|EE018300
EST:     TTAAATCAGAGCATGGGAAGGTTCAGCTTGGAAACATAACTGTGGATATG                         GTCCTTGGTGGAATGAGAGGGATGAT
genomic: TTAAATCAGAGCATGGGAAGGTTCAGCTTGGAAACATAACTGTGGATATGgtataatata ... gttcctgcagGTCCTTGGTGGAATGAGAGGGATGAT
EST: gi|211269889|gb|FL099809.1|FL099809
EST:     TTAAATCAGAGCATGGGAAGGTTCAGCTTGGAAACATAACTGTGGATATG                         GTCCTTGGTGGAATGAGAGGGATGATTGGAATGCTTTGGGA
genomic: TTAAATCAGAGCATGGGAAGGTTCAGCTTGGAAACATAACTGTGGATATGgtataatata ... gttcctgcagGTCCTTGGTGGAATGAGAGGGATGATTGGAATGCTTTGGGA
EST: gi|211269900|gb|FL099820.1|FL099820
EST:     TTAAATCAGAGCATGGGAAGGTTCAGCTTGGAAACATAACTGTGGATATG                         GTCCTTGGTGGAMTGAGAGGGATGATTGGAATGCTTTGGGAAACATCCCTA
genomic: TTAAATCAGAGCATGGGAAGGTTCAGCTTGGAAACATAACTGTGGATATGgtataatata ... gttcctgcagGTCCTTGGTGGAATGAGAGGGATGATTGGAATGCTTTGGGAAACATCCCTA
EST: gi|211269898|gb|FL099818.1|FL099818
EST:     TTAAATCAGAGCATGGGAAGGTTCAGCTTGGAAACATAACTGTGGATATG                         GTCCTTGGTGGAATGAGAGGGATGATTGGAATGCTTTGGGAAACATCCCTA
genomic: TTAAATCAGAGCATGGGAAGGTTCAGCTTGGAAACATAACTGTGGATATGgtataatata ... gttcctgcagGTCCTTGGTGGAATGAGAGGGATGATTGGAATGCTTTGGGAAACATCCCTA
EST: gi|149077813|gb|EE166538.2|EE166538
EST:     TTAAATCAGAGCATGGGAAGGTTCAGCTTGGAAACATAACTGTGGATATG                         GTCCTTGGTGGAATGAGAGGGATGATTGGAATGCTTTGGGAAACATCCCTA
genomic: TTAAATCAGAGCATGGGAAGGTTCAGCTTGGAAACATAACTGTGGATATGgtataatata ... gttcctgcagGTCCTTGGTGGAATGAGAGGGATGATTGGAATGCTTTGGGAAACATCCCTA
EST: gi|211269893|gb|FL099813.1|FL099813
EST:     TTAAATCAGAGCATGGGAAGGTTCAGCTTGGAAACATAACTGTGGATATG                         GTCCTTGGTGGAATGAGAGGGATGATTGGAATGCTTTGGGAAACATCCCTA
genomic: TTAAATCAGAGCATGGGAAGGTTCAGCTTGGAAACATAACTGTGGATATGgtataatata ... gttcctgcagGTCCTTGGTGGAATGAGAGGGATGATTGGAATGCTTTGGGAAACATCCCTA
EST: gi|149090362|gb|EE179668.2|EE179668
EST:     TTAAATCAGAGCATGGGAAGGTTCAGCTTGGAAACATAACTGTGGATATG                         GTCCTTGGTGGAATGAGAGGGATGATTGGAATGCTTTGGGAAACATCCCTA
genomic: TTAAATCAGAGCATGGGAAGGTTCAGCTTGGAAACATAACTGTGGATATGgtataatata ... gttcctgcagGTCCTTGGTGGAATGAGAGGGATGATTGGAATGCTTTGGGAAACATCCCTA

Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
GATCGCCTAAAGAAGCTTAAATCAGAGCATGGGAAGGTTCAGCTTGGAAACATAACTGTGGATATGgtataatatactgcttattagttgcctatggatagttatgttgcttttctagagcatatattaactcatcatgtgaaaatccttaataatgttcctgcag

- - - - - - - - - - -  AGAGCA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - TCAGCT