Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   		19  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

GATCGCTTAAAGAAGCTCAAGTCAGAGCATGGAAAGACCCAGCTTGGAAACATAACTGTGGATATGgtatgatatattgcttatcaattgtctatggatagttttgttgcttttatagcatatactaacttatcctgggaaattcctgaatgatgttcctccag

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G063851_T04
intron # 5
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM2G063851_T02 (Zea mays), 5'ss of exon 5
lower sequence: LOC_Os11g33240.3 (Oryza sativa), 5'ss of exon 4
GATCGCTTAAAGAAGCTCAAGTCAGAGCATGGAAAGACCCAGCTTGGAAACATAACTGTGGATATGgtatgatatattgcttatcaattgtctatggatagttttgttgct------tttatagcatatact-aacttatcctgggaaattcctgaatgatgttcctccag
|||||||||||||| || || ||||| ||||| |||  ||||||||||||||||||||| |||||||||||||   |    |||| ||| | ||||||||  | | |||||      |||  ||  | | || || | ||   |  ||| || |||||  |||| ||||||
GATCGCTTAAAGAAACTTAAATCAGAACATGGGAAGGTCCAGCTTGGAAACATAACTGTTGATATGgtatgat---tctgctatcgattatttatggataaatctattgctattgctttttaagggtgtccttaattgattgggctaaagtcttgaattgtgtttctccag

upper sequence: GRMZM2G063851_T02 (Zea mays), 5'ss of exon 5
lower sequence: LOC_Os02g10070.1 (Oryza sativa), 5'ss of exon 5
GATCGCTTAAAGAAGCTCAAGTCAGAGCATGGAAAGACCCAGCTTGGAAACATAACTGTGGATATGgtatgatatattgcttatcaattgtctatggatagttttgttgcttttatagcatatactaacttatcctgggaaattcctgaatgatgttcctccag-
|| ||||||||||| || || || ||||||||||||  ||| |||||||| ||||| || ||||||||||| |   ||   |||  ||| | ||||||| ||||           |  | | || | | |  ||     ||| || | |||| ||||  ||||  
GACCGCTTAAAGAAACTTAAATCGGAGCATGGAAAGGTCCAACTTGGAAATATAACAGTCGATATGgtatgct---tttggtattgattatttatggattgtttctcaagg---gtgtcctttattgattggtct----aaaatcttaaatggtgtttatccaag
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|51592469|gb|CV071615.1|CV071615
EST:     TCAAGTCAGAGCATGGAAAGACTCAGCTTGGAAACATAACTGTGGATATG                         GTCCTTGGTGGAATGAGAGGGATGACTGGAATGCTTTGGGAAACATCCCTA
genomic: TCAAGTCAGAGCATGGAAAGACCCAGCTTGGAAACATAACTGTGGATATGgtatgatata ... gttcctccagGTCCTTGGTGGAATGAGAGGGATGACTGGAATGCTTTGGGAAACATCCCTA
EST: gi|32868179|gb|CF007861.1|CF007861
EST:     TCAAGTCAGAGCATGGAAAGACCCAGCTTGGAAACATAACTGTGGATATG                         GTCCTTGGTGGAATGAGAGGGATGACTGGAATGCTTTGGGAAACATCCCTA
genomic: TCAAGTCAGAGCATGGAAAGACCCAGCTTGGAAACATAACTGTGGATATGgtatgatata ... gttcctccagGTCCTTGGTGGAATGAGAGGGATGACTGGAATGCTTTGGGAAACATCCCTA
EST: gi|78109451|gb|DV527867.1|DV527867
EST:     TCAAGTCAGAGCATGGAAAGACCCAGCTTGGAAACATAACTGTGGATATG                         GTCCTTGGTGGAATGAGAGGGATGACTGGAATGCTTTGGGAAACATCCCTA
genomic: TCAAGTCAGAGCATGGAAAGACCCAGCTTGGAAACATAACTGTGGATATGgtatgatata ... gttcctccagGTCCTTGGTGGAATGAGAGGGATGACTGGAATGCTTTGGGAAACATCCCTA
EST: gi|67040702|gb|CO466957.1|CO466957
EST:     CAAGTCAGAGCATGGAAAGACCCAGCTTGGAAACATATCTGTGCGATATG                         GTCCTTGGTGGAATGAGAGGGATGACTGGAATGCTTTGGGAAACATCCCT
genomic: CAAGTCAGAGCATGGAAAGACCCAGCTTGGAAACATAACTGTG-GATATGgtatgatata ... gttcctccagGTCCTTGGTGGAATGAGAGGGATGACTGGAATGCTTTGGGAAACATCCCT
EST: gi|74035022|gb|DT535512.1|DT535512
EST:     TCAAGTCAGAGCATGGAAAGACCCAGCTTGGAAACATAACTGTGGATATG                         GTCCTTGGTGGAATGAGAGGGATGACTGGAATGCTTTGGGAAACATCCCTA
genomic: TCAAGTCAGAGCATGGAAAGACCCAGCTTGGAAACATAACTGTGGATATGgtatgatata ... gttcctccagGTCCTTGGTGGAATGAGAGGGATGACTGGAATGCTTTGGGAAACATCCCTA

Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
GATCGCTTAAAGAAGCTCAAGTCAGAGCATGGAAAGACCCAGCTTGGAAACATAACTGTGGATATGgtatgatatattgcttatcaattgtctatggatagttttgttgcttttatagcatatactaacttatcctgggaaattcctgaatgatgttcctccag

- - - - - - - - - - -  AGAGCA
- - - - - - - - - - - - -  CATGGA