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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

GATCTTAAGTCCCAGTTGCAGGAATTGATTCCGGAACAACAGgtttgctgcgcgtagactatctgtaaatcttgtaaagtcgaaaagttcttggggggtatctgatgcctttatcttctgttcttttagccaatagcagcta...

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G063851_T01
intron # 5
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM2G063851_T02 (Zea mays), 5'ss of exon 4
lower sequence: LOC_Os02g10070.1 (Oryza sativa), 5'ss of exon 4
GATCTTAAGTCCCAGTTGCAGGAATTGATTCCGGAACAACAGgtttgctgcgcg-tagactatctg-taaatcttgtaaagtcgaaaagttcttggggggtatctgatgcctttatcttctgttcttttagccaatagcagcta
||||| ||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||| | |    |||    |||  ||| ||    ||||| | |||||   |||     |  |  |   | || | | | | ||||    |  ||||   | 
GATCTCAAGTCCCAGCTGCAGGAATTGATTCCTGAACAACAGgtttgttactttctagcacgtctaataattcacacaaagttggaaagtatatggcatccagttctt-tatctaccctttttgctttactgctttagcctgt-

upper sequence: GRMZM2G063851_T02 (Zea mays), 5'ss of exon 4
lower sequence: LOC_Os11g33240.3 (Oryza sativa), 5'ss of exon 3
GATCTTAAGTCCCAGTTGCAGGAATTGATTCCGGAACAACAGgt-----ttgctgcgcg-tagactatctgtaaatcttgtaaagtcgaaaagttcttggggggtatctgatgcctttatcttctgttcttttagccaatagcagcta
||||||||||||||| |||||||||||||||| || ||||||||     ||| | | || |||   ||||   |||     ||||| |||| |||  |||     |  |  |    ||  ||| | ||  ||||||| |||       
GATCTTAAGTCCCAGCTGCAGGAATTGATTCCCGAGCAACAGgtatgttttgttactcgctagcacatctaataattcgacaaagttgaaatgtttctggcatccaattccttatctttactttttttgctttagcctataa------

upper sequence: GRMZM2G063851_T02 (Zea mays), 5'ss of exon 4
lower sequence: Vv13s0156g00180.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 4
GATCTTAAGTCCCAGTTGCAGGAATTGATTCCGGAACAACAGgtttgctgcgcgtagactatctgtaaatc--ttgtaaagtcgaaaagttcttggggggtatctgatgcctttatcttctgttcttttagccaatagcagcta
|| ||| | ||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||| |   | |    | |   |  ||   ||   |   | |||| |||||        | |   |  ||| ||  |  | |   |||    | | |    
GACCTTCATTCCCAGTTGAAGGAATTGATTCCAGAACAACAGgtttgatttacttcttttgttactttattagtttccatccctaaaatttctttcttttcttttttggtgtttttccccattcccaatagtgtgttgaatt--

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|51592469|gb|CV071615.1|CV071615
EST:     GATCCTAAGTCCCAGTTGCAGGAATTGATTCCGGAACAACAG                         GATCGCTTAAAGAAGCTCAAGTCAGAGCATGGAAAGACTCAGCTTGGAAAC
genomic: GATCTTAAGTCCCAGTTGCAGGAATTGATTCCGGAACAACAGgtttgctgcg ... tttgttacagGATCGCTTAAAGAAGCTCAAGTCAGAGCATGGAAAGACCCAGCTTGGAAAC
EST: gi|211505526|gb|FL228165.1|FL228165
EST:     GATCTTAAGTCCCAGTTGCAGGAATTGATTCCGGAACAACAG                         GATCGCTTAAAGAAGCTCAAGTCAGAGCATGGAAAGACCCAGCTTGGAAAC
genomic: GATCTTAAGTCCCAGTTGCAGGAATTGATTCCGGAACAACAGgtttgctgcg ... tttgttacagGATCGCTTAAAGAAGCTCAAGTCAGAGCATGGAAAGACCCAGCTTGGAAAC
EST: gi|211507876|gb|FL228171.1|FL228171
EST:     GATCTTAAGTCCCAGTTGCAGGAATTGATTCCGGAACAACAG                         GATCGCTTAAAGAAGCTCAAGTCAGAGCATGGAAAGACCCAGCTTGGAAAC
genomic: GATCTTAAGTCCCAGTTGCAGGAATTGATTCCGGAACAACAGgtttgctgcg ... tttgttacagGATCGCTTAAAGAAGCTCAAGTCAGAGCATGGAAAGACCCAGCTTGGAAAC
EST: gi|149084983|gb|EE174493.2|EE174493
EST:     GATCTTAAGTCCCAGTTGCAGGAATTGATTCCGGAACAACAG                         GATCGCTTAAAGAAGCTCAAGTCAGAGCATGGAAAGACCCAGCTTGGAAAC
genomic: GATCTTAAGTCCCAGTTGCAGGAATTGATTCCGGAACAACAGgtttgctgcg ... tttgttacagGATCGCTTAAAGAAGCTCAAGTCAGAGCATGGAAAGACCCAGCTTGGAAAC
EST: gi|211507874|gb|FL228169.1|FL228169
EST:     GATCTTAAGTCCCAGTTGCAGGAATTGATTCCGGAACAACAG                         GATCGCTTAAAGAAGCTCAAGTCAGAGCATGGAAAGACCCAGCTTGGAAAC
genomic: GATCTTAAGTCCCAGTTGCAGGAATTGATTCCGGAACAACAGgtttgctgcg ... tttgttacagGATCGCTTAAAGAAGCTCAAGTCAGAGCATGGAAAGACCCAGCTTGGAAAC
EST: gi|211059244|gb|FL131321.1|FL131321
EST:     GATCTTAAGTCCCAGTTGCAGGAATTGATTCCGGAACAACAG                         GATCGCTTAAAGAAGCTCAAGTCAGAGCATGGAAAGACCCAGCTTGGAAAC
genomic: GATCTTAAGTCCCAGTTGCAGGAATTGATTCCGGAACAACAGgtttgctgcg ... tttgttacagGATCGCTTAAAGAAGCTCAAGTCAGAGCATGGAAAGACCCAGCTTGGAAAC
EST: gi|148932412|gb|EC876097.2|EC876097
EST:     GATCTTAAGTCCCAGTTGCAGGAATTGATTCCGGAACAACAG                         GATCGCTTAAAGAAGCTCAAGTCAGAGCATGGAAAGACCCAGCTTGGAAAC
genomic: GATCTTAAGTCCCAGTTGCAGGAATTGATTCCGGAACAACAGgtttgctgcg ... tttgttacagGATCGCTTAAAGAAGCTCAAGTCAGAGCATGGAAAGACCCAGCTTGGAAAC
EST: gi|211507879|gb|FL228174.1|FL228174
EST:     GATCTTAAGTCCCAGTTGCAGGAATTGATTCCGGAACAACAG                         GATCGCTTAAAGAAGCTCAAGTCAGAGCATGGAAAGACCCAGCTTGGAAAC
genomic: GATCTTAAGTCCCAGTTGCAGGAATTGATTCCGGAACAACAGgtttgctgcg ... tttgttacagGATCGCTTAAAGAAGCTCAAGTCAGAGCATGGAAAGACCCAGCTTGGAAAC
EST: gi|67013663|gb|CO442412.1|CO442412
EST:     GATCTTAAGTCCCAGTTGCAGGAATTGATTCCGGAACAACAG                         GATCGCTTAAAGAAGCTCAAGTCAGAGCATGGAAAGACCCAGCTTGGAAAC
genomic: GATCTTAAGTCCCAGTTGCAGGAATTGATTCCGGAACAACAGgtttgctgcg ... tttgttacagGATCGCTTAAAGAAGCTCAAGTCAGAGCATGGAAAGACCCAGCTTGGAAAC
EST: gi|149100799|gb|EE186893.2|EE186893
EST:     GATCTTAAGTCCCAGTTGCAGGAATTGATTCCGGAACAACAG                         GATCGCTTAAAGAAGCTCAAGTCAGAGCATGGAAAGACCCAGCTTGGAAAC
genomic: GATCTTAAGTCCCAGTTGCAGGAATTGATTCCGGAACAACAGgtttgctgcg ... tttgttacagGATCGCTTAAAGAAGCTCAAGTCAGAGCATGGAAAGACCCAGCTTGGAAAC
EST: gi|32868179|gb|CF007861.1|CF007861
EST:     CCGATCTCGATCTTAAGTCCCAGTTGCAGGAATTGATTCCGGAACAACAG                         GATCGCTTAAAGAAGCTCAAGTCAGAGCATGGAAAGACCCAGCTTGGAAAC
genomic: CCGATCTCGATCTTAAGTCCCAGTTGCAGGAATTGATTCCGGAACAACAGgtttgctgcg ... tttgttacagGATCGCTTAAAGAAGCTCAAGTCAGAGCATGGAAAGACCCAGCTTGGAAAC
EST: gi|211510237|gb|FL228184.1|FL228184
EST:     GATCTTAAGTCCCAGTTGCAGGAATTGATTCCGGAACAACAG                         GATCGCTTAAAGAAGCTCAAGTCAGAGCATGGAAAGACCCAGCTTGGAAAC
genomic: GATCTTAAGTCCCAGTTGCAGGAATTGATTCCGGAACAACAGgtttgctgcg ... tttgttacagGATCGCTTAAAGAAGCTCAAGTCAGAGCATGGAAAGACCCAGCTTGGAAAC
EST: gi|149014218|gb|EE043773.2|EE043773
EST:     GATCTTAAGTCCCAGTTGCAGGAATTGATTCCGGAACAACAG                         GATCGCTTAAAGAAGCTCAAGTCAGAGCATGGAAAGACCCAGCTTGGAAAC
genomic: GATCTTAAGTCCCAGTTGCAGGAATTGATTCCGGAACAACAGgtttgctgcg ... tttgttacagGATCGCTTAAAGAAGCTCAAGTCAGAGCATGGAAAGACCCAGCTTGGAAAC
EST: gi|211510240|gb|FL228187.1|FL228187
EST:     GATCTTAAGTCCCAGTTGCAGGAATTGATTCCGGAACAACAG                         GATCGCTTAAAGAAGCTCAAGTCAGAGCATGGAAAGACCCAGCTTGGAAAC
genomic: GATCTTAAGTCCCAGTTGCAGGAATTGATTCCGGAACAACAGgtttgctgcg ... tttgttacagGATCGCTTAAAGAAGCTCAAGTCAGAGCATGGAAAGACCCAGCTTGGAAAC
EST: gi|149105261|gb|EE290752.2|EE290752
EST:     GATCTTAAGTCCCAGTTGCAGGAATTGATTCCGGAACAACAG                         GATCGCTTAAAGAAGCTCAAGTCAGAGCATGGAAAGACCCAGCTTGGAAAC
genomic: GATCTTAAGTCCCAGTTGCAGGAATTGATTCCGGAACAACAGgtttgctgcg ... tttgttacagGATCGCTTAAAGAAGCTCAAGTCAGAGCATGGAAAGACCCAGCTTGGAAAC
EST: gi|93284646|gb|EB676910.1|EB676910
EST:     GATCTTAAGTCCCAGTTGCAGGAATTGATTCCGGAACAACAG                         GATCGCTTAAAGAAGCTCAAGTCAGAGCATGGAAAGACCCAGCTTGGAAAC
genomic: GATCTTAAGTCCCAGTTGCAGGAATTGATTCCGGAACAACAGgtttgctgcg ... tttgttacagGATCGCTTAAAGAAGCTCAAGTCAGAGCATGGAAAGACCCAGCTTGGAAAC
EST: gi|148991806|gb|EE033387.2|EE033387
EST:     GATCTTAAGTCCCAGTTGCAGGAATTGATTCCGGAACAACAG                         GATCGCTTAAAGAAGCTCAAGTCAGAGCATGGAAAGACCCAGCTTGGAAAC
genomic: GATCTTAAGTCCCAGTTGCAGGAATTGATTCCGGAACAACAGgtttgctgcg ... tttgttacagGATCGCTTAAAGAAGCTCAAGTCAGAGCATGGAAAGACCCAGCTTGGAAAC
EST: gi|148931316|gb|EC874179.2|EC874179
EST:     GATCTTAAGTCCCAGTTGCAGGAATTGATTCCGGAACAACAG                         GATCGCTTAAAGAAGCTCAAGTCAGAGCATGGAAAGACCCAGCTTGGAAAC
genomic: GATCTTAAGTCCCAGTTGCAGGAATTGATTCCGGAACAACAGgtttgctgcg ... tttgttacagGATCGCTTAAAGAAGCTCAAGTCAGAGCATGGAAAGACCCAGCTTGGAAAC
EST: gi|211510249|gb|FL228196.1|FL228196
EST:     GATCTTAAGTCCCAGTTGCAGGAATTGATTCCGGAACAACAG                         GATCGCTTAAAGAAGCTCAAGTCAGAGCATGGAAAGACCCAGCTTGGAAAC
genomic: GATCTTAAGTCCCAGTTGCAGGAATTGATTCCGGAACAACAGgtttgctgcg ... tttgttacagGATCGCTTAAAGAAGCTCAAGTCAGAGCATGGAAAGACCCAGCTTGGAAAC
EST: gi|211510239|gb|FL228186.1|FL228186
EST:     GATCTTAAGTCCCAGTTGCAGGAATTGATTCCGGAACAACAG                         GATCGCTTAAAGAAGCTC
genomic: GATCTTAAGTCCCAGTTGCAGGAATTGATTCCGGAACAACAGgtttgctgcg ... tttgttacagGATCGCTTAAAGAAGCTC
EST: gi|78087725|gb|DV516118.1|DV516118
EST:     GATCTTAAGTCCCAGTTGCAGGAATTGATTCCGGAACAACAG                         GATCGCTTAAAGAAGCTCAAGTCAGAGCATGGAAAGACCCAGCTTGGAAAC
genomic: GATCTTAAGTCCCAGTTGCAGGAATTGATTCCGGAACAACAGgtttgctgcg ... tttgttacagGATCGCTTAAAGAAGCTCAAGTCAGAGCATGGAAAGACCCAGCTTGGAAAC
EST: gi|211510246|gb|FL228193.1|FL228193
EST:     GATCTTAAGTCCCAGTTGCAGGAATTGATTCCGGAACAACAG                         GATCGCTTAAAGAAGCTCAAGTCAGAGCATGGAAAGACCCAGCTTGGAAAC
genomic: GATCTTAAGTCCCAGTTGCAGGAATTGATTCCGGAACAACAGgtttgctgcg ... tttgttacagGATCGCTTAAAGAAGCTCAAGTCAGAGCATGGAAAGACCCAGCTTGGAAAC
EST: gi|211507880|gb|FL228175.1|FL228175
EST:     GATCTTAAGTCCCAGTTGCAGGAATTGATTCCGGAACAACAG                         GATCGCTTAAAGAAGCTCAAGTCAGAGCATGGAAAGACCCAGCTTGGAAAC
genomic: GATCTTAAGTCCCAGTTGCAGGAATTGATTCCGGAACAACAGgtttgctgcg ... tttgttacagGATCGCTTAAAGAAGCTCAAGTCAGAGCATGGAAAGACCCAGCTTGGAAAC
EST: gi|148990704|gb|EE032108.2|EE032108
EST:     GATCTTAAGTCCCAGTTGCAGGAATTGATTCCGGAACAACAG                         GATCGCTTAAAGAAGCTCAAGTCAGAGCATGGAAAGACCCAGCTTGGAAAC
genomic: GATCTTAAGTCCCAGTTGCAGGAATTGATTCCGGAACAACAGgtttgctgcg ... tttgttacagGATCGCTTAAAGAAGCTCAAGTCAGAGCATGGAAAGACCCAGCTTGGAAAC
EST: gi|211507878|gb|FL228173.1|FL228173
EST:     GATCTTAAGTCCCCAGTTGCAGGAATTGATTCCCGGAACAACAG                         GATCGCTTAAAGAAGCCTCAAGTCAGAGCATGGAAAGACCCCAGCTTGGAA
genomic: GATCTTAAGTCCC-AGTTGCAGGAATTGATTCC-GGAACAACAGgtttgctgcg ... tttgttacagGATCGCTTAAAGAAGC-TCAAGTCAGAGCATGGAAAGACCC-AGCTTGGAA
EST: gi|71771089|gb|DR969026.1|DR969026
EST:     GATCTTAAGTCCCAGTTGCAGGAATTGATTCCGGAACAACAG                         GATCGCTTAAAGAAGCTCAAGTCAGAGCATGGAAAGACCCAGCTTGGAAAC
genomic: GATCTTAAGTCCCAGTTGCAGGAATTGATTCCGGAACAACAGgtttgctgcg ... tttgttacagGATCGCTTAAAGAAGCTCAAGTCAGAGCATGGAAAGACCCAGCTTGGAAAC
EST: gi|211507873|gb|FL228168.1|FL228168
EST:     GATCTTAAGTCCCAGTTGCAGGAATTGATTCCGGAACAACAG                         GATCGCTTAAAGAAGCTCAAGTCAGAGCATGGAAAGACCCAGCTTGGAAAC
genomic: GATCTTAAGTCCCAGTTGCAGGAATTGATTCCGGAACAACAGgtttgctgcg ... tttgttacagGATCGCTTAAAGAAGCTCAAGTCAGAGCATGGAAAGACCCAGCTTGGAAAC
EST: gi|211507884|gb|FL228179.1|FL228179
EST:     GATCTTAAGTCCCAGTTGCAGGAATTGATTCCGGAACAACAG                         GATCGCTTAAAGAAGCTCAAGTCAGAGCATGGAAAGACCCAGCTTGGAAAC
genomic: GATCTTAAGTCCCAGTTGCAGGAATTGATTCCGGAACAACAGgtttgctgcg ... tttgttacagGATCGCTTAAAGAAGCTCAAGTCAGAGCATGGAAAGACCCAGCTTGGAAAC
EST: gi|211507875|gb|FL228170.1|FL228170
EST:     GATCTTAAGTCCCAGTTGCAGGAATTGATTCCGGAACAACAG                         GATCGCTTAAAGAAGCTCAAGTCAGAGCATGGAAAGACCCAGCTTGGAAAC
genomic: GATCTTAAGTCCCAGTTGCAGGAATTGATTCCGGAACAACAGgtttgctgcg ... tttgttacagGATCGCTTAAAGAAGCTCAAGTCAGAGCATGGAAAGACCCAGCTTGGAAAC
EST: gi|148939431|gb|EC883987.2|EC883987
EST:     GATCTTAAGTCCCAGTTGCAGGAATTGATTCCGGAACAACAG                         GATCGCTTAAAGAAGCTCAAGTCAGAGCATGGAAAGACCCAGCTTGGAAAC
genomic: GATCTTAAGTCCCAGTTGCAGGAATTGATTCCGGAACAACAGgtttgctgcg ... tttgttacagGATCGCTTAAAGAAGCTCAAGTCAGAGCATGGAAAGACCCAGCTTGGAAAC
EST: gi|89758059|gb|DY687401.1|DY687401
EST:     GATCTTAAGTCCCAGTTGCAGGAATTGATTCCGGAACAACAG                         GATCGCTTAAAGAAGCTCAAGTCAGAGCATGGAAAGACCCAGCTTGGAAAC
genomic: GATCTTAAGTCCCAGTTGCAGGAATTGATTCCGGAACAACAGgtttgctgcg ... tttgttacagGATCGCTTAAAGAAGCTCAAGTCAGAGCATGGAAAGACCCAGCTTGGAAAC
EST: gi|149082974|gb|EE172211.2|EE172211
EST:     GATCTTAAGTCCCAGTTGCAGGAATTGATTCCGGAACAACAG                         GATCGCTTAAAGAAGCTCAAGTCAGAGCATGGAAAGACCCAGCTTGGAAAC
genomic: GATCTTAAGTCCCAGTTGCAGGAATTGATTCCGGAACAACAGgtttgctgcg ... tttgttacagGATCGCTTAAAGAAGCTCAAGTCAGAGCATGGAAAGACCCAGCTTGGAAAC
EST: gi|211505527|gb|FL228166.1|FL228166
EST:     GATCTTAAGTCCCAGTTGCAGGAATTGATTCCGGAACAACAG                         GATCGCTTAAAGAAGCTCAAGTCTGAGCATGGAAAGACCCAGCTTGGAAAC
genomic: GATCTTAAGTCCCAGTTGCAGGAATTGATTCCGGAACAACAGgtttgctgcg ... tttgttacagGATCGCTTAAAGAAGCTCAAGTCAGAGCATGGAAAGACCCAGCTTGGAAAC
EST: gi|211510238|gb|FL228185.1|FL228185
EST:     GATCTTAAGTCCCAGTTGCAGGAATTGATTCCGGAACAACAG                         GATCGCTTAAAGAAGCTCAAGTCAGAGCATGGAAAGACCCAGCTTGGAAAC
genomic: GATCTTAAGTCCCAGTTGCAGGAATTGATTCCGGAACAACAGgtttgctgcg ... tttgttacagGATCGCTTAAAGAAGCTCAAGTCAGAGCATGGAAAGACCCAGCTTGGAAAC
EST: gi|74035022|gb|DT535512.1|DT535512
EST:     GATCTTAAGTCCCAGTTGCAGGAATTGATTCCGGAACAACAG                         GATCGCTTAAAGAAGCTCAAGTCAGAGCATGGAAAGACCCAGCTTGGAAAC
genomic: GATCTTAAGTCCCAGTTGCAGGAATTGATTCCGGAACAACAGgtttgctgcg ... tttgttacagGATCGCTTAAAGAAGCTCAAGTCAGAGCATGGAAAGACCCAGCTTGGAAAC

RNA-Seq data


 ATGC   Supported by RNA-Seq exonic block that spans over the splice site

 atgs   Truncated intron sequence

Each block is as long as the maximal overhang of any read spanning the junction.
The score is the number of alignments spanning the junction.


Found data for 4 RNA-Seq libraries.


Block sizes: 42 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 235

GATCTTAAGTCCCAGTTGCAGGAATTGATTCCGGAACAACAGgtttgctgcg ... tttgttacagGATCGCTTAAAGAAGCTCAAGTCAGAGCATGGAAAGACCCAGCTTGGAAACATAACTGTGGATATG


Block sizes: 45 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 1573

GATCTTAAGTCCCAGTTGCAGGAATTGATTCCGGAACAACAGgtttgctgcg ... tttgttacagGATCGCTTAAAGAAGCTCAAGTCAGAGCATGGAAAGACCCAGCTTGGAAACATAACTGTGGATATG


Block sizes: 42 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 1047

GATCTTAAGTCCCAGTTGCAGGAATTGATTCCGGAACAACAGgtttgctgcg ... tttgttacagGATCGCTTAAAGAAGCTCAAGTCAGAGCATGGAAAGACCCAGCTTGGAAACATAACTGTGGATATG


Block sizes: 42 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 722

GATCTTAAGTCCCAGTTGCAGGAATTGATTCCGGAACAACAGgtttgctgcg ... tttgttacagGATCGCTTAAAGAAGCTCAAGTCAGAGCATGGAAAGACCCAGCTTGGAAACATAACTGTGGATATG