Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

AGTCCTGTACTCATCAGTTGTATACCCTCACAATTATGGTTTCGTTCCAAGGACTCTTTGTGAAGACAATGACCCAATGGATGTGTTAGTCCTGATGCAGgttagtcttcctttttccacttgtctgtgtcatgtggggcatttgtgaagaatgtagagtattcactctttggattacaaggtccttatttctgttcagg...

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G061928_T04
intron # 5
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM2G061928_T02 (Zea mays), 5'ss of exon 5
lower sequence: LOC_Os04g59040.1 (Oryza sativa), 5'ss of exon 5
AGTCCTGTACTCATCAGTTGTATACCCTCACAATTATGGTTTCGTTCCAAGGACTCTTTGTGAAGACAATGACCCAATGGATGTGTTAGTCCTGATGCAGgttagtcttcctttttccacttgtctgtgtcatgtggggcatttgtgaagaatgtagagtattcactctttggattacaaggtccttatttctgttcagg
 ||||| |||||||||||||| || || || |||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||  | |||||||||||||| | ||     |  | |  || | |    ||||     || |  |    | | |  | |  |      |  ||  |   | ||    |    || |   
TGTCCTATACTCATCAGTTGTGTATCCCCATAATTATGGTTTCATTCCAAGGACACTTTGTGAAGACAATGATCCAATGGATGTTCTGGTCCTGATGCAGgtaactccattgtgcttcttttcttttaaacatgcaaaacagtcctttgcattattaactgatagtgtctgagagcaggggatcagcctgcaagtccttt

upper sequence: GRMZM2G061928_T02 (Zea mays), 5'ss of exon 5
lower sequence: GLYMA07G05390.1 (Glycine max), 5'ss of exon 5
AGTCCTGTACTCATCAGTTGTATACCCTCACAATTATGGTTTCGTTCCAAGGACTCTTTGTGAAGACAATGACCCAATGGATGTGTTAGTCCTGATGCAGgttagtctt--cctttttccacttgtctgtgtcatgt--ggggcatttgtgaagaatgtagagtattcactctttggattacaaggtccttatttctgttcagg
 ||  |||||||||||||||| || ||||| || ||||||||| | ||||| ||||| |||||||||||||| ||||| ||||| || || || |||||||| | | ||  || ||||  |||  ||    | ||    | ||| ||  || | |||  |    |      |  ||| |  |    || | ||   |  | |  
GGTTTTGTACTCATCAGTTGTTTATCCTCATAACTATGGTTTCATCCCAAGAACTCTGTGTGAAGACAATGATCCAATTGATGTCTTGGTTCTCATGCAGgtaaatttttaccattttaaactcatccaaattatacaagaggccttaatgtataataaaaccaaaatttgccatggttctc----tcttcatcagtagttaaa

upper sequence: GRMZM2G061928_T02 (Zea mays), 5'ss of exon 5
lower sequence: AT1G01050.1 (Arabidopsis thaliana), 5'ss of exon 5
AGTCCTGTACTCATCAGTTGTATACCCTCACAATTATGGTTTCGTTCCAAGGACTCTTTGTGAAGACAATGACCCAATGGATGTGTTAGTCCTGATGCAGgttagtcttcctttttccacttgtctgtgtcatgtggggcatttgtgaagaatgtagagtattcactctttggattacaaggtccttatttctgttcagg
  | || |||||||||||||| ||||||||||| |||||||| |||||  | ||  | ||||||||||||||||| || ||||| |||||| | |||||||| | |  || || || |  |    | |      |     |||||  |  ||| |   |||||     | |  ||||        |||| | |||  || 
TATTCTCTACTCATCAGTTGTGTACCCTCACAACTATGGTTTTGTTCCTCGCACATTGTGTGAAGACAATGACCCCATTGATGTCTTAGTCATCATGCAGgt-attactctttctttctttctcatattatccctatactatttgc-accaattttttgtatttcaaatatatatta--------ttatctttgtgtag-

upper sequence: GRMZM2G061928_T02 (Zea mays), 5'ss of exon 5
lower sequence: PP1S46_53V6.1 (Physcomitrella patens), 5'ss of exon 6
AGTCCTGTACTCATCAGTTGTATACCCTCACAATTATGGTTTCGTTCCAAGGACTCTTTGTGAAGACAATGACCCAATGGATGTGTTAGTCCTGATGCAGgtt-------agtcttcctttttccacttgtctgtgtca-tgtggggcatttgtgaagaatgtagagtattcactctttggattacaaggtccttatttctgttcagg
  || |||||||||||||||| || || ||||||||||| ||| ||||| | ||||||||||| ||  | || || || |||||  | ||| | ||||||||        || |||  ||||| |  |  |   | |||   |  |   ||||||||  |  |||| |      | |||  |  | |||||   |     |       
TATCTTGTACTCATCAGTTGTCTATCCACACAATTATGGGTTCATTCCACGTACTCTTTGTGAGGATGAGGATCCCATTGATGTTCTCGTCATTATGCAGgtactattcaagacttttttttttccttactaaatttcaacatttgtattttgtgaatgagatagactga--gatttttatagca-aaggtaaatgcacgtaa-----

upper sequence: GRMZM2G061928_T02 (Zea mays), 5'ss of exon 5
lower sequence: EFJ27219 (Selaginella moellendorffii), 5'ss of exon 4
AGTCCTGTACTCATCAGTTGTATACCCTCACAATTATGGTTTCGTTCCAAGGACTCTTTGTGAAGACAATGACCCAATGGATGTGTTAGTCCTGATGCAGgttagtcttcctttttccacttgtctgtgtcatgtggggcatttgtgaagaatgtagagtattcactctttggattacaaggtccttatttctgttcagg
 || |||||||| || || || ||||| ||||| ||||||||| ||||  | ||||| || |||||||| || ||| |||| || || |||||||||||||| ||| ||| ||||   |   |    |   | |  |||  |||  |                                                     
GGTGCTGTACTCGTCGGTCGTGTACCCCCACAACTATGGTTTCATTCCTCGTACTCTGTGCGAAGACAACGATCCATTGGACGTCTTGGTCCTGATGCAGgt-agtgttctttttgtaagacgaagttactacggtgggggtttcag-----------------------------------------------------

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|211145266|gb|FK994966.1|FK994966
EST:     GGACTCTTTGTGAAGACAATGACCCAATGGATGTGTTAGTCCTGATGCAG                         GAGCCTGTTGTTCCTGGTTCGTTCCTGCGAGCAAGAGCAATCGGCCTT
genomic: GGACTCTTTGTGAAGACAATGACCCAATGGATGTGTTAGTCCTGATGCAGgttagtcttc ... tgtcctgtagGAGCCTGTTGTTCCTGGTTCGTTCCTGCGAGCAAGAGCAATCGGCCTT
EST: gi|31909409|gb|CD650904.1|CD650904
EST:     GGACTCTTTGTGAAGACAATGACCCAATGGATGTGTTAGTCCTGATGCAG                         GAGCCTGTTGTTCCTGGTTCGTTCCTGCGAGCAAGAGCAATCGGCCTTATG
genomic: GGACTCTTTGTGAAGACAATGACCCAATGGATGTGTTAGTCCTGATGCAGgttagtcttc ... tgtcctgtagGAGCCTGTTGTTCCTGGTTCGTTCCTGCGAGCAAGAGCAATCGGCCTTATG
EST: gi|211148123|gb|FK994991.1|FK994991
EST:     GGACTCTTTGTGAAGACAATGACCCAATGGATGTGTTAGTCCTGATGCAG                         GATCCTGYTGTTCCTGGTTCGTTCCTVCGAGCAAGAGCAATCGGCCTTAT
genomic: GGACTCTTTGTGAAGACAATGACCCAATGGATGTGTTAGTCCTGATGCAGgttagtcttc ... tgtcctgtagGAGCCTGTTGTTCCTGGTTCGTTCCTGCGAGCAAGAGCAATCGGCCTTAT
EST: gi|211149572|gb|FK995003.1|FK995003
EST:     GGACTCTTTGTGAAGACAATGACCCAATGGATGTGTTAGTCCTGATGCAG                         GAGCCTGTTGTTCCTGGTTCGTTTCCTGCGAGCAAGAGCAATC
genomic: GGACTCTTTGTGAAGACAATGACCCAATGGATGTGTTAGTCCTGATGCAGgttagtcttc ... tgtcctgtagGAGCCTGTTGTTCCTGGTTCGTT-CCTGCGAGCAAGAGCAATC
EST: gi|211143831|gb|FK994953.1|FK994953
EST:     GGACTCTTTGTGAAGACAATGACCCAATGGATGTGTTAGTCCTGATGCAG                         GAGCCTGTTGTTCCTGGTTCGTTCCTGCGAGCAAGAGCAATCGGCCTTATG
genomic: GGACTCTTTGTGAAGACAATGACCCAATGGATGTGTTAGTCCTGATGCAGgttagtcttc ... tgtcctgtagGAGCCTGTTGTTCCTGGTTCGTTCCTGCGAGCAAGAGCAATCGGCCTTATG
EST: gi|211146694|gb|FK994976.1|FK994976
EST:     GGACTCTTTGTGAAGACAATGACCCAATGGATGTGTTAGTCCTGATGCAG                         GAGCCTGTTGTT
genomic: GGACTCTTTGTGAAGACAATGACCCAATGGATGTGTTAGTCCTGATGCAGgttagtcttc ... tgtcctgtagGAGCCTGTTGTT
EST: gi|211149573|gb|FK995004.1|FK995004
EST:     GACTCTTTGTCGAAGACAATGACCCAATGGATGTGTTAGTCCTGATGCAG                         GAGCCTGTTGTTCCTGGTTCGTTCCTGCGAGCAAGAGCAATC
genomic: GACTCTTTGT-GAAGACAATGACCCAATGGATGTGTTAGTCCTGATGCAGgttagtcttc ... tgtcctgtagGAGCCTGTTGTTCCTGGTTCGTTCCTGCGAGCAAGAGCAATC
EST: gi|211146692|gb|FK994974.1|FK994974
EST:     GGACTCTTTGTGAAGACAATGACCCAATGGATGTGTTAGTCCTGATGCAG                         GAGCCTGTTGTTCCTGGTTCGTTCCTGCGAGCAAGAGCAATCGGCCTTATG
genomic: GGACTCTTTGTGAAGACAATGACCCAATGGATGTGTTAGTCCTGATGCAGgttagtcttc ... tgtcctgtagGAGCCTGTTGTTCCTGGTTCGTTCCTGCGAGCAAGAGCAATCGGCCTTATG
EST: gi|211145267|gb|FK994967.1|FK994967
EST:     GGACTCTTTGTGAAGACAATGACCCAATGGATGTGTTAGTCCTGATGCAG                         GAGCCTGTTGTTCCTGGTTCGTTCCTGCGAGCAAGAGCAATCGGCCTTATG
genomic: GGACTCTTTGTGAAGACAATGACCCAATGGATGTGTTAGTCCTGATGCAGgttagtcttc ... tgtcctgtagGAGCCTGTTGTTCCTGGTTCGTTCCTGCGAGCAAGAGCAATCGGCCTTATG
EST: gi|211091461|gb|FK999164.1|FK999164
EST:     GGACTCTTTGTGAAGACAATGACCCAATGGATGTGTTAGTCCTGATGCAG                         GAGCCTGTTGTTCCTGGTTCGTTCCTGCGAGCAAGAGCAATCGGCCTTATG
genomic: GGACTCTTTGTGAAGACAATGACCCAATGGATGTGTTAGTCCTGATGCAGgttagtcttc ... tgtcctgtagGAGCCTGTTGTTCCTGGTTCGTTCCTGCGAGCAAGAGCAATCGGCCTTATG
EST: gi|211149575|gb|FK995006.1|FK995006
EST:     GGACTCTTTGTGAAGACAATGACCCAATGGATGTGTTAGTCCTGATGCAG                         GAGCCTGTTGTTCCTGGTTCGTTCCTGCGAGCAAGAGCAATCGGCCT
genomic: GGACTCTTTGTGAAGACAATGACCCAATGGATGTGTTAGTCCTGATGCAGgttagtcttc ... tgtcctgtagGAGCCTGTTGTTCCTGGTTCGTTCCTGCGAGCAAGAGCAATCGGCCT
EST: gi|211145265|gb|FK994965.1|FK994965
EST:     GGACTCTTTGTGAAGACAATGACCCAATGGATGTGTTAGTCCTGATGCAG                         GAGCCTGTTGTTCCTGGTTCGTTCCTGCGAGCAAGAGCAATCGGCCTTATG
genomic: GGACTCTTTGTGAAGACAATGACCCAATGGATGTGTTAGTCCTGATGCAGgttagtcttc ... tgtcctgtagGAGCCTGTTGTTCCTGGTTCGTTCCTGCGAGCAAGAGCAATCGGCCTTATG
EST: gi|211145262|gb|FK994962.1|FK994962
EST:     GGACTCTTTGTGAAGACAATGACCCAATGGATGTGTTAGTCCTGATGCAG                         GAGCCTGTTGTTCCTGGTTCGT
genomic: GGACTCTTTGTGAAGACAATGACCCAATGGATGTGTTAGTCCTGATGCAGgttagtcttc ... tgtcctgtagGAGCCTGTTGTTCCTGGTTCGT
EST: gi|211148126|gb|FK994994.1|FK994994
EST:     GGACTCTTTGTGAAGACAATGACCCAATGGATGTGTTAGTCCTGATGCAG                         GAGCCTGTTGTTCCTGGTTCGTTCCTGCGAGCAAGAGCAATCGGNCTTATG
genomic: GGACTCTTTGTGAAGACAATGACCCAATGGATGTGTTAGTCCTGATGCAGgttagtcttc ... tgtcctgtagGAGCCTGTTGTTCCTGGTTCGTTCCTGCGAGCAAGAGCAATCGGCCTTATG
EST: gi|211145258|gb|FK994958.1|FK994958
EST:     GGACTCTTTGTGAAGACAATGACCCAATGGATGTGTTAGTCCTGATGCAG                         GAGCCTGTTGT
genomic: GGACTCTTTGTGAAGACAATGACCCAATGGATGTGTTAGTCCTGATGCAGgttagtcttc ... tgtcctgtagGAGCCTGTTGT
EST: gi|28930839|gb|CB334200.1|CB334200
EST:     GGACTCTTTGTGAAGACAATGACCCAATGGATGTGTTAGTCCTGATGCAG                         GAGCCTGTTGTTCCTGGTTCGTTCCTGCGAGCAAGAGCAATCGGCCTTATG
genomic: GGACTCTTTGTGAAGACAATGACCCAATGGATGTGTTAGTCCTGATGCAGgttagtcttc ... tgtcctgtagGAGCCTGTTGTTCCTGGTTCGTTCCTGCGAGCAAGAGCAATCGGCCTTATG
EST: gi|211098874|gb|FK999203.1|FK999203
EST:     GGACTCTTTGTGAAGACAATGACCCAATGGATGTGTTAGTCCTGATGCAG                         GAGCCTGTTGTTCCTGGTTCGTTCCTGCGAGCAAGAGCAATCGGCCTTATG
genomic: GGACTCTTTGTGAAGACAATGACCCAATGGATGTGTTAGTCCTGATGCAGgttagtcttc ... tgtcctgtagGAGCCTGTTGTTCCTGGTTCGTTCCTGCGAGCAAGAGCAATCGGCCTTATG
EST: gi|211145260|gb|FK994960.1|FK994960
EST:     GGACTCTTTGTGAAGACAATGACCCAATGGATGTGTTAGTCCTGATGCAG                         GAGCCTGTTGTTCCTGGTTCGTT
genomic: GGACTCTTTGTGAAGACAATGACCCAATGGATGTGTTAGTCCTGATGCAGgttagtcttc ... tgtcctgtagGAGCCTGTTGTTCCTGGTTCGTT
EST: gi|211146695|gb|FK994977.1|FK994977
EST:     GGACTCTTTGTGAAGACAATGACCCAATGGATGTGTTAGTCCTGATGCAG                         GAGCCTGTTGTTCCTGGTTCGTTCCTGCGAGCAAGAGCAATCGGCCTTATG
genomic: GGACTCTTTGTGAAGACAATGACCCAATGGATGTGTTAGTCCTGATGCAGgttagtcttc ... tgtcctgtagGAGCCTGTTGTTCCTGGTTCGTTCCTGCGAGCAAGAGCAATCGGCCTTATG
EST: gi|211145263|gb|FK994963.1|FK994963
EST:     GGACTCTTTGTGAAGACAATGACCCAATGGATGTGTTAGTCCTGATGCAG                         GAGCCTGTTGTTCCTGGTTCGTTCCTGCGAGCAAGAGCAATCGGCCTTATG
genomic: GGACTCTTTGTGAAGACAATGACCCAATGGATGTGTTAGTCCTGATGCAGgttagtcttc ... tgtcctgtagGAGCCTGTTGTTCCTGGTTCGTTCCTGCGAGCAAGAGCAATCGGCCTTATG
EST: gi|211091460|gb|FK999163.1|FK999163
EST:     GGACTCTTTGTGAAGACAATGACCCAATGGATGTGTTAGTCCTGATGCAG                         GAGCCTGTTGTTCCTGGTTCGTTCCTGCGAGCAAGAGCAATCGGCCTTATG
genomic: GGACTCTTTGTGAAGACAATGACCCAATGGATGTGTTAGTCCTGATGCAGgttagtcttc ... tgtcctgtagGAGCCTGTTGTTCCTGGTTCGTTCCTGCGAGCAAGAGCAATCGGCCTTATG
EST: gi|211146701|gb|FK994983.1|FK994983
EST:     GGACTCTTTGTGAAGACAATGACCCAATGGATGTGTTAGTCCTGATGCAG                         GAGSCTGTTGTTCCTGGTTCGTTCCTGCGAGCAAGAGCAATCGGCCTTATG
genomic: GGACTCTTTGTGAAGACAATGACCCAATGGATGTGTTAGTCCTGATGCAGgttagtcttc ... tgtcctgtagGAGCCTGTTGTTCCTGGTTCGTTCCTGCGAGCAAGAGCAATCGGCCTTATG
EST: gi|74237956|gb|DT645870.1|DT645870
EST:     GGACTCTTTGTGAAGACAATGACCCAATGGATGTGTTAGTCCTGATGCAG                         GAGCCTGTTGTTCCTGGTTCGTTCCTGCGAGCAAGAGCAATCGGCCTTATG
genomic: GGACTCTTTGTGAAGACAATGACCCAATGGATGTGTTAGTCCTGATGCAGgttagtcttc ... tgtcctgtagGAGCCTGTTGTTCCTGGTTCGTTCCTGCGAGCAAGAGCAATCGGCCTTATG
EST: gi|211149576|gb|FK995007.1|FK995007
EST:     GGACTCTTTGTGAAGACAATGACCCAATGGATGTGTTAGTCCTGATGCAG                         GAGCCTGTTGTTCCTGGTTCGTTCCTGCGAGCAAGAGCAATCGGCCTTATG
genomic: GGACTCTTTGTGAAGACAATGACCCAATGGATGTGTTAGTCCTGATGCAGgttagtcttc ... tgtcctgtagGAGCCTGTTGTTCCTGGTTCGTTCCTGCGAGCAAGAGCAATCGGCCTTATG
EST: gi|211146698|gb|FK994980.1|FK994980
EST:     GGACTCTTTGTGAAGACAATGACCCAATGGATGTGTTAGTCCTGATGCAG                         GAGCCTGTTGTTCCTGGTTCGTT
genomic: GGACTCTTTGTGAAGACAATGACCCAATGGATGTGTTAGTCCTGATGCAGgttagtcttc ... tgtcctgtagGAGCCTGTTGTTCCTGGTTCGTT
EST: gi|211145259|gb|FK994959.1|FK994959
EST:     GGACTCTTTGTGAAGACAATGACCCAATGGATGTGTTAGTCCTGATGCAG                         GAGCCTGTTGTTCCTGGTTCGTTCCTGCGAGCAAGAGCAATCGGCCTTATG
genomic: GGACTCTTTGTGAAGACAATGACCCAATGGATGTGTTAGTCCTGATGCAGgttagtcttc ... tgtcctgtagGAGCCTGTTGTTCCTGGTTCGTTCCTGCGAGCAAGAGCAATCGGCCTTATG
EST: gi|211143833|gb|FK994955.1|FK994955
EST:     GGACTCTTTGTGAAGACAATGACCCAATGGATGTGTTAGTCCTGATGCAG                         GAGCSTGTTGTTCCTGGTTCGTTTCTGCGAGCAAGAGCAATCGG
genomic: GGACTCTTTGTGAAGACAATGACCCAATGGATGTGTTAGTCCTGATGCAGgttagtcttc ... tgtcctgtagGAGCCTGTTGTTCCTGGTTCGTTCCTGCGAGCAAGAGCAATCGG
EST: gi|211093927|gb|FK999180.1|FK999180
EST:     GGACTCTTTGTGAAGACAATGACCCAATGGATGTGTTAGTCCTGATGCAG                         GAGCCTGTTGTTCCTGGTTCGTTCCTGCGAGCAAGAGCAATCGGCCTTATG
genomic: GGACTCTTTGTGAAGACAATGACCCAATGGATGTGTTAGTCCTGATGCAGgttagtcttc ... tgtcctgtagGAGCCTGTTGTTCCTGGTTCGTTCCTGCGAGCAAGAGCAATCGGCCTTATG
EST: gi|211270190|gb|FL112873.1|FL112873
EST:     GGACTCTTTGTGAAGACAATGACCCAATGGATGTGTTAGTCCTGATGCAG                         GAGCCTGTTGTTCCTGGTTCGTTCCTGCGAGCAAGAGCAATCGGCCTTATG
genomic: GGACTCTTTGTGAAGACAATGACCCAATGGATGTGTTAGTCCTGATGCAGgttagtcttc ... tgtcctgtagGAGCCTGTTGTTCCTGGTTCGTTCCTGCGAGCAAGAGCAATCGGCCTTATG
EST: gi|211143830|gb|FK994952.1|FK994952
EST:     GGACTCTTTGTGAAGACAATGACCCAATGGATGTGTTAGTCCTGATGCAG                         GATCCTGTTGTTCCTGGTTCGTTCCTGCGAGCAAGAGCAATCGGCCTTATG
genomic: GGACTCTTTGTGAAGACAATGACCCAATGGATGTGTTAGTCCTGATGCAGgttagtcttc ... tgtcctgtagGAGCCTGTTGTTCCTGGTTCGTTCCTGCGAGCAAGAGCAATCGGCCTTATG
EST: gi|211148120|gb|FK994988.1|FK994988
EST:     GGACTCTTTGTGAAGACAATGACCCAATGGATGTGTTAGTCCTGATGCAG                         GAGCCTGTTGTTCCTGGTTCGTTCCTGCGAGCAAGAGCAATCAGCCTTATG
genomic: GGACTCTTTGTGAAGACAATGACCCAATGGATGTGTTAGTCCTGATGCAGgttagtcttc ... tgtcctgtagGAGCCTGTTGTTCCTGGTTCGTTCCTGCGAGCAAGAGCAATCGGCCTTATG
EST: gi|211148131|gb|FK994999.1|FK994999
EST:     GGACTCTTTGTGAAGACAATGACCCAATGGATGTGTTAGTCCTGATGCAS                         GAGCCTGTTGTTCCTGGTTCGTTCCTGCGAG
genomic: GGACTCTTTGTGAAGACAATGACCCAATGGATGTGTTAGTCCTGATGCAGgttagtcttc ... tgtcctgtagGAGCCTGTTGTTCCTGGTTCGTTCCTGCGAG
EST: gi|211149574|gb|FK995005.1|FK995005
EST:     GGACTCTTTGTGAAGACAATGACCCAATGGATGTGTTAGTCCTGATGCAG                         GAGCCTGTTGTTCCTGGTTCGTTCCTGCGAGCAAGAGCAATCGGCCTTATG
genomic: GGACTCTTTGTGAAGACAATGACCCAATGGATGTGTTAGTCCTGATGCAGgttagtcttc ... tgtcctgtagGAGCCTGTTGTTCCTGGTTCGTTCCTGCGAGCAAGAGCAATCGGCCTTATG
EST: gi|211145269|gb|FK994969.1|FK994969
EST:     GGACTCTTTGTGAAGACAATGACCCAATGGATGTGTTAGTCCTGATGCAG                         GAGCCTGTTGTTCCTGGTTCGTTCCTGCGAGCAAGAGCAATCGG
genomic: GGACTCTTTGTGAAGACAATGACCCAATGGATGTGTTAGTCCTGATGCAGgttagtcttc ... tgtcctgtagGAGCCTGTTGTTCCTGGTTCGTTCCTGCGAGCAAGAGCAATCGG
EST: gi|211148121|gb|FK994989.1|FK994989
EST:     GGACTCTTTGTGAAGACAATGACCCAATGGATGTGTTAGTCCTGATGCAG                         GAGCCTGTTGTTCCTGGTTCGTTCCTGCGAGCAAGAGCAATCGGCCTTATG
genomic: GGACTCTTTGTGAAGACAATGACCCAATGGATGTGTTAGTCCTGATGCAGgttagtcttc ... tgtcctgtagGAGCCTGTTGTTCCTGGTTCGTTCCTGCGAGCAAGAGCAATCGGCCTTATG
EST: gi|211143828|gb|FK994950.1|FK994950
EST:     GGACTCTTTGTGAAGACAATGACCCAATGGATGTGTTAGTCCTGATGCAG                         GATCCTGTTGTTCCTGGTTCGTTCCTGCGAGCAAGAGC
genomic: GGACTCTTTGTGAAGACAATGACCCAATGGATGTGTTAGTCCTGATGCAGgttagtcttc ... tgtcctgtagGAGCCTGTTGTTCCTGGTTCGTTCCTGCGAGCAAGAGC
EST: gi|211148129|gb|FK994997.1|FK994997
EST:     GGACTCTTTGTGAAGACAATGACCCAATGGATGTGTTAGTYCTGATGCAG                         GAGCCTGTTGTTCCTGGTTCGTTCCTGCTGAGC
genomic: GGACTCTTTGTGAAGACAATGACCCAATGGATGTGTTAGTCCTGATGCAGgttagtcttc ... tgtcctgtagGAGCCTGTTGTTCCTGGTTCGTTCCTGC-GAGC
EST: gi|211270194|gb|FL112877.1|FL112877
EST:     GGACTCTTTGTGAAGACAATGACCCAATGGATGTGTTAGTCCTGATGCAG                         GAGCCTGTTGTTCCTGGTTCGTTCCTGCGAGCAAGAGCAATCGGCCTTATG
genomic: GGACTCTTTGTGAAGACAATGACCCAATGGATGTGTTAGTCCTGATGCAGgttagtcttc ... tgtcctgtagGAGCCTGTTGTTCCTGGTTCGTTCCTGCGAGCAAGAGCAATCGGCCTTATG
EST: gi|211148119|gb|FK994987.1|FK994987
EST:     GGACTCTTTGTGAAGACAATGACCCAATGGATGTGTTAGTCCTGATGCAG                         GAGCCTGTTGTTCC
genomic: GGACTCTTTGTGAAGACAATGACCCAATGGATGTGTTAGTCCTGATGCAGgttagtcttc ... tgtcctgtagGAGCCTGTTGTTCC
EST: gi|211145264|gb|FK994964.1|FK994964
EST:     GGACTCTTTGTGAAGACAATGACCCAATGGATGTGTTAGTCCTGATGCAG                         GAGCCTGTTGT
genomic: GGACTCTTTGTGAAGACAATGACCCAATGGATGTGTTAGTCCTGATGCAGgttagtcttc ... tgtcctgtagGAGCCTGTTGT
EST: gi|211148122|gb|FK994990.1|FK994990
EST:     GGACTCTTTGTGAAGACAATGACCCAATGGATGTGTTAGTCCTGATGCAG                         GAGCCTGTTGTTCCTGGTTCGTT
genomic: GGACTCTTTGTGAAGACAATGACCCAATGGATGTGTTAGTCCTGATGCAGgttagtcttc ... tgtcctgtagGAGCCTGTTGTTCCTGGTTCGTT
EST: gi|211148127|gb|FK994995.1|FK994995
EST:     GGACTCTTTGTGAAGACAATGACCCAATGGATGTGTTAGTCCTGATGCAG                         GAGCCTGTTGT
genomic: GGACTCTTTGTGAAGACAATGACCCAATGGATGTGTTAGTCCTGATGCAGgttagtcttc ... tgtcctgtagGAGCCTGTTGT
EST: gi|32838675|gb|CD978353.1|CD978353
EST:     GGACTCTTTGTGAAGACAATGACCCAATGGATGTGTTAGTCCTGATGCAG                         GAGCCTGTTGTTCCTGGTTCGTTCCTGCGAGCAAGAGCAATCGGCCTTATG
genomic: GGACTCTTTGTGAAGACAATGACCCAATGGATGTGTTAGTCCTGATGCAGgttagtcttc ... tgtcctgtagGAGCCTGTTGTTCCTGGTTCGTTCCTGCGAGCAAGAGCAATCGGCCTTATG
EST: gi|211146697|gb|FK994979.1|FK994979
EST:     GACTCTTTGTGAAGACAATGACCCAATGGATGTGTTAGTCCTGATGGCAG                         GAGCCTGTTGTTCCTG
genomic: GACTCTTTGTGAAGACAATGACCCAATGGATGTGTTAGTCCTGATG-CAGgttagtcttc ... tgtcctgtagGAGCCTGTTGTTCCTG
EST: gi|211148128|gb|FK994996.1|FK994996
EST:     GGACTCTTTGTGAAGACAATGACCCAATGGATGTGTTAGTCCTGATGCAG                         GAGCCTGTTGTTCCTGGTTCGTTCCTGCGAGCAAGAGCAATCGGCCTTATG
genomic: GGACTCTTTGTGAAGACAATGACCCAATGGATGTGTTAGTCCTGATGCAGgttagtcttc ... tgtcctgtagGAGCCTGTTGTTCCTGGTTCGTTCCTGCGAGCAAGAGCAATCGGCCTTATG
EST: gi|5325092|gb|AI783283.1|AI783283
EST:     GGACTCTTTGTGAAGACAATGACCCATTGGATGTGTTGGTCCTGATGCAG                         GAGCCTGTTATTCCTGGTTCGTTCCTGCGAGCAAGAGCAATTGGCCTTATG
genomic: GGACTCTTTGTGAAGACAATGACCCAATGGATGTGTTAGTCCTGATGCAGgttagtcttc ... tgtcctgtagGAGCCTGTTGTTCCTGGTTCGTTCCTGCGAGCAAGAGCAATCGGCCTTATG
EST: gi|211143829|gb|FK994951.1|FK994951
EST:     GGACTCTTTGTGAAGACAATGACCCAATGGATGTGTTAGTCCTGATGCAG                         GAGCCTGTTGTTCCTGGTTCGTTCCTGCGAGCAAGAGCAATCAGCCTTATG
genomic: GGACTCTTTGTGAAGACAATGACCCAATGGATGTGTTAGTCCTGATGCAGgttagtcttc ... tgtcctgtagGAGCCTGTTGTTCCTGGTTCGTTCCTGCGAGCAAGAGCAATCGGCCTTATG
EST: gi|211146690|gb|FK994972.1|FK994972
EST:     GGACTCTTTGTGAAGACAATGACCCAATGGATGTGTTAGTCCTGATGCAG                         GAGCCTGTTGTTCCTGGTTCGTTCCTGCGAGCAA
genomic: GGACTCTTTGTGAAGACAATGACCCAATGGATGTGTTAGTCCTGATGCAGgttagtcttc ... tgtcctgtagGAGCCTGTTGTTCCTGGTTCGTTCCTGCGAGCAA
EST: gi|211149578|gb|FK995009.1|FK995009
EST:     GGACTCTTTGTGAAGACAATGACCCAATGGATGTGTTAGTCCTGATGCAG                         GAGCCTGTTGTTCCTGGTTCGTTCCTGCGAG
genomic: GGACTCTTTGTGAAGACAATGACCCAATGGATGTGTTAGTCCTGATGCAGgttagtcttc ... tgtcctgtagGAGCCTGTTGTTCCTGGTTCGTTCCTGCGAG

Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
AGTCCTGTACTCATCAGTTGTATACCCTCACAATTATGGTTTCGTTCCAAGGACTCTTTGTGAAGACAATGACCCAATGGATGTGTTAGTCCTGATGCAGgttagtcttcctttttccacttgtctgtgtcatgtggggcatttgtgaagaatgtagagtattcactctttggattacaaggtccttatttctgttcagg

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGAAGA