Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

CTCATTACCGTGCCCCCGAACTATGGGAGTGTCCAAGTCATGCTGACATTGATGAGAGGACAGATATATGGTCTTTGGGATGCACTTTGTATGCTATGATgtaagattttcatctgcagacatcttataaactcttttagtcgtttaatccaacatgaataggtgaccatgcttaatcattgttcattcgtatttacaat...

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G060872_T02
intron # 5
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM2G060872_T02 (Zea mays), 5'ss of exon 5
lower sequence: LOC_Os09g06230.1 (Oryza sativa), 5'ss of exon 5
CTCATTACCGTGCCCCCGAACTATGGGAGTGTCCAAGTCATGCTGACATTGATGAGAGGACAGATATATGGTCTTTGGGATGCACTTTGTATGCTATGATgtaagattttcatctgcaga-catcttataaactcttttagtcgt-ttaatccaacatgaataggtgaccatgcttaatcattgttcattcgtatttacaat
| || ||||| || || ||| | ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  | | ||||| |||||||||||||||| | |||| | |     ||   |  | | | |    ||||||   |   | |  |  |     ||  || | | || |    |   ||||  
CACACTACCGAGCTCCTGAATTGTGGGAGTGTCCAACTCATGCTGACATTGATGAGAGGACAGATATATGGTCTTTGGGATGCTGTCTTTATGCAATGATgtaagattttcttatgcaaaactggccattggccttatcatttaagttaatctctccatacttagcaattg-actgtatgaatttttaggattcactacag-
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|6056437|gb|AW090947.1|AW090947
EST:     GATGAGAGGACAGATATATGGTCTTTGGGATGCACTTTGTATGCTATGAT                         GTATGGAAAGTCTCCATTTGATTATGAGCTTGATGAGTCTTCTGGTGAAAG
genomic: GATGAGAGGACAGATATATGGTCTTTGGGATGCACTTTGTATGCTATGATgtaagatttt ... cattttgcagGTATGGAAAGTCTCCATTTGATTATGAGCTTGATGAGTCTTCTGGTGAAAG
EST: gi|40334815|gb|CK368885.1|CK368885
EST:     GATATATGGTCTTTGGGATGCACTTTGTATGCTATGAT                         GTATGGAAAGTCTCCATTTGATTATGAGCTTGATGAGTCTTCTGGTGAAAG
genomic: GATATATGGTCTTTGGGATGCACTTTGTATGCTATGATgtaagatttt ... cattttgcagGTATGGAAAGTCTCCATTTGATTATGAGCTTGATGAGTCTTCTGGTGAAAG
EST: gi|16925398|gb|BM078466.1|BM078466
EST:     GATGAGAGGACAGATATATGGTCTTTGGGATGCACTTTGTATGCTATGAT                         GTATGGAAAGTCTCCATTTGATTATGAGCTTGATGAGTCTTCTGGTGAAAG
genomic: GATGAGAGGACAGATATATGGTCTTTGGGATGCACTTTGTATGCTATGATgtaagatttt ... cattttgcagGTATGGAAAGTCTCCATTTGATTATGAGCTTGATGAGTCTTCTGGTGAAAG
EST: gi|5871646|gb|AW018117.1|AW018117
EST:     GATGAGAGGACAGATATATGGTCTTTGGGATGCACTTTGTATGCTATGAT                         GTATGGAAAGTCTCCATTTGATTATGAGCTTGATGAGTCTTCTGGTGAAAG
genomic: GATGAGAGGACAGATATATGGTCTTTGGGATGCACTTTGTATGCTATGATgtaagatttt ... cattttgcagGTATGGAAAGTCTCCATTTGATTATGAGCTTGATGAGTCTTCTGGTGAAAG
EST: gi|76292892|gb|DV032460.1|DV032460
EST:     GATGAGAGGACAGATATATGGTCTTTGGGATGCACTTTGTATGCTATGAT                         GTATGGAAAGTCTCCATTTGATTATGAGCTTGATGAGTCTTCTGGTGAAAG
genomic: GATGAGAGGACAGATATATGGTCTTTGGGATGCACTTTGTATGCTATGATgtaagatttt ... cattttgcagGTATGGAAAGTCTCCATTTGATTATGAGCTTGATGAGTCTTCTGGTGAAAG
EST: gi|12968732|gb|BG265678.1|BG265678
EST:     GATGAGAGGACAGATATATGGTCTTTGGGATGCACTTTGTATGCTATGAT                         GTATGGAAAGTCTCCATTTGATTATGAGCTTGATGAGTCTTCTGGTGAAAG
genomic: GATGAGAGGACAGATATATGGTCTTTGGGATGCACTTTGTATGCTATGATgtaagatttt ... cattttgcagGTATGGAAAGTCTCCATTTGATTATGAGCTTGATGAGTCTTCTGGTGAAAG
EST: gi|9953849|gb|BE640432.1|BE640432
EST:     GATGAGAGGACAGATATATGGTCTTTGGGATGCACTTTGTATGCTATGAT                         GTATGGAAAGTCTCCATTTGATTATGAGCTTGATGAGTCTTCTGGTGAAAG
genomic: GATGAGAGGACAGATATATGGTCTTTGGGATGCACTTTGTATGCTATGATgtaagatttt ... cattttgcagGTATGGAAAGTCTCCATTTGATTATGAGCTTGATGAGTCTTCTGGTGAAAG
EST: gi|60355013|gb|DN221986.1|DN221986
EST:     GATGAGAGGACAGATATATGGTCTTTGGGATGCACTTTGTATGCTATGAT                         GTATGGAAAGTCTCCATTTGATTATGAGCTTGATGAGTCTTCTGGTGAAAG
genomic: GATGAGAGGACAGATATATGGTCTTTGGGATGCACTTTGTATGCTATGATgtaagatttt ... cattttgcagGTATGGAAAGTCTCCATTTGATTATGAGCTTGATGAGTCTTCTGGTGAAAG
EST: gi|37385142|gb|CF629692.1|CF629692
EST:     GATGAGAGGACAGATATATGGTCTTTGGGATGCACTTTGTATGCTATGAT                         GTATGGAAAGTCTCCATTTGATTATGAGCTTGATGAGTCTTCTGGTGAAAG
genomic: GATGAGAGGACAGATATATGGTCTTTGGGATGCACTTTGTATGCTATGATgtaagatttt ... cattttgcagGTATGGAAAGTCTCCATTTGATTATGAGCTTGATGAGTCTTCTGGTGAAAG
EST: gi|67011991|gb|CO440740.1|CO440740
EST:     GATGAGAGGACAGATATATGGTCTTTGGGATGCACTTTGTATGCTATGAT                         GTATGGAAAGTCTCCATTTGATTATGAGCTTGATGAGTCATCTGGTGAAAG
genomic: GATGAGAGGACAGATATATGGTCTTTGGGATGCACTTTGTATGCTATGATgtaagatttt ... cattttgcagGTATGGAAAGTCTCCATTTGATTATGAGCTTGATGAGTCTTCTGGTGAAAG
EST: gi|15053917|gb|BI359462.1|BI359462
EST:     GATGAGAGGACAGATATATGGTCTTTGGGATGCACTTTGTATGCTATGAT                         GTATGGAAAGTCTCCATTTGATTATGAGCTTGATGAGTCTTCTGGTGAAAG
genomic: GATGAGAGGACAGATATATGGTCTTTGGGATGCACTTTGTATGCTATGATgtaagatttt ... cattttgcagGTATGGAAAGTCTCCATTTGATTATGAGCTTGATGAGTCTTCTGGTGAAAG
EST: gi|40303816|gb|CK348203.1|CK348203
EST:     GCACTTTGTATGCTATGAT                         GTATGGAAAGTCTCCATTTGATTATGAGCTTGATGAGTCTTCTGGTGAAAG
genomic: GCACTTTGTATGCTATGATgtaagatttt ... cattttgcagGTATGGAAAGTCTCCATTTGATTATGAGCTTGATGAGTCTTCTGGTGAAAG
EST: gi|31361583|gb|CD445940.1|CD445940
EST:     GATGAGAGGACAGATATATGGTCTTTGGGATGCACTTTGTATGCTATGAT                         GTATGGAAAGTCTCCATTTGATTATGAGCTTGATGAGTCTTCTGGTGAAAG
genomic: GATGAGAGGACAGATATATGGTCTTTGGGATGCACTTTGTATGCTATGATgtaagatttt ... cattttgcagGTATGGAAAGTCTCCATTTGATTATGAGCTTGATGAGTCTTCTGGTGAAAG
EST: gi|31357257|gb|CD441614.1|CD441614
EST:     GATGAGAGGACAGATATATGGTCTTTGGGATGCACTTTGTATGCTATGAT                         GTATGGAAAGTCTCCATTTGATTATGAGCTTGATGAGTCTTCTGGTGAAAG
genomic: GATGAGAGGACAGATATATGGTCTTTGGGATGCACTTTGTATGCTATGATgtaagatttt ... cattttgcagGTATGGAAAGTCTCCATTTGATTATGAGCTTGATGAGTCTTCTGGTGAAAG
EST: gi|31362329|gb|CD446686.1|CD446686
EST:     GATGAGAGGACAGATATATGGTCTTTGGGATGCACTTTGTATGCTATGAT                         GTATGGAAAGTCTCCATTTGATTATGAGCTTGATGAGTCTTCTGGTGAAAG
genomic: GATGAGAGGACAGATATATGGTCTTTGGGATGCACTTTGTATGCTATGATgtaagatttt ... cattttgcagGTATGGAAAGTCTCCATTTGATTATGAGCTTGATGAGTCTTCTGGTGAAAG
EST: gi|149005250|gb|EE039797.2|EE039797
EST:     GATGAGAGGACAGATATATGGTCTTTGGGATGCACTTTGTATGCTATGAT                         GTATGGAAAGTCTCCATTTGATTATGAGCTTGATGAGTCTTCTGGTGAAAG
genomic: GATGAGAGGACAGATATATGGTCTTTGGGATGCACTTTGTATGCTATGATgtaagatttt ... cattttgcagGTATGGAAAGTCTCCATTTGATTATGAGCTTGATGAGTCTTCTGGTGAAAG
EST: gi|211016160|gb|FL466960.1|FL466960
EST:     GATGAGAGGACAGATATATGGTCTTTGGGATGCACTTTGTATGCTATGAT                         GTATGGAAAGTCTCCATTTGATTATGAGCTTGATGAGTCTTCTGGTGAAAG
genomic: GATGAGAGGACAGATATATGGTCTTTGGGATGCACTTTGTATGCTATGATgtaagatttt ... cattttgcagGTATGGAAAGTCTCCATTTGATTATGAGCTTGATGAGTCTTCTGGTGAAAG
EST: gi|45847548|gb|CN071491.1|CN071491
EST:     GATGAGAGGACAGATATATGGTCTTTGGGATGCACTTTGTATGCTATGAT                         GTATGGAAAGTCTCCATTTGATTATGAGCTTGATGAGTCTTCTGGTGAAAG
genomic: GATGAGAGGACAGATATATGGTCTTTGGGATGCACTTTGTATGCTATGATgtaagatttt ... cattttgcagGTATGGAAAGTCTCCATTTGATTATGAGCTTGATGAGTCTTCTGGTGAAAG
EST: gi|78074389|gb|DV502823.1|DV502823
EST:     GATGAGAGGACAGATATATGGTCTTTGGGATGCACTTTGTATGCTATGAT                         GTATGGAAAGTCTCCATTTGATTATGAGCTTGATGAGTCTTCTGGTGAAAG
genomic: GATGAGAGGACAGATATATGGTCTTTGGGATGCACTTTGTATGCTATGATgtaagatttt ... cattttgcagGTATGGAAAGTCTCCATTTGATTATGAGCTTGATGAGTCTTCTGGTGAAAG
EST: gi|60341190|gb|DN208163.1|DN208163
EST:     GATGAGAGGACAGATATATGGTCTTTGGGATGCACTTTGTATGCTATGAT                         GTATGGAAAGTCTCCATTTGATTATGAGCTTGATGAGTCTTCTGGTGAAAG
genomic: GATGAGAGGACAGATATATGGTCTTTGGGATGCACTTTGTATGCTATGATgtaagatttt ... cattttgcagGTATGGAAAGTCTCCATTTGATTATGAGCTTGATGAGTCTTCTGGTGAAAG
EST: gi|211371777|gb|FL295098.1|FL295098
EST:     GATGAGAGGACAGATATATGGTCTTTGGGATGCACTTTGTATGCTATGAT                         GTATGGAAAGTCTCCATTTGATTATGAGCTTGATGAGTCTTCTGGTGAAAG
genomic: GATGAGAGGACAGATATATGGTCTTTGGGATGCACTTTGTATGCTATGATgtaagatttt ... cattttgcagGTATGGAAAGTCTCCATTTGATTATGAGCTTGATGAGTCTTCTGGTGAAAG
EST: gi|71308132|gb|DR790295.1|DR790295
EST:     GATGAGAGGACAGATATATGGTCTTTGGGATGCACTTTGTATGCTATGAT                         GTATGGAAAGTCTCCATTTGATTATGAGCTTGATGAGTCTTCTGGTGAAAG
genomic: GATGAGAGGACAGATATATGGTCTTTGGGATGCACTTTGTATGCTATGATgtaagatttt ... cattttgcagGTATGGAAAGTCTCCATTTGATTATGAGCTTGATGAGTCTTCTGGTGAAAG
EST: gi|60350586|gb|DN217559.1|DN217559
EST:     GATGAGAGGACAGATATATGGTCTTTGGGATGCACTTTGTATGCTATGAT                         GTATGGAAAGTCTCCATTTGATTATGAGCTTGATGAGTCTTCTGGTGAAAG
genomic: GATGAGAGGACAGATATATGGTCTTTGGGATGCACTTTGTATGCTATGATgtaagatttt ... cattttgcagGTATGGAAAGTCTCCATTTGATTATGAGCTTGATGAGTCTTCTGGTGAAAG
EST: gi|40335517|gb|CK369587.1|CK369587
EST:     GATGAGAGGACAGATATATGGTCTTTGGGATGCACTTTGTATGCTATGAT                         GTATGGAAAGTCTCCATTTGATTATGAGCTTGATGAGTCTTCTGGTGAAAG
genomic: GATGAGAGGACAGATATATGGTCTTTGGGATGCACTTTGTATGCTATGATgtaagatttt ... cattttgcagGTATGGAAAGTCTCCATTTGATTATGAGCTTGATGAGTCTTCTGGTGAAAG

Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
CTCATTACCGTGCCCCCGAACTATGGGAGTGTCCAAGTCATGCTGACATTGATGAGAGGACAGATATATGGTCTTTGGGATGCACTTTGTATGCTATGATgtaagattttcatctgcagacatcttataaactcttttagtcgtttaatccaacatgaataggtgaccatgcttaatcattgttcattcgtatttacaat

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  GAGAGG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGAGGA