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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

GCAAACAGTGGAATTAACTCTAATGGATCTCAGgtacgttcgccttctctaaaattgcatgtagccttaatgcctgactcagtcacactcagttgccttggcaatgcctattccttcaagccagtcatgtttaagaacaaaaaatgactagatatctttcttgtacaccctgttttagagtacatgatgaaaagcttacactcttgtgcttgcag

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G057329_T01
intron # 5
splice site 5'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|211112964|gb|FL394568.1|FL394568
EST:     GCAAACAGTGGAATTAACTCTAATGGATCTCAG                         TTCTTTATAACATGTGCAAAGTGTGACTGGCTTGACAACAAACATGTGGTA
genomic: GCAAACAGTGGAATTAACTCTAATGGATCTCAGgtacgttcgc ... gtgcttgcagTTCTTTATAACATGTGCAAAGTGTGACTGGCTTGACAACAAACATGTGGTA
EST: gi|113808548|gb|DW929323.1|DW929323
EST:     CAAACAGTGGAATTAACTCTAATGGATCTCAG                         TTCTTTATAACATGTGCAAAGTGTGACTGGCTTGACAACAAACATGTGGTA
genomic: CAAACAGTGGAATTAACTCTAATGGATCTCAGgtacgttcgc ... gtgcttgcagTTCTTTATAACATGTGCAAAGTGTGACTGGCTTGACAACAAACATGTGGTA
EST: gi|166563094|gb|EG191235.1|EG191235
EST:     ATTAACTCTAATGGATCTCAG                         TTCTTTATAACATGTGCAAAGTGTGACTGGCTTGACAACAAACATGTGGTA
genomic: ATTAACTCTAATGGATCTCAGgtacgttcgc ... gtgcttgcagTTCTTTATAACATGTGCAAAGTGTGACTGGCTTGACAACAAACATGTGGTA
EST: gi|211023124|gb|FL428614.1|FL428614
EST:     GCAAACAGTGGAATTAACTCTAATGGATCTCAG                         TTCTTTATAACATGTGCAAAGTGTGACTGGCTTGACAACAAACATGTGGTA
genomic: GCAAACAGTGGAATTAACTCTAATGGATCTCAGgtacgttcgc ... gtgcttgcagTTCTTTATAACATGTGCAAAGTGTGACTGGCTTGACAACAAACATGTGGTA
EST: gi|19057931|gb|BM736598.1|BM736598
EST:     GCAAACAGTGGAATTAACTCTAATGGATCTCAG                         TTCTTTATAACATGTGCAAAGTGTGACTGGCTTGACAACAAACATGTGGTA
genomic: GCAAACAGTGGAATTAACTCTAATGGATCTCAGgtacgttcgc ... gtgcttgcagTTCTTTATAACATGTGCAAAGTGTGACTGGCTTGACAACAAACATGTGGTA
EST: gi|19058424|gb|BM737091.1|BM737091
EST:     GCAAACAGTGGAATTAACTCTAATGGATCTCAG                         TTCTTTATAACATGTGCAAAGTGTGACTGGCTTGACAACAAACATGTGGTA
genomic: GCAAACAGTGGAATTAACTCTAATGGATCTCAGgtacgttcgc ... gtgcttgcagTTCTTTATAACATGTGCAAAGTGTGACTGGCTTGACAACAAACATGTGGTA
EST: gi|32858929|gb|CD998610.1|CD998610
EST:     GCAAACATTGGTANTAACTCTAATGGATCTCAG                         TTCTTTATAACATGTGCAAAGTGTGACTGGCTTGACAACAAACATGTGGTA
genomic: GCAAACAGTGGAATTAACTCTAATGGATCTCAGgtacgttcgc ... gtgcttgcagTTCTTTATAACATGTGCAAAGTGTGACTGGCTTGACAACAAACATGTGGTA
EST: gi|60349165|gb|DN216138.1|DN216138
EST:     GCAAACAGTGGAATTAACTCTAATGGATCTCAG                         TTCTTTATAACATGTGCAAAGTGTGACTGGCTTGACAACAAACATGTGGTA
genomic: GCAAACAGTGGAATTAACTCTAATGGATCTCAGgtacgttcgc ... gtgcttgcagTTCTTTATAACATGTGCAAAGTGTGACTGGCTTGACAACAAACATGTGGTA
EST: gi|60349812|gb|DN216785.1|DN216785
EST:     GCAAACAGTGGAATTAACTCTAATGGATCTCAG                         TTCTTTATAACATGTGCAAAGTGTGACTGGCTTGACAACAAACATGTGGTA
genomic: GCAAACAGTGGAATTAACTCTAATGGATCTCAGgtacgttcgc ... gtgcttgcagTTCTTTATAACATGTGCAAAGTGTGACTGGCTTGACAACAAACATGTGGTA
EST: gi|60394638|gb|DN227508.1|DN227508
EST:     GCAAACAGTGGAATTAACTCTAATGGATCTCAG                         TTCTTTATAACATGTGCAAAGTGTGACTGGCTTGACAACAAACATGTGGTA
genomic: GCAAACAGTGGAATTAACTCTAATGGATCTCAGgtacgttcgc ... gtgcttgcagTTCTTTATAACATGTGCAAAGTGTGACTGGCTTGACAACAAACATGTGGTA
EST: gi|24766439|gb|CA401593.1|CA401593
EST:     GCAAACAGTGGAATTAACTCTAATGGATCTCAG                         TTCTTTATAACATGTGCAAAGTGTGACTGGCTTGACAACAAACATGTGGTA
genomic: GCAAACAGTGGAATTAACTCTAATGGATCTCAGgtacgttcgc ... gtgcttgcagTTCTTTATAACATGTGCAAAGTGTGACTGGCTTGACAACAAACATGTGGTA
EST: gi|166538708|gb|EG311021.1|EG311021
EST:     GGCAAACAGTGGAATTAACTCTAATGGATCTCAG                         TTCTTTATAACATGTGCAAAGTGTGACTGGCTTGACAACAAACATGTGGTA
genomic: GGCAAACAGTGGAATTAACTCTAATGGATCTCAGgtacgttcgc ... gtgcttgcagTTCTTTATAACATGTGCAAAGTGTGACTGGCTTGACAACAAACATGTGGTA
EST: gi|211360429|gb|FL377716.1|FL377716
EST:     GGCAA-CAGTGGGATTAACTCTAATGGATCTCAG                         GTCTTTTATA-CATGGTGCAAAGTGTGACTG
genomic: G-CAAACAGTGGAATTAACTCTAATGGATCTCAGgtacgttcgc ... gtgcttgcagTTCTTT-ATAACATG-TGCAAAGTGTGACTG
EST: gi|211357849|gb|FL385252.1|FL385252
EST:     GCAAACAGTGGAATTAACTCTAATGGATCTCAG                         TTCTTTATAACATGTGCAAAGTGKGACTGGCTTGACAACAAACATGT
genomic: GCAAACAGTGGAATTAACTCTAATGGATCTCAGgtacgttcgc ... gtgcttgcagTTCTTTATAACATGTGCAAAGTGTGACTGGCTTGACAACAAACATGT
EST: gi|87152302|gb|DY397091.1|DY397091
EST:     GCAAACAGTGGAATTAACTCTAATGGATCTCAG                         TTCTTTATAACATGTGCAAAGTGTGACTGGCTTGACAACAAACATGTGGTA
genomic: GCAAACAGTGGAATTAACTCTAATGGATCTCAGgtacgttcgc ... gtgcttgcagTTCTTTATAACATGTGCAAAGTGTGACTGGCTTGACAACAAACATGTGGTA
EST: gi|32925862|gb|CF030674.1|CF030674
EST:     GCAAACAGTGGAATTAACTCTAATGGATCTCAG                         TTCTTTATAACATGTGCAAAGTGTGACTGGCTTGACAACAAACATGTGGTA
genomic: GCAAACAGTGGAATTAACTCTAATGGATCTCAGgtacgttcgc ... gtgcttgcagTTCTTTATAACATGTGCAAAGTGTGACTGGCTTGACAACAAACATGTGGTA
EST: gi|211438423|gb|FL465204.1|FL465204
EST:     GCAAACAGTGGAATTAACTCTAATGGATCTCAG                         TTCTTTATAACATGTGCAAAGTGTGACTGGCTTGACAACAAACATGTGGTA
genomic: GCAAACAGTGGAATTAACTCTAATGGATCTCAGgtacgttcgc ... gtgcttgcagTTCTTTATAACATGTGCAAAGTGTGACTGGCTTGACAACAAACATGTGGTA
EST: gi|211073855|gb|FL392646.1|FL392646
EST:     GCAAACAGTGGAATTAACTCTAATGGATCTCAG                         TTCTTTATAACATGTGCAAAGTGTGACTGGCTTGACAACAAACATGTGGTA
genomic: GCAAACAGTGGAATTAACTCTAATGGATCTCAGgtacgttcgc ... gtgcttgcagTTCTTTATAACATGTGCAAAGTGTGACTGGCTTGACAACAAACATGTGGTA
EST: gi|211027097|gb|FL381991.1|FL381991
EST:     GCAAACAGTGGAATTAACTCTAATGGATCTCAG                         TTCTTTATAACATGTGCAAAGTGTGACTGGCTTGACAACAAACATGTGGTA
genomic: GCAAACAGTGGAATTAACTCTAATGGATCTCAGgtacgttcgc ... gtgcttgcagTTCTTTATAACATGTGCAAAGTGTGACTGGCTTGACAACAAACATGTGGTA
EST: gi|211099687|gb|FL379428.1|FL379428
EST:     GCAAACAGTGGAATTAACTCTAATGGATCTCAG                         TTCTTTATAACATGTGCAAAGTGTGACTGGCTTGACA
genomic: GCAAACAGTGGAATTAACTCTAATGGATCTCAGgtacgttcgc ... gtgcttgcagTTCTTTATAACATGTGCAAAGTGTGACTGGCTTGACA
EST: gi|22490292|gb|BU050215.1|BU050215
EST:     GCAAACAGTGGAATTAACTCTAATGGATCTCAG                         TTCTTTATAACATGTGCAAAGTGTGACTGGCTTGACAACAAACATGTGGT
genomic: GCAAACAGTGGAATTAACTCTAATGGATCTCAGgtacgttcgc ... gtgcttgcagTTCTTTATAACATGTGCAAAGTGTGACTGGCTTGACAACAAACATGTGGT
EST: gi|211206179|gb|FL469079.1|FL469079
EST:     GCAAACAGTGGAATTAACTCTAATGGATCTCAG                         TTCTTTATAACATGTGCAAAGTGTGACTGGCTTGACAACAAACATGTGGTA
genomic: GCAAACAGTGGAATTAACTCTAATGGATCTCAGgtacgttcgc ... gtgcttgcagTTCTTTATAACATGTGCAAAGTGTGACTGGCTTGACAACAAACATGTGGTA
EST: gi|32933536|gb|CF038348.1|CF038348
EST:     GCAAACAGTGGAATTAACTCTAATGGGTCTCAG                         TTCTTTATAACATGTGCAAAGTGTGACTGGCTTGACAACAAACATGTGGTA
genomic: GCAAACAGTGGAATTAACTCTAATGGATCTCAGgtacgttcgc ... gtgcttgcagTTCTTTATAACATGTGCAAAGTGTGACTGGCTTGACAACAAACATGTGGTA
EST: gi|6695399|gb|AW288507.1|AW288507
EST:     GCAAACAGTGGAATTAACTCTAATGGATCTCAG                         TTCTTTATAACATGTGCAAAGTGTGACTGGCTTGACAACAAACATGTGGTA
genomic: GCAAACAGTGGAATTAACTCTAATGGATCTCAGgtacgttcgc ... gtgcttgcagTTCTTTATAACATGTGCAAAGTGTGACTGGCTTGACAACAAACATGTGGTA
EST: gi|32926451|gb|CF031263.1|CF031263
EST:     GCAAACAGTGGAATTAACTCTAATGGATCTCAG                         TTCTTTATAACATGTGCAAAGTGTGACTGGCTTGACAACAAACATGTGGTA
genomic: GCAAACAGTGGAATTAACTCTAATGGATCTCAGgtacgttcgc ... gtgcttgcagTTCTTTATAACATGTGCAAAGTGTGACTGGCTTGACAACAAACATGTGGTA
EST: gi|32940102|gb|CF044921.1|CF044921
EST:     GCAAACAGTGGAATTAACTCTAATGGATCTCAG                         TTCTTTATAACATGTGCAAAGTGTGACTGGCTTGACAACAAACATGTGGTA
genomic: GCAAACAGTGGAATTAACTCTAATGGATCTCAGgtacgttcgc ... gtgcttgcagTTCTTTATAACATGTGCAAAGTGTGACTGGCTTGACAACAAACATGTGGTA
EST: gi|8577336|gb|BE129973.1|BE129973
EST:     GCAAACAGTGGAATTAACTCTAATGGATCTCAG                         TTCTTTATAACATGTGCAAAGTGTGACTGGCTTGACAACAAACATGTGGTA
genomic: GCAAACAGTGGAATTAACTCTAATGGATCTCAGgtacgttcgc ... gtgcttgcagTTCTTTATAACATGTGCAAAGTGTGACTGGCTTGACAACAAACATGTGGTA
EST: gi|211433999|gb|FL392548.1|FL392548
EST:     GCAAACAGTGGAATTAACTCTAATGGATCTCAG                         TTCTTTATAACATGTGCAAAGTGTGACTGGCTTGACAACAAACATGTGGTA
genomic: GCAAACAGTGGAATTAACTCTAATGGATCTCAGgtacgttcgc ... gtgcttgcagTTCTTTATAACATGTGCAAAGTGTGACTGGCTTGACAACAAACATGTGGTA
EST: gi|12047274|gb|BF729413.1|BF729413
EST:     GCAAACAGTGGAATTAACTCTAATGGATCTCAG                         TTCTTTATAACATGTGCAAAGTGTGACTGGCTTGACAACAAACATGTGGTA
genomic: GCAAACAGTGGAATTAACTCTAATGGATCTCAGgtacgttcgc ... gtgcttgcagTTCTTTATAACATGTGCAAAGTGTGACTGGCTTGACAACAAACATGTGGTA
EST: gi|78179385|gb|DV549758.1|DV549758
EST:     GCAAACAGTGGAATTAACTCTAATGGATCTCAG                         TTCTTTATAACATGTGCAAAGTGTGACTGGCTTGACAACAAACATGTGGTA
genomic: GCAAACAGTGGAATTAACTCTAATGGATCTCAGgtacgttcgc ... gtgcttgcagTTCTTTATAACATGTGCAAAGTGTGACTGGCTTGACAACAAACATGTGGTA
EST: gi|60398036|gb|DN230852.1|DN230852
EST:     GCAAACAGTGGAATTAACTCTAATGGATCTCAG                         TTCTTTATAACATGTGCAAAGTGTGACTGGCTTGACAACAAACATGTGGTA
genomic: GCAAACAGTGGAATTAACTCTAATGGATCTCAGgtacgttcgc ... gtgcttgcagTTCTTTATAACATGTGCAAAGTGTGACTGGCTTGACAACAAACATGTGGTA
EST: gi|113800830|gb|DW922816.1|DW922816
EST:     GCAAACAGTGGAATTAACTCTAATGGATCTCAG                         TTACTTTATAACATGTGCAAAGTGTGACTGGCTTGACAACAAACATGTGG
genomic: GCAAACAGTGGAATTAACTCTAATGGATCTCAGgtacgttcgc ... gtgcttgcagTT-CTTTATAACATGTGCAAAGTGTGACTGGCTTGACAACAAACATGTGG
EST: gi|211042680|gb|FL406379.1|FL406379
EST:     GCAAACAGTGGAANTTAACTCTAATGGATCTCAG                         TTCTTTATAACATGTGCCAAGTGTGAC
genomic: GCAAACAGTGGAA-TTAACTCTAATGGATCTCAGgtacgttcgc ... gtgcttgcagTTCTTTATAACATGTGCAAAGTGTGAC
EST: gi|166594681|gb|EG162196.1|EG162196
EST:     GTGGAATTAACTCTAATGGATCTCAG                         TTCTTTATAACATGTGCAAAGTGTGACTGGCTTGACAACAAACATGTGGTA
genomic: GTGGAATTAACTCTAATGGATCTCAGgtacgttcgc ... gtgcttgcagTTCTTTATAACATGTGCAAAGTGTGACTGGCTTGACAACAAACATGTGGTA

Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
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GCAAACAGTGGAATTAACTCTAATGGATCTCAGgtacgttcgccttctctaaaattgcatgtagccttaatgcctgactcagtcacactcagttgccttggcaatgcctattccttcaagccagtcatgtttaagaacaaaaaatgactagatatctttcttgtacaccctgttttagagtacatgatgaaaagcttacactcttgtgcttgcag

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