Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

AGCTAAAACATTGGAGAAACAGTTCTCTGGCAATGCTGAATCTAGGGCAGCAGGAATGGTTATCAATACAATGGGGTGGGTTGAAGGCCTTGGGTATGAGgttagtagtgcttggcttcaaatgactattggctatttgcagattcatattgttgccctttgtgtagtaagtgataattctgttttgtgctctgcag

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G038588_T02
intron # 5
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM2G038588_T02 (Zea mays), 5'ss of exon 5
lower sequence: LOC_Os02g12570.1 (Oryza sativa), 5'ss of exon 5
AGCTAAAACATTGGAGAAACAGTTCTCTGGCAATGCTGAATCTAGGGCAGCAGGAATGGTTATCAATACAATGGGGTGGGTTGAAGGCCTTGGGTATGAGgttagtagtgcttggcttcaaatgactattggctatttgcagattcatattgttgccc----tttgtgt---agtaagtgataattc-tgttttgtgctctgcag
|||| | |||||||| ||||| |||||||| ||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||  |||||| |  ||||| | |  |  || | ||||   |    || | | ||||   ||   | ||| || |     ||| | |   || | | | ||||||    |||||| | |||||
AGCTCAGACATTGGATAAACAATTCTCTGGAAATTCTGAATCTAGGGCAGCAGGAATGATTATCAATACTATGGGGTGGGTTGAAAACCTTGGTTTAGAGgtaatt--ttatttgtttcatgagcaacttagat-tttggttatgtgtgttgatggctaatatttatattctagcatgagttaattcaccatttgtgttgtgcag
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|71323423|gb|DR798362.1|DR798362
EST:     CAATGGGGTGGGTTGAAGGCCTTGGGTATGAG                         TTACTTCTCAACGCAATTGAAACCTTCAAGGCCAATGTAGTACTGGTACTG
genomic: CAATGGGGTGGGTTGAAGGCCTTGGGTATGAGgttagtagtg ... tgctctgcagTTACTTCTCAACGCAATTGAAACCTTCAAGGCCAATGTAGTACTGGTACTG
EST: gi|149010086|gb|EE041893.2|EE041893
EST:     TTGAAGGCCTTGGGTATGAG                         TTACTTCTCAACGCAATTGAAACCTTCAAGGCCAATGTAGTACTGGTACTG
genomic: TTGAAGGCCTTGGGTATGAGgttagtagtg ... tgctctgcagTTACTTCTCAACGCAATTGAAACCTTCAAGGCCAATGTAGTACTGGTACTG
EST: gi|149010087|gb|EE041894.2|EE041894
EST:     CAGGAATGGTTATCAATACAATGGGGTGGGTTGAAGGCCTTGGGTATGAG                         TTACTTCTCAACGCAATTGAAAACCTTCA-GGCCAATGTAGT
genomic: CAGGAATGGTTATCAATACAATGGGGTGGGTTGAAGGCCTTGGGTATGAGgttagtagtg ... tgctctgcagTTACTTCTCAACGCAATTGAAA-CCTTCAAGGCCAATGTAGT
EST: gi|50338323|gb|CO533449.1|CO533449
EST:     CAATACAATGGGGTGGGTTGAAGGCCTTGGGTATGAG                         TTACTTCTCAACGCAATTGAAACCTTCAAGGCCAATGTAGTACTGGTACTG
genomic: CAATACAATGGGGTGGGTTGAAGGCCTTGGGTATGAGgttagtagtg ... tgctctgcagTTACTTCTCAACGCAATTGAAACCTTCAAGGCCAATGTAGTACTGGTACTG
EST: gi|148965177|gb|EE015986.2|EE015986
EST:     CAGGAATGGTTATCAATACAATGGGGTGGGTTGAAGGCCTTGGGTATGAG                         TTACTTCTCAACGCAATTGAAACCTTCA
genomic: CAGGAATGGTTATCAATACAATGGGGTGGGTTGAAGGCCTTGGGTATGAGgttagtagtg ... tgctctgcagTTACTTCTCAACGCAATTGAAACCTTCA
EST: gi|71324526|gb|DR798964.1|DR798964
EST:     CAGGAATGGTTATCAATACAATGGGGTGGGTTGAAGGCCTTGGGTATGAG                         TTACTTCTCAACGCAATTGAAACCTTCAAGGCCAATGTAGTACTGGTACTG
genomic: CAGGAATGGTTATCAATACAATGGGGTGGGTTGAAGGCCTTGGGTATGAGgttagtagtg ... tgctctgcagTTACTTCTCAACGCAATTGAAACCTTCAAGGCCAATGTAGTACTGGTACTG
EST: gi|211074603|gb|FK960576.1|FK960576
EST:     CAGGAATGGTTATCAATACAATGGGGTGGGTTGAAGGCCTTGGGTATGAG                         TTACTTCTCAACGCAATTGAAACCTTCAAGGCCAATGTAGTACTGGTACTG
genomic: CAGGAATGGTTATCAATACAATGGGGTGGGTTGAAGGCCTTGGGTATGAGgttagtagtg ... tgctctgcagTTACTTCTCAACGCAATTGAAACCTTCAAGGCCAATGTAGTACTGGTACTG
EST: gi|78118117|gb|DV536504.1|DV536504
EST:     AGGAATGGTTATCAATACAATGGGGTGGGTTGAAGGGCCT-GGGTATGAG                         TTACTTTCTCA
genomic: AGGAATGGTTATCAATACAATGGGGTGGGTTGAAGG-CCTTGGGTATGAGgttagtagtg ... tgctctgcagTTACTT-CTCA
EST: gi|71448836|gb|DR829886.1|DR829886
EST:     AGGAATGGTTATCAATACAATGGGGGTGGGTTGAAGGCCTTGGGTATGAG                         TTACTTCTCAAACGCA-TTGAAACCTTCAAGGCCAATGTAGTACTGGTACT
genomic: AGGAATGGTTATCAATACAATGGGG-TGGGTTGAAGGCCTTGGGTATGAGgttagtagtg ... tgctctgcagTTACTTCTCAA-CGCAATTGAAACCTTCAAGGCCAATGTAGTACTGGTACT
EST: gi|149073621|gb|EE161923.2|EE161923
EST:     AGGAATGGTTATCAATACAATGGGGTGGGTTGAAAGGC-TTGGGTATGAG                         TTACTTCTCAACGCAATTGAAACCTTCAAGGCCAATGTAGTACTGGTACTG
genomic: AGGAATGGTTATCAATACAATGGGGTGGGTTGAA-GGCCTTGGGTATGAGgttagtagtg ... tgctctgcagTTACTTCTCAACGCAATTGAAACCTTCAAGGCCAATGTAGTACTGGTACTG
EST: gi|78075700|gb|DV504134.1|DV504134
EST:     CAAGAATGGTTATCAATACAATGGGGTGGGTTGAAGGCCTTGGGTATGAG                         TTATTTCTCAACGCAATTGAAACCTTCAAGGCCAATGTAGTACTGGTACTG
genomic: CAGGAATGGTTATCAATACAATGGGGTGGGTTGAAGGCCTTGGGTATGAGgttagtagtg ... tgctctgcagTTACTTCTCAACGCAATTGAAACCTTCAAGGCCAATGTAGTACTGGTACTG
EST: gi|71324528|gb|DR798965.1|DR798965
EST:     CAGGAATGGTTATCAATACAATGGGGTGGGTTGAAGGCCTTTGGTATGAG                         TTACTTCTCAACGCAATTGAAACCTTCA-GGCCAATGTAGTACTGGTACTG
genomic: CAGGAATGGTTATCAATACAATGGGGTGGGTTGAAGGCCTTGGGTATGAGgttagtagtg ... tgctctgcagTTACTTCTCAACGCAATTGAAACCTTCAAGGCCAATGTAGTACTGGTACTG
EST: gi|149034778|gb|EE155078.2|EE155078
EST:     CAGGAATGGTTATCAATACAATGGGGTGGGTTGAAGGCCTTGGGTATGAG                         TTACTTCTCAACGCAATTGAAACCTTCAAGGCCAATGTAGTACTGGTACTG
genomic: CAGGAATGGTTATCAATACAATGGGGTGGGTTGAAGGCCTTGGGTATGAGgttagtagtg ... tgctctgcagTTACTTCTCAACGCAATTGAAACCTTCAAGGCCAATGTAGTACTGGTACTG
EST: gi|60401015|gb|DN233822.1|DN233822
EST:     CAGGAATGGTTATCAATACAATGGGGTGGGTTGAAGGCCTTGGGTATGAG                         TTACTTCTCAACGCAATTGAAACCTTCAAGGCCAATGTAGTACTGGTACTG
genomic: CAGGAATGGTTATCAATACAATGGGGTGGGTTGAAGGCCTTGGGTATGAGgttagtagtg ... tgctctgcagTTACTTCTCAACGCAATTGAAACCTTCAAGGCCAATGTAGTACTGGTACTG
EST: gi|148999970|gb|EE037045.2|EE037045
EST:     CAGGAATGGTTATCAATACAATGGGGTGGGTTGAAGGCCTTGGGTATGAG                         TTACTTCTCAACGCAATTTGAA-CCTTCAAGGCCAA
genomic: CAGGAATGGTTATCAATACAATGGGGTGGGTTGAAGGCCTTGGGTATGAGgttagtagtg ... tgctctgcagTTACTTCTCAACGCAATT-GAAACCTTCAAGGCCAA

Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
AGCTAAAACATTGGAGAAACAGTTCTCTGGCAATGCTGAATCTAGGGCAGCAGGAATGGTTATCAATACAATGGGGTGGGTTGAAGGCCTTGGGTATGAGgttagtagtgcttggcttcaaatgactattggctatttgcagattcatattgttgccctttgtgtagtaagtgataattctgttttgtgctctgcag

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TTGAAG