Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

GTACGGACCACCAGGAACTGGCAAGACACTCATGGCTCGTGCATGTGCTGCACAGACGAATGCAACGTTTCTTAAATTAGCTGGTCCACAACTTGTGCAGgtaatcagtttacttgagaagtgttgttttcttttttatgtgtttgttatatagctttgcaggtgcgtctatttgatgataaaatatattttttcctctg...

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G032505_T03
intron # 5
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM2G032505_T02 (Zea mays), 5'ss of exon 5
lower sequence: LOC_Os06g07630.1 (Oryza sativa), 5'ss of exon 5
GTACGGACCACCAGGAACTGGCAAGACACTCATGGCTCGTGCATGTGCTGCACAGACGAATGCAACGTTTCTTAAATTAGCTGGTCCACAACTTGTGCAGgtaatcag----tttacttgagaagtgttgttt-tcttttttatgtgtttgttatatagctttgcaggtgcgtctatttgatgataaaatatattttttcctctg
||| |||||||| |||||||| |||||| | |||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||| || |||||||||||||||||| | || |||||||| |     || | || | |||     ||  |  |  |  | | ||| |  | |  |  ||  | |   | |||||| || | |     |     |  |   
GTATGGACCACCTGGAACTGGGAAGACATTGATGGCTCGTGCATGTGCTGCACAGACAAATGCGACGTTCCTGAAATTAGCTGGTCCACAATTAGTCCAGgtaattatttatttcaattaaaaagctccattgattatcatcttttttttttcttgtgaccatgttgata--tttatttggtgttcatggggaggcaatagt---

upper sequence: GRMZM2G032505_T02 (Zea mays), 5'ss of exon 5
lower sequence: GLYMA20G38030.1 (Glycine max), 5'ss of exon 5
GTACGGACCACCAGGAACTGGCAAGACACTCATGGCTCGTGCATGTGCTGCACAGACGAATGCAACGTTTCTTAAATTAGCTGGTCCACAACTTGTGCAGgta-atcagtttacttgagaagtgttgttttcttttttatgtgtttgttatatagctttgcaggtgcgtctatttgatgataaaatatattttttcctctg-
||| ||||| ||||| ||||| || ||| | ||||||||||| ||||| |||||||| ||||| || ||||| ||||| ||||| || ||||| || ||||||   || |||| || | |      |  |   |  | ||     | ||| ||   | |         | ||| | || || | || |   |     | |  
GTATGGACCTCCAGGGACTGGGAAAACATTGATGGCTCGTGCCTGTGCAGCACAGACAAATGCCACTTTTCTGAAATTGGCTGGCCCTCAACTGGTCCAGgtatgacaatttattt-atagtctaagcatgactaatgattctactattacatgtttgtatcaactaat-tatatcattattacatgttcgtaacattttcc

upper sequence: GRMZM2G032505_T02 (Zea mays), 5'ss of exon 5
lower sequence: Vv05s0020g01180.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 6
GTACGGACCACCAGGAACTGGCAAGACACTCATGGCTCGTGCATGTGCTGCACAGACGAATGCAACGTTTCTTAAATTAGCTGGTCCACAACTTGTGCAGgtaatcagtttacttgagaagtgttgttttcttttttatgtgtttgttatatagctttg-caggtgcgtctatttgatgataaaatatattttttcctctg
||| || || ||||| |||||||| ||| | ||||||||||| |||||||||||||| ||||| || ||||| ||  ||||||||||||||||||| ||||| |       || ||| ||    |     | |  |  ||||| |||  | |   ||       |  |   ||||    ||  |  ||   |  |||   |
GTATGGGCCTCCAGGGACTGGCAAAACATTAATGGCTCGTGCTTGTGCTGCACAGACAAATGCCACTTTTCTGAAGCTAGCTGGTCCACAACTTGTCCAGgtcagtgtccaacatgaaaatatcttacagcatgatcgtgtgtgtgt-gtgtgttttaaatttctttgatgattttcaaattgagcattggtaatccagag

upper sequence: GRMZM2G032505_T02 (Zea mays), 5'ss of exon 5
lower sequence: PP1S340_7V6.1 (Physcomitrella patens), 5'ss of exon 5
GTACGGACCACCAGGAACTGGCAAGACACTCATGGCTCGTGCATGTGCTGCACAGACGAATGCAACGTTTCTTAAATTAGCTGGTCCACAACTTGTGCAGgtaatc-----agtttacttgagaagtgttgttttcttttttatgt--gtttgttatatagctttgcaggtgcgtctatttgatgataaaatatattttttcctctg-------------------------------------------------------------------------
 || || |||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||| || || || || ||||| || | | | ||  | ||||| || || || || ||||| ||        ||||||||   |    ||   |||  |   |    ||||   || | | |||||     || || |    | ||  | |  |||||| | |  |                                                                         
ATATGGCCCACCAGGTACTGGCAAGACCCTCATGGCTCGTGCATGCGCAGCTCAAACAAATGCTACTTATTTAAAGCTTGCTGGACCTCAGCTCGTCCAGgtgatttcttggttttacttgtttatctatggactctcgtcagttctggtttaggatgttgttttgccttaacgccttt---gtcatttacttaatttttccatgggtggagtcatcttgttcatttatcctggtcaaggctcttcattgactacaagatatcctgatacgtaatcacag

upper sequence: GRMZM2G032505_T02 (Zea mays), 5'ss of exon 5
lower sequence: PP1S218_133V6.1 (Physcomitrella patens), 5'ss of exon 5
GTACGGACCACCAGGAACTGGCAAGACACTCATGGCTCGTGCATGTGCTGCACAGACGAATGCAACGTTTCTTAAATTAGCTGGTCCACAACTTGTGCAGgtaatcagtttacttgagaagtgttgttttctttttta-tgtgtttgttatat--agctttgc-aggtgcgtctatttgatgataaaatatattttttcctctg-----------------------------------------------------------
 || || ||||| || ||||||||||| |||||||||||||| ||||| || || || ||||| || ||  | ||  | ||||| || || ||||| |||||  |     | ||       |  ||||||||| |  | ||  |||  ||| |  ||||||   ||   | | ||    ||   |   || |  || |  |  |                                                           
ATATGGCCCACCCGGTACTGGCAAGACCCTCATGGCTCGTGCGTGTGCAGCTCAAACAAATGCTACTTTCTTGAAGCTTGCTGGACCTCAGCTTGTTCAGgtt-ttgtcctgctctctccttagtgttttcttctggactggattttgtattttcagctttttgagaaacatgtacagaatctcactgtagaacttgttttaagaagttgggtcattcacttggctaagctcaaggcccttgttctcctcctgatcgttgcag

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|15589970|gb|BI674586.1|BI674586
EST:     CACAGACGAATGCCACGTTTCTTAAATTAGCTGGTCCACAACTTGTGCAG                         ATGTTTATTGGTGATGGAGCAAAGCTTGTCCGGGATGCATTCCAGCTTGCC
genomic: CACAGACGAATGCAACGTTTCTTAAATTAGCTGGTCCACAACTTGTGCAGgtaatcagtt ... gctggttcagATGTTTATTGGTGATGGAGCAAAGCTTGTCCGGGATGCATTCCAGCTTGCC
EST: gi|149101526|gb|EE187649.2|EE187649
EST:     CACAGACGAATGCAACGTTTCTTAAATTAGCTGGTCCACAACTTGTGCAG                         ATGTTTATTGGTGATGGAGCAAAGCTTGTCCGGGATGCATTCCAGCTTGCC
genomic: CACAGACGAATGCAACGTTTCTTAAATTAGCTGGTCCACAACTTGTGCAGgtaatcagtt ... gctggttcagATGTTTATTGGTGATGGAGCAAAGCTTGTCCGGGATGCATTCCAGCTTGCC
EST: gi|32932292|gb|CF037104.1|CF037104
EST:     CACAGACGAATGCAACGTTTCTTAAATTAGCTGGTCCACAACTTGTGCAG                         ATGTTTATTGGTGATGGAGCAAAGCTTGTCCGGGATGCATTCCAGCTTGCC
genomic: CACAGACGAATGCAACGTTTCTTAAATTAGCTGGTCCACAACTTGTGCAGgtaatcagtt ... gctggttcagATGTTTATTGGTGATGGAGCAAAGCTTGTCCGGGATGCATTCCAGCTTGCC
EST: gi|60349052|gb|DN216025.1|DN216025
EST:     CACAGACGAATGCAACGTTTCTTAAATTAGCTGGTCCACAACTTGTGCAG                         ATGTTTATTGGTGATGGAGCAAAGCTTGTCCGGGATGCATTCCAGCTTGCC
genomic: CACAGACGAATGCAACGTTTCTTAAATTAGCTGGTCCACAACTTGTGCAGgtaatcagtt ... gctggttcagATGTTTATTGGTGATGGAGCAAAGCTTGTCCGGGATGCATTCCAGCTTGCC
EST: gi|40303137|gb|CK347524.1|CK347524
EST:     CACAGACGAATGCAACGTTTCTTAAATTAGCTGGTCCACAACTTGTGCAG                         ATGTTTATTGGTGATGGAGCAAAGCTTGTCCGGGATGCATTCCAGCTTGCC
genomic: CACAGACGAATGCAACGTTTCTTAAATTAGCTGGTCCACAACTTGTGCAGgtaatcagtt ... gctggttcagATGTTTATTGGTGATGGAGCAAAGCTTGTCCGGGATGCATTCCAGCTTGCC
EST: gi|60399057|gb|DN231873.1|DN231873
EST:     CACAGACGAATGCAACGTTTCTTAAATTAGCTGGTCCACAACTTGTGCAG                         ATGTTTATTGGTGATGGAGCAAAGCTTGTCCGGGATGCATTCCAGCTTGCC
genomic: CACAGACGAATGCAACGTTTCTTAAATTAGCTGGTCCACAACTTGTGCAGgtaatcagtt ... gctggttcagATGTTTATTGGTGATGGAGCAAAGCTTGTCCGGGATGCATTCCAGCTTGCC
EST: gi|149077126|gb|EE165786.2|EE165786
EST:     CACAGACGAATGCAACGTTTCTTAAATTAGCTGGTCCACAACTTGTGCAG                         ATGTTTATTGGTGATGGAGCAAAGCTTGTCCGGGATGCATTCCAGCTTGCC
genomic: CACAGACGAATGCAACGTTTCTTAAATTAGCTGGTCCACAACTTGTGCAGgtaatcagtt ... gctggttcagATGTTTATTGGTGATGGAGCAAAGCTTGTCCGGGATGCATTCCAGCTTGCC
EST: gi|32931353|gb|CF036165.1|CF036165
EST:     CACAGACGAATGCAACGTTTCTTAAATTAGCTGGTCCACAACTTGTGCAG                         ATGTTTATTGGTGATGGAGCAAAGCTTGTCCGGGATGCATTCCAGCTTGCC
genomic: CACAGACGAATGCAACGTTTCTTAAATTAGCTGGTCCACAACTTGTGCAGgtaatcagtt ... gctggttcagATGTTTATTGGTGATGGAGCAAAGCTTGTCCGGGATGCATTCCAGCTTGCC
EST: gi|67010865|gb|CO439614.1|CO439614
EST:     CACAGACGAATGCAACGTTTCTTAAATTAGCTGGTCCACAACTTGTGCAG                         ATGTTTATTGGTGATGGAGCAAAGCTTGTCCGGGATGCATTCCAGCTTGCC
genomic: CACAGACGAATGCAACGTTTCTTAAATTAGCTGGTCCACAACTTGTGCAGgtaatcagtt ... gctggttcagATGTTTATTGGTGATGGAGCAAAGCTTGTCCGGGATGCATTCCAGCTTGCC
EST: gi|60341549|gb|DN208522.1|DN208522
EST:     CACAGACGAATGCAACGTTTCTTAAATTAGCTGGTCCACAACTTGTGCAG                         ATGTTTATTGGTGATGGAGCAAAGCTTGTCCGGGATGCATTCCAGCTTGCC
genomic: CACAGACGAATGCAACGTTTCTTAAATTAGCTGGTCCACAACTTGTGCAGgtaatcagtt ... gctggttcagATGTTTATTGGTGATGGAGCAAAGCTTGTCCGGGATGCATTCCAGCTTGCC
EST: gi|149027737|gb|EE154581.2|EE154581
EST:     CACAGACGAATGCAACGTTTCTTAAATTAGCTGGTCCACAACTTGTGCAG                         ATGTTTATTGGTGATGGAGCAAAGCTTGTCCGGGATGCATTCCAGCTTGCC
genomic: CACAGACGAATGCAACGTTTCTTAAATTAGCTGGTCCACAACTTGTGCAGgtaatcagtt ... gctggttcagATGTTTATTGGTGATGGAGCAAAGCTTGTCCGGGATGCATTCCAGCTTGCC
EST: gi|60398226|gb|DN231042.1|DN231042
EST:     CACAGACGAATGCAACGTTTCTTAAATTAGCTGGTCCACAACTTGTGCAG                         ATGTTTATTGGTGATGGAGCAAAGCTTGTCCGGGATGCATTCCAGCTTGCC
genomic: CACAGACGAATGCAACGTTTCTTAAATTAGCTGGTCCACAACTTGTGCAGgtaatcagtt ... gctggttcagATGTTTATTGGTGATGGAGCAAAGCTTGTCCGGGATGCATTCCAGCTTGCC
EST: gi|22133556|gb|BQ833772.1|BQ833772
EST:     CACAGACGAATGCAACGTTTCTTAAATTAGCTGGTCCACAACTTGTGCAG                         ATGTTTATTGGTGATGGAGCAAAGCTTGTCCGGGATGCATTCCAGCTTGCC
genomic: CACAGACGAATGCAACGTTTCTTAAATTAGCTGGTCCACAACTTGTGCAGgtaatcagtt ... gctggttcagATGTTTATTGGTGATGGAGCAAAGCTTGTCCGGGATGCATTCCAGCTTGCC
EST: gi|148979720|gb|EE026793.2|EE026793
EST:     CACAGACGAATGCAACGTTTCTTAAATTAGCTGGTCCACAACTTGTGCAG                         ATGTTTATTGGTGATGGAGCAAAGCTTGTCCGGGATGCATTCCAGCTTGCC
genomic: CACAGACGAATGCAACGTTTCTTAAATTAGCTGGTCCACAACTTGTGCAGgtaatcagtt ... gctggttcagATGTTTATTGGTGATGGAGCAAAGCTTGTCCGGGATGCATTCCAGCTTGCC
EST: gi|211370090|gb|FL332304.1|FL332304
EST:     CACAGACGAATGCAACGTTTCTTAAATTAGCTGGTCCACAACTTGTGCAG                         ATGTTTATTGGTGATGGAGCAAAGCTTGTCCGGGATGCATTCCAGCTTGCC
genomic: CACAGACGAATGCAACGTTTCTTAAATTAGCTGGTCCACAACTTGTGCAGgtaatcagtt ... gctggttcagATGTTTATTGGTGATGGAGCAAAGCTTGTCCGGGATGCATTCCAGCTTGCC
EST: gi|21809844|gb|BQ668162.1|BQ668162
EST:     CACAGACGAATGCAACGTTTCTTAAATTAGCTGGTCCACAACTTGTGCAG                         ATGTTTATTGGTGATGGAGCAAAGCTTGTCCGGGATGCATTCCAGCTTGCC
genomic: CACAGACGAATGCAACGTTTCTTAAATTAGCTGGTCCACAACTTGTGCAGgtaatcagtt ... gctggttcagATGTTTATTGGTGATGGAGCAAAGCTTGTCCGGGATGCATTCCAGCTTGCC
EST: gi|60340215|gb|DN207188.1|DN207188
EST:     AATGCAACGTTTCTTAAATTAGCTGGTCCACAACTTGTGCAG                         ATGTTTATTGGTGATGGAGCAAAGCTTGTCCGGGATGCATTCCAGCTTGCC
genomic: AATGCAACGTTTCTTAAATTAGCTGGTCCACAACTTGTGCAGgtaatcagtt ... gctggttcagATGTTTATTGGTGATGGAGCAAAGCTTGTCCGGGATGCATTCCAGCTTGCC
EST: gi|211024727|gb|FL157445.1|FL157445
EST:     CCACAACTTGTGCAG                         ATGTTTATTGGTGATGGAGCAAAGCTTGTCCGGGATGCATTCCAGCTTGCC
genomic: CCACAACTTGTGCAGgtaatcagtt ... gctggttcagATGTTTATTGGTGATGGAGCAAAGCTTGTCCGGGATGCATTCCAGCTTGCC
EST: gi|74241693|gb|DT649607.1|DT649607
EST:     TTAGCTGGTCCACAAACTTGTGCAG                         ATGTTTATTGGTGATGGAGCAAAGCTTGTCCGGGATGCATTCCAGCTTGCC
genomic: TTAGCTGGTCCAC-AACTTGTGCAGgtaatcagtt ... gctggttcagATGTTTATTGGTGATGGAGCAAAGCTTGTCCGGGATGCATTCCAGCTTGCC
EST: gi|211467054|gb|FL315144.1|FL315144
EST:     TTTCTTAAATTAGCTGGTCCACAACTTGTGCAG                         ATGTTTATTGGTGATGGAGCAAAGCTTGTCCGGGATGCATTCCAGCTTGCC
genomic: TTTCTTAAATTAGCTGGTCCACAACTTGTGCAGgtaatcagtt ... gctggttcagATGTTTATTGGTGATGGAGCAAAGCTTGTCCGGGATGCATTCCAGCTTGCC
EST: gi|116820064|gb|EC863249.1|EC863249
EST:     CACAGACGAATGCAACGTTTCTTACATTAGCTGGTCCACAACTTGTGCAG                         ATGTTTATTGGTGATGGAGCAAAGCTTGTCCGGGATGCATTCACAGCTTGC
genomic: CACAGACGAATGCAACGTTTCTTAAATTAGCTGGTCCACAACTTGTGCAGgtaatcagtt ... gctggttcagATGTTTATTGGTGATGGAGCAAAGCTTGTCCGGGATGCATTC-CAGCTTGC
EST: gi|149100563|gb|EE186648.2|EE186648
EST:     CACAGACGAATGCAACGTTTCTTAAATTAGCTGGTCCACAACTTGTGCAG                         ATGTTTATTGGTGATGGAGCAAAGCTTGTCCGGGATGCATTCCAGCTTGCA
genomic: CACAGACGAATGCAACGTTTCTTAAATTAGCTGGTCCACAACTTGTGCAGgtaatcagtt ... gctggttcagATGTTTATTGGTGATGGAGCAAAGCTTGTCCGGGATGCATTCCAGCTTGCC
EST: gi|31558076|gb|CD527288.1|CD527288
EST:     AGCTGGTCCACAACTTGTGCAG                         ATGTTTATTGGTGATGGAGCAAAGCTTGTCCGGGATGCATTCCAGCTTGCC
genomic: AGCTGGTCCACAACTTGTGCAGgtaatcagtt ... gctggttcagATGTTTATTGGTGATGGAGCAAAGCTTGTCCGGGATGCATTCCAGCTTGCC
EST: gi|149085415|gb|EE174921.2|EE174921
EST:     CGTTTTTTAAATTAGCTGGTCCACAACTTGTGCAG                         ATGTTTATTGGTGATGGAGCAAAGCTTGTCCGGGATGCATTCCAGCTTGCC
genomic: CGTTTCTTAAATTAGCTGGTCCACAACTTGTGCAGgtaatcagtt ... gctggttcagATGTTTATTGGTGATGGAGCAAAGCTTGTCCGGGATGCATTCCAGCTTGCC
EST: gi|149085416|gb|EE174922.2|EE174922
EST:     ACAGACGAATGCAACGTTTCTTAAATTAGCTGGGTC-ACAACTTGTGCAG                         ATGTTTATTGGTGATGGAGCAAAGCTTGTCCGGGATG
genomic: ACAGACGAATGCAACGTTTCTTAAATTAGCTGG-TCCACAACTTGTGCAGgtaatcagtt ... gctggttcagATGTTTATTGGTGATGGAGCAAAGCTTGTCCGGGATG
EST: gi|149101527|gb|EE187650.2|EE187650
EST:     CACAGACGAATGCAACGTTTCTTAAATTAGCTGGTCCACAACTTGTGCAG                         ATGTTTATTGGTGATGGAGCAAAGCTTG
genomic: CACAGACGAATGCAACGTTTCTTAAATTAGCTGGTCCACAACTTGTGCAGgtaatcagtt ... gctggttcagATGTTTATTGGTGATGGAGCAAAGCTTG
EST: gi|211287069|gb|FL337511.1|FL337511
EST:     CACAGACGAATGCAACGTTTCTTAAATTAGCTGGTCCACAACTTGTGCAG                         ATGTTTATTGGTGATGGAGCAAAGCTTGTCCGGGATGCATTCCAGCTTGCC
genomic: CACAGACGAATGCAACGTTTCTTAAATTAGCTGGTCCACAACTTGTGCAGgtaatcagtt ... gctggttcagATGTTTATTGGTGATGGAGCAAAGCTTGTCCGGGATGCATTCCAGCTTGCC
EST: gi|149100562|gb|EE186647.2|EE186647
EST:     AATGCAACGTTTCTTAAATTAGCTGGTCCACAACTTGTGCAG                         ATGTTTATTGGTGATGGAGCAAAGCTTGTCCGGGATGCATTCCAGCTTGCC
genomic: AATGCAACGTTTCTTAAATTAGCTGGTCCACAACTTGTGCAGgtaatcagtt ... gctggttcagATGTTTATTGGTGATGGAGCAAAGCTTGTCCGGGATGCATTCCAGCTTGCC