Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

TTTGGACTTGCTAAAGATGGCCCTGAGGGTGATAAAACACATGTGTCAACTAGGGTCATGGGAACATATGGATATGCTGCACCTGAATATGTAATGACAGgtgagttgataaattataatattgcttaatctatgttcatattcatagtggatatttcatgtggttgtttattaggtgttctgtaaacatgtcatctggc...

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G028037_T02
intron # 5
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM2G028037_T02 (Zea mays), 5'ss of exon 5
lower sequence: LOC_Os01g40590.1 (Oryza sativa), 5'ss of exon 5
TTTGGACTTGCTAAAGATGGCCCTGAGGGTGATAAAACACATGTGTCAACTAGGGTCATGGGAACATATGGATATGCTGCACCTGAATATGTAATGACAGgtgagttgataaattataatattgcttaatctatgttcatattcatagtggatatttcatgtggttgtttattaggtgttc---tgtaaacatgtcatctggc
|||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||| | ||||||||||| ||||||||||| || || || ||||| ||||||||||||||||| | |||   | ||  ||    |   |   || |  |     ||||| |||   | || | |     | | |     |  ||||||  |     
TTTGGACTAGCTAAAGATGGCCCTGAGGGTGATAAAACACATGTATCTACTCGAGTCATGGGAACTTATGGATATGCAGCTCCGGAGTATGTCATGACAGgtgagttgatca-ttactttgttagttggcttgcttgagtaattttga--aatattgcatcatgctgctgaacctctatccaaacttgcacatgtagtaaaat

upper sequence: GRMZM2G028037_T02 (Zea mays), 5'ss of exon 5
lower sequence: GLYMA08G40770.1 (Glycine max), 5'ss of exon 5
TTTGGACTTGCTAAAGATGGCCCTGAGGGTGATAAAACACATGTGTCAACTAGGGTCATGGGAACATATGGATATGCTGCACCTGAATATGTAATGACAGgtgagttgataaattataatattgcttaatctatgttcata----ttcatagtggatatttcatgtggttgtttattaggtgttctgtaaacatgtcatctggc--
||||||||||| |||||||| || |||||||||||||| |||||||| ||| | || |||||||| ||||| ||||| ||||| |||||||| ||||| ||| |||| |    ||    ||| ||| || | | |||   |    ||    |    |  |   ||  ||  |  || |    |||| |     |  |||||  |  
TTTGGACTTGCAAAAGATGGTCCAGAGGGTGATAAAACCCATGTGTCTACTCGAGTGATGGGAACCTATGGTTATGCAGCACCAGAATATGTCATGACGGgtaagttta---gttg-ggtat-gctaaacccaagtttgcaaggttttgctgctatttatcagtgaagtaatgcatgat-cattctctggtatttccatctcccta

upper sequence: GRMZM2G028037_T02 (Zea mays), 5'ss of exon 5
lower sequence: GLYMA19G02360.1 (Glycine max), 5'ss of exon 4
TTTGGACTTGCTAAAGATGGCCCTGAGGGTGATAAAACACATGTGTCAACTAGGGTCATGGGAACATATGGATATGCTGCACCTGAATATGTAATGACAGgtgagttgataaattataatattgctt---aatctatgttcatattcatagtggatatttcatgtggttgtttattaggt---gttctgtaaacatgtcatctggc
||||||||||| |||||||| |||||||| || || |||||||| || || || || |||||||||||||| |||||||| ||||| ||||| ||||| ||||||||   |   |    |||| |||   ||  | |  |  |  | | | |  |||| | |    |    |   ||| |   ||| | ||||  |  ||      
TTTGGACTTGCCAAAGATGGTCCTGAGGGGGAGAAGACACATGTATCTACAAGAGTTATGGGAACATATGGTTATGCTGCTCCTGAGTATGTGATGACTGgtgagttttgagccttctttattccttttcaacttttaatgtttcttaaacttaatatataactaagactctagatagctaaagttatttaaaatttgca------

upper sequence: GRMZM2G028037_T02 (Zea mays), 5'ss of exon 5
lower sequence: GLYMA09G37580.1 (Glycine max), 5'ss of exon 5
TTTGGACTTGCTAAAGATGGCCCTGAGGGTGATAAAACACATGTGTCAACTAGGGTCATGGGAACATATGGATATGCTGCACCTGAATATGTAATGACAGgtgagttgataaattataatattgcttaatctatgttcatattcatagtggatatttcatgtggttgttta-ttaggtgttctgtaaacatgtcatctggc-
|||||||| || |||||||| ||||| || || || |||||  | ||||| || ||||||||||||||||| ||||| || ||||||||||| ||||| ||||||||      |||   |  || || ||  |  |     ||   |    ||  |||| |   | | ||  ||| |   |||   |   |||    |    
TTTGGACTCGCCAAAGATGGTCCTGAAGGGGAAAAGACACACATATCAACAAGAGTCATGGGAACATATGGTTATGCAGCTCCTGAATATGTGATGACTGgtgagtttcctttttaattttgtgtttcattaacttcagactttgcaac--atgattcaggctctagattgcttatgacatctcggattgtgtacattattg

upper sequence: GRMZM2G028037_T02 (Zea mays), 5'ss of exon 5
lower sequence: GLYMA18G49060.1 (Glycine max), 5'ss of exon 5
TTTGGACTTGCTAAAGATGGCCCTGAGGGTGATAAAACACATGTGTCAACTAGGGTCATGGGAACATATGGATATGCTGCACCTGAATATGTAATGACAGgtgagttgataaattataatattgcttaatctatgttcatattcatagtggatatttcatgtggttgtttatta--ggtgttctgtaaacatgt-catctggc
|||||||| || |||||||| ||||| || || || |||||  | || || || ||||||||||||||||| |||||||| ||||| ||||| ||||| |||||| |      ||||  |  || || || ||  |||| | |  || |  ||  |||| |   | | ||  ||  || ||  || |    |||  || ||  
TTTGGACTCGCCAAAGATGGTCCTGAAGGGGAAAAGACACACATATCTACCAGAGTCATGGGAACATATGGTTATGCTGCTCCTGAGTATGTCATGACTGgtgagattcctttttatttttgtgtttcat-taacttcagacttttactacatggttcaggctctagattgctaatggcgtcttggatttgtgtatatttg--

upper sequence: GRMZM2G028037_T02 (Zea mays), 5'ss of exon 5
lower sequence: GLYMA01G04930.1 (Glycine max), 5'ss of exon 5
TTTGGACTTGCTAAAGATGGCCCTGAGGGTGATAAAACACATGTGTCAACTAGGGTCATGGGAACATATGGATATGCTGCACCTGAATATGTAATGACAGgtgagttgataaattataatattgcttaatctatgttcatattcatagtggatatttcatgtggttgtttat-taggtgttctgtaaacatgtc-atctggc
||||| ||||| |||||||| || || ||||||||||| |||||||| ||| |||| |||||||| ||||| || || ||||| |||||||| ||||||||| |||| |    | |||       || |  | ||    | ||  | ||   |  |||     ||     ||  |  || | | |    || || |||||  
TTTGGTCTTGCCAAAGATGGTCCAGAAGGTGATAAAACCCATGTGTCTACTCGGGTGATGGGAACCTATGGTTACGCAGCACCAGAATATGTCATGACAGgtaagttta-gtttgatatagccagttcaaatctgcatgttttagttgttttttattcggaaagtcacaaatgcatatgctttattgttatttctatctgt-

upper sequence: GRMZM2G028037_T02 (Zea mays), 5'ss of exon 5
lower sequence: GLYMA02G02570.1 (Glycine max), 5'ss of exon 5
TTTGGACTTGCTAAAGATGGCCCTGAGGGTGATAAAACACATGTGTCAACTAGGGTCATGGGAACATATGGATATGCTGCACCTGAATATGTAATGACAGgtgagttgataaattataatattgcttaatctatgttcatattcatagtggatatttcatgtggttgtttat-taggtgttctgtaaacatgtc-atctggc
||||| ||||| |||||||| || || ||||||||||| |||||||| ||| | || |||||||| ||||| ||||| ||||| |||||||| ||||| ||| |||| |    | |||       || |  | ||    | ||  | ||   |  ||      ||     ||     || | |||     | || |||||  
TTTGGTCTTGCCAAAGATGGTCCAGAAGGTGATAAAACCCATGTGTCTACTCGAGTGATGGGAACCTATGGTTATGCAGCACCAGAATATGTCATGACGGgtaagttta-gtttgatatagccagttcaaatctgcatgttttagttgttatttatttggaaagtcacacatgcttatgctttgttgctgtttctatctgt-

upper sequence: GRMZM2G028037_T02 (Zea mays), 5'ss of exon 5
lower sequence: GLYMA18G16300.1 (Glycine max), 5'ss of exon 6
TTTGGACTTGCTAAAGATGGCCCTGAGGGTGATAAAACACATGTGTCAACTAGGGTCATGGGAACATATGGATATGCTGCACCTGAATATGTAATGACAGgtgagttgataaattataatattgcttaatctatgttcatattcatagtggatatttc---atgtggttgtttattag-gtgttctgtaaacatgtcatctggc-
||||||||||| |||||||| || |||||||||||||| |||||||| ||| | || |||||||| ||||| ||||| ||||| |||||||| ||||| ||| ||||  ||  |    ||   ||| | || | |||   |    |||  | |||||     ||  ||  |  || |   |  ||||  | |   | |  |    
TTTGGACTTGCAAAAGATGGTCCAGAGGGTGATAAAACTCATGTGTCTACTCGAGTGATGGGAACCTATGGTTATGCAGCACCAGAATATGTCATGACGGgtaagtt--tagttggctat---gctaagtccaagtttgcaggtttagctgctatttttcagtgaagtaatgcatgatcattctctggtatctgattacatattt

upper sequence: GRMZM2G028037_T02 (Zea mays), 5'ss of exon 5
lower sequence: AT5G15080.1 (Arabidopsis thaliana), 5'ss of exon 5
TTTGGACTTGCTAAAGATGGCCCTGAGGGTGATAAAACACATGTGTCAACTAGGGTCATGGGAACATATGGATATGCTGCACCTGAATATGTAATGACAGgtgagttgataaattataatattgcttaatctatgttcatattcatagtggatatttcatgtggttgtttattaggtgttctgtaaacatgtcatctggc
||||||||||| |||||||  ||||| |  |  ||||| ||||| || |||||||| ||||| |||||||| |||||||| || |||||||||||||| |||||||   |   |  |   ||   ||    |    |   |  |||  |  || ||| |  |  ||||| ||| | |      | ||| ||| |      
TTTGGACTTGCCAAAGATGCTCCTGATGAAGGCAAAACCCATGTTTCTACTAGGGTTATGGGTACATATGGCTATGCTGCTCCCGAATATGTAATGACCGgtgagtcc-tctttggtttcatccattttcttcaacttgaaaacat--tcaatgttt-acatctttgttgatttgcttcctgttgaacttgttaag----

upper sequence: GRMZM2G028037_T02 (Zea mays), 5'ss of exon 5
lower sequence: AT3G28690.1 (Arabidopsis thaliana), 5'ss of exon 4
TTTGGACTTGCTAAAGATGGCCCTGAGGGTGATAAAACACATGTGTCAACTAGGGTCATGGGAACATATGGATATGCTGCACCTGAATATGTAATGACAGgtgagttgataaattataatattgcttaatctatgttcatattcatagtggatatttcatgtggttgtttattaggtgttctgtaaacatgtcatctggc
||||| ||||| |||||||  || || |   | ||| | || || |||||  | ||||||||||| ||||| |||||||| ||||||||||||||||| ||| |||     |  | | |  ||| ||  |   | |||  |||     | ||  |||           |||  || | |  | | |||||          
TTTGGGCTTGCAAAAGATGCTCCAGACGAGAAAAAATCCCACGTATCAACCCGAGTCATGGGAACTTATGGTTATGCTGCCCCTGAATATGTAATGACTGgtaagtcagctatct-tgaacttgttt--ttggttttcgcattatagattgagcttttgaac------ttagaagttttaatatgaacatcag-------

upper sequence: GRMZM2G028037_T02 (Zea mays), 5'ss of exon 5
lower sequence: Vv14s0108g00380.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 5
TTTGGACTTGCTAAAGATGGCCCTGAGGGTGATAAAACACATGTGTCAACTAGGGTCATGGGAACATATGGATATGCTGCACCTGAATATGTAATGACAGgtgagttga--taaattataat-attgcttaatctatgttcatattcatagtggatat-ttcatgtggttgttt--attaggtgttctgtaaacatgtcatctggc
||||||||||| ||||| || || || || ||||| |||||||| || ||| | || ||||| || ||||| ||||| || ||||| ||||| ||||||||||| |  |  |||| | | || | |  ||    ||| ||     |    |||| |||  || ||||     |   |||  |       ||    || ||      
TTTGGACTTGCCAAAGACGGTCCAGAAGGAGATAAGACACATGTATCTACTCGTGTAATGGGCACCTATGGCTATGCAGCCCCTGAGTATGTGATGACAGgtgactacacttaaactctcattactatttttattatttttgacatttctgtggctatgctcttgtgacccatctaattctgctcctcctagttttgcca------

upper sequence: GRMZM2G028037_T02 (Zea mays), 5'ss of exon 5
lower sequence: Vv01s0026g01620.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 5
TTTGGACTTGCTAAAGATGGCCCTGAGGGTGATAAAACACATGTGTCAACTAGGGTCATGGGAACATATGGATATGCTGCACCTGAATATGTAATGACAGgtgagttgataaattataatattgcttaatctatgttcatattcatagtggatatttcatgtggttgtttattaggtgttctgtaaacatgtcatctggc
|||||||||||||||||||| || ||||| ||||| || ||||| || ||  | || |||||||| |||||||||||||| ||||||||||| ||||||||| ||   ||   |  |    || |   ||  |     | |     | |   | ||| | |   |  | |     ||    | ||  |||   |||||| 
TTTGGACTTGCTAAAGATGGTCCCGAGGGAGATAAGACTCATGTATCTACCCGTGTTATGGGAACTTATGGATATGCTGCCCCTGAATATGTGATGACAGgtaagagcatgcgtattcggctttcaatattgagccaaaaaaatgaactctctttttaaagaaatcatattccctgttgattttatccattaaatctggt

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|211372816|gb|FL333609.1|FL333609
EST:     TAGGGTCATGGGAACATATGGATATGCTGCACCTGAATATGTAATGACAG                         GTCACCTGACATCGAAGAGTGACGTATATAGCTTTGGAGTTGTACTACTAG
genomic: TAGGGTCATGGGAACATATGGATATGCTGCACCTGAATATGTAATGACAGgtgagttgat ... tctcgtccagGTCACCTGACATCGAAGAGTGACGTATATAGCTTTGGAGTTGTACTACTAG
EST: gi|32938653|gb|CF043472.1|CF043472
EST:     TAGGGTCATGGGAACATATGGATATGCTGCACCTGAATATGTAATGACAG                         GTCACCTGACATCGAAGAGTGACGTATATAGCTTTGGAGTTGTA
genomic: TAGGGTCATGGGAACATATGGATATGCTGCACCTGAATATGTAATGACAGgtgagttgat ... tctcgtccagGTCACCTGACATCGAAGAGTGACGTATATAGCTTTGGAGTTGTA
EST: gi|32938832|gb|CF043651.1|CF043651
EST:     TAGGGTCATGGGAACATATGGATATGCTGCACCTGAATATGTAATGACAG                         GTCACCTGACATCGAAGAGTGACGTATATAGCTTTGGAGTTGTA
genomic: TAGGGTCATGGGAACATATGGATATGCTGCACCTGAATATGTAATGACAGgtgagttgat ... tctcgtccagGTCACCTGACATCGAAGAGTGACGTATATAGCTTTGGAGTTGTA
EST: gi|71595774|gb|DR906525.1|DR906525
EST:     TAGGGTCATGGGAACATATGGATATGCTGCACCTGAATATGTAATGACAG                         GTCACCTGACATCCAAGAGTGACGTATATAGCTTTGGAGTTGTACTACTAG
genomic: TAGGGTCATGGGAACATATGGATATGCTGCACCTGAATATGTAATGACAGgtgagttgat ... tctcgtccagGTCACCTGACATCGAAGAGTGACGTATATAGCTTTGGAGTTGTACTACTAG
EST: gi|211273746|gb|FL307651.1|FL307651
EST:     TAGGGTCATGGGAACATATGGATATGCTGCACCTGAATATGTAATGACAG                         GTCACCTGACATCGAAGAGTGACGTATATAGCTTTGGAGTTGTACTACTAG
genomic: TAGGGTCATGGGAACATATGGATATGCTGCACCTGAATATGTAATGACAGgtgagttgat ... tctcgtccagGTCACCTGACATCGAAGAGTGACGTATATAGCTTTGGAGTTGTACTACTAG
EST: gi|78543494|gb|DV620992.1|DV620992
EST:     AGGGTCATGGGAACATATGGATATGCTGCACCTGAATATGTAATGACAG                         GTCACCTGACATCGAAGAGTGACGTATATAGCTTTGGAGTTGTACTACTAG
genomic: AGGGTCATGGGAACATATGGATATGCTGCACCTGAATATGTAATGACAGgtgagttgat ... tctcgtccagGTCACCTGACATCGAAGAGTGACGTATATAGCTTTGGAGTTGTACTACTAG
EST: gi|31250281|gb|CD219305.1|CD219305
EST:     GGGTCATGGGAACATATGGATATGCTGCACCTGAATATGTAATGACAG                         GTCACCTGACATCGAAGGGTGACGTATATAGCTTTGGAGTTGTACTACTAG
genomic: GGGTCATGGGAACATATGGATATGCTGCACCTGAATATGTAATGACAGgtgagttgat ... tctcgtccagGTCACCTGACATCGAAGAGTGACGTATATAGCTTTGGAGTTGTACTACTAG
EST: gi|78121793|gb|DV540177.1|DV540177
EST:     TAGGGTCATGGGAACATATGGATATGCTGCACCTGAATATGTAATGACAG                         GTCACCTGACATCGAAGAGTGACGTATATAGCTTTGGAGTTGTACTACTAG
genomic: TAGGGTCATGGGAACATATGGATATGCTGCACCTGAATATGTAATGACAGgtgagttgat ... tctcgtccagGTCACCTGACATCGAAGAGTGACGTATATAGCTTTGGAGTTGTACTACTAG
EST: gi|211110588|gb|FL337469.1|FL337469
EST:     TAGGGTCATGGGAACATATGGATATGCTGCACCTGAATATGTAATGACAG                         GTCACCTGACATCGAAGAGTGACGTATATAGCTTTGGAGTTGTACTACTAG
genomic: TAGGGTCATGGGAACATATGGATATGCTGCACCTGAATATGTAATGACAGgtgagttgat ... tctcgtccagGTCACCTGACATCGAAGAGTGACGTATATAGCTTTGGAGTTGTACTACTAG
EST: gi|211474780|gb|FL319638.1|FL319638
EST:     TAGGGTCATGGGAACATATGGATATGCTGCACCTGAATATGTAATGACAG                         GTCACCTGACATCGAAGAGTGACGTATATAGCTTTGGAGTTGTACTACTAG
genomic: TAGGGTCATGGGAACATATGGATATGCTGCACCTGAATATGTAATGACAGgtgagttgat ... tctcgtccagGTCACCTGACATCGAAGAGTGACGTATATAGCTTTGGAGTTGTACTACTAG
EST: gi|91055058|gb|EB165476.1|EB165476
EST:     AATATGTAATGACAG                         GTCACCTGACATCGAAGAGTGACGTATATAGCTTTGGAGTTGTACTACTAG
genomic: AATATGTAATGACAGgtgagttgat ... tctcgtccagGTCACCTGACATCGAAGAGTGACGTATATAGCTTTGGAGTTGTACTACTAG
EST: gi|148946264|gb|EC891564.2|EC891564
EST:     TAGGGTCATGGGAACATATGGATATGCTGCACCTGAATATGTAATGACAG                         GTCACCTGACATCGAAGAGTGACGTATATAGCTTTGGAGTTGTACTACTAG
genomic: TAGGGTCATGGGAACATATGGATATGCTGCACCTGAATATGTAATGACAGgtgagttgat ... tctcgtccagGTCACCTGACATCGAAGAGTGACGTATATAGCTTTGGAGTTGTACTACTAG
EST: gi|60338070|gb|DN205043.1|DN205043
EST:     AATATGTAATGACAG                         GTCACCTGACATCGAAGAGTGACGTATATAGCTTTGGAGTTGTACTACTAG
genomic: AATATGTAATGACAGgtgagttgat ... tctcgtccagGTCACCTGACATCGAAGAGTGACGTATATAGCTTTGGAGTTGTACTACTAG
EST: gi|76282378|gb|DV021946.1|DV021946
EST:     TGTAATGACAG                         GTCACCTGACATCGAAGAGTGACGTATATAGCTTTGGAGTTGTACTACTAG
genomic: TGTAATGACAGgtgagttgat ... tctcgtccagGTCACCTGACATCGAAGAGTGACGTATATAGCTTTGGAGTTGTACTACTAG

Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
TTTGGACTTGCTAAAGATGGCCCTGAGGGTGATAAAACACATGTGTCAACTAGGGTCATGGGAACATATGGATATGCTGCACCTGAATATGTAATGACAGgtgagttgataaattataatattgcttaatctatgttcatattcatagtggatatttcatgtggttgtttattaggtgttctgtaaacatgtcatctggc

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  ATGCTG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGCTGC