1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' |
TGACATGTAGGCTGATGGCTATGTCACGGTGGAACAAGTTGAAAAGGAATTCTCATGGTCTACTGGGCGTGCGATTGATGCTCTTGAAACTTTGCTCAAGgtaatctgcctcctaagtttccttatgacaatagtatcctgtatgtatcttttctgtgccaaagaaaaaaaaagatatcagttattgttaatacatgtgc...
species | Zea mays |
transcript | GRMZM2G026311_T03 |
intron # | 5 |
splice site | 5' |
intron type | U2 |
EST: TCTCATGGTTTACTGGGCGTGCGATTGATGCTCTTGAAACTTTGCTCAAG GAGGGGCTTGCTATGATCGACGATGGCCACAGGGATGGCAAGCGAAGATATEST: gi|71425708|gb|DR806846.1|DR806846
genomic: TCTCATGGTCTACTGGGCGTGCGATTGATGCTCTTGAAACTTTGCTCAAGgtaatctgcc ... gcttgagcagGAGGGGCTTGCTATGATCGACGATGGCCACAGGGATGGCAAGCGAAGATAT
EST: TCTCATGGTCTACTGGGCGTGCGATTGATGCTCTTGAAACTTTGCTCAAG GAGGGGCTTGCTATGATCGACGATGGCCACAGGGATGGCAAGCGAAGATATEST: gi|71425707|gb|DR806845.1|DR806845
genomic: TCTCATGGTCTACTGGGCGTGCGATTGATGCTCTTGAAACTTTGCTCAAGgtaatctgcc ... gcttgagcagGAGGGGCTTGCTATGATCGACGATGGCCACAGGGATGGCAAGCGAAGATAT
EST: TTTCATGGTTTACTGGGCGTGCGATTGATGTTCTTGAAACTTTGCTCAAG GAGGGGCTTGCTATGATTGACGATGGCCACAGGGATGGCAAGCGAAGATAT
genomic: TCTCATGGTCTACTGGGCGTGCGATTGATGCTCTTGAAACTTTGCTCAAGgtaatctgcc ... gcttgagcagGAGGGGCTTGCTATGATCGACGATGGCCACAGGGATGGCAAGCGAAGATAT
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| TGACATGTAGGCTGATGGCTATGTCACGGTGGAACAAGTTGAAAAGGAATTCTCATGGTCTACTGGGCGTGCGATTGATGCTCTTGAAACTTTGCTCAAGgtaatctgcctcctaagtttccttatgacaatagtatcctgtatgtatcttttctgtgccaaagaaaaaaaaagatatcagttattgttaatacatgtgc
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - aaaaaaaa