1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' | 9 5' 3' | 10 5' 3' |
GTATCGAAGGGCTCAACTTGCTCTTCAAAAGGGTGACGAGGATCTTGCTCGCGAAGCCCTTAAGCGGCGTAAATCATATGCTgtatgtgtcattgatgatgtgtagtacaatgtgcttgttttaggttttcttaccacattgattcgaatagaatttatgttacattatctatgcgacatgttttttttcaacagtctatgctgttgaatcaacatatcaaattgtattgcgtgattgtttgcttag
species | Zea mays |
transcript | GRMZM2G024607_T01 |
intron # | 5 |
splice site | 5' |
intron type | U2 |
EST: GTGACGAGGATCTTGCTCGCGAAGCCCTTAAGCGGCGTAAATCATATGCT GACAATGCAAGCTCCTTAAGGTCCCAGCTTGATCAGCAGAAGGGTGTAGTTEST: gi|149100941|gb|EE187038.2|EE187038
genomic: GTGACGAGGATCTTGCTCGCGAAGCCCTTAAGCGGCGTAAATCATATGCTgtatgtgtca ... gtttgcttagGACAATGCAAGCTCCTTAAGGTCCCAGCTTGATCAGCAGAAGGGTGTAGTT
EST: GTGACGAGGATCTTGCTCGCGAAGCCCTTAAGCGGCGTAAATCATATGCT GACAATGCAAGCTCCTTAAGGTCCCAGCTTGATCAGCAGAAGGGTGTAGTTEST: gi|91871494|gb|EB401451.1|EB401451
genomic: GTGACGAGGATCTTGCTCGCGAAGCCCTTAAGCGGCGTAAATCATATGCTgtatgtgtca ... gtttgcttagGACAATGCAAGCTCCTTAAGGTCCCAGCTTGATCAGCAGAAGGGTGTAGTT
EST: GTGACGAGGATCTTGCTCGCGAAGCCCTTAAGCGGCGTAAATCATATGCT GACAATGCAAGCTCCTTAAGGTCCCAGCTTGATCAGCAGAAGGGTGTAGTTEST: gi|89251929|gb|DY623715.1|DY623715
genomic: GTGACGAGGATCTTGCTCGCGAAGCCCTTAAGCGGCGTAAATCATATGCTgtatgtgtca ... gtttgcttagGACAATGCAAGCTCCTTAAGGTCCCAGCTTGATCAGCAGAAGGGTGTAGTT
EST: GTGACGAGGATCTTGCTCGCGAAGCCCTTAAGCGGCGTAAATCATATGCT GACAATGCAAGCTCCTTAAGGTCCCAGCTTGATCAGCAGAAGGGTGTAGTTEST: gi|93014684|gb|EB640204.1|EB640204
genomic: GTGACGAGGATCTTGCTCGCGAAGCCCTTAAGCGGCGTAAATCATATGCTgtatgtgtca ... gtttgcttagGACAATGCAAGCTCCTTAAGGTCCCAGCTTGATCAGCAGAAGGGTGTAGTT
EST: GTGACGAGGATCTTGCTCGCGAAGCCCTTAAGCGGCGTAAATCATATGCT GACAATGCAAGCTCCTTAAGGCCCCAGCTTGATCCAGCAGAAGGGTGTAGTEST: gi|211378756|gb|FL130666.1|FL130666
genomic: GTGACGAGGATCTTGCTCGCGAAGCCCTTAAGCGGCGTAAATCATATGCTgtatgtgtca ... gtttgcttagGACAATGCAAGCTCCTTAAGGTCCCAGCTTGATC-AGCAGAAGGGTGTAGT
EST: GTGACGAGGATCTTGCTCGCGAAGCCCTTAAGCGGCGTAGATCATATGCT GACTATGCAAGCTCCTTAAGGTCCCAGCTTGATEST: gi|71446757|gb|DR827807.1|DR827807
genomic: GTGACGAGGATCTTGCTCGCGAAGCCCTTAAGCGGCGTAAATCATATGCTgtatgtgtca ... gtttgcttagGACAATGCAAGCTCCTTAAGGTCCCAGCTTGAT
EST: GTGACGAGGATCTTGCTCGCGAAGCCCTTAAGCGGCGTAAATCATATGCT GACAATGCAAGCTCCTTAAGGTCCCAGCTTGATCAGCAGAAGGGTGTAGTTEST: gi|101384477|gb|EB814283.1|EB814283
genomic: GTGACGAGGATCTTGCTCGCGAAGCCCTTAAGCGGCGTAAATCATATGCTgtatgtgtca ... gtttgcttagGACAATGCAAGCTCCTTAAGGTCCCAGCTTGATCAGCAGAAGGGTGTAGTT
EST: GTGACGAGGATCTTGCTCGCGAAGCCCTTAAGCGGCGTAAATCATATGCT GACAATGCAAGCTCCTTAAGGTCCCAGCTTGATCAGCAGAAGGGTGTAGTTEST: gi|10191591|gb|BE761667.1|BE761667
genomic: GTGACGAGGATCTTGCTCGCGAAGCCCTTAAGCGGCGTAAATCATATGCTgtatgtgtca ... gtttgcttagGACAATGCAAGCTCCTTAAGGTCCCAGCTTGATCAGCAGAAGGGTGTAGTT
EST: GTGACGAGGATCTTGCTCGCGAAGCCCTTAAGCGGCGTAAATCATATGCT GACAAAACAAGCTCCTTAAGGTCCCAGCTTGATCAGCAGAAGGGTGTAGTTEST: gi|211542053|gb|FL385952.1|FL385952
genomic: GTGACGAGGATCTTGCTCGCGAAGCCCTTAAGCGGCGTAAATCATATGCTgtatgtgtca ... gtttgcttagGACAATGCAAGCTCCTTAAGGTCCCAGCTTGATCAGCAGAAGGGTGTAGTT
EST: GTGACGAGGATCTTGCTCGCGAAGCCCTTAAGCGGCGTAAATCATATGCT GACAATGCAAGCTCCTTAAGGTCCCAGCTTGATCAGCAGAAGGGTGTAGTT
genomic: GTGACGAGGATCTTGCTCGCGAAGCCCTTAAGCGGCGTAAATCATATGCTgtatgtgtca ... gtttgcttagGACAATGCAAGCTCCTTAAGGTCCCAGCTTGATCAGCAGAAGGGTGTAGTT
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| GTATCGAAGGGCTCAACTTGCTCTTCAAAAGGGTGACGAGGATCTTGCTCGCGAAGCCCTTAAGCGGCGTAAATCATATGCTgtatgtgtcattgatgatgtgtagtacaatgtgcttgttttaggttttcttaccacattgattcgaatagaatttatgttacattatctatgcgacatgttttttttcaacagtctatgctgttgaatcaacatatcaaattgtattgcgtgattgtttgcttag
- - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGGAT