Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

CCTTGAGTATGTGCCGGAGACAGTTCATCGAGTTGTGAAGCATCACAACAAGATGAACCAACGCATGCCACTTATTTATGTGAAGCTGTATATGTACCAGgtaatggtttgtcctgttcctttttgctgttgttttaattataccttaaagcttatgttttgggccctgtttgatgttgaaactaacaaacatatttcatttcgcctaaatattgtctgctccaatgaatgtgctagttctttttcaatatttgatattatattggattttggcag

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G024151_T02
intron # 5
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM2G024151_T01 (Zea mays), 5'ss of exon 5
lower sequence: LOC_Os01g14860.1 (Oryza sativa), 5'ss of exon 5
CCTTGAGTATGTGCCGGAGACAGTTCATCGAGTTGTGAAGCATCACAACAAGATGAACCAACGCATGCCACTTATTTATGTGAAGCTGTATATGTACCAGgtaatggtttgtcctgttcctttttgctgttgttttaattataccttaaagcttatgttttgggccctgtttgatgttgaaactaacaaacatatttcatttcgcctaaatattgtctgctccaatgaatgtgctagttctttttcaatatttgatattatattggattttggcag
 |||||||||||||| || || |||||||| |||||||||||| |||||||||||||||| || ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||  | |||  ||| ||||||||  | |  |||  |     |||    |||||||| ||   |  | |  || || | || ||| | |   |  |||  ||     |  |||  |         ||| || |                                         
TCTTGAGTATGTGCCTGAAACTGTTCATCGTGTTGTGAAGCATTACAACAAGATGAACCAGCGTATGCCACTTATCTATGTGAAGCTGTATATGTACCAGgtaatattctgttatgtacctttttg--gatactttgtt-----cttttgacttatgttgtgtagcaggct--atattcagacaaactagccagtagcataccgagatgactttgaatttagtttgaaatttgttgacag------------------------------------
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|211165156|gb|FL324133.1|FL324133
EST:     AGATGAACCAACGCATGCCACTTATTTATGTGAAGCTGTATATGTACCAG                         ATATGTAGGGCATTGGCTTACATTCATGGCACTATTGGTGTCTGCCACAGA
genomic: AGATGAACCAACGCATGCCACTTATTTATGTGAAGCTGTATATGTACCAGgtaatggttt ... attttggcagATATGTAGGGCATTGGCTTACATTCATGGCACTATTGGTGTCTGCCACAGA
EST: gi|61117965|gb|DN558926.1|DN558926
EST:     AGATGAACCAACGCATGCCACTTATTTATGTGAAGCTGTATATGTACCAG                         ATATGTAGGGCATTGGCTTACATTCATGGCACTATTGGTGTCTGCCACAGA
genomic: AGATGAACCAACGCATGCCACTTATTTATGTGAAGCTGTATATGTACCAGgtaatggttt ... attttggcagATATGTAGGGCATTGGCTTACATTCATGGCACTATTGGTGTCTGCCACAGA
EST: gi|6918384|gb|AW399914.1|AW399914
EST:     AGATGAACCAACGCATGCCACTTATTTATGTGAAGCTGTATATGTACCAG                         ATATGTAGGGCATTGGCTTACATTCATGGCACTATTGGTGTCTGCCACAGA
genomic: AGATGAACCAACGCATGCCACTTATTTATGTGAAGCTGTATATGTACCAGgtaatggttt ... attttggcagATATGTAGGGCATTGGCTTACATTCATGGCACTATTGGTGTCTGCCACAGA
EST: gi|61117964|gb|DN558925.1|DN558925
EST:     AGATGAACCAACGCATGCCACTTATTTATGTGAAGCTGTATATGTACCAG                         ATATGTAGGGCATTGGCTTACATTCATGGCACTATTGGTGTCTGCCACAGA
genomic: AGATGAACCAACGCATGCCACTTATTTATGTGAAGCTGTATATGTACCAGgtaatggttt ... attttggcagATATGTAGGGCATTGGCTTACATTCATGGCACTATTGGTGTCTGCCACAGA
EST: gi|116824535|gb|EC868155.1|EC868155
EST:     GATGAA-CAACGCATGCCACTTATTTATGTGAAGCTGTAT-TGTACCAG                         ATATGTAGGGCATTGGCTTACATTCATGGCACTATTGGTGTCTGCCACAGA
genomic: GATGAACCAACGCATGCCACTTATTTATGTGAAGCTGTATATGTACCAGgtaatggttt ... attttggcagATATGTAGGGCATTGGCTTACATTCATGGCACTATTGGTGTCTGCCACAGA
EST: gi|61117966|gb|DN558927.1|DN558927
EST:     AGATGAACCAACGCATGCCACTTATTTATGTGAAGCTGTATATGTACCAG                         ATATGTAGGGCATTGGCTTACATTCATGGCACTATTGGTGTCTGCCACAGA
genomic: AGATGAACCAACGCATGCCACTTATTTATGTGAAGCTGTATATGTACCAGgtaatggttt ... attttggcagATATGTAGGGCATTGGCTTACATTCATGGCACTATTGGTGTCTGCCACAGA
EST: gi|5928717|gb|AW055934.1|AW055934
EST:     AGATGAACCAACGCATGCCACTTATTTATGTGAAGCTGTATATGTACCAG                         ATATGTAGGGCATTGGCTTACATTCATGGCACTATTGGTGTCTGCCACAGA
genomic: AGATGAACCAACGCATGCCACTTATTTATGTGAAGCTGTATATGTACCAGgtaatggttt ... attttggcagATATGTAGGGCATTGGCTTACATTCATGGCACTATTGGTGTCTGCCACAGA
EST: gi|60349962|gb|DN216935.1|DN216935
EST:     AGATGAACCAACGCATGCCACTTATTTATGTGAAGCTGTATATGTACCAG                         ATATGTAGGGCATTGGCTTACATTCATGGCACTATTGGTGTCTGCCACAGA
genomic: AGATGAACCAACGCATGCCACTTATTTATGTGAAGCTGTATATGTACCAGgtaatggttt ... attttggcagATATGTAGGGCATTGGCTTACATTCATGGCACTATTGGTGTCTGCCACAGA
EST: gi|32863940|gb|CF003622.1|CF003622
EST:     AGATGAACCAACGCATGCCACTTATTTATGTGAAGCTGTATATGTACCAG                         ATATGTAGGGCATTGGCTTACATTCATGGCACTATTGGTGTCTGCCACAGA
genomic: AGATGAACCAACGCATGCCACTTATTTATGTGAAGCTGTATATGTACCAGgtaatggttt ... attttggcagATATGTAGGGCATTGGCTTACATTCATGGCACTATTGGTGTCTGCCACAGA
EST: gi|30087106|gb|CB885314.1|CB885314
EST:     AGATGAACCAACGCATGCCACTTATTTATGTGAAGCTGTATATGTACCAG                         ATATGTAGGGCATTGGCTTACATTCATGGCACTATTGGTGTCTGCCACAGA
genomic: AGATGAACCAACGCATGCCACTTATTTATGTGAAGCTGTATATGTACCAGgtaatggttt ... attttggcagATATGTAGGGCATTGGCTTACATTCATGGCACTATTGGTGTCTGCCACAGA

Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
CCTTGAGTATGTGCCGGAGACAGTTCATCGAGTTGTGAAGCATCACAACAAGATGAACCAACGCATGCCACTTATTTATGTGAAGCTGTATATGTACCAGgtaatggtttgtcctgttcctttttgctgttgttttaattataccttaaagcttatgttttgggccctgtttgatgttgaaactaacaaacatatttcatttcgcctaaatattgtctgctccaatgaatgtgctagttctttttcaatatttgatattatattggattttggcag

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGAAGC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGCTG