1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' |
TTGCGGAAGCCCTAAGACTTATCTTCATTGAGATATTTCTGAAGAAAAAGGGTGTCAAGCTCAACTTGATATCCATGATGTACTATGTTAGCCCTTGCAGgtatgttttctggttcactattctaattagttaacttgaaagtactggcaattgttttaatttcatctgtgatttttcctgcag
species | Zea mays |
transcript | GRMZM2G022793_T01 |
intron # | 5 |
splice site | 5' |
intron type | U2 |
EST: GGTGTCAAGCTCAACTTGATATCCATGATGTACTATGTTAGCCCTTGCAG TGCTGTATGCCTCTTTATTCCCTGGCTGTTCTTAGAGAAGCCAAAGATGGAEST: gi|31359418|gb|CD443775.1|CD443775
genomic: GGTGTCAAGCTCAACTTGATATCCATGATGTACTATGTTAGCCCTTGCAGgtatgttttc ... tttcctgcagTGCTGTATGCCTCTTTATTCCCTGGCTGTTCTTAGAGAAGCCAAAGATGGA
EST: GGTGTCAAGCTCAACTTGATATCCATGATGTACTATGTTAGCCCTTGCAG TGCTGTATGCCTCTTTATTCCCTGGCTGGTCTTAGAGAAGCCAAAGATGGAEST: gi|148949951|gb|EC895462.2|EC895462
genomic: GGTGTCAAGCTCAACTTGATATCCATGATGTACTATGTTAGCCCTTGCAGgtatgttttc ... tttcctgcagTGCTGTATGCCTCTTTATTCCCTGGCTGTTCTTAGAGAAGCCAAAGATGGA
EST: GGTGTCAAGCTCAACTTGATATCCATGATGTACTATGTTAGCCCTTGCAG TGCTGTATGCCTCTTTATTCCCTGGCTGTTCTTAGAGAAGCCAAAGATGGAEST: gi|148958042|gb|EC904220.2|EC904220
genomic: GGTGTCAAGCTCAACTTGATATCCATGATGTACTATGTTAGCCCTTGCAGgtatgttttc ... tttcctgcagTGCTGTATGCCTCTTTATTCCCTGGCTGTTCTTAGAGAAGCCAAAGATGGA
EST: GGTGTCAAGCTCAACTTGATATCCATGATGTACTATGTTAGCCCTTGCAG TGCTGTATGCCTCTTTATTCCCTGGCTGTTCTTAGAGAAGCCAAAGATGGAEST: gi|31351537|gb|CD435894.1|CD435894
genomic: GGTGTCAAGCTCAACTTGATATCCATGATGTACTATGTTAGCCCTTGCAGgtatgttttc ... tttcctgcagTGCTGTATGCCTCTTTATTCCCTGGCTGTTCTTAGAGAAGCCAAAGATGGA
EST: GGTGTCAAGCTCAACTTGATATCCATGATGTACTATGTTAGCCCTTGCAG TGCTGTATGCCTCTTTATTCCCTGGCTGTTCTTAGAGAAGCCAAAGATGGAEST: gi|211234820|gb|FL436043.1|FL436043
genomic: GGTGTCAAGCTCAACTTGATATCCATGATGTACTATGTTAGCCCTTGCAGgtatgttttc ... tttcctgcagTGCTGTATGCCTCTTTATTCCCTGGCTGTTCTTAGAGAAGCCAAAGATGGA
EST: GGTGTCAAGCTCAACTTGATATCCATGATGTACTATGTTAGCCCTTGCAG TGCTGTATGCCTCTTTATTCCCTGGCTGTTCTTAGAGAAGCCAAAGATGGAEST: gi|78078651|gb|DV507063.1|DV507063
genomic: GGTGTCAAGCTCAACTTGATATCCATGATGTACTATGTTAGCCCTTGCAGgtatgttttc ... tttcctgcagTGCTGTATGCCTCTTTATTCCCTGGCTGTTCTTAGAGAAGCCAAAGATGGA
EST: CTCAACTTGATATCCATGATGTACTATGTTAGCCCTTGCAG TGCTGTATGCCTCTTTATTCCCTGGCTGTTCTTAGAGAAGCCAAAGATGGAEST: gi|93012085|gb|EB637605.1|EB637605
genomic: CTCAACTTGATATCCATGATGTACTATGTTAGCCCTTGCAGgtatgttttc ... tttcctgcagTGCTGTATGCCTCTTTATTCCCTGGCTGTTCTTAGAGAAGCCAAAGATGGA
EST: GGTGTCAAGCTCAACTTGATATCCATGATGTACTATGTTAGCCCTTGCAG TGCTGTATGCCTCTTTATTCCCTGGCTGTTCTTAGAGAAGCCAAAGATGGAEST: gi|31352699|gb|CD437056.1|CD437056
genomic: GGTGTCAAGCTCAACTTGATATCCATGATGTACTATGTTAGCCCTTGCAGgtatgttttc ... tttcctgcagTGCTGTATGCCTCTTTATTCCCTGGCTGTTCTTAGAGAAGCCAAAGATGGA
EST: TCCATGATGTACTATGTTAGCCCTTGCAG TGCTGTATGCCTCTTTATTCCCTGGCTGTTCTTAGAGAAGCCAAAGATGGAEST: gi|67023288|gb|CO452037.1|CO452037
genomic: TCCATGATGTACTATGTTAGCCCTTGCAGgtatgttttc ... tttcctgcagTGCTGTATGCCTCTTTATTCCCTGGCTGTTCTTAGAGAAGCCAAAGATGGA
EST: GGTGTCAAGCTCAACTTGATATCCATGATGTACTATGTTAGCCCTTGCAG TGCTGTATGCCTCTTTATTCCCTGGCTGTTCTTAGAGAAGCCAAAGATGGA
genomic: GGTGTCAAGCTCAACTTGATATCCATGATGTACTATGTTAGCCCTTGCAGgtatgttttc ... tttcctgcagTGCTGTATGCCTCTTTATTCCCTGGCTGTTCTTAGAGAAGCCAAAGATGGA
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| TTGCGGAAGCCCTAAGACTTATCTTCATTGAGATATTTCTGAAGAAAAAGGGTGTCAAGCTCAACTTGATATCCATGATGTACTATGTTAGCCCTTGCAGgtatgttttctggttcactattctaattagttaacttgaaagtactggcaattgttttaatttcatctgtgatttttcctgcag
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CAAGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGCTCA