Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

GTTTCTGTCGGCTACTTCATCACTGATCTTGCAATGATCTTCTGGCTGTATCCTTCCCTTGGTGGAATGGAATATgtaggtgacaacttgagaattaaattatgtgcacaagagccaataatcataagttattctgatttaacatgacattttttcagaataagttcacacgtcaccagtttggcaacacgttagaatgttgacaggtggtccctagctggcgttatcttatggttatgtgttgtcatttcag

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G016184_T02
intron # 5
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM2G016184_T02 (Zea mays), 5'ss of exon 5
lower sequence: LOC_Os03g46410.1 (Oryza sativa), 5'ss of exon 5
GTTTCTGTCGGCTACTTCATCACTGATCTTGCAATGATCTTCTGGCTGTATCCTTCCCTTGGTGGAATGGAATATgtaggtg---acaacttgagaat-taaattat-gtgcacaagagccaataatcataagttattctgatttaacatgacattttttcagaataagttcacacgtcaccagtttggcaacacgttagaatgttgacaggtggtccctagctggcgttatcttatggttatgtgttgtcatttcag
|||||||| |||||||||||| |||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||| |||   |  | |||   || || | |||  |  |  |     | |  | || | |||   | | ||||  | |  |||  |   |||||| |||  ||  |  | ||||||| || ||||||  |||   |||| || ||| | | ||  |||||||| ||| | | ||||  || |||
GTTTCTGTGGGCTACTTCATCGCTGACCTTGCAATGATCTTCTGGTTGTATCCTTCCCTTGGTGGAATGGAATACgtatgtgttcagcatttgtctatatatactattataaattaagttaattgctaatgaattaggtttagttaaattta-gtttggtttcaataagctcatgcgata--attttggcagcatgttagacagtt---aggtagtgcctggttagcaatatcttattgttgtatattgtt-ttgcag
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|211179443|gb|FL364371.1|FL364371
EST:     TCTTGCAATGATCTTCTGGCTGTATCTTTCCCTTGGTGGAAATG-AATAT                         GTCCTCCACCATACTGTTTTCCTGGTTGCAATAGCT-ACACAATGTTGTC
genomic: TCTTGCAATGATCTTCTGGCTGTATCCTTCCCTTGGTGGAA-TGGAATATgtaggtgaca ... gtcatttcagGTCCTCCACCATACTGTTTCCCTGGTTGCAATAGCTTACACAATGTTGTC
EST: gi|86474267|gb|DY240637.1|DY240637
EST:     ATCTTGCAATGATCTTCTGGCTGTATCCTTCCCTTGGTGGAATGGAATAT                         GTCCTCCACCATACTGTTTCCCTGGTTGCAATAGCTTACACAATGTTGTCT
genomic: ATCTTGCAATGATCTTCTGGCTGTATCCTTCCCTTGGTGGAATGGAATATgtaggtgaca ... gtcatttcagGTCCTCCACCATACTGTTTCCCTGGTTGCAATAGCTTACACAATGTTGTCT
EST: gi|60400317|gb|DN233124.1|DN233124
EST:     ATCTTGCAATGATCTTCTGGCTGTATCCTTCCCTTGGTGGAATGGAATAT                         GTCCTCCACCATACTGTTTCCCTGGTTGCAATAGCTTACACAATGTTGTCT
genomic: ATCTTGCAATGATCTTCTGGCTGTATCCTTCCCTTGGTGGAATGGAATATgtaggtgaca ... gtcatttcagGTCCTCCACCATACTGTTTCCCTGGTTGCAATAGCTTACACAATGTTGTCT
EST: gi|211286255|gb|FL063748.1|FL063748
EST:     ATCTTGCAATGATCTTCTGGCTGTATCCTTCCCTTGGTGGAATGGAATAT                         GTCCTCCACCATACTGTTTCCCTGGTTGCAATAGCTTACACAATGTTGTCT
genomic: ATCTTGCAATGATCTTCTGGCTGTATCCTTCCCTTGGTGGAATGGAATATgtaggtgaca ... gtcatttcagGTCCTCCACCATACTGTTTCCCTGGTTGCAATAGCTTACACAATGTTGTCT
EST: gi|44681921|gb|CK786969.1|CK786969
EST:     ATCTTGCAATGATCTTCTGGCTGCATCCTTCCCTTGGGGGAATGGAATAT                         GTCCTCCACCATACTGTTTCCCTGGGTTGCAATAGCCTTACACAATGGTTG
genomic: ATCTTGCAATGATCTTCTGGCTGTATCCTTCCCTTGGTGGAATGGAATATgtaggtgaca ... gtcatttcagGTCCTCCACCATACTGTTTCCCTGG-TTGCAATAGC-TTACACAATG-TTG
EST: gi|76293603|gb|DV033171.1|DV033171
EST:     ATCTTGCAATGATCTTCTGGCTGTATCCTTCCCTTGGTGGAATGGAATAT                         GTCCTCCACCATACTGTTTCCCTGGTTGCAATAGCTTACACAATGTTGTCT
genomic: ATCTTGCAATGATCTTCTGGCTGTATCCTTCCCTTGGTGGAATGGAATATgtaggtgaca ... gtcatttcagGTCCTCCACCATACTGTTTCCCTGGTTGCAATAGCTTACACAATGTTGTCT
EST: gi|148947020|gb|EC892317.2|EC892317
EST:     ATCTTGCAATGATCTTCTGGCTGTATCCTTCCCTTGGTGGAATGGAATAT                         GTCCTCCACCATACTGTTTCCCTGGTTGCAATAGCTTACACAATGTTGTCT
genomic: ATCTTGCAATGATCTTCTGGCTGTATCCTTCCCTTGGTGGAATGGAATATgtaggtgaca ... gtcatttcagGTCCTCCACCATACTGTTTCCCTGGTTGCAATAGCTTACACAATGTTGTCT
EST: gi|76286797|gb|DV026365.1|DV026365
EST:     ATCTTGCAATGATCTTCTGGCTGTATCCTTCCCTTGGTGGAATGGAATAT                         GTCCTCCACCATACTGTTTCCCTGGTTGCAATAGCTTACACAATGTTGTCT
genomic: ATCTTGCAATGATCTTCTGGCTGTATCCTTCCCTTGGTGGAATGGAATATgtaggtgaca ... gtcatttcagGTCCTCCACCATACTGTTTCCCTGGTTGCAATAGCTTACACAATGTTGTCT
EST: gi|67030326|gb|CO459075.1|CO459075
EST:     ATCTTGCAATGATCTTCTGGCTGTATCCTTCCCTTGGTGGAATGGAATAT                         GTCCTCCACCATACTGTTTCCCTGGTTGCAATAGCTTACACAATGTTGTCT
genomic: ATCTTGCAATGATCTTCTGGCTGTATCCTTCCCTTGGTGGAATGGAATATgtaggtgaca ... gtcatttcagGTCCTCCACCATACTGTTTCCCTGGTTGCAATAGCTTACACAATGTTGTCT
EST: gi|148947019|gb|EC892316.2|EC892316
EST:     ATCTTGCAATGATCTTCTGGCTGTATCCTTCCCTTGGTGGAATGGAATAT                         GTCCTCCACCATACTGTTTCCCTGGTTGCAATAGCTTACACAATGTTGTCT
genomic: ATCTTGCAATGATCTTCTGGCTGTATCCTTCCCTTGGTGGAATGGAATATgtaggtgaca ... gtcatttcagGTCCTCCACCATACTGTTTCCCTGGTTGCAATAGCTTACACAATGTTGTCT
EST: gi|50322746|gb|CO517872.1|CO517872
EST:     ATCTTGCAATGATCTTCTGGCTGTATCCTTCCCTTGGTGGAATGGAATAT                         GTCCTCCACCATACTGTTTCCCTGGTTGCAATAGCTTACACAATGTTGTCT
genomic: ATCTTGCAATGATCTTCTGGCTGTATCCTTCCCTTGGTGGAATGGAATATgtaggtgaca ... gtcatttcagGTCCTCCACCATACTGTTTCCCTGGTTGCAATAGCTTACACAATGTTGTCT
EST: gi|50338098|gb|CO533224.1|CO533224
EST:     ATCTTGCAATGATCTTCTGGCTGTATCCTTCCCTTGGTGGAATGGAATAT                         GTCCTCCACCATACTGTTTCCCTGGTTGCAATAGCTTACACAATGTTGTCT
genomic: ATCTTGCAATGATCTTCTGGCTGTATCCTTCCCTTGGTGGAATGGAATATgtaggtgaca ... gtcatttcagGTCCTCCACCATACTGTTTCCCTGGTTGCAATAGCTTACACAATGTTGTCT
EST: gi|148953653|gb|EC899012.2|EC899012
EST:     ATCTTGCAATGATCTTCTGGCTGTATCCTTCCCTTGGTGGAATGGAATAT                         GTCCTCCACCATACTGTTTCCCTGGTTGCAATAGCTTACACAATGTTGTCT
genomic: ATCTTGCAATGATCTTCTGGCTGTATCCTTCCCTTGGTGGAATGGAATATgtaggtgaca ... gtcatttcagGTCCTCCACCATACTGTTTCCCTGGTTGCAATAGCTTACACAATGTTGTCT
EST: gi|83278187|gb|DV942195.1|DV942195
EST:     ATCTTGCAATGATCTTCTGGCTGTATCCTTCCCTTGGTGGAATGGAATAT                         GTCCTCCACCATACTGTTTCCCTGGTTGCAATAGCTTACACAATGTTGTCT
genomic: ATCTTGCAATGATCTTCTGGCTGTATCCTTCCCTTGGTGGAATGGAATATgtaggtgaca ... gtcatttcagGTCCTCCACCATACTGTTTCCCTGGTTGCAATAGCTTACACAATGTTGTCT
EST: gi|67017667|gb|CO446416.1|CO446416
EST:     ATCTTGCAATGATCTTCTGGCTGTATCCTTCCCTTGGTGGAATGGAATAT                         GTCCTCCACCATACTGTTTCCCTGGTTGCAATAGCTTACACAATGTTGTCT
genomic: ATCTTGCAATGATCTTCTGGCTGTATCCTTCCCTTGGTGGAATGGAATATgtaggtgaca ... gtcatttcagGTCCTCCACCATACTGTTTCCCTGGTTGCAATAGCTTACACAATGTTGTCT
EST: gi|76280960|gb|DV020528.1|DV020528
EST:     ATCTTGCAATGATCTTCTGGCTGTATCCTTCCCTTGGTGGAATGGAATAT                         GTCCTCCACCATACTGTTTCCCTGGTTGCAATAGCTTACACAATGTTGTCT
genomic: ATCTTGCAATGATCTTCTGGCTGTATCCTTCCCTTGGTGGAATGGAATATgtaggtgaca ... gtcatttcagGTCCTCCACCATACTGTTTCCCTGGTTGCAATAGCTTACACAATGTTGTCT

Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
GTTTCTGTCGGCTACTTCATCACTGATCTTGCAATGATCTTCTGGCTGTATCCTTCCCTTGGTGGAATGGAATATgtaggtgacaacttgagaattaaattatgtgcacaagagccaataatcataagttattctgatttaacatgacattttttcagaataagttcacacgtcaccagtttggcaacacgttagaatgttgacaggtggtccctagctggcgttatcttatggttatgtgttgtcatttcag

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  TGGTGG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGTGGA