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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

ATTGATTTTTGCAAAGACATCGGTCTTCAGTCTAGTGCTGCTGTAACAAGAAATGCTACTATAAAACTAATTGGGATGCTACATAAGTTTGTGGGCCCAGgtcatcttttcttcttattttaacatgctacgatagttgccaggtcatgttcttgaaataatccatcttgcag

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G009849_T02
intron # 5
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM2G009849_T01 (Zea mays), 5'ss of exon 5
lower sequence: LOC_Os01g60040.2 (Oryza sativa), 5'ss of exon 23
ATTGATTTTTGCAAAGACATCGGTCTTCAGTCTAGTGCTGCTGTAACAAGAAATGCTACTATAAAACTAATTGGGATGCTACATAAGTTTGTGGGCCCAGgtcatcttttc--ttcttattttaacatgctac--gatagttgcca------ggtcat---gttcttgaaataatccatcttgcag
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ATCGATTTCTGCAAAGACATTGGTCTGCAGTCTAGTGCTGCTGCAACGAGAAATGCAACTATCAAACTAATTGGGGTTCTGCACAAGTTTGTCGGACCAGgttctttgctcatttctcaatttaa-atgttgcttgataaatgccaatgcttgattatattgttactgagataaaccttcctgcag
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|19350672|gb|BM895204.1|BM895204
EST:     AAATGCTACTATAAAACTAATTGGGATGCTACATAAGTTTGTGGGCCCAG                         ATATTAAAGGCTTTTTAAGTGATGTTAAACCAGCACTTCTAAGTGCCCTGG
genomic: AAATGCTACTATAAAACTAATTGGGATGCTACATAAGTTTGTGGGCCCAGgtcatctttt ... catcttgcagATATTAAAGGCTTTTTAAGTGATGTTAAACCAGCACTTCTAAGTGCCCTGG