1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' |
GTATAATGCAACCGTTGAAGCTTTGACACCAAATGGATACTATGTAGCCTACGATGGCTGGGGAAACAGTGAAGAGgtatgctccttttttctgaaagtaatatatttttcttttaaaaatagagttggtatattcatacaacagctacttcaggtgcacaatacagaattgtttc...
species | Zea mays |
transcript | GRMZM2G005737_T02 |
intron # | 5 |
splice site | 5' |
intron type | U2 |
EST: CACCAAATGGATACTATGTAGCCTACGATGGCTGGGGAAACAGTGAAGAG GTGGACCCAGATAATGTGAGGCTGCTTGAGGAAGAAGCAGCTGATGCCTTGEST: gi|148939314|gb|EC883829.2|EC883829
genomic: CACCAAATGGATACTATGTAGCCTACGATGGCTGGGGAAACAGTGAAGAGgtatgctcct ... ccttgtatagGTGGACCCAGATAATGTGAGGCTGCTTGAGGAAGAAGCAGCTGATGCCTTG
EST: CACCAAATGGATACTATGTAGCCTACGATGGCTGGGGAAACAGTGAAGAG GTGGACCCAGATAATGTGAGGCTGCTTGAGGAAGAAGCAGCTGATGCCTTGEST: gi|93282956|gb|EB675220.1|EB675220
genomic: CACCAAATGGATACTATGTAGCCTACGATGGCTGGGGAAACAGTGAAGAGgtatgctcct ... ccttgtatagGTGGACCCAGATAATGTGAGGCTGCTTGAGGAAGAAGCAGCTGATGCCTTG
EST: CACCAAATGGATACTATGTAGCCTACGATGGCTGGGGAAACAGTGAAGAG GTGGACCCAGATAATGTGAGGCTGCTTGAGGAAGAAGCAGCTGATGCCTTGEST: gi|78075367|gb|DV503801.1|DV503801
genomic: CACCAAATGGATACTATGTAGCCTACGATGGCTGGGGAAACAGTGAAGAGgtatgctcct ... ccttgtatagGTGGACCCAGATAATGTGAGGCTGCTTGAGGAAGAAGCAGCTGATGCCTTG
EST: CACCAAATGGATACTATGTAGCCTACGATGGCTGGGGAAACAGTGAAGAG GTGGACCCAGATAATGTGAGGCTGCTTGAGGAAGAAGCAGCTGATGCCTTGEST: gi|31357633|gb|CD441990.1|CD441990
genomic: CACCAAATGGATACTATGTAGCCTACGATGGCTGGGGAAACAGTGAAGAGgtatgctcct ... ccttgtatagGTGGACCCAGATAATGTGAGGCTGCTTGAGGAAGAAGCAGCTGATGCCTTG
EST: CACCAAATGGATACTATGTAGCCTACGATGGCTGGGGAAACAGTGAAGAG GTGGACCCAGATAATGTGAGGCTGCTTGAGGAAGAAGCAGCTGATGCCTTG
genomic: CACCAAATGGATACTATGTAGCCTACGATGGCTGGGGAAACAGTGAAGAGgtatgctcct ... ccttgtatagGTGGACCCAGATAATGTGAGGCTGCTTGAGGAAGAAGCAGCTGATGCCTTG
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| GTATAATGCAACCGTTGAAGCTTTGACACCAAATGGATACTATGTAGCCTACGATGGCTGGGGAAACAGTGAAGAGgtatgctccttttttctgaaagtaatatatttttcttttaaaaatagagttggtatattcatacaacagctacttcaggtgcacaatacagaattgtttc
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGAAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -gaaagtaa
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -aaaaatag