Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

GTATAATGCAACCGTTGAAGCTTTGACACCAAATGGATACTATGTAGCCTACGATGGCTGGGGAAACAGTGAAGAGgtatgctccttttttctgaaagtaatatatttttcttttaaaaatagagttggtatattcatacaacagctacttcaggtgcacaatacagaattgtttc...

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G005737_T01
intron # 5
splice site 5'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|113701598|gb|EE679102.1|EE679102
EST:     CACCAAATGGATACTATGTAGCCTACGATGGCTGGGGAAACAGTGAAGAG                         GTGGACCCAGATAATGTGAGGCTGCTTGAGGAAGAAGCAGCTGATGCCTTG
genomic: CACCAAATGGATACTATGTAGCCTACGATGGCTGGGGAAACAGTGAAGAGgtatgctcct ... ccttgtatagGTGGACCCAGATAATGTGAGGCTGCTTGAGGAAGAAGCAGCTGATGCCTTG
EST: gi|60399699|gb|DN232509.1|DN232509
EST:     CACCAAATGGATACTATGTAGCCTACGATGGCTGGGGAAACAGTGAAGAG                         GTGGACCCAGATAATGTGAGGCTGCTTGAGGAAGAAGCAGCTGATGCCTTG
genomic: CACCAAATGGATACTATGTAGCCTACGATGGCTGGGGAAACAGTGAAGAGgtatgctcct ... ccttgtatagGTGGACCCAGATAATGTGAGGCTGCTTGAGGAAGAAGCAGCTGATGCCTTG
EST: gi|71449332|gb|DR830382.1|DR830382
EST:     CACCAAATGGATACTATGTAGCCTACGATGGCTGGGGAAACAGTGAAGAG                         GTGGACCCAGATAATGTGAGGCTGCTTGAGGAAGAAGCAGCTGATGCCTTG
genomic: CACCAAATGGATACTATGTAGCCTACGATGGCTGGGGAAACAGTGAAGAGgtatgctcct ... ccttgtatagGTGGACCCAGATAATGTGAGGCTGCTTGAGGAAGAAGCAGCTGATGCCTTG
EST: gi|44900308|gb|CK826853.1|CK826853
EST:     CACCAAATGGATACTATGTAGCCTACGATGGCTGGGGAAACAGTGAAGAG                         GTGGACCCAGATAATGTGAGGCTGCTTGAGGAAGAAGCAGCTGATGCCTTG
genomic: CACCAAATGGATACTATGTAGCCTACGATGGCTGGGGAAACAGTGAAGAGgtatgctcct ... ccttgtatagGTGGACCCAGATAATGTGAGGCTGCTTGAGGAAGAAGCAGCTGATGCCTTG
EST: gi|148939314|gb|EC883829.2|EC883829
EST:     CACCAAATGGATACTATGTAGCCTACGATGGCTGGGGAAACAGTGAAGAG                         GTGGACCCAGATAATGTGAGGCTGCTTGAGGAAGAAGCAGCTGATGCCTTG
genomic: CACCAAATGGATACTATGTAGCCTACGATGGCTGGGGAAACAGTGAAGAGgtatgctcct ... ccttgtatagGTGGACCCAGATAATGTGAGGCTGCTTGAGGAAGAAGCAGCTGATGCCTTG
EST: gi|93282956|gb|EB675220.1|EB675220
EST:     CACCAAATGGATACTATGTAGCCTACGATGGCTGGGGAAACAGTGAAGAG                         GTGGACCCAGATAATGTGAGGCTGCTTGAGGAAGAAGCAGCTGATGCCTTG
genomic: CACCAAATGGATACTATGTAGCCTACGATGGCTGGGGAAACAGTGAAGAGgtatgctcct ... ccttgtatagGTGGACCCAGATAATGTGAGGCTGCTTGAGGAAGAAGCAGCTGATGCCTTG
EST: gi|60398835|gb|DN231651.1|DN231651
EST:     CACCAAATGGATACTATGTAGCCTACGATGGCTGGGGAAACAGTGAAGAG                         GTGGACCCAGATAATGTGAGGCTGCTTGAGGAAGAAGCAGCTGATGCCTTG
genomic: CACCAAATGGATACTATGTAGCCTACGATGGCTGGGGAAACAGTGAAGAGgtatgctcct ... ccttgtatagGTGGACCCAGATAATGTGAGGCTGCTTGAGGAAGAAGCAGCTGATGCCTTG
EST: gi|31357633|gb|CD441990.1|CD441990
EST:     CACCAAATGGATACTATGTAGCCTACGATGGCTGGGGAAACAGTGAAGAG                         GTGGACCCAGATAATGTGAGGCTGCTTGAGGAAGAAGCAGCTGATGCCTTG
genomic: CACCAAATGGATACTATGTAGCCTACGATGGCTGGGGAAACAGTGAAGAGgtatgctcct ... ccttgtatagGTGGACCCAGATAATGTGAGGCTGCTTGAGGAAGAAGCAGCTGATGCCTTG
EST: gi|67018352|gb|CO447101.1|CO447101
EST:     CACCAAATGGATACTATGTAGCCTACGATGGCTGGGGAAACAGTGAAGAG                         GTGGACCCAGATAATGTGAGGCTGCTTGAGGAAGAAGCAGCTGATGCCTTG
genomic: CACCAAATGGATACTATGTAGCCTACGATGGCTGGGGAAACAGTGAAGAGgtatgctcct ... ccttgtatagGTGGACCCAGATAATGTGAGGCTGCTTGAGGAAGAAGCAGCTGATGCCTTG
EST: gi|78075367|gb|DV503801.1|DV503801
EST:     CACCAAATGGATACTATGTAGCCTACGATGGCTGGGGAAACAGTGAAGAG                         GTGGACCCAGATAATGTGAGGCTGCTTGAGGAAGAAGCAGCTGATGCCTTG
genomic: CACCAAATGGATACTATGTAGCCTACGATGGCTGGGGAAACAGTGAAGAGgtatgctcct ... ccttgtatagGTGGACCCAGATAATGTGAGGCTGCTTGAGGAAGAAGCAGCTGATGCCTTG
EST: gi|211538727|gb|FL481468.1|FL481468
EST:     TACTATGTAGCCTACGATGCCTGGGGAAACAGTGAAGAG                         GTGGACCCAGATAATGTGAGGCTGC-TGAGGGAAGAAGCAGCTGATG-CTT
genomic: TACTATGTAGCCTACGATGGCTGGGGAAACAGTGAAGAGgtatgctcct ... ccttgtatagGTGGACCCAGATAATGTGAGGCTGCTTGA-GGAAGAAGCAGCTGATGCCTT
EST: gi|60348776|gb|DN215749.1|DN215749
EST:     CACCAAATGGATACTATGTAGCTTACGATGGCTGGGGAAACAGTGAAGAG                         GTGGACCCAGATAATGTGAGGCTGCTTGAGGAAGAAGCAGCTGATGCCTTG
genomic: CACCAAATGGATACTATGTAGCCTACGATGGCTGGGGAAACAGTGAAGAGgtatgctcct ... ccttgtatagGTGGACCCAGATAATGTGAGGCTGCTTGAGGAAGAAGCAGCTGATGCCTTG
EST: gi|24765200|gb|CA400359.1|CA400359
EST:     CACCAAATGGATACTATGTAGCCTACGATGGCTGGGGAAACAGTGAAGAG                         GTGGACCCAGATAATGTGAGGCTGCTTGAGGAAGAAGCAGCTGATGCCTTG
genomic: CACCAAATGGATACTATGTAGCCTACGATGGCTGGGGAAACAGTGAAGAGgtatgctcct ... ccttgtatagGTGGACCCAGATAATGTGAGGCTGCTTGAGGAAGAAGCAGCTGATGCCTTG
EST: gi|60394898|gb|DN227767.1|DN227767
EST:     CACCAAATGGATACTATGTAGCCTACGATGGCTGGGGAAACAGTGAAGAG                         GTGGACCCAGATAATGTGAGGCTGCTTGAGGAAGAAGCAGCTGATGCCTTG
genomic: CACCAAATGGATACTATGTAGCCTACGATGGCTGGGGAAACAGTGAAGAGgtatgctcct ... ccttgtatagGTGGACCCAGATAATGTGAGGCTGCTTGAGGAAGAAGCAGCTGATGCCTTG
EST: gi|113704163|gb|EE681667.1|EE681667
EST:     CACCAAATGGATACTATGTAGCCTACGATGGCTGGGGAAACAGTGAAGAG                         GTGGACCCAGATAATGTGAGGCTGCTTGAGGAAGAAGCAGCTGATGCCTTG
genomic: CACCAAATGGATACTATGTAGCCTACGATGGCTGGGGAAACAGTGAAGAGgtatgctcct ... ccttgtatagGTGGACCCAGATAATGTGAGGCTGCTTGAGGAAGAAGCAGCTGATGCCTTG

Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
GTATAATGCAACCGTTGAAGCTTTGACACCAAATGGATACTATGTAGCCTACGATGGCTGGGGAAACAGTGAAGAGgtatgctccttttttctgaaagtaatatatttttcttttaaaaatagagttggtatattcatacaacagctacttcaggtgcacaatacagaattgtttc

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  TGAAGA