Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

GCAGCTGCGACAGCATCGGCACTGCCAACACCAATTGCCAATGCCTTCGCGTCCAGCCATCCTTTGAGCACCATGGCAGTCGAGTCGCCACTAGAGTCTGgtatgtgttgcgggggaggagcacgttcgttggtcacttcggtaaaccaaaccatatctcaaatgttactgatcaatgtgattccttggccgttgacag

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G003424_T01
intron # 5
splice site 5'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|211500619|gb|FL214005.1|FL214005
EST:     GTCCAGCCATCCTTTGAGCACCATGGCAGTCGAGTCGCCACTAGAGTCTG                         GAGAGCAGCTCAAGCTGAGCAGTGGGTTTGCTCTGGATGGGAAGCTCAACG
genomic: GTCCAGCCATCCTTTGAGCACCATGGCAGTCGAGTCGCCACTAGAGTCTGgtatgtgttg ... ccgttgacagGAGAGCAGCTCAAGCTGAGCAGTGGGTTTGCTCTGGATGGGAAGCTCAACG
EST: gi|101390215|gb|EB817041.1|EB817041
EST:     CATCCTTTGAGCACCATGGCAGTCGAGTCGCCACTAGAGTCTG                         GAGAGCAGCTCAAGCTGAGCAGTGGGTTTGCTCTGGATGGGAAGCTCAACG
genomic: CATCCTTTGAGCACCATGGCAGTCGAGTCGCCACTAGAGTCTGgtatgtgttg ... ccgttgacagGAGAGCAGCTCAAGCTGAGCAGTGGGTTTGCTCTGGATGGGAAGCTCAACG
EST: gi|211500615|gb|FL214001.1|FL214001
EST:     GTCCAGCCATCCTTTGAGCACCATGGCAGTCGAGTCGCCACTAGAGTCTG                         GAGAGCAGCTCAAGCTGAGCAGNGGGTTTGCTCTGGATGGGAAGCTCA
genomic: GTCCAGCCATCCTTTGAGCACCATGGCAGTCGAGTCGCCACTAGAGTCTGgtatgtgttg ... ccgttgacagGAGAGCAGCTCAAGCTGAGCAGTGGGTTTGCTCTGGATGGGAAGCTCA
EST: gi|211500618|gb|FL214004.1|FL214004
EST:     GTCCAGCCATCCTTTGAGCACCATGGCAGTCGAGTCGCCACTAGAGTCTG                         GAGAGCAGCTCAAGCTGAGCAGTGGGTTTGCTCTGGATGGGAAGCTCAACG
genomic: GTCCAGCCATCCTTTGAGCACCATGGCAGTCGAGTCGCCACTAGAGTCTGgtatgtgttg ... ccgttgacagGAGAGCAGCTCAAGCTGAGCAGTGGGTTTGCTCTGGATGGGAAGCTCAACG
EST: gi|149015221|gb|EE045006.2|EE045006
EST:     GTCCAGCCATCCTTTGAGCACCATGGCAGTCGAGTCGCCACTAGAGTCTG                         GAGAGCAGCTCCAGCTGAGCAGTGGGTTTGCTCTGGATGGGAAG
genomic: GTCCAGCCATCCTTTGAGCACCATGGCAGTCGAGTCGCCACTAGAGTCTGgtatgtgttg ... ccgttgacagGAGAGCAGCTCAAGCTGAGCAGTGGGTTTGCTCTGGATGGGAAG
EST: gi|71757084|gb|DR955021.1|DR955021
EST:     GTCCAGCCATCCTTTGAGCACCATGGCAGTCGAGTCGCCACTAGAGTCTG                         GAGAGCAGCTCAAGCTGAGCAGTGCGTTTGCTCTGGATGGGA
genomic: GTCCAGCCATCCTTTGAGCACCATGGCAGTCGAGTCGCCACTAGAGTCTGgtatgtgttg ... ccgttgacagGAGAGCAGCTCAAGCTGAGCAGTGGGTTTGCTCTGGATGGGA
EST: gi|87156061|gb|DY400850.1|DY400850
EST:     GTCCAGCCATCCTTTGAGCACCATGGCAGTCGAGTCGCCACTAGAGTCCG                         GAGAGCAGCTCAAGCTGAGCAGTGGGTTTGCTCTGGAGGGGAAGCTCAACG
genomic: GTCCAGCCATCCTTTGAGCACCATGGCAGTCGAGTCGCCACTAGAGTCTGgtatgtgttg ... ccgttgacagGAGAGCAGCTCAAGCTGAGCAGTGGGTTTGCTCTGGATGGGAAGCTCAACG
EST: gi|211500616|gb|FL214002.1|FL214002
EST:     GTCCAGCCATCCTTTGAGCACCATGGCAGTCGAGTCGCCACTAGAGTCTG                         GAGAGCAGCTCAAGCTGAGCAGTGGGTTTGCTCTGGATGGGAAAGCTCAAC
genomic: GTCCAGCCATCCTTTGAGCACCATGGCAGTCGAGTCGCCACTAGAGTCTGgtatgtgttg ... ccgttgacagGAGAGCAGCTCAAGCTGAGCAGTGGGTTTGCTCTGGATGGGAA-GCTCAAC
EST: gi|71435849|gb|DR816899.1|DR816899
EST:     GTCCACCCATCCTTTGAGCACCATGGCAGTCGAGTCGCCACTAGAGTCTG                         GAGAGCAGCTCAAGCTGAGCAGTGGGTTTGCTCTGGATGAGAAGCTCAACG
genomic: GTCCAGCCATCCTTTGAGCACCATGGCAGTCGAGTCGCCACTAGAGTCTGgtatgtgttg ... ccgttgacagGAGAGCAGCTCAAGCTGAGCAGTGGGTTTGCTCTGGATGGGAAGCTCAACG
EST: gi|211500621|gb|FL214007.1|FL214007
EST:     GTCCAGCCATCCTTTGAGCACCATGGCAGTCGAGTCGCCACTAGAGTCTG                         GAGAGCAGCTCAAGCTGAGCAGTGGGTTTGCTCTGGATGGGAAGCTCAACG
genomic: GTCCAGCCATCCTTTGAGCACCATGGCAGTCGAGTCGCCACTAGAGTCTGgtatgtgttg ... ccgttgacagGAGAGCAGCTCAAGCTGAGCAGTGGGTTTGCTCTGGATGGGAAGCTCAACG
EST: gi|31441063|gb|CD510494.1|CD510494
EST:     GTCCAGCCATCCTTTGAGCACCATGGCAGTCGAGTCGCCACTAGAGTCTG                         GAGAGCAGCTCAAGCTGAGCAGTGGGTTTGCTCTGGATGGGAAGCTCAACG
genomic: GTCCAGCCATCCTTTGAGCACCATGGCAGTCGAGTCGCCACTAGAGTCTGgtatgtgttg ... ccgttgacagGAGAGCAGCTCAAGCTGAGCAGTGGGTTTGCTCTGGATGGGAAGCTCAACG
EST: gi|148951391|gb|EC897107.2|EC897107
EST:     GTCCAGCCATCCTTTGAGCACCATGGCAGTCGAGTCGCCACTAGAGTCTG                         GAGAGCAGCTCAAGCTGAGCAGTGGGTTTGCTCTGGATGGGAAGCTCAACG
genomic: GTCCAGCCATCCTTTGAGCACCATGGCAGTCGAGTCGCCACTAGAGTCTGgtatgtgttg ... ccgttgacagGAGAGCAGCTCAAGCTGAGCAGTGGGTTTGCTCTGGATGGGAAGCTCAACG
EST: gi|211500620|gb|FL214006.1|FL214006
EST:     GTCCAGCCATCCTTTGAGCACCATGGCAGTCGAGTCGCCACTANAGTCTG                         GAGAGCAGCTCAAGCTGAGCAGTGGGTTTGCTCTGGATGGGAAGCTCAACG
genomic: GTCCAGCCATCCTTTGAGCACCATGGCAGTCGAGTCGCCACTAGAGTCTGgtatgtgttg ... ccgttgacagGAGAGCAGCTCAAGCTGAGCAGTGGGTTTGCTCTGGATGGGAAGCTCAACG