ERISdb: a Database of Plant Splice Sites

General
Orthologs
EST
RNA-Seq
cis-regulatory elements

Sequence

atgc intronic sequence ATGC exonic sequence

GACCCTAGAGAATGATCTTTTGGAGCTTCGAGGCAAGGGTATTGATGCACAGATTGCTTCTGGTGGTGGAAGGATGTATGTTACCATGGACCGTTATGAGgtgaatgtttcttgtcgtattcaagcatcagtgttcattgtctagcaacttggcttacagttttgttgtgtttaataccttccag

Basic information

species	Zea mays
transcript	GRMZM2G003385_T02
intron #	5
splice site	5'
intron type	U2

Orthologous splice sites

atgc intronic sequence ATGC exonic sequence

upper sequence: GRMZM2G003385_T02 (Zea mays), 5'ss of exon 5
lower sequence: LOC_Os01g60190.1 (Oryza sativa), 5'ss of exon 5

GACCCTAGAGAATGATCTTTTGGAGCTTCGAGGCAAGGGTATTGATGCACAGATTGCTTCTGGTGGTGGAAGGATGTATGTTACCATGGACCGTTATGAGgtgaatgtttcttgtcgt-------attcaagcatcagtgttcattgtctagcaacttggcttacagtttt---gttgt---gtttaataccttccag----------------------------------------------------
||| ||||||| ||||||||   ||||||| | ||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||   ||| | | ||        || || |||||   || | | | || |      | |  |  ||||   |||||    ||| ||   |||                                                       
GACACTAGAGAGTGATCTTTCTCAGCTTCGTGACAAGGGTATTGATGCACGGATTGCATCTGGTGGTGGAAGGATGTATGTTACCATGGACCGCTATGAGgtaaaatcttcatttagttatacgagttaaaccatcaacttttaatatttaactgtgcagatcgctatttttaagttgtttgatttcattatttctgaatttaataacatgttatatccatgctgaagtttaagtcttaaaaatgcacag

upper sequence: GRMZM2G003385_T02 (Zea mays), 5'ss of exon 5
lower sequence: AT3G08590.2 (Arabidopsis thaliana), 5'ss of exon 3

GACCCTAGAGAATGATCTTTTGGAGCTTCGAGGCAAGGGTATTGATGCACAGATTGCTTCTGGTGGTGGAAGGATGTATGTTACCATGGACCGTTATGAGgtgaatgtttcttgtcgtattcaagcatcagtgtt---cattgtctagc--aacttggcttacagttttgttgtg--tttaataccttccag
 || || ||   ||| ||    |   | || |  || ||| ||||||| ||| |||| |||||||| ||  | |||||||| || |||||||||||||||||      | |||||   ||    | || | |||    | ||||||||   |  || |     | |    || |   |||  | |||| |||
AACTCTTGAAGCTGACCTAGCTGCTTTACGTGCGAAAGGTGTTGATGCTCAGGTTGCATCTGGTGGAGGTCGAATGTATGTCACAATGGACCGTTATGAGgtaggcaatgcttgtgagatctt-gtatgaatgtcatgccttgtctagtctagtttagaaatgaatccaatttttgctttccttccttgcag

upper sequence: GRMZM2G003385_T02 (Zea mays), 5'ss of exon 5
lower sequence: Vv08s0056g00200.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 4

GACCCTAGAGAATGATCTTTTGGAGCTTCGAGGCAAGGGTATTGATGCACAGATTGCTTCTGGTGGTGGAAGGATGTATGTTACCATGGACCGTTATGAGgtgaatgtttcttgtcgtattcaagcat--cagtgttcattgtctagcaactt---ggcttacagttttgttgtgtttaataccttccag-------------
 || || ||||||||||||    |  | || |  || ||| |||||||||||||||| |||||||| ||  | |||||||| || ||||| |||||||||||  ||| || ||| | ||    |  ||  ||  |  ||  |   || || ||   ||     |   |  ||||||| |  |       |             
AACTCTTGAGAATGATCTTGCAAAATTACGGGAGAAAGGTGTTGATGCACAGATTGCATCTGGTGGAGGTCGTATGTATGTGACGATGGATCGTTATGAGgt--atgatt-ttgacataactgataattccatggaccacagataagaaattttcaggaggctatgatgattgtgttcagcataacatgggtatgtgctttga

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments

ATGC    EST sequence
ATGC    genomic sequence (exon)
ATGC    genomic sequence (truncated intron)

EST: gi|211219836|gb|FL409202.1|FL409202

EST:     GATTGCTTCTGGTGGTGGGAAAGATGTATGTTACCATGGACCGTTATGAG                         AATGACTGGGATGTGGTTAAACGTGGCTGGGA
genomic: GATTGCTTCTGGTGGTGG-AAGGATGTATGTTACCATGGACCGTTATGAGgtgaatgttt ... taccttccagAATGACTGGGATGTGGTTAAACGTGGCTGGGA

EST: gi|21810018|gb|BQ668336.1|BQ668336

EST:     AGA-TGCATCTGGTGGTGGAAGGATGTATGTTACCATGGACCGTTATGAG                         AATGACTGGGATGTGGTTAAACGTGGCTGGGATGCTCAGGTGCTCGGAGAA
genomic: AGATTGCTTCTGGTGGTGGAAGGATGTATGTTACCATGGACCGTTATGAGgtgaatgttt ... taccttccagAATGACTGGGATGTGGTTAAACGTGGCTGGGATGCTCAGGTGCTCGGAGAA

EST: gi|78085788|gb|DV514181.1|DV514181

EST:     AGATTGCTTCTGGTGGTGGAAGGATGTATGTTACCATGGACCGTTATGAG                         AATGACTGGGATGTGGTTAAACGTGGCTGGGATGCT
genomic: AGATTGCTTCTGGTGGTGGAAGGATGTATGTTACCATGGACCGTTATGAGgtgaatgttt ... taccttccagAATGACTGGGATGTGGTTAAACGTGGCTGGGATGCT

EST: gi|76021242|gb|DT948412.1|DT948412

EST:     AGATTGCTTCTGGTGGTGGAAGGATGTATGTTACCATGGACCGTTATGAG                         AATGACTGGGATGTGGTTAAACGTGGCTGGGATGCTCAGGTGCTCGGAGAA
genomic: AGATTGCTTCTGGTGGTGGAAGGATGTATGTTACCATGGACCGTTATGAGgtgaatgttt ... taccttccagAATGACTGGGATGTGGTTAAACGTGGCTGGGATGCTCAGGTGCTCGGAGAA

EST: gi|211242233|gb|FL127853.1|FL127853

EST:     AGATTGCTTCTGGTGGTGGAAGGATGTATGTTACCATGGACCGTTATGAG                         AATGACTGGGATGTGGTTAAACGTGGCTGGGATGCTCAGGTGCTCGGAGAA
genomic: AGATTGCTTCTGGTGGTGGAAGGATGTATGTTACCATGGACCGTTATGAGgtgaatgttt ... taccttccagAATGACTGGGATGTGGTTAAACGTGGCTGGGATGCTCAGGTGCTCGGAGAA

EST: gi|7262366|gb|AW585309.1|AW585309

EST:     AGATTGCTTCTGGTGGTGGAAGGATGTATGTTACCATGGACCGTTATGAG                         AATGACTGGGATGTGGTTAAACGTGGCTGGGATGCTCAGGTGCTCGGAGAA
genomic: AGATTGCTTCTGGTGGTGGAAGGATGTATGTTACCATGGACCGTTATGAGgtgaatgttt ... taccttccagAATGACTGGGATGTGGTTAAACGTGGCTGGGATGCTCAGGTGCTCGGAGAA

EST: gi|211397434|gb|FL369350.1|FL369350

EST:     GATTGCTTCTGGTGGTGGAAAGGATGTATGTTACCATGGACCGTTATGAG                         AATGACTGGGATGTGG
genomic: GATTGCTTCTGGTGGTGGAA-GGATGTATGTTACCATGGACCGTTATGAGgtgaatgttt ... taccttccagAATGACTGGGATGTGG

EST: gi|211005730|gb|FL388917.1|FL388917

EST:     AGATTGCTTCTGGTGGTGGAAGGATGTATGTTACCATGGACCGTTATGAG                         AATGACTGGGATGTGGTTAAACGTGGGCTGGGATGCTCAGGTGCTCGGAGA
genomic: AGATTGCTTCTGGTGGTGGAAGGATGTATGTTACCATGGACCGTTATGAGgtgaatgttt ... taccttccagAATGACTGGGATGTGGTTAAACGTGG-CTGGGATGCTCAGGTGCTCGGAGA

RNA-Seq data

ATGC Supported by RNA-Seq exonic block that spans over the splice site

atgs Truncated intron sequence

Each block is as long as the maximal overhang of any read spanning the junction.
The score is the number of alignments spanning the junction.

Found data for 4 RNA-Seq libraries.

Block sizes: 49 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 609

GACCCTAGAGAATGATCTTTTGGAGCTTCGAGGCAAGGGTATTGATGCACAGATTGCTTCTGGTGGTGGAAGGATGTATGTTACCATGGACCGTTATGAGgtgaatgttt ... taccttccagAATGACTGGGATGTGGTTAAACGTGGCTGGGATGCTCAGGTGCTCGGAGAAGCACCCTACAAATTCAAAAGTGCACTTGAGGCTGTGAAAACACTGAGAG

Block sizes: 49 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 942

Block sizes: 49 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 604

Block sizes: 49 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 1323

Putative cis-regulatory sequences

atgc	intron	ATGC	exonic elements by Pertea et al.
ATGC	exon	atgc	putative intronic elements
		ATGC	putative exonic elements identified for retained introns

        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
GACCCTAGAGAATGATCTTTTGGAGCTTCGAGGCAAGGGTATTGATGCACAGATTGCTTCTGGTGGTGGAAGGATGTATGTTACCATGGACCGTTATGAGgtgaatgtttcttgtcgtattcaagcatcagtgttcattgtctagcaacttggcttacagttttgttgtgtttaataccttccag

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGTGG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  TGGTGG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGTGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGGATG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CATGGA