Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

GCACGTGCAATGTCGACTGATGGGCTTAGACCAACTTTCTATTGGATCAACGGTGTGGTCTATGCAATTCAGgtgataaatgtgctgtggtaatttaatgctacatatgccaatgtgctcttttatagtgctgtgctgtggacattgatcacatctaaagttttaatagtct...

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G003076_T04
intron # 5
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM2G003076_T02 (Zea mays), 5'ss of exon 5
lower sequence: LOC_Os10g39220.1 (Oryza sativa), 5'ss of exon 5
GCACGTGCAATGTCGACTGATGGGCTTAGACCAACTTTCTATTGGATCAACGGTGTGGTCTATGCAATTCAGgtgataaatgtgctgtg-gtaatttaatgctacatatgccaatgtgctcttttatagtgctgtgctgtggacattgatcacatc---taaagt-tttaatagtct-
|| ||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||| | |||| |||||||||||||||||     ||| ||||     || | ||| | ||  ||    | |     |||| | ||   |  |  | |  |  | |  |     | | ||  ||  || | | 
GCGCGTGCAATGTCCACTGATGGGCTTAGGCCAACTTTCTATTGGATCAATGCTGTGATCTATGCAATTCAGgtg-----tgtactgtataagatctcatgttgcacttgatggtttagaactttaga-tgaattaatacgcatgtgaaacgtactgcttgaggtgcttggtattatg
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|149112231|gb|EE295139.2|EE295139
EST:     GGCTTAGACCAACTTTCTATTGGATCAACGGTGTGGTCTATGCAATTCAG                         ATAATTCTATGGTTGGTTTTATGGTGGAAACCAGTTCGAGTTATGGTCATT
genomic: GGCTTAGACCAACTTTCTATTGGATCAACGGTGTGGTCTATGCAATTCAGgtgataaatg ... tgtatttcagATAATTCTATGGTTGGTTTTATGGTGGAAACCAGTTCGAGTTATGGTCATT
EST: gi|149081139|gb|EE170248.2|EE170248
EST:     GGCTTAGACCAACTTTCTATTGGATCAACGGTGTGGTCTATGCAATTCAG                         ATAATTCTATGGTTGGTTTTATGGTGGAAACCAGTTCGAGTTATGGTCATT
genomic: GGCTTAGACCAACTTTCTATTGGATCAACGGTGTGGTCTATGCAATTCAGgtgataaatg ... tgtatttcagATAATTCTATGGTTGGTTTTATGGTGGAAACCAGTTCGAGTTATGGTCATT
EST: gi|149109085|gb|EE189999.2|EE189999
EST:     GGCTTAGACCAACTTTCTATTGGATCAACGGTGTGGTCTATGCAATTCAG                         ATAATTCTATGGTTGGTTTTATGGTGGAAACCAGTTCGAGTTATGGTCATT
genomic: GGCTTAGACCAACTTTCTATTGGATCAACGGTGTGGTCTATGCAATTCAGgtgataaatg ... tgtatttcagATAATTCTATGGTTGGTTTTATGGTGGAAACCAGTTCGAGTTATGGTCATT