1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' | 9 5' 3' | 10 5' 3' |
GTGAAGAAAATCCCTTGGCACCAATAATTGGAAGGCTTGGACTTCCACTGTACCGCACAAGTGGTGATGATTCTGTGCTGTTTGATCATGATCTAGAGAGgtagtaaaactttgcattagactgaattgaactttgagagaagatggagcaaatgatgggagctaacttggtctactgccttccag
species | Zea mays |
transcript | GRMZM2G000052_T01 |
intron # | 5 |
splice site | 5' |
intron type | U2 |
EST: TACCGCACAAGTGGTGATGATTCTGTGCTGTTTGATCATGATCTAGAGAG TTATGCACTCTATGACACTAACGGAEST: gi|94472196|gb|EB701154.1|EB701154
genomic: TACCGCACAAGTGGTGATGATTCTGTGCTGTTTGATCATGATCTAGAGAGgtagtaaaac ... tgccttccagTTATGCACTCTATGACACTAACGGA
EST: TACCGCACAAGTGGTGATGATTCTGTGCTGTTTGATCATGATCTAGAGAG TTATGCACTCTATGACACTAACGGACGCCAAGTACEST: gi|101384976|gb|EB814533.1|EB814533
genomic: TACCGCACAAGTGGTGATGATTCTGTGCTGTTTGATCATGATCTAGAGAGgtagtaaaac ... tgccttccagTTATGCACTCTATGACACTAACGGACGCCAAGTAC
EST: TACCGCACAAGTGGTGATGATTCTGTGCTGTTTGATCATGATCTAGAGAG TTATGCACTCTATGEST: gi|71764900|gb|DR962837.1|DR962837
genomic: TACCGCACAAGTGGTGATGATTCTGTGCTGTTTGATCATGATCTAGAGAGgtagtaaaac ... tgccttccagTTATGCACTCTATG
EST: TACCGCACAAGTGGTGATGATTCTGTGCTGTTTGATCATGATCTAGAGAG TTATGCACTCTATGACACTAACGGACGCCAAGTACCACAAGAGTTGGTAGAEST: gi|211300846|gb|FL383949.1|FL383949
genomic: TACCGCACAAGTGGTGATGATTCTGTGCTGTTTGATCATGATCTAGAGAGgtagtaaaac ... tgccttccagTTATGCACTCTATGACACTAACGGACGCCAAGTACCACAAGAGTTGGTAGA
EST: TACCGCACAAGTGGTGATGATTCTGTGCTGTTTGATCATGATCTAGAGAG TTATGCACTCTATGACACTAACGGACGCCAAGTACCACAAGAGTTGGTAGAEST: gi|154130459|gb|EC872163.2|EC872163
genomic: TACCGCACAAGTGGTGATGATTCTGTGCTGTTTGATCATGATCTAGAGAGgtagtaaaac ... tgccttccagTTATGCACTCTATGACACTAACGGACGCCAAGTACCACAAGAGTTGGTAGA
EST: TACCGCACAAGTGGTGATGATTCTGTGCTGTTTGATCATGATCTAGAGAG TTATGCACTCTATGAEST: gi|211514296|gb|FL420360.1|FL420360
genomic: TACCGCACAAGTGGTGATGATTCTGTGCTGTTTGATCATGATCTAGAGAGgtagtaaaac ... tgccttccagTTATGCACTCTATGA
EST: TACCGCACAAGTGGTGATGATTCTGTGCTGTTTGATCATGATCTAGAGAG TTATGCACTCTATGACACTAACGGACGCCAAGTACCACAAGAGTTGGTAGA
genomic: TACCGCACAAGTGGTGATGATTCTGTGCTGTTTGATCATGATCTAGAGAGgtagtaaaac ... tgccttccagTTATGCACTCTATGACACTAACGGACGCCAAGTACCACAAGAGTTGGTAGA
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| GTGAAGAAAATCCCTTGGCACCAATAATTGGAAGGCTTGGACTTCCACTGTACCGCACAAGTGGTGATGATTCTGTGCTGTTTGATCATGATCTAGAGAGgtagtaaaactttgcattagactgaattgaactttgagagaagatggagcaaatgatgggagctaacttggtctactgccttccag
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCTGTT