Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   		19  
 5'  3'   		20  
 5'  3'   
21  
 5'  3'   		22  
 5'  3'   		23  
 5'  3'   		24  
 5'  3'   		25  
 5'  3'   		26  
 5'  3'   		27  
 5'  3'   		28  
 5'  3'   		29  
 5'  3'   		30  
 5'  3'   		31  
 5'  3'   		32  
 5'  3'   		33  
 5'  3'   		34  
 5'  3'   		35  
 5'  3'   		36  
 5'  3'   		37  
 5'  3'   		38  
 5'  3'   		39  
 5'  3'   		40  
 5'  3'   
41  
 5'  3'   		42  
 5'  3'   		43  
 5'  3'   		44  
 5'  3'   		45  
 5'  3'   		46  
 5'  3'   		47  
 5'  3'   		48  
 5'  3'   		49  
 5'  3'   		50  
 5'  3'   		51  
 5'  3'   		52  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

TACGGAGTTACTTCTTTGGCTTTTAGATGAAAGGGTTCCTCTTATGGATGATGGCAGCCAATTACTCAAAGCACTAAATGTTTTGATGCTTAAAATCTTGgtatgtaaatttctttttcatgctcttgtttgctctacctgtgctttctttaatggttctgttttaaacag

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G068755_T01
intron # 45
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM2G068755_T01 (Zea mays), 5'ss of exon 45
lower sequence: LOC_Os01g60040.2 (Oryza sativa), 5'ss of exon 44
TACGGAGTTACTTCTTTGGCTTTTAGATGAAAGGGTTCCTCTTATGGATGATGGCAGCCAATTACTCAAAGCACTAAATGTTTTGATGCTTAAAATCTTGgtatgtaaatttctttttcatgctcttgtttgct-ctacctgtgctttctttaatggttctgttttaaacag
 || ||| |||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| || ||  |||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||| ||||   ||| |||||||||||   || | | |||| ||| |||| | |||||||  |  ||  | |||
CACAGAGCTACTACTTTGGCTCTTAGATGAAAGGGTTCCTCTTATGGATGATGGAAGTCAGCTACTCAAAGCTCTAAATGTCTTGATGCTTAAAATCTTGgtttgtat-cttcattttcatgctcagtttagttgctacttgttcttt-tctaatggtcatacttggagcag

upper sequence: GRMZM2G068755_T01 (Zea mays), 5'ss of exon 45
lower sequence: GLYMA20G32430.1 (Glycine max), 5'ss of exon 46
TACGGAGTTACTTCTTTGGCTTTTAGATGAAAGGGTTCCTCTTATGGATGATGGCAGCCAATTACTCAAAGCACTAAATGTTTTGATGCTTAAAATCTTGgtatgtaaatttcttttt--catgctcttgtttgctctacctgtgctttctttaatggttctgttttaaacag------------------------------------------------------------
||| ||| | ||||| ||||| || ||||| |||||||||| |||||||||||| ||||||||  | |||||  ||||||| ||||||||||| || |||||  | || | | | | |  | | | | | | |  |||             || | |  | ||    |   ||                                                            
TACTGAGCTTCTTCTGTGGCTCTTGGATGATAGGGTTCCTCATATGGATGATGGAAGCCAATTGTTGAAAGCTTTAAATGTGTTGATGCTTAAGATTTTGgttaggaagtctttctctgccctccccctctattttctgttgaactgaaacttcaggcatttggcagatgtaggataatatggagaaaaacattatgatgcagctatttagtaactagtgtttgtcaatacag

upper sequence: GRMZM2G068755_T01 (Zea mays), 5'ss of exon 45
lower sequence: GLYMA10G35140.1 (Glycine max), 5'ss of exon 47
TACGGAGTTACTTCTTTGGCTTTTAGATGAAAGGGTTCCTCTTATGGATGATGGCAGCCAATTACTCAAAGCACTAAATGTTTTGATGCTTAAAATCTTGgtatgtaaatttctttttcatgctcttgtt-tgctctacctgtgctttctttaatggttc-tgttttaaacag--------------------------------------------
||| ||| | ||||| ||||| || ||||| |||||||||| |||||||||||| ||||||||  | |||||  ||||||| ||||||||||| ||  ||||  | || | | | | |    ||||     | ||  |    | |      |    |||  | |  | || |                                             
TACTGAGCTTCTTCTGTGGCTCTTGGATGATAGGGTTCCTCATATGGATGATGGAAGCCAATTGTTGAAAGCTTTAAATGTATTGATGCTTAAGATTCTGgttaggaactctgtctgtgtctctctccccctccttcaggcattcagcagatgtcagtttatatgctgaagaacattccggtgcagctattttagtaactagtgtttgtcaatacag

upper sequence: GRMZM2G068755_T01 (Zea mays), 5'ss of exon 45
lower sequence: AT2G35630.1 (Arabidopsis thaliana), 5'ss of exon 46
TACGGAGTTACTTCTTTGGCTTTTAGATGAAAGGGTTCCTCTTATGGATGATGGCAGCCAATTACTCAAAGCACTAAATGTTTTGATGCTTAAAATCTTGgt---atgtaaatttctttttcatgctcttgtttgc-tctacctgtgct-ttctttaatggttctgttttaaacag------------------
 || ||| |  | ||||||||| | |||||||| ||||| |  ||||| ||||| || ||| | || ||||| || ||||||||||||||||| ||| ||||   || |   || | |  | | | | ||  |    | |  || ||   |||| | |      | |||| |                      
AACAGAGCTCTTGCTTTGGCTTCTGGATGAAAGAGTTCCACGCATGGAAGATGGGAGTCAACTTCTTAAAGCTCTGAATGTTTTGATGCTTAAGATCCTGgtcagatattcgttccatgctaaaggttttcatcatatgtggctatgaagttctctgacttcattatttttatttcttgttttatttaattcag

upper sequence: GRMZM2G068755_T01 (Zea mays), 5'ss of exon 45
lower sequence: Vv00s0652g00030.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 16
TACGGAGTTACTTCTTTGGCTTTTAGATGAAAGGGTTCCTCTTATGGATGATGGCAGCCAATTACTCAAAGCACTAAATGTTTTGATGCTTAAAATCTTGgtatgtaaatttctttttcatgctcttgtttgctctacct--gtgctttctttaatggttctgttttaaacag----------------
 || ||| |  | ||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||| | || ||||| || ||||||||||||||||| ||| |||| |      | |||   ||||      |||| | ||  |   |  | ||| |  |    |  || | |  ||                
CACTGAGCTTTTGCTTTGGCTTTTGGATGAAAGGGTTCCTCATATGGATGATGGCAGCCAACTTCTGAAAGCTCTGAATGTTTTGATGCTTAAGATCCTGgt-taagttctacttcaacatgtataaatttgttgtattttcatagtatctgttctctcgccattctgactagtggcttacaaatgcag

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|67021414|gb|CO450163.1|CO450163
EST:     ATGGCAGCCAATTACTCAAAGCACTAAATGTTTTGATGCTTAAAATCTTG                         GATAATGCTGAGAGAACATCCTCGTTTGTTGTGCTGATTAATTTGCTGAGG
genomic: ATGGCAGCCAATTACTCAAAGCACTAAATGTTTTGATGCTTAAAATCTTGgtatgtaaat ... ttttaaacagGATAATGCTGAGAGAACATCCTCGTTTGTTGTGCTGATTAATTTGCTGAGG
EST: gi|67015335|gb|CO444084.1|CO444084
EST:     GTTTTGATGCTTAAAATCTTG                         GATAATGCTGAGAGAACATCCTCGTTTGTTGTGCTGATTAATTTGCTGAGG
genomic: GTTTTGATGCTTAAAATCTTGgtatgtaaat ... ttttaaacagGATAATGCTGAGAGAACATCCTCGTTTGTTGTGCTGATTAATTTGCTGAGG
EST: gi|71317537|gb|DR795494.1|DR795494
EST:     ATGGCAGCCAATTACTCAAAGCACTAAATGTTTTGATGCTTAAAATCTTG                         GATAATGCTGAGAGAACATCCTCGTTTGTTGTGCTGATTAATTTGCTGAGG
genomic: ATGGCAGCCAATTACTCAAAGCACTAAATGTTTTGATGCTTAAAATCTTGgtatgtaaat ... ttttaaacagGATAATGCTGAGAGAACATCCTCGTTTGTTGTGCTGATTAATTTGCTGAGG