Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   		19  
 5'  3'   		20  
 5'  3'   
21  
 5'  3'   		22  
 5'  3'   		23  
 5'  3'   		24  
 5'  3'   		25  
 5'  3'   		26  
 5'  3'   		27  
 5'  3'   		28  
 5'  3'   		29  
 5'  3'   		30  
 5'  3'   		31  
 5'  3'   		32  
 5'  3'   		33  
 5'  3'   		34  
 5'  3'   		35  
 5'  3'   		36  
 5'  3'   		37  
 5'  3'   		38  
 5'  3'   		39  
 5'  3'   		40  
 5'  3'   
41  
 5'  3'   		42  
 5'  3'   		43  
 5'  3'   		44  
 5'  3'   		45  
 5'  3'   		46  
 5'  3'   		47  
 5'  3'   		48  
 5'  3'   		49  
 5'  3'   		50  
 5'  3'   		51  
 5'  3'   		52  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

GTTCCGAAAACCTTCAATTTTAGCTTATCTGGTGCTTCTTCAAGGTCTTGCAAATATGTGTTAAACACACTCATGCAGgtttgacatgtttgtattctacccttcacattttttatggaagattttgtttatctgaaatcttgggctattttgacag

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G068755_T01
intron # 44
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM2G068755_T01 (Zea mays), 5'ss of exon 44
lower sequence: LOC_Os01g60040.2 (Oryza sativa), 5'ss of exon 43
GTTCCGAAAACCTTCAATTTTAGCTTATCTGGTGCTTCTTCAAGGTCTTGCAAATATGTGTTAAACACACTCATGCAGgtttgac-atgtttgtattctacccttcacattttttatggaa-gattttgtttatctgaaatcttgggctattttgacag
||||| ||||| || ||||||||| ||||||| ||||| ||||| |||||||||||||| ||||| || ||||||||||||||    |||     ||   || ||  |  ||| | |||    || || ||||| |  |  ||     |||||      
GTTCCAAAAACTTTTAATTTTAGCCTATCTGGGGCTTCGTCAAGATCTTGCAAATATGTTTTAAATACTCTCATGCAGgtttgtttgtgtactcttttctccttttgctctttgtttggttcaatgttatttatgtataggctg----tatttcag---

upper sequence: GRMZM2G068755_T01 (Zea mays), 5'ss of exon 44
lower sequence: EFJ11209 (Selaginella moellendorffii), 5'ss of exon 41
----------------------GTTCCGAAAACCTTCAATTTTAGCTTATCTGGTGCTTCTTCAAGGTCTTGCAAATATGTGTTAAACACACTCATGCAGgtttgacatgtttgtattctacccttcacattttttatggaagattttgtttatctgaaatcttgggctattttgacag
                      ||  | |  || |||||  |  |  |   |||||| || ||||||||||||||||| ||||||||||| || |||||||| ||       ||  | ||||       | |     |  |  |||||||                             
TGTGCGAATTTTAACGTTGAAAGTAACTACGACGTTCAACATGGGACTTGGTGGTGCCTCCTCAAGGTCTTGCAAATACGTGTTAAACACGCTAATGCAGgtatgttgcacatgcgtcctacgtgctgtactaacatt--attattttgtcctag------------------------

upper sequence: GRMZM2G068755_T01 (Zea mays), 5'ss of exon 44
lower sequence: EFJ15655 (Selaginella moellendorffii), 5'ss of exon 41
----------------------GTTCCGAAAACCTTCAATTTTAGCTTATCTGGTGCTTCTTCAAGGTCTTGCAAATATGTGTTAAACACACTCATGCAGgtttgacatgtttgtattctacccttcacattttttatggaagattttgttt-atctgaaatcttgggctattttgacag
                      ||  | |  || |||||  |  |  |   |||||| || ||||||||||||||||| ||||||||||| || |||||||| ||       ||  | | |   || || |  | ||   |   | || |||  ||  |                     
TGTGCGAATTTTAACGTTGAAAGTAACTACGACGTTCAACATGGGACTTGGTGGTGCCTCCTCAAGGTCTTGCAAATACGTGTTAAACACGCTAATGCAGgtatgttgcacatgcgtccgat--tttacgtgctgtactaacattattattttgtcctag--------------------

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|67021414|gb|CO450163.1|CO450163
EST:     CTGGTGCTTCTTCAAGGTCTTGCAAATATGTGTTAAACACACTCATGCAG                         ACATTTCAGATCAAACGTCTTGCTCATGCTGTGAAGGAGGGTACCCTTGAC
genomic: CTGGTGCTTCTTCAAGGTCTTGCAAATATGTGTTAAACACACTCATGCAGgtttgacatg ... attttgacagACATTTCAGATCAAACGTCTTGCTCATGCTGTGAAGGAGGGTACCCTTGAC
EST: gi|71317537|gb|DR795494.1|DR795494
EST:     CTGGTGCTTCTTCAAGGTCTTGCAAATATGTGTTAAACACACTCATGCAG                         ACATTTCAGATCAAACGTCTTGCTCATGCTGTGAAGGAGGGTACCCTTGAC
genomic: CTGGTGCTTCTTCAAGGTCTTGCAAATATGTGTTAAACACACTCATGCAGgtttgacatg ... attttgacagACATTTCAGATCAAACGTCTTGCTCATGCTGTGAAGGAGGGTACCCTTGAC