Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

TGTTTGCGGCTCAAAGTATTCAGCTGGGGATCAACGATGTTGTGGTCGCCGGTGGCATGGAAAGCATGTCGAATGCCCCAAAATATGTGGCTGAAGCAAGgttcattactattctcaactgatgttacagactagatgcttttgtcgtaagcgtcctctgttgtattgtagcttgtgcttacaacaagtgaaaataaaatgcag

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM5G860137_T01
intron # 4
splice site 5'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|78180536|gb|DV551029.1|DV551029
EST:     GGTGGCATGGAAAGCATGTCGAATGCCCCAAAATATGTGGCTGAAGCAAG                         ACGAGGATCACGGTTCGGACATGATGTCCTTGTTGATGGGATGCTCAAGGA
genomic: GGTGGCATGGAAAGCATGTCGAATGCCCCAAAATATGTGGCTGAAGCAAGgttcattact ... taaaatgcagACGAGGATCACGGTTCGGACATGATGTCCTTGTTGATGGGATGCTCAAGGA
EST: gi|71298333|gb|DR785148.1|DR785148
EST:     GGTGGCATGGAAAGCATGTCGAATGCCCCAAAATATGTGGCTGAAGCAAG                         ACGAGGATCACGGTTCGGACATGATGTCCTTGTTGATGGGATGCT
genomic: GGTGGCATGGAAAGCATGTCGAATGCCCCAAAATATGTGGCTGAAGCAAGgttcattact ... taaaatgcagACGAGGATCACGGTTCGGACATGATGTCCTTGTTGATGGGATGCT
EST: gi|50337630|gb|CO532756.1|CO532756
EST:     GGTGGCATGGAAAGCATGTCGAATGCCCCAAAATATGTGGCTGAAGCAAG                         ACGAGGATCACGGTTCGGACATGATGTCCTTGTTGATGGGATGCTCAAGGA
genomic: GGTGGCATGGAAAGCATGTCGAATGCCCCAAAATATGTGGCTGAAGCAAGgttcattact ... taaaatgcagACGAGGATCACGGTTCGGACATGATGTCCTTGTTGATGGGATGCTCAAGGA
EST: gi|149110543|gb|EE190473.2|EE190473
EST:     GGTGGCATGGAAAGCATGTCGAATGCCCCAAAATATGTGGCTGAAGCAAG                         ACGAGGATCACGGTTCGGACATGATGTCCTTGTTGATGGGATGCTCAAGGA
genomic: GGTGGCATGGAAAGCATGTCGAATGCCCCAAAATATGTGGCTGAAGCAAGgttcattact ... taaaatgcagACGAGGATCACGGTTCGGACATGATGTCCTTGTTGATGGGATGCTCAAGGA
EST: gi|89760643|gb|DY688974.1|DY688974
EST:     GGTGGCATGGAAAGCATGTCGAATGCCCCAAAATATGTGGCTGAAGCAAG                         ACGAGGATCACGGTTCGGACATGATGTCCTTGTTGATGGGATGCTCAAGGA
genomic: GGTGGCATGGAAAGCATGTCGAATGCCCCAAAATATGTGGCTGAAGCAAGgttcattact ... taaaatgcagACGAGGATCACGGTTCGGACATGATGTCCTTGTTGATGGGATGCTCAAGGA
EST: gi|8577057|gb|BE129694.1|BE129694
EST:     CATGTCGAATGCCCCAAAATATGTGGCTGAAGCAAG                         ACGAGGATCACGGTTCGGACATGATGTCCTTGTTGATGGGATGCTCAAGGA
genomic: CATGTCGAATGCCCCAAAATATGTGGCTGAAGCAAGgttcattact ... taaaatgcagACGAGGATCACGGTTCGGACATGATGTCCTTGTTGATGGGATGCTCAAGGA
EST: gi|20803192|gb|BQ294242.1|BQ294242
EST:     GGTGGCATGGAAAGCATGTCGAATGCCCCAAAATATGTGGCTGAAGCAAG                         ACGAGGATCACGGTTCGGACATGATGTCCTTGTTGATGGGATGCTCAAGGA
genomic: GGTGGCATGGAAAGCATGTCGAATGCCCCAAAATATGTGGCTGAAGCAAGgttcattact ... taaaatgcagACGAGGATCACGGTTCGGACATGATGTCCTTGTTGATGGGATGCTCAAGGA
EST: gi|149071725|gb|EE160115.2|EE160115
EST:     GGTGGCATGGAAAGCATGTCGAATGCCCCAAAATATGTGGCTGAAGCAAG                         ACGAGGATCACGGTTCGGACATGATGTCCTTGTTGATGGGATGCTCAAGGA
genomic: GGTGGCATGGAAAGCATGTCGAATGCCCCAAAATATGTGGCTGAAGCAAGgttcattact ... taaaatgcagACGAGGATCACGGTTCGGACATGATGTCCTTGTTGATGGGATGCTCAAGGA
EST: gi|93281948|gb|EB674212.1|EB674212
EST:     GGTGGCATGGAAAGCATGTCGAATGCCCCAAAATATGTGGCTGAAGCAAG                         ACGAGGATCACGGTTCGGACATGATGTCCTTGTTGATGGGATGCTCAAGGA
genomic: GGTGGCATGGAAAGCATGTCGAATGCCCCAAAATATGTGGCTGAAGCAAGgttcattact ... taaaatgcagACGAGGATCACGGTTCGGACATGATGTCCTTGTTGATGGGATGCTCAAGGA
EST: gi|211024306|gb|FL368563.1|FL368563
EST:     GGTGGCATGGAAAGCATGTCGAATGCCCCAAAATATGTGGCTGAAGCAAG                         ACGAGGATCACGGGTCGGACATGATG
genomic: GGTGGCATGGAAAGCATGTCGAATGCCCCAAAATATGTGGCTGAAGCAAGgttcattact ... taaaatgcagACGAGGATCACGGTTCGGACATGATG
EST: gi|149029957|gb|EE286286.2|EE286286
EST:     GGTGGCATGGAAAGCATGTCGAATGCCCCAAAATATGTGGCTGAAGCAAG                         ACGAGGATCACGGTTCGGACATGATGTCCTTGTTGATGGGATGCTCAAGGA
genomic: GGTGGCATGGAAAGCATGTCGAATGCCCCAAAATATGTGGCTGAAGCAAGgttcattact ... taaaatgcagACGAGGATCACGGTTCGGACATGATGTCCTTGTTGATGGGATGCTCAAGGA
EST: gi|37419864|gb|CF647618.1|CF647618
EST:     GGTGGCATGGAAAGCATGTCGAATGCCCCAAAATATGTGGCTGAAGCAAG                         ACGAGGATCACGG
genomic: GGTGGCATGGAAAGCATGTCGAATGCCCCAAAATATGTGGCTGAAGCAAGgttcattact ... taaaatgcagACGAGGATCACGG
EST: gi|76914731|gb|DV165656.1|DV165656
EST:     GGTGGCATGGAAAGCATGTCGAATGCCCCAAAATATGTGGCTGAAGCAAG                         ACGAGGATCACGGTTCGGACATGATGTCCTTGTTGATGGGATGCTCAAGGA
genomic: GGTGGCATGGAAAGCATGTCGAATGCCCCAAAATATGTGGCTGAAGCAAGgttcattact ... taaaatgcagACGAGGATCACGGTTCGGACATGATGTCCTTGTTGATGGGATGCTCAAGGA
EST: gi|149087112|gb|EE176651.2|EE176651
EST:     GGTGGCATGGAAAGCATGTCGAATGCCCCAAAATATGTGGCTGAAGCAAG                         ACGAGGATCACGGTTCGGACATGATGTCCTTGTTGATGGGATGCTCAAGGA
genomic: GGTGGCATGGAAAGCATGTCGAATGCCCCAAAATATGTGGCTGAAGCAAGgttcattact ... taaaatgcagACGAGGATCACGGTTCGGACATGATGTCCTTGTTGATGGGATGCTCAAGGA
EST: gi|74232957|gb|DT640871.1|DT640871
EST:     GGTGGCATGGAAAGCATGTCGAATGCCCCAAAATATGTGGCTGAAGCAAG                         ACGAGGATCACGGTTCGGACATGATGTCCTTGTTGATGGGATGCTCAAGGA
genomic: GGTGGCATGGAAAGCATGTCGAATGCCCCAAAATATGTGGCTGAAGCAAGgttcattact ... taaaatgcagACGAGGATCACGGTTCGGACATGATGTCCTTGTTGATGGGATGCTCAAGGA
EST: gi|71426143|gb|DR807193.1|DR807193
EST:     GGTGGCATGGAAAGCATGTCGAATGCCCCAAAATATGTGGCTGAAGCAAG                         ACGAGGATCACGGTTCGGACATGATGTCCTTGTTGATGGGATGCTCAAGGA
genomic: GGTGGCATGGAAAGCATGTCGAATGCCCCAAAATATGTGGCTGAAGCAAGgttcattact ... taaaatgcagACGAGGATCACGGTTCGGACATGATGTCCTTGTTGATGGGATGCTCAAGGA
EST: gi|78087866|gb|DV516259.1|DV516259
EST:     GGTGGCATGGAAAGCATGTCGAATGCCCCAAAATATGTGGCTGAAGCAAG                         ACGAGGATCACGGTTCGGACATGATGTCCTTGTTGATGGGATGCTCAAGGA
genomic: GGTGGCATGGAAAGCATGTCGAATGCCCCAAAATATGTGGCTGAAGCAAGgttcattact ... taaaatgcagACGAGGATCACGGTTCGGACATGATGTCCTTGTTGATGGGATGCTCAAGGA
EST: gi|78078473|gb|DV506886.1|DV506886
EST:     GGTGGCATGGAAAGCATGTCGAATGCCCCAAAATATGTGGCTGAAGCAAG                         ACGAGGATCACGGTTCGGACATGATGTCCTTGTTGATGGGATGCTCAAGGA
genomic: GGTGGCATGGAAAGCATGTCGAATGCCCCAAAATATGTGGCTGAAGCAAGgttcattact ... taaaatgcagACGAGGATCACGGTTCGGACATGATGTCCTTGTTGATGGGATGCTCAAGGA
EST: gi|89248149|gb|DY619935.1|DY619935
EST:     GGTGGCATGGAAAGCATGTCGAATGCCCCAAAATATGTGGCTGAAGCAAG                         ACGAGGATCACGGTTC
genomic: GGTGGCATGGAAAGCATGTCGAATGCCCCAAAATATGTGGCTGAAGCAAGgttcattact ... taaaatgcagACGAGGATCACGGTTC
EST: gi|148939632|gb|EC884275.2|EC884275
EST:     GGTGGCATGGAAAGCATGTCGAATGCCCCAAAATATGTGGCTGAAGCAAG                         ACGAGGATCACGGTTCGGACATGATGTCCTTGTTGATGGGATGCTCAAGGA
genomic: GGTGGCATGGAAAGCATGTCGAATGCCCCAAAATATGTGGCTGAAGCAAGgttcattact ... taaaatgcagACGAGGATCACGGTTCGGACATGATGTCCTTGTTGATGGGATGCTCAAGGA
EST: gi|12047245|gb|BF729384.1|BF729384
EST:     TGTCGAATGCCCCAAAATATGTGGCTGAAGCAAG                         ACGAGGATCACGGTTCGGACATGATGTCCTTGTTGATGGGATGCTCAAGGA
genomic: TGTCGAATGCCCCAAAATATGTGGCTGAAGCAAGgttcattact ... taaaatgcagACGAGGATCACGGTTCGGACATGATGTCCTTGTTGATGGGATGCTCAAGGA
EST: gi|149084568|gb|EE174037.2|EE174037
EST:     GGTGGCATGGAAAGCATGTCGAATGCCCCAAAATATGTGGCTGAAGCAAG                         ACGAGGATCACGGTTCGGACATGATGTCCTTGTTGATGGGATGCTCAAGGA
genomic: GGTGGCATGGAAAGCATGTCGAATGCCCCAAAATATGTGGCTGAAGCAAGgttcattact ... taaaatgcagACGAGGATCACGGTTCGGACATGATGTCCTTGTTGATGGGATGCTCAAGGA
EST: gi|149083757|gb|EE173120.2|EE173120
EST:     GGTGGCATGGAAAGCATGTCGAATGCCCCAAAATATGTGGCTGAAGCAAG                         ACGAGGATCACGGTTCGGACATGAT
genomic: GGTGGCATGGAAAGCATGTCGAATGCCCCAAAATATGTGGCTGAAGCAAGgttcattact ... taaaatgcagACGAGGATCACGGTTCGGACATGAT
EST: gi|78085615|gb|DV514008.1|DV514008
EST:     GGTGGCATGGAAAGCATGTCGAATGCCCCAAAATATGTGGCTGAAGCAAG                         ACGAGGATCACGGTTCGGACATGATGTCCTTGTTGATGGGATGCTCAAGGA
genomic: GGTGGCATGGAAAGCATGTCGAATGCCCCAAAATATGTGGCTGAAGCAAGgttcattact ... taaaatgcagACGAGGATCACGGTTCGGACATGATGTCCTTGTTGATGGGATGCTCAAGGA
EST: gi|93016086|gb|EB641606.1|EB641606
EST:     GGTGGCATGGAAAGCATGTCGAATGCCCCAAAATATGTGGCTGAAGCAAG                         ACGAGGATCACGGTTCGGACATGATGTCCTTGTTGATGGGATGCTCAAGGA
genomic: GGTGGCATGGAAAGCATGTCGAATGCCCCAAAATATGTGGCTGAAGCAAGgttcattact ... taaaatgcagACGAGGATCACGGTTCGGACATGATGTCCTTGTTGATGGGATGCTCAAGGA
EST: gi|89248499|gb|DY620285.1|DY620285
EST:     GGTGGCATGGAAAGCATGTCGAATGCCCCAAAATATGTGGCTGAAGCAAG                         ACGAGGATCACGGTTCGGACATGAATGTCCTTGTTGATGGGATGCTCAAGG
genomic: GGTGGCATGGAAAGCATGTCGAATGCCCCAAAATATGTGGCTGAAGCAAGgttcattact ... taaaatgcagACGAGGATCACGGTTCGGACATGA-TGTCCTTGTTGATGGGATGCTCAAGG
EST: gi|71439486|gb|DR820536.1|DR820536
EST:     GGTGGCATGGAAAGCATGTCGAATGCCCCAAAATATGTGGCTGAAGCAAG                         ACGAGGATCACGGTTCGGACATGATGTCCTTGTTGATGGGATGCTCAAGGA
genomic: GGTGGCATGGAAAGCATGTCGAATGCCCCAAAATATGTGGCTGAAGCAAGgttcattact ... taaaatgcagACGAGGATCACGGTTCGGACATGATGTCCTTGTTGATGGGATGCTCAAGGA

RNA-Seq data


 ATGC   Supported by RNA-Seq exonic block that spans over the splice site

 atgs   Truncated intron sequence

Each block is as long as the maximal overhang of any read spanning the junction.
The score is the number of alignments spanning the junction.


Found data for 4 RNA-Seq libraries.


Block sizes: 48 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 50

TGTTTGCGGCTCAAAGTATTCAGCTGGGGATCAACGATGTTGTGGTCGCCGGTGGCATGGAAAGCATGTCGAATGCCCCAAAATATGTGGCTGAAGCAAGgttcattact ... taaaatgcagACGAGGATCACGGTTCGGACATGATGTCCTTGTTGATGGGATGCTCAAGGATGGCCTGTGGGATGTCTATAACGATTTCCCGATGGGAATGTGTGCTGAA


Block sizes: 49 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 244

TGTTTGCGGCTCAAAGTATTCAGCTGGGGATCAACGATGTTGTGGTCGCCGGTGGCATGGAAAGCATGTCGAATGCCCCAAAATATGTGGCTGAAGCAAGgttcattact ... taaaatgcagACGAGGATCACGGTTCGGACATGATGTCCTTGTTGATGGGATGCTCAAGGATGGCCTGTGGGATGTCTATAACGATTTCCCGATGGGAATGTGTGCTGAA


Block sizes: 49 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 167

TGTTTGCGGCTCAAAGTATTCAGCTGGGGATCAACGATGTTGTGGTCGCCGGTGGCATGGAAAGCATGTCGAATGCCCCAAAATATGTGGCTGAAGCAAGgttcattact ... taaaatgcagACGAGGATCACGGTTCGGACATGATGTCCTTGTTGATGGGATGCTCAAGGATGGCCTGTGGGATGTCTATAACGATTTCCCGATGGGAATGTGTGCTGAA


Block sizes: 49 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 118

TGTTTGCGGCTCAAAGTATTCAGCTGGGGATCAACGATGTTGTGGTCGCCGGTGGCATGGAAAGCATGTCGAATGCCCCAAAATATGTGGCTGAAGCAAGgttcattact ... taaaatgcagACGAGGATCACGGTTCGGACATGATGTCCTTGTTGATGGGATGCTCAAGGATGGCCTGTGGGATGTCTATAACGATTTCCCGATGGGAATGTGTGCTGAA


Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
TGTTTGCGGCTCAAAGTATTCAGCTGGGGATCAACGATGTTGTGGTCGCCGGTGGCATGGAAAGCATGTCGAATGCCCCAAAATATGTGGCTGAAGCAAGgttcattactattctcaactgatgttacagactagatgcttttgtcgtaagcgtcctctgttgtattgtagcttgtgcttacaacaagtgaaaataaaatgcag

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  CATGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CTGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  TGAAGC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  AAGCAA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGCAAG