Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   
2  
 5'  3'   
3  
 5'  3'   
4  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

CAAAAAGCTTGGGAAAATTGAGCTGTCGGATTGTGAAATTTATGCATCTTGTGAGCCATGCCCAATGTGTTTTGGTGCTGTTCATCTATCCCGGATTAAGgttgatttcttaacttacatattcttcatatgatagaatatatggagcatgttactgatagcaatcttgttcaatgctgtactgcag

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM5G840909_T02
intron # 4
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM5G840909_T02 (Zea mays), 5'ss of exon 4
lower sequence: LOC_Os03g61810.1 (Oryza sativa), 5'ss of exon 4
CAAAAAGCTTGGGAAAATTGAGCTGTCGGATTGTGAAATTTATGCATCTTGTGAGCCATGCCCAATGTGTTTTGGTGCTGTTCATCTATCCCGGATTAAGgttgatttcttaacttacatattcttcatatgatagaatatatggagcatgttactgat-agcaatcttgttcaatgctgtactgcag
|||||||||||| ||||||||| |||| || |||||||| |||||||| ||||| || |||||||||||||| || ||||| |||||||| |||||||||||| || |||| |||| ||| |||| || ||||| || || | | | || | |||| || |||||||||| | |||||
CAAAAAGCTTGGAAAAATTGAGTTGTCAGACTGTGAAATGTATGCATCATGTGAACCTTGCCCAATGTGTTTCGGCGCTGTGCATCTATCACGGATTAAGgttagttccttaccttat-tatggttcacctggaagaatgta----gcttttgcttaattaacaatatttttcaatgctgcaatgcag

upper sequence: GRMZM5G840909_T02 (Zea mays), 5'ss of exon 4
lower sequence: GLYMA17G04720.2 (Glycine max), 5'ss of exon 4
CAAAAAGCTTGGGAAAATTGAGCTGTCGGATTGTGAAATTTATGCATCTTGTGAGCCATGCCCAATGTGTTTTGGTGCTGTTCATCTATCCCGGATTAAGgttg--atttcttaacttacatattcttcatatgatagaatatatggagcatgttactgatagcaatcttgtt-caatgctgtactgcag----
|| |||||| | | || || || | ||||||||||| ||||| |||||||| || ||||| ||||| |||||||| | || || || || ||||||||| || ||| | | ||| || | | || | || | | | |||| || ||| | ||| || || | | | | |
TAAGAAGCTTAAGCAGATAGAACTTGCAGATTGTGAAATATATGCTTCTTGTGAACCTTGCCCCATGTGCTTTGGTGCAATCCACCTTTCTCGAATTAAGgttagaatggcttgttatccctatgtgtc-tcttttataccatgtttatcctgtttct---agctaacttattacattattctttttctaacag

upper sequence: GRMZM5G840909_T02 (Zea mays), 5'ss of exon 4
lower sequence: GLYMA13G17790.1 (Glycine max), 5'ss of exon 4
CAAAAAGCTTGGGAAAATTGAGCTGTCGGATTGTGAAATTTATGCATCTTGTGAGCCATGCCCAATGTGTTTTGGTGCTGTTCATCTATCCCGGATTAAGgttg--atttcttaacttacatattcttcatatgatagaatatatggagcatgttactgatagcaatcttgtt-caatgctgtactgcag----
||| |||||| | | || || || | ||||||||||| ||||| |||||||| || ||||| ||||| |||||||| | || || || || |||||||||| || ||| | | ||| | || | || | || | | | |||| ||| || | ||| || || || | | | |
CAAGAAGCTTAAGCAGATAGAACTTGCTGATTGTGAAATATATGCTTCTTGTGAACCTTGCCCCATGTGCTTTGGTGCAATCCACCTTTCTCGAATTAAGgttggaatgccttgctattcctatgagt-atcttttataccatgtttatcctgtt-ttga--gctaacttattacattgttctttttctaacag

upper sequence: GRMZM5G840909_T02 (Zea mays), 5'ss of exon 4
lower sequence: Vv14s0030g01610.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 4
CAAAAAGCTTGGGAAAATTGAGCTGTCGGATTGTGAAATTTATGCATCTTGTGAGCCATGCCCAATGTGTTTTGGTGCTGTTCATCTATCCCGGATTAAGgt-tgatttcttaac----ttacatattcttcatatgatag--aatata---tggagcatgttactgatagca---atcttgttcaatgctgtactgcag---
|| ||||| |||||||||| || || |||||||| ||||| ||||||||||| ||||||||||| ||||||||| | ||||| || | |||||||| | | | | || | ||| |||||| | | || | || | |||| || || || ||| | | |||| | ||| |
TAAGAAGCTCAATCAAATTGAGCTATCAGACTGTGAAATCTATGCCTCTTGTGAGCCTTGCCCAATGTGCTTTGGTGCTATACATCTTTCAAGAATTAAGgtctaaataccctacgtctcttcattttcttctaacgttaaccatcgtacattacagcaatttcctaatcatttttatccttcgtattgctcttttgccgcag

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|60340724|gb|DN207697.1|DN207697
EST:     GTGAGCCATGCCCAATGTGTTTTGGTGCTGTTCATCTATCCCGGATTAAG                         AGGCTGGTGTATGGAGCCAAGGCAGAAGCTGCAATTGCCATTGGATTTGAT
genomic: GTGAGCCATGCCCAATGTGTTTTGGTGCTGTTCATCTATCCCGGATTAAGgttgatttct ... tgtactgcagAGGCTGGTGTATGGAGCCAAGGCAGAAGCTGCAATTGCCATTGGATTTGAT
EST: gi|74244654|gb|DT652568.1|DT652568
EST:     GTGAGCCATGCCCAATGTGTTTTGGTGCTGTTCATCTATCCCGGATTAAG                         AGGCTGGTGTATGGAGCCAAGGCAGAAGCTGCAATTGCCATTGGATTTGAT
genomic: GTGAGCCATGCCCAATGTGTTTTGGTGCTGTTCATCTATCCCGGATTAAGgttgatttct ... tgtactgcagAGGCTGGTGTATGGAGCCAAGGCAGAAGCTGCAATTGCCATTGGATTTGAT
EST: gi|211533256|gb|FL397681.1|FL397681
EST:     GTGAGCCATGCCCAATGTGTTTTGGTGCTGTTCATCTATCCCGGATTAAG                         AGGCTGGTGTATGGAGCCAAGGCAGAAGCTGCAATTGCCATTGGATTTGAT
genomic: GTGAGCCATGCCCAATGTGTTTTGGTGCTGTTCATCTATCCCGGATTAAGgttgatttct ... tgtactgcagAGGCTGGTGTATGGAGCCAAGGCAGAAGCTGCAATTGCCATTGGATTTGAT
EST: gi|211111076|gb|FL388624.1|FL388624
EST:     GTGAGCCATGCCCAATGTGTCTTGGTGCTGTTCATCTATCCCGGATTAAG                         AGGCTGGTGTATGGA
genomic: GTGAGCCATGCCCAATGTGTTTTGGTGCTGTTCATCTATCCCGGATTAAGgttgatttct ... tgtactgcagAGGCTGGTGTATGGA
EST: gi|93012688|gb|EB638208.1|EB638208
EST:     GTGAGCCATGCCCAATGTGTTTTGGTGCTGTTCATCTATCCCGGATTAAG                         AGGCTGGTGTATGGAGCCAAGGCAGAAGCTGCAATTGCCATTGGATTTGAT
genomic: GTGAGCCATGCCCAATGTGTTTTGGTGCTGTTCATCTATCCCGGATTAAGgttgatttct ... tgtactgcagAGGCTGGTGTATGGAGCCAAGGCAGAAGCTGCAATTGCCATTGGATTTGAT
EST: gi|211194115|gb|FL380863.1|FL380863
EST:     GTGAGCCATGCCCAATGTGTTTTGGTGCTGTTCATCTATCCCGGATTAAG                         AGGCTGGTGTATGGAGCCAAGGCAGAAGCTGCAATTGCCATTGGATTTGAT
genomic: GTGAGCCATGCCCAATGTGTTTTGGTGCTGTTCATCTATCCCGGATTAAGgttgatttct ... tgtactgcagAGGCTGGTGTATGGAGCCAAGGCAGAAGCTGCAATTGCCATTGGATTTGAT
EST: gi|94474369|gb|EB703327.1|EB703327
EST:     GTGAGCCATGCCCAATGTGTTTTGGTGCTGTTCATCTATCCCGGATTAAG                         AGGCTGGTGTATGGAGCCAAGGCAGAAGCTGCAATTGCCATTGGATTTGAT
genomic: GTGAGCCATGCCCAATGTGTTTTGGTGCTGTTCATCTATCCCGGATTAAGgttgatttct ... tgtactgcagAGGCTGGTGTATGGAGCCAAGGCAGAAGCTGCAATTGCCATTGGATTTGAT
EST: gi|89252884|gb|DY624670.1|DY624670
EST:     GTGAGCCATGCCCAATGTGTTTTGGTGCTGTTCATCTATCCCGGATTAAG                         AGGCTGGTGTATGGAGCCAAGGCAGAAGCTGCAATTGCCATTGGATTTGAT
genomic: GTGAGCCATGCCCAATGTGTTTTGGTGCTGTTCATCTATCCCGGATTAAGgttgatttct ... tgtactgcagAGGCTGGTGTATGGAGCCAAGGCAGAAGCTGCAATTGCCATTGGATTTGAT
EST: gi|5361194|gb|AI795614.1|AI795614
EST:     GTGAGCCATGCCCAATGTGTTTTGGTGCTGTTCATCTATCCCGGATTAAG                         AGGCTGGTGTATGGAGCCAAGGCAGAAGCTGCAATTGCCATTGGATTTGAT
genomic: GTGAGCCATGCCCAATGTGTTTTGGTGCTGTTCATCTATCCCGGATTAAGgttgatttct ... tgtactgcagAGGCTGGTGTATGGAGCCAAGGCAGAAGCTGCAATTGCCATTGGATTTGAT
EST: gi|211162917|gb|FL392799.1|FL392799
EST:     GTGAGCCATGCCCAAWGTGTTTTGGTGCYGTTCATTTATCCCGGATTAAG                         AGGCTGGTGTAT
genomic: GTGAGCCATGCCCAATGTGTTTTGGTGCTGTTCATCTATCCCGGATTAAGgttgatttct ... tgtactgcagAGGCTGGTGTAT
EST: gi|211377789|gb|FL432426.1|FL432426
EST:     GTGAGCCATGCCCAATGTGTTTTGGTGCTGTTCATGTATCCCGGATTAAG                         AGGCTGGTGTATGGAGCCAAGGCAGAAGCTGCAATTGCCATTGGATTTGAT
genomic: GTGAGCCATGCCCAATGTGTTTTGGTGCTGTTCATCTATCCCGGATTAAGgttgatttct ... tgtactgcagAGGCTGGTGTATGGAGCCAAGGCAGAAGCTGCAATTGCCATTGGATTTGAT

Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
CAAAAAGCTTGGGAAAATTGAGCTGTCGGATTGTGAAATTTATGCATCTTGTGAGCCATGCCCAATGTGTTTTGGTGCTGTTCATCTATCCCGGATTAAGgttgatttcttaacttacatattcttcatatgatagaatatatggagcatgttactgatagcaatcttgttcaatgctgtactgcag

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCTGTT