Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

CCAACTTGCAGTGAGTACTCTATGCAGGCGTACAAACGATATGGTGTTGTAAAGGGTTCCATCTTGACTGCTTGGCGCCTTTGCCGTTGTAATCCTCTTGgtatgtagttttttttctctatgtgcttagttatctctgttgtttgacatttttcatatatgtatagatctgtgtcacataacatttaatttgtgggacttagacctctctgatttatatgcag

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM5G819212_T01
intron # 4
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM5G819212_T01 (Zea mays), 5'ss of exon 4
lower sequence: LOC_Os02g15970.5 (Oryza sativa), 5'ss of exon 3
CCAACTTGCAGTGAGTACTCTATGCAGGCGTACAAACGATATGGTGTTGTAAAGGGTTCCATCTTGACTGCTTGGCGCCTTTGCCGTTGTAATCCTCTTGgtatgtagttttttttctctatgtgcttagttatctctgttgtttgacatttttcatatatgtatagatctgtgtcacataacatttaatttgtgggacttagacctctctgatttatatgcag
|||||||||||||||||||||||||| || ||||||  ||| ||||||| ||||||| | |||||||| |||||||| || ||||| ||||||||||||||||||||| ||||||  |    || | ||||| | |   ||  ||  |     ||  |   || |  | |||  ||| || | ||||| |       | ||   | | |   ||  | |  |||
CCAACTTGCAGTGAGTACTCTATGCAAGCATACAAAAAATACGGTGTTGCAAAGGGTACAATCTTGACAGCTTGGCGTCTATGCCGCTGTAATCCTCTTGgtatgtaggttttttcgttg--gttcatagttcttttgatttctt--cgacagtcgca---gtctgcacctgcatcatatcatatttatt-----aaattt---cttttacaataaacaaacag

upper sequence: GRMZM5G819212_T01 (Zea mays), 5'ss of exon 4
lower sequence: LOC_Os11g47930.1 (Oryza sativa), 5'ss of exon 4
CCAACTTGCAGTGAGTACTCTATGCAGGCGTACAAACGATATGGTGTTGTAAAGGGTTCCATCTTGACTGCTTGGCGCCTTTGCCGTTGTAATCCTCTTGgtatgtagttttttttctctatgtgcttagttatctctgttg-tttgacatttttcatatatgtatagatctgtgtcacataacatttaatttgtgggacttagacctctctgatttatatgcag
|||||||||||  ||||||||||||| || ||||||  ||| || |||| ||||||| | |||||||| |||||||| || |||| |||||||||||||||||||||| |||||   |    || | ||||| | |   ||  ||||||| |   |  |   || |  | |||  ||| || | || ||           ||| |  ||| |     | |  |||
CCAACTTGCAGCCAGTACTCTATGCAAGCATACAAAAAATACGGCGTTGCAAAGGGTACAATCTTGACAGCTTGGCGTCTATGCCATTGTAATCCTCTTGgtatgtaggtttttcgttg---gttcatagttcttttgatttctttgacagt---cgca---gtctgcacctgcatcatatcatatcta-----------ttaaatttctttt-ccaacaaacag

upper sequence: GRMZM5G819212_T01 (Zea mays), 5'ss of exon 4
lower sequence: Vv08s0007g00520.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 3
CCAACTTGCAGTGAGTACTCTATGCAGGCGTACAAACGATATGGTGTTGTAAAGGGTTCCATCTTGACTGCTTGGCGCCTTTGCCGTTGTAATCCTCTTGgtatgtagttttttttctctatgtgcttagttatc---------tctgt-----tgtttgacatttttcatatatgtat--------agatctgtgtcacataacattta-atttgtgggacttagacctctctgatttatatgcag
|| || || |||||||| || ||| | || || ||   |||||| |||||||||||  || |||||||  ||||||| || ||||| |||||||| |||||||     | |  | | | |     |||   || |         |||||     | | |||| |  ||    ||||| |        |    | | |  ||   |||    || |||     | |  ||  |   |||  | | |||
CCCACATGTAGTGAGTATTCCATGGAAGCCTATAAGAAATATGGAGTTGTAAAGGGCACCGTCTTGACCACTTGGCGTCTCTGCCGCTGTAATCCCCTTGgtacaatttctactctttttgcaatcttgaataccatacaaaattctgtgctcttttctgacctagttatggtatgttttcggtcttaagagtatatttcacctcatgggcatctgtaaatatgaagccaattatattcttttccag

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|211094336|gb|FL133038.1|FL133038
EST:     AAAGGGTTCCATCTTGACTGCTTGGCGCCTTTGCCGTTGTAATCCTCTTG                         GTGGATATGGGTATGATCCTCCAAAATGGTTTGGCGAGGAAGATGTACCTC
genomic: AAAGGGTTCCATCTTGACTGCTTGGCGCCTTTGCCGTTGTAATCCTCTTGgtatgtagtt ... ttatatgcagGTGGATATGGGTATGATCCTCCAAAATGGTTTGGCGAGGAAGATGTACCTC
EST: gi|78074191|gb|DV502625.1|DV502625
EST:     AAAGGGTTCCATCTTGACTGCTTGGCGCCTTTGCCGTTGTAATCCTCTTG                         GTGGATATGGGTATGATCCTCCAAAATGGTTTGGCGAGGAAGATGTACCTC
genomic: AAAGGGTTCCATCTTGACTGCTTGGCGCCTTTGCCGTTGTAATCCTCTTGgtatgtagtt ... ttatatgcagGTGGATATGGGTATGATCCTCCAAAATGGTTTGGCGAGGAAGATGTACCTC
EST: gi|87156647|gb|DY401436.1|DY401436
EST:     AAAGGGTTCCATCTTGACTGCTTGGCGCCTTTGCCGTTGTAATCCTCTTG                         GTGGATATGGGTATGATCCTCCAAAATGGTTTGGCGAGGAAGATGTACCTC
genomic: AAAGGGTTCCATCTTGACTGCTTGGCGCCTTTGCCGTTGTAATCCTCTTGgtatgtagtt ... ttatatgcagGTGGATATGGGTATGATCCTCCAAAATGGTTTGGCGAGGAAGATGTACCTC
EST: gi|21809854|gb|BQ668172.1|BQ668172
EST:     AAAGGGTTCCATCTTGACTGCTTGGCGCCTTTGCCGTTGTAATCCTCTTG                         GTGGATATGGGTATGATCCTCCAAAATGGTTTGGCGAGGAAGATGTACCTC
genomic: AAAGGGTTCCATCTTGACTGCTTGGCGCCTTTGCCGTTGTAATCCTCTTGgtatgtagtt ... ttatatgcagGTGGATATGGGTATGATCCTCCAAAATGGTTTGGCGAGGAAGATGTACCTC
EST: gi|22521085|gb|BU079896.1|BU079896
EST:     AAAGGGTTCCATCTTGACTGCTTGGCGCCTTTGCCGTTGTAATCCTCTTG                         GTGGATATGGGTATGATCCTCCAAAATGGTTTGGCGAGGAAGATGTACCTC
genomic: AAAGGGTTCCATCTTGACTGCTTGGCGCCTTTGCCGTTGTAATCCTCTTGgtatgtagtt ... ttatatgcagGTGGATATGGGTATGATCCTCCAAAATGGTTTGGCGAGGAAGATGTACCTC
EST: gi|26557890|gb|CA830125.1|CA830125
EST:     AAAGGGTTCCATCTTGACTGCTTGGCGCCTTTGCCGTTGTAATCCTCTTG                         GTGGATATGGGTATGATCCTCCAAAATGGTTTGGCGAGGAAGATGTACCTC
genomic: AAAGGGTTCCATCTTGACTGCTTGGCGCCTTTGCCGTTGTAATCCTCTTGgtatgtagtt ... ttatatgcagGTGGATATGGGTATGATCCTCCAAAATGGTTTGGCGAGGAAGATGTACCTC
EST: gi|22521084|gb|BU079895.1|BU079895
EST:     AAAGGGTTCCATCTTGACTGCTTGGCGCCTTTGCCGTTGTAATCCTCTTG                         GTGGATATGGGTATGATCCTCCAAAATGGTTTGGCGAGGAAGATGTACCTC
genomic: AAAGGGTTCCATCTTGACTGCTTGGCGCCTTTGCCGTTGTAATCCTCTTGgtatgtagtt ... ttatatgcagGTGGATATGGGTATGATCCTCCAAAATGGTTTGGCGAGGAAGATGTACCTC
EST: gi|21809855|gb|BQ668173.1|BQ668173
EST:     AAAGGGTTCCATCTTGACTGCTTGGCGCCTTTGCCGTTGTAATCCTCTTG                         GTGGATATGGGTATGATCCTCCAAAATGGTTTGGCGAGGAAGATGTAC
genomic: AAAGGGTTCCATCTTGACTGCTTGGCGCCTTTGCCGTTGTAATCCTCTTGgtatgtagtt ... ttatatgcagGTGGATATGGGTATGATCCTCCAAAATGGTTTGGCGAGGAAGATGTAC
EST: gi|21331586|gb|BQ486967.1|BQ486967
EST:     AAAGGGTTCCATCTTGACTGCTTGGCGCCTTTGCCGTTGTAATCCTCTTG                         GTGGATATGGGTATGATCCTCCAAAATGGTTTGGCGAGGAAGATGTACCTC
genomic: AAAGGGTTCCATCTTGACTGCTTGGCGCCTTTGCCGTTGTAATCCTCTTGgtatgtagtt ... ttatatgcagGTGGATATGGGTATGATCCTCCAAAATGGTTTGGCGAGGAAGATGTACCTC
EST: gi|87156978|gb|DY401767.1|DY401767
EST:     AAAGGGTTCCATCTTGACTGCTTGGCGCCTTTGCCGTTGTAATCCTCTTG                         GTGGATATGGGTATGATCCTCCAAAATGGTTTGGCGAGGAAGATGTACCTC
genomic: AAAGGGTTCCATCTTGACTGCTTGGCGCCTTTGCCGTTGTAATCCTCTTGgtatgtagtt ... ttatatgcagGTGGATATGGGTATGATCCTCCAAAATGGTTTGGCGAGGAAGATGTACCTC
EST: gi|21389849|gb|BQ527898.1|BQ527898
EST:     AAAGGGTTCCATCTTGACTGCTTGGCGCCTTTGCCGTTGTAATCCTCTTG                         GTGGATATGGGTATGATCCTCCAAAATGGTTTGGCGAGGAAGATGTACCTC
genomic: AAAGGGTTCCATCTTGACTGCTTGGCGCCTTTGCCGTTGTAATCCTCTTGgtatgtagtt ... ttatatgcagGTGGATATGGGTATGATCCTCCAAAATGGTTTGGCGAGGAAGATGTACCTC
EST: gi|26559014|gb|CA831249.1|CA831249
EST:     AAAGGGTTCCATCTTGACTGCTTGGCGCCTTTGCCGTTGTAATCCTCTTG                         GTGGATATGGGTATGATCCTCCAAAATGGTTTGGCGAGGAAGATGTACCTC
genomic: AAAGGGTTCCATCTTGACTGCTTGGCGCCTTTGCCGTTGTAATCCTCTTGgtatgtagtt ... ttatatgcagGTGGATATGGGTATGATCCTCCAAAATGGTTTGGCGAGGAAGATGTACCTC