Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

GCTATAAAGGATGGGGTTGATGCCGTGATAGCTGTTGGAGGTGATGGTACACTTCATGAGgtactttgtttattgcacaaccatgctacaaacagttttccagcgattgatactggtataacagttacagagttgatgatgttattttgaatatgtag

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM5G812553_T02
intron # 4
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM2G089860_T02 (Zea mays), 5'ss of exon 4
lower sequence: LOC_Os03g03400.2 (Oryza sativa), 5'ss of exon 4
GCTATAAAGGATGGGGTTGATGCCGTGATAGCTGTTGGAGGTGATGGTACACTTCATGAGgtactttgtttattg-----cacaaccatgctacaaacagttttccagcgattgatactggtataacagttacagagttgatgatgttatt---ttgaatatgtag
||| |||||||||||| |||||||||||| |||||||| |||||||| ||||||||||||||| | | | | |||       |||    | ||||| |  | | | |   |||  | | |  |    |  | || |   | | || ||  |   | |||| || ||
GCTGTAAAGGATGGGGCTGATGCCGTGATTGCTGTTGGTGGTGATGGAACACTTCATGAGgtattatttgtgttgacttttgcaatatggatacaacctttgtactaa--atttgtccagaaacttgatattcaaatacggtaatatttgtggatggaatgtgcag

upper sequence: GRMZM2G089860_T02 (Zea mays), 5'ss of exon 4
lower sequence: GLYMA09G39010.1 (Glycine max), 5'ss of exon 4
GCTATAAAGGATGGGGTTGATGCCGTGATAGCTGTTGGAGGTGATGGTACACTTCATGAGgtac------tttgtttattgcacaaccat-gctac-aaacagttttccagcgattgatactggtataacagttacagagttgatgatg--ttattttgaatatgtag
||||||| ||| |||| ||||||||| || ||||||||||||||||| || |||||||||||        ||| ||||||     |   | |  || ||| | |||||||  |    || || |  || ||   ||    |     | |  | || || ||       
GCTATAAGGGAGGGGGCTGATGCCGTCATTGCTGTTGGAGGTGATGGAACTCTTCATGAGgtgaagactgtttttttatttttttattgttgagactaaagaattttccaaggg--aattcttgagtagcatccaccttatcagaaagggttcatgttcaac------

upper sequence: GRMZM2G089860_T02 (Zea mays), 5'ss of exon 4
lower sequence: GLYMA18G47330.1 (Glycine max), 5'ss of exon 4
-GCTATAAAGGATGGGGTTGATGCCGTGATAGCTGTTGGAGGTGATGGTACACTTCATGAGgtactttgtttattgcacaaccatgctacaaacagttttccagcgattgatactggtataacagttacagagttgatgatgttattttgaatatgtag----
 ||||||| ||| |||| |||||| || || ||||||||||| ||||| || |||||||||||      |    |   |||  |    | ||  | | ||       |||||  |  | | |  | |  |  | |  | |  ||  | |  |||   |     
GGCTATAAGGGAGGGGGCTGATGCTGTCATTGCTGTTGGAGGAGATGGAACTCTTCATGAggtgaaaactgcccttttcaaaaaaaaaataattattgttgggagtgttgatgtta-tttgatggatttattgctacttaaatt--tctacataaaaaatttc

upper sequence: GRMZM2G089860_T02 (Zea mays), 5'ss of exon 4
lower sequence: AT2G46090.1 (Arabidopsis thaliana), 5'ss of exon 4
GCTATAAAGGATGGGGTTGATGCCGTGATAGCTGTTGGAGGTGATGGTACACTTCATGAGgtactttgtttattgcacaaccatgctacaaacagttttccagcgattgatactggtataacagttacagagttgatgatgttattttgaatatgtag
||||||| |||||| |  ||||| || || || |||||||||||||| |||||||||||||||      ||            |||||  ||| |   ||  | ||||  ||  | |  |    ||      ||  |  | |||| |  |        
GCTATAAGGGATGGTGCAGATGCTGTCATTGCGGTTGGAGGTGATGGAACACTTCATGAGgtag--gaattgccatttttggttgcta-gaactgcgctctggagattctta--gctccactcattctgtcctttttttttttatctacag-------

upper sequence: GRMZM2G089860_T02 (Zea mays), 5'ss of exon 4
lower sequence: Vv15s0046g01770.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 4
GCTATAAAGGATGGGGTTGATGCCGTGATAGCTGTTGGAGGTGATGGTACACTTCATGAGgtac-tttgtttattgcacaaccatgctacaaacagttttccagcgattgatactggtataa-cagttacagagttgatgatgttattttgaatatgtag
|| |||  ||| || | |||||||||||| || |||||||| ||||| || ||||||||||| | |||| || |     | |       | |     ||| |  | ||    | |   | || |  || |  |  |  |   |  | | ||    || | 
GCCATACGGGAGGGTGCTGATGCCGTGATTGCAGTTGGAGGGGATGGAACTCTTCATGAGgtgcatttgcttctcttttagcatgaaagctagtttatttgcgtctataacaatttacaaaatcttttccccaccttttagggcaactatgctggtggaa

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|78075654|gb|DV504088.1|DV504088
EST:     ATGGGGTTGATGCCGTGATAGCTGTTGGAGGTGATGGTACACTTCATGAG                         GTGGTCAATGGTTTCTTTTGGGAAGGAAGTCCAGTGTGTGCTCTGGATCGA
genomic: ATGGGGTTGATGCCGTGATAGCTGTTGGAGGTGATGGTACACTTCATGAGgtactttgtt ... gaatatgtagGTGGTCAATGGTTTCTTTTGGGAAGGAAGTCCAGTGTGTGCTCTGGATCGA
EST: gi|40334416|gb|CK368486.1|CK368486
EST:     ATGGGGTTGATGCCGTGATAGCTGTTGGAGGTGATGGTACACTTCATGAG                         GTGGTCAATGGTTTCTTTTGGGAAGGAAGTCCAGTGTGTGCTCTGGATCGA
genomic: ATGGGGTTGATGCCGTGATAGCTGTTGGAGGTGATGGTACACTTCATGAGgtactttgtt ... gaatatgtagGTGGTCAATGGTTTCTTTTGGGAAGGAAGTCCAGTGTGTGCTCTGGATCGA
EST: gi|50336722|gb|CO531848.1|CO531848
EST:     ATGGGGTTGATGCCGTGATAGCTGTTGGAGGTGATGGTACACTTCATGAG                         GTGGTCAATGGTTTCTTTTGGGAAGGAAGTCCAGTGTGTGCTCTGGATCGA
genomic: ATGGGGTTGATGCCGTGATAGCTGTTGGAGGTGATGGTACACTTCATGAGgtactttgtt ... gaatatgtagGTGGTCAATGGTTTCTTTTGGGAAGGAAGTCCAGTGTGTGCTCTGGATCGA
EST: gi|71764065|gb|DR962002.1|DR962002
EST:     ATGGGGTTGATGCCGTGATAGCTGTTGGAGGTGATGGTACACTTCATGAG                         GTGGTCAATGGTTTCTTTTGGGAAGGAAGTCCAGTGTGTGCTCTGGATCGA
genomic: ATGGGGTTGATGCCGTGATAGCTGTTGGAGGTGATGGTACACTTCATGAGgtactttgtt ... gaatatgtagGTGGTCAATGGTTTCTTTTGGGAAGGAAGTCCAGTGTGTGCTCTGGATCGA
EST: gi|211467175|gb|FK976084.1|FK976084
EST:     ATGGGGTTGATGCCGTGATAGCTGTTGGAGGTGATGGTACACTTCATGAG                         GTGGTCAATGGTTTCTTTTGGGAAGGAAGTCCAGTGTGTGCTCTGGATCGA
genomic: ATGGGGTTGATGCCGTGATAGCTGTTGGAGGTGATGGTACACTTCATGAGgtactttgtt ... gaatatgtagGTGGTCAATGGTTTCTTTTGGGAAGGAAGTCCAGTGTGTGCTCTGGATCGA
EST: gi|91878207|gb|EB408164.1|EB408164
EST:     ATGGGGTTGATGCCGTGATAGCTGTTGGAGGTGATGGTACACTTCATGAG                         GTGGTCAATGGTTTCTTTTGGGAAGGAAGTCCAGTGTGTGCTCTGGATCGA
genomic: ATGGGGTTGATGCCGTGATAGCTGTTGGAGGTGATGGTACACTTCATGAGgtactttgtt ... gaatatgtagGTGGTCAATGGTTTCTTTTGGGAAGGAAGTCCAGTGTGTGCTCTGGATCGA
EST: gi|76285904|gb|DV025472.1|DV025472
EST:     ATGGGGTTGATGCCGTGATAGCTGTTGGAGGTGATGGTACACTTCATGAG                         GTGGTCAATGGTTTCTTTTGGGAAGGAAGTCCAGTGTGTGCTCTGGATCGA
genomic: ATGGGGTTGATGCCGTGATAGCTGTTGGAGGTGATGGTACACTTCATGAGgtactttgtt ... gaatatgtagGTGGTCAATGGTTTCTTTTGGGAAGGAAGTCCAGTGTGTGCTCTGGATCGA
EST: gi|89759547|gb|DY688342.1|DY688342
EST:     ATGGGGTTGATGCCGTGATAGCTGTTGGAGGTGATGGTACACTTCATGAG                         GTGGTCAATGGTTTCTTTTGGGAAGGAAGTCCAGTGTGTGCTCTGGATCGA
genomic: ATGGGGTTGATGCCGTGATAGCTGTTGGAGGTGATGGTACACTTCATGAGgtactttgtt ... gaatatgtagGTGGTCAATGGTTTCTTTTGGGAAGGAAGTCCAGTGTGTGCTCTGGATCGA
EST: gi|211469692|gb|FK976089.1|FK976089
EST:     ATGGGGTTGATGCCGT-ATAGCTGTTGGAGGTGATGGTACACTTCATGAG                         GTGGTCAATGGTTTCTTTTGGGAAGGAAGTCCAGTGTGTGCTCTGGATCGA
genomic: ATGGGGTTGATGCCGTGATAGCTGTTGGAGGTGATGGTACACTTCATGAGgtactttgtt ... gaatatgtagGTGGTCAATGGTTTCTTTTGGGAAGGAAGTCCAGTGTGTGCTCTGGATCGA
EST: gi|211469691|gb|FK976088.1|FK976088
EST:     ATGGGGTTGATGCCGTGATAGCTGTTGGAGGTGATGGTACACTTCATGAG                         GTGGTCAATGGTTTCTTTTGGGAAGGAAGTCCAGTGTGTGCTCTGGATCGA
genomic: ATGGGGTTGATGCCGTGATAGCTGTTGGAGGTGATGGTACACTTCATGAGgtactttgtt ... gaatatgtagGTGGTCAATGGTTTCTTTTGGGAAGGAAGTCCAGTGTGTGCTCTGGATCGA
EST: gi|30307231|gb|CD001904.1|CD001904
EST:     ATGGGGTTGATGCCGTGATAGCTGTTGGAGGTGATGGTACACTTCATGAG                         GTGGTCAATGGTTTCTTTTGGGAAGGAAGTCCAGTGTGTGCTCTGGATCGA
genomic: ATGGGGTTGATGCCGTGATAGCTGTTGGAGGTGATGGTACACTTCATGAGgtactttgtt ... gaatatgtagGTGGTCAATGGTTTCTTTTGGGAAGGAAGTCCAGTGTGTGCTCTGGATCGA
EST: gi|149080870|gb|EE169951.2|EE169951
EST:     ATGGGGTTGATGCCGTGATAGCTGTTGGAGGTGATGGTACACTTCATGAG                         GTGGTCAATGGTTTCTTTTGGGAAGGAAGTCCAGTGTGTGCTCTGGATCGA
genomic: ATGGGGTTGATGCCGTGATAGCTGTTGGAGGTGATGGTACACTTCATGAGgtactttgtt ... gaatatgtagGTGGTCAATGGTTTCTTTTGGGAAGGAAGTCCAGTGTGTGCTCTGGATCGA
EST: gi|211467172|gb|FK976081.1|FK976081
EST:     ATGGGGTTGATGCCGTGATAGCTGTTGGAGGTGATGGTACACTTCATGAG                         GTGGTCAATGGTTTCTTTTGGGAAGGAAGTCCAGTGTGTGCTCTGGATCGA
genomic: ATGGGGTTGATGCCGTGATAGCTGTTGGAGGTGATGGTACACTTCATGAGgtactttgtt ... gaatatgtagGTGGTCAATGGTTTCTTTTGGGAAGGAAGTCCAGTGTGTGCTCTGGATCGA
EST: gi|211469695|gb|FK976092.1|FK976092
EST:     ATGGGGTTGATGCCGTGATAGCTGTTGGAGGTGATGGTACACTTCATGAG                         GTGGTCAATGGTTTCTTTTGGGAAGGAAGTCCAGTGTGTGCTC
genomic: ATGGGGTTGATGCCGTGATAGCTGTTGGAGGTGATGGTACACTTCATGAGgtactttgtt ... gaatatgtagGTGGTCAATGGTTTCTTTTGGGAAGGAAGTCCAGTGTGTGCTC
EST: gi|93281461|gb|EB673725.1|EB673725
EST:     ATGGGGTTGATGCCGTGATAGCTGTTGGAGGTGATGGTACACTTCATGAG                         GTGGTCAATGGTTTCTTTTGGGAAGGAAGTCCAGTGTGTGCTCTGGATCGA
genomic: ATGGGGTTGATGCCGTGATAGCTGTTGGAGGTGATGGTACACTTCATGAGgtactttgtt ... gaatatgtagGTGGTCAATGGTTTCTTTTGGGAAGGAAGTCCAGTGTGTGCTCTGGATCGA
EST: gi|211469693|gb|FK976090.1|FK976090
EST:     ATGGGGTTGATGCCGTTATAGCTGTTGGAGGTGATGGTACACTTCATGAG                         GTGGTCAATGGTTTCTTTTGGGAAGGAAGTCCAGTGTGTGCTCTGGATCGA
genomic: ATGGGGTTGATGCCGTGATAGCTGTTGGAGGTGATGGTACACTTCATGAGgtactttgtt ... gaatatgtagGTGGTCAATGGTTTCTTTTGGGAAGGAAGTCCAGTGTGTGCTCTGGATCGA
EST: gi|76021472|gb|DT948642.1|DT948642
EST:     ATGGGGTTGATGCCGTGATAGCTGTTGGAGGTGATGGTACACTTCATGAG                         GTGGTCAATGGTTTCTTTTGGGAAGGAAGTCCAGTGTGTGCTCTGGATCGA
genomic: ATGGGGTTGATGCCGTGATAGCTGTTGGAGGTGATGGTACACTTCATGAGgtactttgtt ... gaatatgtagGTGGTCAATGGTTTCTTTTGGGAAGGAAGTCCAGTGTGTGCTCTGGATCGA
EST: gi|27522138|gb|CA989244.1|CA989244
EST:     ATGGGGTTGATGCCGTGATAGCTGTTGGAGGTGATGGTACACTTCATGAG                         GTGGTCAATGGTTTCTTTTGGGAAGGAAGTCCAGTGTGTGCTCTGGATCGA
genomic: ATGGGGTTGATGCCGTGATAGCTGTTGGAGGTGATGGTACACTTCATGAGgtactttgtt ... gaatatgtagGTGGTCAATGGTTTCTTTTGGGAAGGAAGTCCAGTGTGTGCTCTGGATCGA
EST: gi|148976019|gb|EE025878.2|EE025878
EST:     ATGGGGTTGATGCCGTGATAGCTGTTGGAGGTGATGGTACACTTCATGAG                         GTGGTCAATGGTTTCTTTTGGGAAGGAAGTCCAGTGTGTGCTCTGGATCGA
genomic: ATGGGGTTGATGCCGTGATAGCTGTTGGAGGTGATGGTACACTTCATGAGgtactttgtt ... gaatatgtagGTGGTCAATGGTTTCTTTTGGGAAGGAAGTCCAGTGTGTGCTCTGGATCGA
EST: gi|50322460|gb|CO517586.1|CO517586
EST:     ATGGGGTTGATGCCGTGATAGCTGTTGGAGGTGATGGTACACTTCATGAG                         GTGGTCAATGGTTTCTTTTGGGAAGGAAGTCCAGTGTGTGCTCTGGATCGA
genomic: ATGGGGTTGATGCCGTGATAGCTGTTGGAGGTGATGGTACACTTCATGAGgtactttgtt ... gaatatgtagGTGGTCAATGGTTTCTTTTGGGAAGGAAGTCCAGTGTGTGCTCTGGATCGA
EST: gi|30087318|gb|CB885526.1|CB885526
EST:     ATGGGGTTGATGCCGTGATAGCTGTTGGAGGTGATGGTACACTTCATGAG                         GTGGTCAATGGTTTCTTTTGGGAAGGAAGTCCAGTGTGTGCTCTGGATCGA
genomic: ATGGGGTTGATGCCGTGATAGCTGTTGGAGGTGATGGTACACTTCATGAGgtactttgtt ... gaatatgtagGTGGTCAATGGTTTCTTTTGGGAAGGAAGTCCAGTGTGTGCTCTGGATCGA
EST: gi|50334433|gb|CO529559.1|CO529559
EST:     ATGGGGTTGATGCCGTGATAGCTGTTGGAGGTGATGGTACACTTCATGAG                         GTGGTCAATGGTTTCTTTTGGGAAGGAAGTCCAGTGTGTGCTCTGGATCGA
genomic: ATGGGGTTGATGCCGTGATAGCTGTTGGAGGTGATGGTACACTTCATGAGgtactttgtt ... gaatatgtagGTGGTCAATGGTTTCTTTTGGGAAGGAAGTCCAGTGTGTGCTCTGGATCGA
EST: gi|71774560|gb|DR972438.1|DR972438
EST:     ATGGGGTTGATGCCGTGATAGCTGTTGGAGGTGATGGTACACTTCATGAG                         GTGGTCAATGGTTTCTTTTGGGAAGGAAGTCCAGTGTGTGCTCTGGATCGA
genomic: ATGGGGTTGATGCCGTGATAGCTGTTGGAGGTGATGGTACACTTCATGAGgtactttgtt ... gaatatgtagGTGGTCAATGGTTTCTTTTGGGAAGGAAGTCCAGTGTGTGCTCTGGATCGA
EST: gi|91051589|gb|EB162007.1|EB162007
EST:     ATGGGGTTGATGCCGTGATAGCTGTTGGAGGTGATGGTACACTTCATGAG                         GTGGTCAATGGTTTCTTTTGGGAAGGAAGTCCAGTGTGTGCTCTGGATCGA
genomic: ATGGGGTTGATGCCGTGATAGCTGTTGGAGGTGATGGTACACTTCATGAGgtactttgtt ... gaatatgtagGTGGTCAATGGTTTCTTTTGGGAAGGAAGTCCAGTGTGTGCTCTGGATCGA
EST: gi|78085115|gb|DV513508.1|DV513508
EST:     ATGGGGTTGATGCCGTGATAGCTGTTGGAGGTGATGGTACACTTCATGAG                         GTGGTCAATGGTTTCTTTTGGGAAGGAAGTCCAGTGTGTGCTCTGGATCGA
genomic: ATGGGGTTGATGCCGTGATAGCTGTTGGAGGTGATGGTACACTTCATGAGgtactttgtt ... gaatatgtagGTGGTCAATGGTTTCTTTTGGGAAGGAAGTCCAGTGTGTGCTCTGGATCGA
EST: gi|78078210|gb|DV506625.1|DV506625
EST:     ATGGGGTTGATGCCGTGATAGCTGTTGGAGGTGATGGTACACTTCATGAG                         GTGGTCAATGGTTTCTTTTGGGAAGGAAGTCCAGTGTGTGCTCTGGATCGA
genomic: ATGGGGTTGATGCCGTGATAGCTGTTGGAGGTGATGGTACACTTCATGAGgtactttgtt ... gaatatgtagGTGGTCAATGGTTTCTTTTGGGAAGGAAGTCCAGTGTGTGCTCTGGATCGA
EST: gi|91878508|gb|EB408465.1|EB408465
EST:     ATGGGGTTGATGCCGTGATAGCTGTTGGAGGTGATGGTACACTTCATGAG                         GTGGTCAATGGTTTCTTTTGGGAAGGAAGTCCAGTGTGTGCTCTGGATCGA
genomic: ATGGGGTTGATGCCGTGATAGCTGTTGGAGGTGATGGTACACTTCATGAGgtactttgtt ... gaatatgtagGTGGTCAATGGTTTCTTTTGGGAAGGAAGTCCAGTGTGTGCTCTGGATCGA
EST: gi|78105462|gb|DV523880.1|DV523880
EST:     ATGGGGTTGATGCCGTGATAGCTGTTGGAGGTGATGGTACACTTCATGAG                         GTGGTCAATGGTTTCTTTTGGGAAGGAAGTCCAGTGTGTGCTCTGGATCGA
genomic: ATGGGGTTGATGCCGTGATAGCTGTTGGAGGTGATGGTACACTTCATGAGgtactttgtt ... gaatatgtagGTGGTCAATGGTTTCTTTTGGGAAGGAAGTCCAGTGTGTGCTCTGGATCGA
EST: gi|71436209|gb|DR817259.1|DR817259
EST:     ATGGGGTTGATGCCGTGATAGCTGTTGGAGGTGATGGTACACTTCATGAG                         GTGGTCAATGGTTTCTTTTGGGAAGGAAGTCCAGTGTGTGCTCTGGATCGA
genomic: ATGGGGTTGATGCCGTGATAGCTGTTGGAGGTGATGGTACACTTCATGAGgtactttgtt ... gaatatgtagGTGGTCAATGGTTTCTTTTGGGAAGGAAGTCCAGTGTGTGCTCTGGATCGA
EST: gi|67022745|gb|CO451494.1|CO451494
EST:     ATGGGGTTGATGCCGTGATAGCTGTTGGAGGTGATGGTACACTTCATGAG                         GTGGTCAATGGTTTCTTTTGGGAAGGAAGTCCAGTGTGTGCTCTGGATCGA
genomic: ATGGGGTTGATGCCGTGATAGCTGTTGGAGGTGATGGTACACTTCATGAGgtactttgtt ... gaatatgtagGTGGTCAATGGTTTCTTTTGGGAAGGAAGTCCAGTGTGTGCTCTGGATCGA
EST: gi|50339595|gb|CO534721.1|CO534721
EST:     ATGGGGTTGATGCCGTGATAGCTGCTGGAGGTGATGGCACACTTCATGAG                         GTGGACAATGGTTTCT
genomic: ATGGGGTTGATGCCGTGATAGCTGTTGGAGGTGATGGTACACTTCATGAGgtactttgtt ... gaatatgtagGTGGTCAATGGTTTCT
EST: gi|91873291|gb|EB403248.1|EB403248
EST:     ATGGGGTTGATGCCGTGATAGCTGTTGGAGGTGATGGTACACTTCATGAG                         GTGGTCAATGGTTTCTTTTGGGAACGAAGTCCAGTGTGTGGCTCTGGATCC
genomic: ATGGGGTTGATGCCGTGATAGCTGTTGGAGGTGATGGTACACTTCATGAGgtactttgtt ... gaatatgtagGTGGTCAATGGTTTCTTTTGGGAAGGAAGTCCAGTGTGTG-CTCTGGATCG
EST: gi|91050474|gb|EB160892.1|EB160892
EST:     ATGGGGTTGATGCCGTGATAGCTGTTGGAGGTGATGGTACACTTCATGAG                         GTGGTCAATGGTTTCTTTTGGGAAGGAAGTCCAGTGTGTGCTCTGGATCGA
genomic: ATGGGGTTGATGCCGTGATAGCTGTTGGAGGTGATGGTACACTTCATGAGgtactttgtt ... gaatatgtagGTGGTCAATGGTTTCTTTTGGGAAGGAAGTCCAGTGTGTGCTCTGGATCGA
EST: gi|78113487|gb|DV531878.1|DV531878
EST:     ATGGGGTTGATGCCGTGATAGCTGTTGGAGGTGATGGTACACTTCATGAG                         GTGGTCAATGGTTTCTTTTGGGAAGGAAGTCCAGTGTGTGCTCTGGATCGA
genomic: ATGGGGTTGATGCCGTGATAGCTGTTGGAGGTGATGGTACACTTCATGAGgtactttgtt ... gaatatgtagGTGGTCAATGGTTTCTTTTGGGAAGGAAGTCCAGTGTGTGCTCTGGATCGA
EST: gi|33467744|gb|CF244793.1|CF244793
EST:     ATGGGGTTGATGCCGTGATAGCTGTTGGAGGTGATGGTACACTTCATGAG                         GTGGTCAATGGTTTCTTTTGGGAAGGAAGTCCAGTGTGTGCTCTGGATCGA
genomic: ATGGGGTTGATGCCGTGATAGCTGTTGGAGGTGATGGTACACTTCATGAGgtactttgtt ... gaatatgtagGTGGTCAATGGTTTCTTTTGGGAAGGAAGTCCAGTGTGTGCTCTGGATCGA
EST: gi|211469689|gb|FK976086.1|FK976086
EST:     ATGGGGTTGATGCCGTGATAGCTGTTGGAGGTGATGGTACACTTCATGAG                         GTGGTCAATGGTTTCTTTTGGGAAGGAAGTCCAGTGTGTGCTCTGGATCGA
genomic: ATGGGGTTGATGCCGTGATAGCTGTTGGAGGTGATGGTACACTTCATGAGgtactttgtt ... gaatatgtagGTGGTCAATGGTTTCTTTTGGGAAGGAAGTCCAGTGTGTGCTCTGGATCGA
EST: gi|40335239|gb|CK369309.1|CK369309
EST:     ATGGGGTTGATGCCGTGATAGCTGTTGGAGGTGATGGTACACTTCATGAG                         GTGGTCAATGGTTTCTTTTGGGAAGGAAGTCCAGTGTGTGCTCTGGATCGA
genomic: ATGGGGTTGATGCCGTGATAGCTGTTGGAGGTGATGGTACACTTCATGAGgtactttgtt ... gaatatgtagGTGGTCAATGGTTTCTTTTGGGAAGGAAGTCCAGTGTGTGCTCTGGATCGA
EST: gi|78121935|gb|DV540319.1|DV540319
EST:     ATGGGGTTGATGCCGTGATAGCTGTTGGAGGTGATGGTACACTTCATGAG                         GTGGTCAATGGTTTCTTTTGGGAAGGAAGTCCAGTGTGTGCTCTGGATCGA
genomic: ATGGGGTTGATGCCGTGATAGCTGTTGGAGGTGATGGTACACTTCATGAGgtactttgtt ... gaatatgtagGTGGTCAATGGTTTCTTTTGGGAAGGAAGTCCAGTGTGTGCTCTGGATCGA
EST: gi|71298751|gb|DR785364.1|DR785364
EST:     ATGGGGTTGATGCCGTGATAGCTGTTGGAGGTGATGGTACACTTCATGAG                         GTGGTCAATGGTTTCTTTTGGGAAGGAAGTCCAGTGTGTGCTCTGGATCGA
genomic: ATGGGGTTGATGCCGTGATAGCTGTTGGAGGTGATGGTACACTTCATGAGgtactttgtt ... gaatatgtagGTGGTCAATGGTTTCTTTTGGGAAGGAAGTCCAGTGTGTGCTCTGGATCGA
EST: gi|211467174|gb|FK976083.1|FK976083
EST:     ATGGGGTTGATGCCGTGATAGCTGTTGGAGGTGATGGTACACTTCATGAG                         GTGGTCAATGGTYTCTTTTGGGAAGGAAGTCCAGTGTGTGCTCTGGA
genomic: ATGGGGTTGATGCCGTGATAGCTGTTGGAGGTGATGGTACACTTCATGAGgtactttgtt ... gaatatgtagGTGGTCAATGGTTTCTTTTGGGAAGGAAGTCCAGTGTGTGCTCTGGA
EST: gi|211469696|gb|FK976093.1|FK976093
EST:     ATGGGGTTGATGCCGTGATAGCTGTTGGAGGTGATGGTACACTTCATGAG                         GTGGTCAATGGTTTCTTTTGGGAAGGAAGTCCAGTGTGTGCTCTGGATCGA
genomic: ATGGGGTTGATGCCGTGATAGCTGTTGGAGGTGATGGTACACTTCATGAGgtactttgtt ... gaatatgtagGTGGTCAATGGTTTCTTTTGGGAAGGAAGTCCAGTGTGTGCTCTGGATCGA
EST: gi|31363680|gb|CD448037.1|CD448037
EST:     ATGGGGTTGATGCCGTGATAGCTGTTGGAGGTGATGGTACACTTCATGAG                         GTGGTCAATGGTTTCTTTTGGGAAGGAAGTCCAGTGTGTGCTCTGGATCGA
genomic: ATGGGGTTGATGCCGTGATAGCTGTTGGAGGTGATGGTACACTTCATGAGgtactttgtt ... gaatatgtagGTGGTCAATGGTTTCTTTTGGGAAGGAAGTCCAGTGTGTGCTCTGGATCGA
EST: gi|8102673|gb|AW927320.1|AW927320
EST:     CTGTTGGAGGTGATGGTACACTTCATGAG                         GTGGTCAATGGTTTCTTTTGGGAAGGAAGTCCAGTGTGTGCTCTGGATCGA
genomic: CTGTTGGAGGTGATGGTACACTTCATGAGgtactttgtt ... gaatatgtagGTGGTCAATGGTTTCTTTTGGGAAGGAAGTCCAGTGTGTGCTCTGGATCGA
EST: gi|71436272|gb|DR817322.1|DR817322
EST:     ATGGGGTTGATGCCGTGATAGCTGTTGGAGGTGATGGTACACTTCATGAG                         GTGGTCAATGGTTTCTTTTGGGAAGGAAGTCCAGTGTGTGCTCTGGATCGA
genomic: ATGGGGTTGATGCCGTGATAGCTGTTGGAGGTGATGGTACACTTCATGAGgtactttgtt ... gaatatgtagGTGGTCAATGGTTTCTTTTGGGAAGGAAGTCCAGTGTGTGCTCTGGATCGA
EST: gi|30087080|gb|CB885288.1|CB885288
EST:     ATGGGGTTGATGCCGTGATAGCTGTTGGAGGTGATGGTACACTTCATGAG                         GTGGTCAATGGTTTCTTTTGGGAAGGAAGTCCAGTGTGTGCTCTGGATCGA
genomic: ATGGGGTTGATGCCGTGATAGCTGTTGGAGGTGATGGTACACTTCATGAGgtactttgtt ... gaatatgtagGTGGTCAATGGTTTCTTTTGGGAAGGAAGTCCAGTGTGTGCTCTGGATCGA
EST: gi|31406361|gb|CD485093.1|CD485093
EST:     ATGGGGTTGATGCCGTGATAGCTGTTGGAGGTGATGGTACACTTCATGAG                         GTGGTCAATGGTTTCTTTTGGGAAGGAAGTCCAGTGTGTGCTCTGGATCGA
genomic: ATGGGGTTGATGCCGTGATAGCTGTTGGAGGTGATGGTACACTTCATGAGgtactttgtt ... gaatatgtagGTGGTCAATGGTTTCTTTTGGGAAGGAAGTCCAGTGTGTGCTCTGGATCGA

Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
GCTATAAAGGATGGGGTTGATGCCGTGATAGCTGTTGGAGGTGATGGTACACTTCATGAGgtactttgtttattgcacaaccatgctacaaacagttttccagcgattgatactggtataacagttacagagttgatgatgttattttgaatatgtag

- - - - - - - - - - - - - - - GCTGTT
- - - - - - - - - - - - - - - - - TTGGAG
- - - - - - - - - - - - - - - - -  TGGAGG