Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

TTTTTGTTTTGTTCATGGTACTGAACTCACACCAGATGTCTCCCAATCTTTTGgtaggttttcatgctctgtgcaagctgtccatgatttggttaaaattgttttcttattcgtataaagcatgcaactgtggaacagtttaataaccacatttttgttggattgtgcgatcttttcttttcttttag

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G492252_T01
intron # 4
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM2G492252_T01 (Zea mays), 5'ss of exon 4
lower sequence: LOC_Os03g16570.2 (Oryza sativa), 5'ss of exon 4
TTTTTGTTTTGTTCATGGTACTGAACTCACACCAGATGTCTCCCAATCTTTTGgtaggttttcatgctctgtgcaagctgtccatgatttggttaaaattgttttcttattcgtataaagcatgcaactgtggaacagtttaataaccacatttttgttggattgtgcgatcttttcttttcttttag
|| || | ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||  |||||||| ||| |||                |  ||| | ||             | |||| | |||| ||| ||      ||||  | ||| || |       ||||| || ||| |||   || ||| || |     
TTCTTATGTTGTTCATGGTACTGAACTCACACCAGATGTCTCCGAACTTTTTGgtaagttatca---------------attgatggtatg-------------tattatgcttatatagcttg-----atggagaaatttcatga-------tttgtcgggttgcgcggaattgtctcttgtag---
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|211128948|gb|FL128226.1|FL128226
EST:     TTGTTTTGTTCATGGTACTGAACTCACACCAGATGTCTCCCAATCTTTTG                         CTTTGGATAGTCTTGGGAGCCTTCCTAATGGCCACGAGCCTTAGAATGTAT
genomic: TTGTTTTGTTCATGGTACTGAACTCACACCAGATGTCTCCCAATCTTTTGgtaggttttc ... tttcttttagCTTTGGATAGTCTTGGGAGCCTTCCTAATGGCCACGAGCCTTAGAATGTAT
EST: gi|211128945|gb|FL128223.1|FL128223
EST:     TTGTTTTGTTCATGGTACTGAACTCACACCAGATGTCTCCCAATCTTTTG                         CTTTGGATAGTCTTGGGAGCCTTCCTAATGGCCACGAGCCTTAGAATGTAT
genomic: TTGTTTTGTTCATGGTACTGAACTCACACCAGATGTCTCCCAATCTTTTGgtaggttttc ... tttcttttagCTTTGGATAGTCTTGGGAGCCTTCCTAATGGCCACGAGCCTTAGAATGTAT
EST: gi|149105940|gb|EE291566.2|EE291566
EST:     TTGTTTTGTTCATGGTACTGAACTCACACCAGATGTCTCCCAATCTTTTG                         CTTTGGATAGTCTTGGGAGCCTTCCTAATGGCCACGAGCCTTAGAATGTAT
genomic: TTGTTTTGTTCATGGTACTGAACTCACACCAGATGTCTCCCAATCTTTTGgtaggttttc ... tttcttttagCTTTGGATAGTCTTGGGAGCCTTCCTAATGGCCACGAGCCTTAGAATGTAT
EST: gi|88758241|gb|DY542382.1|DY542382
EST:     TTGTTTTGTTCATGGTACTGAACTCACACCAGATGTCTCCCAATCTTTTG                         CTTTGGATAGTCTTGGGAGCCTTCCTAATGGCCACGAGCCTTAGAATGTAT
genomic: TTGTTTTGTTCATGGTACTGAACTCACACCAGATGTCTCCCAATCTTTTGgtaggttttc ... tttcttttagCTTTGGATAGTCTTGGGAGCCTTCCTAATGGCCACGAGCCTTAGAATGTAT
EST: gi|71424496|gb|DR806334.1|DR806334
EST:     TTGTTTTGTTCATGGTACTGAACTCACACCAGATGTCTCCCAATCTTTTG                         CTTTGGATAGTCTTGGGAGCCTTCCTAATGGCCACGAGCCTTAGAATGTAT
genomic: TTGTTTTGTTCATGGTACTGAACTCACACCAGATGTCTCCCAATCTTTTGgtaggttttc ... tttcttttagCTTTGGATAGTCTTGGGAGCCTTCCTAATGGCCACGAGCCTTAGAATGTAT
EST: gi|211129864|gb|FL128228.1|FL128228
EST:     TTGTTTTGTTCATGGTACTGAACCCACACCAGATGTCTCCCAATCTTTTG                         CTTTGGGATAGTCTTGGGAGCCTTCCTAATGGCCACGAGCCTTAGAATGTA
genomic: T-GTTTTGTTCATGGTACTGAACTCACACCAGATGTCTCCCAATCTTTTGgtaggttttc ... tttcttttagCTTTGG-ATAGTCTTGGGAGCCTTCCTAATGGCCACGAGCCTTAGAATGTA
EST: gi|211129863|gb|FL128227.1|FL128227
EST:     TTGTTTTGTTCATGGTACTGAACTCACACCAGATGTCTCCCAATCTTTTG                         CTTTGGATAGTCTTGGGAGCCTTCCTAATGGCCACGAGCCTTAGAATGTAT
genomic: TTGTTTTGTTCATGGTACTGAACTCACACCAGATGTCTCCCAATCTTTTGgtaggttttc ... tttcttttagCTTTGGATAGTCTTGGGAGCCTTCCTAATGGCCACGAGCCTTAGAATGTAT
EST: gi|37417624|gb|CF646466.1|CF646466
EST:     TTGTTTTGTTCATGGTACTGAACTCACACCAGATGTCTCCCAATCTTTTG                         CTTTGGATAGTCTTGGGAGCCTTCCTAATGGCCACGAGCCTTAGAATGTAT
genomic: TTGTTTTGTTCATGGTACTGAACTCACACCAGATGTCTCCCAATCTTTTGgtaggttttc ... tttcttttagCTTTGGATAGTCTTGGGAGCCTTCCTAATGGCCACGAGCCTTAGAATGTAT
EST: gi|50324565|gb|CO519691.1|CO519691
EST:     TTGTTTTGTTCATGGTACTGAACTCACACCAGATGTCTCCCAATCTTTTG                         CTTTGGATAGTCTTGGGAGCCTTCCTAATGGCCACGAGCCTTAGAATGTAT
genomic: TTGTTTTGTTCATGGTACTGAACTCACACCAGATGTCTCCCAATCTTTTGgtaggttttc ... tttcttttagCTTTGGATAGTCTTGGGAGCCTTCCTAATGGCCACGAGCCTTAGAATGTAT
EST: gi|71774882|gb|DR972760.1|DR972760
EST:     TTGTTTTGTTCATGGTACTGAACTCACACCAGATGTCTCCCAATCTTTTG                         CTTTGGATAGTCTTGGGAGCCTTCCTAATGGCCACGAGCCTTAGAATGTAT
genomic: TTGTTTTGTTCATGGTACTGAACTCACACCAGATGTCTCCCAATCTTTTGgtaggttttc ... tttcttttagCTTTGGATAGTCTTGGGAGCCTTCCTAATGGCCACGAGCCTTAGAATGTAT
EST: gi|91868647|gb|EB400100.1|EB400100
EST:     TTGTTTTGTTCATGGTACTGAACTCACACCAGATGTCTCCCAATCTTTTG                         CTTTGGATAGTCTTGGGAGCCTTCCTAATGGCCACGAGCCTTAGAATGTAT
genomic: TTGTTTTGTTCATGGTACTGAACTCACACCAGATGTCTCCCAATCTTTTGgtaggttttc ... tttcttttagCTTTGGATAGTCTTGGGAGCCTTCCTAATGGCCACGAGCCTTAGAATGTAT
EST: gi|71426202|gb|DR807252.1|DR807252
EST:     TTGTTTTGTTCATGGTACTGAACTCACACCAGATGTCTCCCAATCTTTTG                         CTTTGGATAGTCTTGGGAGCCTTCCTAATGGCCACGAGCCTTAGAATGTAT
genomic: TTGTTTTGTTCATGGTACTGAACTCACACCAGATGTCTCCCAATCTTTTGgtaggttttc ... tttcttttagCTTTGGATAGTCTTGGGAGCCTTCCTAATGGCCACGAGCCTTAGAATGTAT
EST: gi|211129866|gb|FL128230.1|FL128230
EST:     TTGTTTTGTTCATGGTACTGAACTCACACCAGATGTCTCCCAATCTTTTG                         CTTTGGATAGTCTTGGGAGCCTTCCTAATGGCCACGAGCCTTAGAATGTAT
genomic: TTGTTTTGTTCATGGTACTGAACTCACACCAGATGTCTCCCAATCTTTTGgtaggttttc ... tttcttttagCTTTGGATAGTCTTGGGAGCCTTCCTAATGGCCACGAGCCTTAGAATGTAT
EST: gi|211128943|gb|FL128221.1|FL128221
EST:     TTGTTTTGTTCATGGTACTGAACTCACACCAGATGTCTCCCAATCTTTTG                         CTTTGGATAGTCTTGGGAGCCTTCCTAATGGCCACGAGCCTTAGAATGTAT
genomic: TTGTTTTGTTCATGGTACTGAACTCACACCAGATGTCTCCCAATCTTTTGgtaggttttc ... tttcttttagCTTTGGATAGTCTTGGGAGCCTTCCTAATGGCCACGAGCCTTAGAATGTAT
EST: gi|211129865|gb|FL128229.1|FL128229
EST:     TTGTTTTGTTCATGGTACTGAACTCACACCAGATGTCTCCCAATCTTTTG                         CTTTGGATAGTCTTGGGAGCCTTCCTAATGGCCACGAGCCTTAGAATGTAT
genomic: TTGTTTTGTTCATGGTACTGAACTCACACCAGATGTCTCCCAATCTTTTGgtaggttttc ... tttcttttagCTTTGGATAGTCTTGGGAGCCTTCCTAATGGCCACGAGCCTTAGAATGTAT
EST: gi|211039435|gb|FL384655.1|FL384655
EST:     TTGTTTTGTTCATGGTACTGAACTCACACCAGATGTCTCCCAATCTTTTG                         CTTTGGATAGTCTTGGGAG
genomic: TTGTTTTGTTCATGGTACTGAACTCACACCAGATGTCTCCCAATCTTTTGgtaggttttc ... tttcttttagCTTTGGATAGTCTTGGGAG
EST: gi|211252415|gb|FL420141.1|FL420141
EST:     TTGTTTTGTTCATGGTACTGAACTCACACCAGATGTCTCCCAATCTTTTG                         CTTTGGATAGTCTTGGGAGTCTTCCTAATGGCCACGAGCCTTAGAATGTAT
genomic: TTGTTTTGTTCATGGTACTGAACTCACACCAGATGTCTCCCAATCTTTTGgtaggttttc ... tttcttttagCTTTGGATAGTCTTGGGAGCCTTCCTAATGGCCACGAGCCTTAGAATGTAT
EST: gi|89760191|gb|DY688711.1|DY688711
EST:     TTGTTTTGTTCATGGTACTGAACTCACACCAGATGTCTCCCAATCTTTTG                         CTTTGGATAGTCTTGGGAGCCTTCCTAATGGCCACGAGCCTTAGAATGTAT
genomic: TTGTTTTGTTCATGGTACTGAACTCACACCAGATGTCTCCCAATCTTTTGgtaggttttc ... tttcttttagCTTTGGATAGTCTTGGGAGCCTTCCTAATGGCCACGAGCCTTAGAATGTAT
EST: gi|211005956|gb|FL398095.1|FL398095
EST:     TTGTTTTGTTCATGGTACTGAACTCACACCAGATGTCTCCCAATCTTTTG                         CTTTGGATAGTCTTGGGAGTCTTCCTAATGGCCACGAGCCTTAGAATGTAT
genomic: TTGTTTTGTTCATGGTACTGAACTCACACCAGATGTCTCCCAATCTTTTGgtaggttttc ... tttcttttagCTTTGGATAGTCTTGGGAGCCTTCCTAATGGCCACGAGCCTTAGAATGTAT
EST: gi|148971543|gb|EE022249.2|EE022249
EST:     TTGTTTTGTTCATGGTACTGAACTCACACCAGATGTCTCCCAATCTTTTG                         CTTTGGATAGTCTTGGGAGCCTTCCTAATGGCCACGAGCCTTAGAATGTAT
genomic: TTGTTTTGTTCATGGTACTGAACTCACACCAGATGTCTCCCAATCTTTTGgtaggttttc ... tttcttttagCTTTGGATAGTCTTGGGAGCCTTCCTAATGGCCACGAGCCTTAGAATGTAT
EST: gi|93014828|gb|EB640348.1|EB640348
EST:     TTGTTTTGTTCATGGTACTGAACTCACACCAGATGTCTCCCAATCTTTTG                         CTTTGGATAGTCTTGGGAGCCTTCCTAATGGCCACGAGCC
genomic: TTGTTTTGTTCATGGTACTGAACTCACACCAGATGTCTCCCAATCTTTTGgtaggttttc ... tttcttttagCTTTGGATAGTCTTGGGAGCCTTCCTAATGGCCACGAGCC
EST: gi|211045933|gb|FL419469.1|FL419469
EST:     TTGTTTTGTTCATGGTACTGAACTCACACCAGATGTCTCCCAATCTTTTG                         CTTTGGATAGTCTTGGGAGTCTTCCTAATGGCCACGAGCCTTAGAATGTAT
genomic: TTGTTTTGTTCATGGTACTGAACTCACACCAGATGTCTCCCAATCTTTTGgtaggttttc ... tttcttttagCTTTGGATAGTCTTGGGAGCCTTCCTAATGGCCACGAGCCTTAGAATGTAT
EST: gi|211128939|gb|FL128217.1|FL128217
EST:     TTGTTTTGTTCATGGTACTGAACTCACACCAGATGTCTCCCAATCTTTTG                         CTTTGGATAGTCTTGGGAGCCTTCCTAATGGCCACGAGCCTTAGAATGTAT
genomic: TTGTTTTGTTCATGGTACTGAACTCACACCAGATGTCTCCCAATCTTTTGgtaggttttc ... tttcttttagCTTTGGATAGTCTTGGGAGCCTTCCTAATGGCCACGAGCCTTAGAATGTAT
EST: gi|211128941|gb|FL128219.1|FL128219
EST:     TTGTTTTGTTCATGGTACTGAACTCACACCAGATGTCTCCCAATCTTTTG                         CTTTGGATAGTCTTGGGAGCCTTCCTAATGGCCACGAGCCTTAGAATGTAT
genomic: TTGTTTTGTTCATGGTACTGAACTCACACCAGATGTCTCCCAATCTTTTGgtaggttttc ... tttcttttagCTTTGGATAGTCTTGGGAGCCTTCCTAATGGCCACGAGCCTTAGAATGTAT
EST: gi|211128940|gb|FL128218.1|FL128218
EST:     TTGTTTTGTTCATGGTACTGAACTCACACCAGATGTCTCCCAATCTTTTG                         CTTTGGATAGTCTTGGGAGCCTTCCTAATGGCCACGAGCCTTAGAATGTAT
genomic: TTGTTTTGTTCATGGTACTGAACTCACACCAGATGTCTCCCAATCTTTTGgtaggttttc ... tttcttttagCTTTGGATAGTCTTGGGAGCCTTCCTAATGGCCACGAGCCTTAGAATGTAT
EST: gi|76936255|gb|DV174660.1|DV174660
EST:     TTGTTTTGTTCATGGTACTGAACTCACACCAGATGTCTCCCAATCTTTTG                         CTTTGGATAGTCTTGGGAGCCTTCCTAATGGCCACGAGCCTTAGAATGTAT
genomic: TTGTTTTGTTCATGGTACTGAACTCACACCAGATGTCTCCCAATCTTTTGgtaggttttc ... tttcttttagCTTTGGATAGTCTTGGGAGCCTTCCTAATGGCCACGAGCCTTAGAATGTAT

RNA-Seq data


 ATGC   Supported by RNA-Seq exonic block that spans over the splice site

 atgs   Truncated intron sequence

Each block is as long as the maximal overhang of any read spanning the junction.
The score is the number of alignments spanning the junction.


Found data for 4 RNA-Seq libraries.


Block sizes: 49 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 56

TTTTTGTTTTGTTCATGGTACTGAACTCACACCAGATGTCTCCCAATCTTTTGgtaggttttc ... tttcttttagCTTTGGATAGTCTTGGGAGCCTTCCTAATGGCCACGAGCCTTAGAATGTATGCCACGTGCCAGCAGCTTGCTCATGCTGCAGCTGCCAACAGTTTTCTTG


Block sizes: 41 (upstream exon), 44 (downstream exon)
Score: 22

TTTTTGTTTTGTTCATGGTACTGAACTCACACCAGATGTCTCCCAATCTTTTGgtaggttttc ... tttcttttagCTTTGGATAGTCTTGGGAGCCTTCCTAATGGCCACGAGCCTTAGAATGTATGCCACGTGCCAGCAGCTTGCTCATGCTGCAGCTGCCAACAGTTTTCTTG


Block sizes: 44 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 32

TTTTTGTTTTGTTCATGGTACTGAACTCACACCAGATGTCTCCCAATCTTTTGgtaggttttc ... tttcttttagCTTTGGATAGTCTTGGGAGCCTTCCTAATGGCCACGAGCCTTAGAATGTATGCCACGTGCCAGCAGCTTGCTCATGCTGCAGCTGCCAACAGTTTTCTTG


Block sizes: 37 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 20

TTTTTGTTTTGTTCATGGTACTGAACTCACACCAGATGTCTCCCAATCTTTTGgtaggttttc ... tttcttttagCTTTGGATAGTCTTGGGAGCCTTCCTAATGGCCACGAGCCTTAGAATGTATGCCACGTGCCAGCAGCTTGCTCATGCTGCAGCTGCCAACAGTTTTCTTG


Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
TTTTTGTTTTGTTCATGGTACTGAACTCACACCAGATGTCTCCCAATCTTTTGgtaggttttcatgctctgtgcaagctgtccatgatttggttaaaattgttttcttattcgtataaagcatgcaactgtggaacagtttaataaccacatttttgttggattgtgcgatcttttcttttcttttag

- - - - - - - - - - - - - - - - CAGATG