Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

CTATGGGCCAATGGGTTTTGATATTGGAGCCTTCCTTGGAAACCTGATTTTGGCATACTATGCACAGAATGGGCATGCTGATCAAGCGAATGATCGTAAGgtatgcatgaatctgttagcttgttaattttgcaccctttataattccaagtctccaatggtagtattatacatggtttactcatacatgtacttggctt...

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G464137_T02
intron # 4
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM2G464137_T03 (Zea mays), 5'ss of exon 4
lower sequence: LOC_Os04g57410.1 (Oryza sativa), 5'ss of exon 4
CTATGGGCCAATGGGTTTTGATATTGGAGCCTTCCTTGGAAACCTGATTTTGGCATACTATGCACAGAATGGGCATGCTGATCAAGCGAATGATCGTAAGgtatgcatgaatctgttagct--tgttaattttgcaccctttataattccaagtctccaatggtagtattatacatggtttactcataca-tgtacttggctt
|||||| ||||||||||  |||||||| |||||||| || ||| ||||||||||||| | | ||||  |||| |||||||||||||| |||||||||||||| || ||| || | || |||  |  || |     |   |   ||||   |   |     ||||    || |     |||| || | | | ||       | |
CTATGGCCCAATGGGTTACGATATTGGGGCCTTCCTGGGGAACTTGATTTTGGCATATTTTTCACAAGATGGACATGCTGATCAAGCAAATGATCGTAAGgtgtgtatggatttattggctaataatagtaaatgaaagtgcgtaatctta---cctgggtggttaagttgttttgcgtttgctaagataatggcaaccacat

upper sequence: GRMZM2G464137_T03 (Zea mays), 5'ss of exon 4
lower sequence: LOC_Os04g57400.1 (Oryza sativa), 5'ss of exon 4
CTATGGGCCAATGGGTTTTGATATTGGAGCCTTCCTTGGAAACCTGATTTTGGCATACTATGCACAGAATGGGCATGCTGATCAAGCGAATGATCGTAAGgtatgcatgaatctgttagct--tgttaattttgcaccctttataattccaagtctccaatggtagtattatacatggtttactcatacatgtacttggctt
|||||| ||||||||||  || ||||| |||||||| || ||| ||||||||||||| | | ||||  |||| || ||||||||||| ||||||||||||||||| ||| || | || |||  |  || |     |   | | || ||  |  |   | |     ||  | |   |  ||||     |||   |  | | | 
CTATGGCCCAATGGGTTACGACATTGGGGCCTTCCTGGGGAACTTGATTTTGGCATATTTTTCACAAGATGGACACGCTGATCAAGCAAATGATCGTAAGgtatgtatggatttattggctaataatagtaaatgaaagtgtgtacttttacctggtccacaaatgtcctcttttttttttatgtg-acaaaaagatagtt-

upper sequence: GRMZM2G464137_T03 (Zea mays), 5'ss of exon 4
lower sequence: GLYMA20G26580.1 (Glycine max), 5'ss of exon 4
CTATGGGCCAATGGGTTTTGATATTGGAGCCTTCCTTGGAAACCTGATTTTGGCATACTATGCACAGAATGGGCATGCTGATCAAGCGAATGATCGTAAGgtatgcatgaatctgttagcttgttaattttgcaccctt-tataattccaagtctccaatggtagtattatacatggtttactcatacatgtacttggctt
 ||||| ||||||||||||||||||||||| ||| | |||||| |||||||||| | || ||| ||  ||||||||||||||||||| |||||||| || ||| |      | |   |  |  |   |  | |   ||| |    |||   |  | | || || ||  | ||      || ||  |   | | | |     
TTATGGACCAATGGGTTTTGATATTGGAGCATTCTTGGGAAACTTGATTTTGGCTTTCTTTGCTCAAGATGGGCATGCTGATCAAGCAAATGATCGAAAAgtaggtcccctttttccatgtcttctgtggtccttacttgtcctcttctttgcatactatagttgttatttagtcacatttcttgttattctccataatc-

upper sequence: GRMZM2G464137_T03 (Zea mays), 5'ss of exon 4
lower sequence: GLYMA10G40730.1 (Glycine max), 5'ss of exon 4
CTATGGGCCAATGGGTTTTGATATTGGAGCCTTCCTTGGAAACCTGATTTTGGCATACTATGCACAGAATGGGCATGCTGATCAAGCGAATGATCGTAAGgtatgcatgaatctgttagcttgttaattttgcaccctttataattccaagtctccaatggtagtattata--catggtttactcatacatgtacttggctt-
 ||||| ||||||||||||||||||||||| ||| | |||||| |||||||||| | || ||| ||  ||||||||||||||||||| |||||||| || ||| |       || ||  | |||    | ||  || | |    |||   |  | | || || ||  | |   ||   ||| ||  |   | | | |    | 
TTATGGACCAATGGGTTTTGATATTGGAGCATTCTTGGGAAACTTGATTTTGGCTTTCTTTGCTCAAGATGGGCATGCTGATCAAGCAAATGATCGAAAAgtaggtcc---cctttttccatgtcttctgtggtccttgtcctcttctttgcatactatagttgttatttggtcacatttttcttgttattctccataatcta

upper sequence: GRMZM2G464137_T03 (Zea mays), 5'ss of exon 4
lower sequence: Vv03s0091g00080.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 4
CTATGGGCCAATGGGTTTTGATATTGGAGCCTTCCTTGGAAACCTGATTTTGGCATACTATGCACAGAATGGGCATGCTGATCAAGCGAATGATCGTAAGgtatgcatgaatctgttagcttgttaattttgcaccctttataattccaa-gtctccaatggtagtattatacatggtttactcatacatgtacttggctt
 ||||| |||||||| |||||||| || || ||  | |||||| |||||||||| |||| ||||||  |||||||||||||||||| ||||||| | || |||||  ||  |   | |  | |||  | | |        ||    |||| || |  ||   |     | | ||| || || |  || || | ||||  | 
TTATGGACCAATGGGGTTTGATATAGGCGCATTTTTAGGAAACTTGATTTTGGCTTACTTTGCACAAGATGGGCATGCTGATCAAGTGAATGATAGAAAAgtatgtctgtgttcttaacttcgtttctatggtttttcccatttccccaaagtttgaaaatatttagctgtccatagtctagtgtta-attttcttgtttc

upper sequence: GRMZM2G464137_T03 (Zea mays), 5'ss of exon 4
lower sequence: Vv03s0091g00100.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 4
CTATGGGCCAATGGGTTTTGATATTGGAGCCTTCCTTGGAAACCTGATTTTGGCATACTATGCACAGAATGGGCATGCTGATCAAGCGAATGATCGTAAGgtatgcatgaatctgttagcttgttaattttgcaccctttataattccaagtctccaatggtagt--attatacatggtttactcatacatgtacttggctt
 ||||| |||||||| |||||||| || || ||  | |||||| ||||||||||||||| ||||||  ||||||||| |||||||| ||||||| | || |||||  ||  |     |  || ||  | | |         |  | || |   | | |   || |    | | ||| || || |  || || | ||||  | 
TTATGGACCAATGGGGTTTGATATAGGCGCTTTTTTAGGAAACTTGATTTTGGCATACTTTGCACAAGATGGGCATGATGATCAAGTGAATGATAGAAAAgtatgtctgtgttctcaactttatttctatggtttttccagttttccccaaagttctaaaatatttagctgtccatagtctagtgtta-attttcttgttt-

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|149080184|gb|EE169202.2|EE169202
EST:     TGGCATACTATGCACAGAATGGGCATGCTGATCAAGCGAATGATCGTAAG                         GCTTACAAGAAATGGATCTTGAAGACAATTGAAGAGTCGTGGAATTTGTTC
genomic: TGGCATACTATGCACAGAATGGGCATGCTGATCAAGCGAATGATCGTAAGgtatgcatga ... tcttctgcagGCTTACAAGAAATGGATCTTGAAGACAATTGAAGAGTCGTGGAATTTGTTC
EST: gi|71430316|gb|DR811366.1|DR811366
EST:     TGGCATACTATGCACAGAATGGGCATGCTGATCAAGCGAATGATCGTAAG                         GCTTACAAGAAATGGATCTTGAAGACAATTGAAGAGTCGTGGAATTTGTTC
genomic: TGGCATACTATGCACAGAATGGGCATGCTGATCAAGCGAATGATCGTAAGgtatgcatga ... tcttctgcagGCTTACAAGAAATGGATCTTGAAGACAATTGAAGAGTCGTGGAATTTGTTC
EST: gi|32929857|gb|CF034669.1|CF034669
EST:     TGGCATACTATGCACAGAATGGGCATGCTGATCAAGCGAATGATCGTAAG                         GCTTACAAGAAATGGATCTTGAAGACAATTGAAGAGTCGTGGAATTTGGTC
genomic: TGGCATACTATGCACAGAATGGGCATGCTGATCAAGCGAATGATCGTAAGgtatgcatga ... tcttctgcagGCTTACAAGAAATGGATCTTGAAGACAATTGAAGAGTCGTGGAATTTGTTC
EST: gi|148938202|gb|EC882487.2|EC882487
EST:     TGGCATATTATGCCCA-AATGGGCATGCTGATCAAGCGAATGATTGTAAG                         GCTTACAAGAAATGGATCTTGAAGACAATTGAAGAGTCGTGGAATTTGTTC
genomic: TGGCATACTATGCACAGAATGGGCATGCTGATCAAGCGAATGATCGTAAGgtatgcatga ... tcttctgcagGCTTACAAGAAATGGATCTTGAAGACAATTGAAGAGTCGTGGAATTTGTTC
EST: gi|113701324|gb|EE678828.1|EE678828
EST:     CTATGCACAGAATGGGCATGCTGATCAAGCGAATGATCGTAAG                         GCTTACAAGAAATGGATCTTGAAGACAATTGAAGAGTCGTGGAATTTGTTC
genomic: CTATGCACAGAATGGGCATGCTGATCAAGCGAATGATCGTAAGgtatgcatga ... tcttctgcagGCTTACAAGAAATGGATCTTGAAGACAATTGAAGAGTCGTGGAATTTGTTC
EST: gi|40302815|gb|CK347202.1|CK347202
EST:     ACTATGCACAGAATGGGCATGCTGATCAAGCGAATGATCGTAAG                         GCTTACAAGAAATGGATCTTGAAGACAATTGAAGAGTCGTGGAATTTGTTC
genomic: ACTATGCACAGAATGGGCATGCTGATCAAGCGAATGATCGTAAGgtatgcatga ... tcttctgcagGCTTACAAGAAATGGATCTTGAAGACAATTGAAGAGTCGTGGAATTTGTTC
EST: gi|76913359|gb|DV165092.1|DV165092
EST:     TGGCATTCTATGCACAGAATGGGCATGCTGATCAAGCGAATGATCGTAAG                         GCTTACAAGAAATGGATCTTGAAGACAATTGAAGAGTCGTGGAATTTGTTC
genomic: TGGCATACTATGCACAGAATGGGCATGCTGATCAAGCGAATGATCGTAAGgtatgcatga ... tcttctgcagGCTTACAAGAAATGGATCTTGAAGACAATTGAAGAGTCGTGGAATTTGTTC
EST: gi|78087272|gb|DV515665.1|DV515665
EST:     TGCTGATCAAGCGAATGATCGTAAG                         GCTTACAAGAAATGGATCTTGAAGACAATTGAAGAGTCGTGGAATTTGTTC
genomic: TGCTGATCAAGCGAATGATCGTAAGgtatgcatga ... tcttctgcagGCTTACAAGAAATGGATCTTGAAGACAATTGAAGAGTCGTGGAATTTGTTC
EST: gi|110491169|gb|EE013417.1|EE013417
EST:     TGGCATACTATGCACAGAATGGGCATGCTGATCAAGCGAATGATCGTAAG                         GCTTACAAGAAATGGATCTTGAAGACAATTGAAGAGTCGTGGAATTTGTTC
genomic: TGGCATACTATGCACAGAATGGGCATGCTGATCAAGCGAATGATCGTAAGgtatgcatga ... tcttctgcagGCTTACAAGAAATGGATCTTGAAGACAATTGAAGAGTCGTGGAATTTGTTC
EST: gi|32929601|gb|CF034413.1|CF034413
EST:     TGGCATACTATGCACAGAATGGGCATGCTGATCAAGCGAATGATCGTAAG                         GCTTACAAGAAATGGATCTTGAAGACAATTGAAGAGTCGTGGAATTTGTTC
genomic: TGGCATACTATGCACAGAATGGGCATGCTGATCAAGCGAATGATCGTAAGgtatgcatga ... tcttctgcagGCTTACAAGAAATGGATCTTGAAGACAATTGAAGAGTCGTGGAATTTGTTC
EST: gi|32928909|gb|CF033721.1|CF033721
EST:     TGGCATACTATGCACAGAATGGGCATGCTGATCAAGCGAATGATCGTAAG                         GCTTACAAGAAATGGATCTTGAAGCCAATTGAAGAGTCGTGGAATTTGTTC
genomic: TGGCATACTATGCACAGAATGGGCATGCTGATCAAGCGAATGATCGTAAGgtatgcatga ... tcttctgcagGCTTACAAGAAATGGATCTTGAAGACAATTGAAGAGTCGTGGAATTTGTTC
EST: gi|71316025|gb|DR794701.1|DR794701
EST:     TGGCATACTATGCACAGAATGGGCATGCTGATCAAGCGAATGATCGTAAG                         GCTTACAAGAAATGGATCTTGAAGACAATTGAAGAGTCGTGGAATTTGTTC
genomic: TGGCATACTATGCACAGAATGGGCATGCTGATCAAGCGAATGATCGTAAGgtatgcatga ... tcttctgcagGCTTACAAGAAATGGATCTTGAAGACAATTGAAGAGTCGTGGAATTTGTTC
EST: gi|60352583|gb|DN219556.1|DN219556
EST:     TCAAGCGAATGATCGTAAG                         GCTTACAAGAAATGGATCTTGAAGACAATTGAAGAGTCGTGGAATTTGTTC
genomic: TCAAGCGAATGATCGTAAGgtatgcatga ... tcttctgcagGCTTACAAGAAATGGATCTTGAAGACAATTGAAGAGTCGTGGAATTTGTTC
EST: gi|149100124|gb|EE186179.2|EE186179
EST:     TGGCATACTATGCACAGAATGGGCATGCTGATCAAGCGAATGATCGTAAG                         GCTTACAAGAAATGGATCTTGAAGACAATTGAAGAGTCGTGGAATTTGTTC
genomic: TGGCATACTATGCACAGAATGGGCATGCTGATCAAGCGAATGATCGTAAGgtatgcatga ... tcttctgcagGCTTACAAGAAATGGATCTTGAAGACAATTGAAGAGTCGTGGAATTTGTTC
EST: gi|6445403|gb|AW179471.1|AW179471
EST:     TGGCATACTATGCACAGAATGGGCATGCTGATCAAGCGAATGATCGTAAG                         GCTTACAAGAAATGGATCTTGAAGACAATTGAAGAGTCGTGGAATTTGTTC
genomic: TGGCATACTATGCACAGAATGGGCATGCTGATCAAGCGAATGATCGTAAGgtatgcatga ... tcttctgcagGCTTACAAGAAATGGATCTTGAAGACAATTGAAGAGTCGTGGAATTTGTTC

Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
CTATGGGCCAATGGGTTTTGATATTGGAGCCTTCCTTGGAAACCTGATTTTGGCATACTATGCACAGAATGGGCATGCTGATCAAGCGAATGATCGTAAGgtatgcatgaatctgttagcttgttaattttgcaccctttataattccaagtctccaatggtagtattatacatggtttactcatacatgtacttggctt

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - ATGCTG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCTGAT