Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

TAGCCTATTAAGCATTGTCCACACCCTTTTAGACCAAAAGAGGCAGGATGATTTATGTATCGTTGGATGCGAAACCTTGTTTGATTTTGCTGTCAATCAGgtattcctattggagtagatgccattgtccattagcaggactcagtttatatatagatatgtcccattattggtgatattgagtctgtctattccag

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G431573_T01
intron # 4
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM2G431573_T01 (Zea mays), 5'ss of exon 4
lower sequence: LOC_Os07g10550.1 (Oryza sativa), 5'ss of exon 5
TAGCCTATTAAGCATTGTCCACACCCTTTTAGACCAAAAGAGGCAGGATGATTTATGTATCGTTGGATGCGAAACCTTGTTTGATTTTGCTGTCAATCAGgtattcctattg------gagtag--atgccattgtccattagcaggactcagtttatatata-gatatgtcccattattggtgatattgagtctgtctattccag
|||| ||||||| ||||| ||||| |||||||| |||||||||||||||||| |  | ||| | ||||| |||||||||||||| ||||| || ||||||||||| |  |||      ||  ||  || |||||   ||  ||||| | ||  || | | | | ||| | ||   ||  || |  ||||   || |||||||  ||
TAGCTTATTAAGTATTGTACACACTCTTTTAGATCAAAAGAGGCAGGATGATATGCGCATCATAGGATGTGAAACCTTGTTTGACTTTGCAGTTAATCAGgtatttccgttgcctggtgatcagtgataccattcctcaccagcagaattcttttgaaagacatgatgtatctggttcatgcttttatt---tccgtctattttag