Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

GGTGGTGAACGAGCCCTTGGAGGTCATCTCCGCTGACCTTGGCTTCGCCGGCAACACTCTTGCTGAAGgtacggtgcacttcttctgctaattgtggtggttttggtcagtttatttacttattattaggctcatgttgtgcttgggcttctgttgggtgcag

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G412899_T05
intron # 4
splice site 5'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|78087261|gb|DV515654.1|DV515654
EST:     GGAGGTCATCTCCGCTGACCTTGGCTTCGCCGGCAACACTCTTGCTGAAG                         GGCTCGTGGTGAGTATCTGTTTGGGAGGAGCTTTTGTTGGGTGCCTCTTCA
genomic: GGAGGTCATCTCCGCTGACCTTGGCTTCGCCGGCAACACTCTTGCTGAAGgtacggtgca ... ttgggtgcagGGCTCGTGGTGAGTATCTGTTTGGGAGGAGCTTTTGTTGGGTGCCTCTTCA
EST: gi|101396771|gb|EB820311.1|EB820311
EST:     GGAGGTCATCTCCGCTGACCTTGGCTTCGCCGGCAACACTCTTGCTGAAG                         GGCTCGTGGTGAGTATCTGTTTGGGAGGAGCTTTTGTTGGGTGCCTCTTCA
genomic: GGAGGTCATCTCCGCTGACCTTGGCTTCGCCGGCAACACTCTTGCTGAAGgtacggtgca ... ttgggtgcagGGCTCGTGGTGAGTATCTGTTTGGGAGGAGCTTTTGTTGGGTGCCTCTTCA
EST: gi|149026990|gb|EE046327.2|EE046327
EST:     GGAGGTCATCTCCGCTGACCTTGGCTTCGCCGGCAACACTCTTGCTGAAG                         GGCTCGTGGTGAGTATCTGTTTGGGAGGAGCTTTTGTTGGGTGCCTCTTCA
genomic: GGAGGTCATCTCCGCTGACCTTGGCTTCGCCGGCAACACTCTTGCTGAAGgtacggtgca ... ttgggtgcagGGCTCGTGGTGAGTATCTGTTTGGGAGGAGCTTTTGTTGGGTGCCTCTTCA
EST: gi|211188618|gb|FL343312.1|FL343312
EST:     GGAGGTCATCTCCGCTGACCTTGGCTTCGCCGGCAACACTCTTGCTGAAG                         GGCTCGTGGTGAGTATCTGTTTGGGAGGAGCTTTTGTTGGGTGCCTCTTCA
genomic: GGAGGTCATCTCCGCTGACCTTGGCTTCGCCGGCAACACTCTTGCTGAAGgtacggtgca ... ttgggtgcagGGCTCGTGGTGAGTATCTGTTTGGGAGGAGCTTTTGTTGGGTGCCTCTTCA
EST: gi|71775492|gb|DR973370.1|DR973370
EST:     GGAGGTCATCTCCGCTGACCTTGGCTTCGCCGGCAACACTCTTGCTGAAG                         GGCTCGTGGTGAGTATCTGTTTGGGAGGAGCTTTTGTTGGGTGCCTCTTCA
genomic: GGAGGTCATCTCCGCTGACCTTGGCTTCGCCGGCAACACTCTTGCTGAAGgtacggtgca ... ttgggtgcagGGCTCGTGGTGAGTATCTGTTTGGGAGGAGCTTTTGTTGGGTGCCTCTTCA
EST: gi|148947449|gb|EC892877.2|EC892877
EST:     GGAGGTCATCTCCGCTGACCTTGGCTTCGCCGGCAACACTCTTGCTGAAG                         GGCTCGTGGTGAGTATCTGTTTGGGAGGAGCTTTTGTTGGGTGCCTCTTCA
genomic: GGAGGTCATCTCCGCTGACCTTGGCTTCGCCGGCAACACTCTTGCTGAAGgtacggtgca ... ttgggtgcagGGCTCGTGGTGAGTATCTGTTTGGGAGGAGCTTTTGTTGGGTGCCTCTTCA
EST: gi|211528530|gb|FL329329.1|FL329329
EST:     GGAGGTCATCTCCGCTGACCTTGGCTTCGCCGGCAACACTCTTGCTGAAG                         GGCTCGTGGTGAGTATCTGTTTGGGAGGAGCTTTTGTTGGGTGCCTCTTCA
genomic: GGAGGTCATCTCCGCTGACCTTGGCTTCGCCGGCAACACTCTTGCTGAAGgtacggtgca ... ttgggtgcagGGCTCGTGGTGAGTATCTGTTTGGGAGGAGCTTTTGTTGGGTGCCTCTTCA
EST: gi|148974492|gb|EE025275.2|EE025275
EST:     GGAGGTCATCTCCGCTGACCTTGGCTTCGCCGGCAACACTCTTGCTGAAG                         GGCTCGTGGTGAGTATCTGTTTGGGAGGAGCTTTTGTTGGGTGCCTCTTCA
genomic: GGAGGTCATCTCCGCTGACCTTGGCTTCGCCGGCAACACTCTTGCTGAAGgtacggtgca ... ttgggtgcagGGCTCGTGGTGAGTATCTGTTTGGGAGGAGCTTTTGTTGGGTGCCTCTTCA
EST: gi|74240466|gb|DT648380.1|DT648380
EST:     GGAGGTCATCTCCGCTGACCTTGGCTTCGCCGGCAACACTCTTGCTGAAG                         GGCTCGTGGTGAGTATCTGTTTGGGAGGAGCTTTTGTTGGGTGCCTCTTCA
genomic: GGAGGTCATCTCCGCTGACCTTGGCTTCGCCGGCAACACTCTTGCTGAAGgtacggtgca ... ttgggtgcagGGCTCGTGGTGAGTATCTGTTTGGGAGGAGCTTTTGTTGGGTGCCTCTTCA
EST: gi|71321131|gb|DR797264.1|DR797264
EST:     GGAGGTCATCTCCGCTGACCTTGGCTTCGCCGGCAACACTCTTGCTGAAG                         GGCTCGTGGTGAGTATCTGTTTGGGAGGAGCTTTTGTTGGGTGCCTCTTCA
genomic: GGAGGTCATCTCCGCTGACCTTGGCTTCGCCGGCAACACTCTTGCTGAAGgtacggtgca ... ttgggtgcagGGCTCGTGGTGAGTATCTGTTTGGGAGGAGCTTTTGTTGGGTGCCTCTTCA
EST: gi|50326106|gb|CO521232.1|CO521232
EST:     GGAGGTCATCTCCGCTGACCTTGGCTTCGCCGGCAACACTCTTGCTGAAG                         GGCTCGTGGTGAGTATCTGTTTGGGAGGAGCTTTTGTTGGGTGCCTCTTCA
genomic: GGAGGTCATCTCCGCTGACCTTGGCTTCGCCGGCAACACTCTTGCTGAAGgtacggtgca ... ttgggtgcagGGCTCGTGGTGAGTATCTGTTTGGGAGGAGCTTTTGTTGGGTGCCTCTTCA
EST: gi|78112346|gb|DV530740.1|DV530740
EST:     GGAGGTCATCTCCGCTGACCTTGGCTTCGCCGGCAACACTCTTGCTGAAG                         GGCTCGTGGTGAGTATCTGTTTGGGAGGAGCTTTTGTTGGGTGCCTCTTCA
genomic: GGAGGTCATCTCCGCTGACCTTGGCTTCGCCGGCAACACTCTTGCTGAAGgtacggtgca ... ttgggtgcagGGCTCGTGGTGAGTATCTGTTTGGGAGGAGCTTTTGTTGGGTGCCTCTTCA
EST: gi|148935890|gb|EC879938.2|EC879938
EST:     GGAGGTCATCTCCGCTGACCTTGGCTTCGCCGGCAACACTCTTGCTGAAG                         GGCTCGTGGTGAGTATCTGTTTGGGAGGAGCTTTTGTTGGGTGCCTCTTCA
genomic: GGAGGTCATCTCCGCTGACCTTGGCTTCGCCGGCAACACTCTTGCTGAAGgtacggtgca ... ttgggtgcagGGCTCGTGGTGAGTATCTGTTTGGGAGGAGCTTTTGTTGGGTGCCTCTTCA
EST: gi|76015720|gb|DT942890.1|DT942890
EST:     GGAGGTCATCTCCGCTGACCTTGGCTTCGCCGGCAACACTCTTGCTGAAG                         GGCTCGTGGTGAGTATCTGTTTGGGAGGAGCTTTTGTTGGGTGCCTCTTCA
genomic: GGAGGTCATCTCCGCTGACCTTGGCTTCGCCGGCAACACTCTTGCTGAAGgtacggtgca ... ttgggtgcagGGCTCGTGGTGAGTATCTGTTTGGGAGGAGCTTTTGTTGGGTGCCTCTTCA
EST: gi|149104318|gb|EE289761.2|EE289761
EST:     GGAGGTCATCTCCGCTGACCTTGGCTTCGCCGGCAACACTCTTGCTGAAG                         GGCTCGTGGTGAGTATCTGTTTGGGAGGAGCTTTTGTTGGGTGCCTCTTCA
genomic: GGAGGTCATCTCCGCTGACCTTGGCTTCGCCGGCAACACTCTTGCTGAAGgtacggtgca ... ttgggtgcagGGCTCGTGGTGAGTATCTGTTTGGGAGGAGCTTTTGTTGGGTGCCTCTTCA
EST: gi|78109755|gb|DV528171.1|DV528171
EST:     GGAGGTCATCTCCGCTGACCTTGGCTTCGCCGGCAACACTCTTGCTGAAG                         GGCTCGTGGTGAGTATCTGTTTGGGAGGAGCTTTTGTTGGGTGCCTCTTCA
genomic: GGAGGTCATCTCCGCTGACCTTGGCTTCGCCGGCAACACTCTTGCTGAAGgtacggtgca ... ttgggtgcagGGCTCGTGGTGAGTATCTGTTTGGGAGGAGCTTTTGTTGGGTGCCTCTTCA
EST: gi|149015283|gb|EE045085.2|EE045085
EST:     GGAGGTCATCTCCGCTGACCTTGGCTTCGCCGGCAACACTCTTGCTGAAG                         GGCTCGTGGTGAGTATCTGTTTGGGAGGAGCTTTTGTTGGGTGCCTCTTCA
genomic: GGAGGTCATCTCCGCTGACCTTGGCTTCGCCGGCAACACTCTTGCTGAAGgtacggtgca ... ttgggtgcagGGCTCGTGGTGAGTATCTGTTTGGGAGGAGCTTTTGTTGGGTGCCTCTTCA
EST: gi|71439810|gb|DR820860.1|DR820860
EST:     GGAGGTCATCTCCGCTGACCTTGGCTTCGCCGGCAACACTCTTGCTGAAG                         GGCTCGTGGTGAGTATCTGTTTGGGAGGAGCTTTTGTTGGGTGCCTCTTCA
genomic: GGAGGTCATCTCCGCTGACCTTGGCTTCGCCGGCAACACTCTTGCTGAAGgtacggtgca ... ttgggtgcagGGCTCGTGGTGAGTATCTGTTTGGGAGGAGCTTTTGTTGGGTGCCTCTTCA
EST: gi|78110187|gb|DV528602.1|DV528602
EST:     GGAGGTCATCTCCGCTGACCTTGGCTTCGCCGGCAACACTCTTGCTGAAG                         GGCTCGTGGTGAGTATCTGTTTGGGAGGAGCTTTTGTTGGGTGCCTCTTCA
genomic: GGAGGTCATCTCCGCTGACCTTGGCTTCGCCGGCAACACTCTTGCTGAAGgtacggtgca ... ttgggtgcagGGCTCGTGGTGAGTATCTGTTTGGGAGGAGCTTTTGTTGGGTGCCTCTTCA
EST: gi|71438358|gb|DR819408.1|DR819408
EST:     GGAGGTCATCTCCGCTGACCTTGGCTTCGCCGGCAACACTCTTGCTGAAG                         GGCTCGTGGTGAGTATCTGTTTGGGAGGAGCTTTTGTTGGGTGCCTCTTCA
genomic: GGAGGTCATCTCCGCTGACCTTGGCTTCGCCGGCAACACTCTTGCTGAAGgtacggtgca ... ttgggtgcagGGCTCGTGGTGAGTATCTGTTTGGGAGGAGCTTTTGTTGGGTGCCTCTTCA
EST: gi|149095879|gb|EE181538.2|EE181538
EST:     GGAGGTCATCTCCGCTGACCTTGGCTTCGCCGGCAACACTCTTGCTGAAG                         GGCTCGTGGTGAGTATCTGTTTGGGAGGAGCTTTTGTTGGGTGCCTCTTCA
genomic: GGAGGTCATCTCCGCTGACCTTGGCTTCGCCGGCAACACTCTTGCTGAAGgtacggtgca ... ttgggtgcagGGCTCGTGGTGAGTATCTGTTTGGGAGGAGCTTTTGTTGGGTGCCTCTTCA
EST: gi|71774118|gb|DR972000.1|DR972000
EST:     GGAGGTCATCTCCGCTGACCTTGGCTTCGCCGGCAACACTCTTGCTGAAG                         GGCTCGTGGTGAGTATCTGTTTGGGAGGAGCTTTTGTTGGGTGCCTCTTCA
genomic: GGAGGTCATCTCCGCTGACCTTGGCTTCGCCGGCAACACTCTTGCTGAAGgtacggtgca ... ttgggtgcagGGCTCGTGGTGAGTATCTGTTTGGGAGGAGCTTTTGTTGGGTGCCTCTTCA
EST: gi|71764940|gb|DR962877.1|DR962877
EST:     GGAGGTCATCTCCGCTGACCTTGGCTTCGCCGGCAACACTCTTGCTGAAG                         GGCTCGTGGTGAGTATCTGTTTGGGAGGAGCTTTTGTTGGGTGCCTCTTCA
genomic: GGAGGTCATCTCCGCTGACCTTGGCTTCGCCGGCAACACTCTTGCTGAAGgtacggtgca ... ttgggtgcagGGCTCGTGGTGAGTATCTGTTTGGGAGGAGCTTTTGTTGGGTGCCTCTTCA
EST: gi|148966112|gb|EE017056.2|EE017056
EST:     GGAGGTCATCTCCGCTGACCTTGGCTTCGCCGGCAACACTCTTGCTGAAG                         GGCTCGTGGTGAGTATCTGTTTGGGAGGAGCTTTTGTTGGGTGCCTCTTCA
genomic: GGAGGTCATCTCCGCTGACCTTGGCTTCGCCGGCAACACTCTTGCTGAAGgtacggtgca ... ttgggtgcagGGCTCGTGGTGAGTATCTGTTTGGGAGGAGCTTTTGTTGGGTGCCTCTTCA

Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
GGTGGTGAACGAGCCCTTGGAGGTCATCTCCGCTGACCTTGGCTTCGCCGGCAACACTCTTGCTGAAGgtacggtgcacttcttctgctaattgtggtggttttggtcagtttatttacttattattaggctcatgttgtgcttgggcttctgttgggtgcag

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CTGAAG